NdeI - NdeI

NdeJá je endonukleáza izolovaný od Neisseria denitrificans.

v molekulární biologie, se běžně používá jako restrikční enzym.

Sekvence rozpoznávání

Sekvence rozpoznávání NdeJá:[1]

5'CATATG3'GTATAC

Konce generované NdeTrávím:

5 '--- CA TATG --- 3'3' --- GTAT AC --- 5 '

Využití v molekulární biologii

NdeI je specifický restrikční enzym typu II, který na rozdíl od štěpí specifické cílové sekvence exonukleázy.[2] Tento enzym se používá při genovém klonování k rozříznutí otevřených čtecích rámců v plazmidu určitých bakterií, jako je E. coli, a k vložení cizího genu, jako je gen gfpuv, který kóduje bio fluorescenci želé ryby Aequorea victoria.

NdeJsem užitečný při generování heterologního DNA konstruktu, protože obsahuje spustit kodon ATG. Proto může být použit v některých expresní vektory, jako jsou ty v sérii vektorů pET, pro ligaci začátku genu při výrobě expresního konstruktu.[3][4] Všimněte si však, že NdeI generuje pouze dvoubázový přesah, a proto má nižší teplotu tání než jiné restrikční enzymy, které generují čtyřbázový přesah.[2] Má nižší ligace účinnost,[5] protože ligace je ovlivněna schopností konců žíhat a dvousložkový přesah má výrazně nižší teplotu tání ve srovnání se přesahem 4-dna. Podvázání NdeKonce generované I se proto nejlépe provádějí s vyšší koncentrací ligázy s delší dobou ligace, ať už při teplotě místnosti, 14-16°C nebo ve 4°C.

Reference

  1. ^ Watson RJ, Schildraut I, Qiang BQ, Martin SM, Visentin LP (13. prosince 1982). „Ndel: restrikční endonukleáza z Neisseria denitrificans, která štěpí DNA v sekvencích 5'-CATATG-3 '“. FEBS Lett. 150 (1): 114–6. doi:10.1016 / 0014-5793 (82) 81315-x. PMID  6297965.
  2. ^ A b „NdeI“. REBASE.
  3. ^ "Systémový manuál pET" (PDF). Novagen.
  4. ^ „vektory pET-21a-d (+)“ (PDF). Novagen.
  5. ^ Změna.; Ge B .; Lee M .; Takže M .; Wang W. (2005). „Zkoumání ligační účinnosti fragmentů štěpených NdeI“ (PDF). Journal of Experimental Microbiology and Immunology. 7: 68–72. Citováno 2012-10-29. (Pamatujte, že v tomto článku je popsána chyba NdeJá jako řezačka se čtyřmi základnami.)