R.EcoRII - R.EcoRII

Dimer Eco RII na základě PDB ID 1NA6

Restrikční endonukleáza (REASE) EcoRII (vyslovuje se „eco R two“) je enzym z systém modifikace omezení (RM) přirozeně se vyskytující v Escherichia coli, a Gramnegativní bakterie. Své molekulová hmotnost je 45,2 kDa, se skládá z 402 aminokyseliny.[1]

Režim akce

EcoRII je bakteriální Typ IIE[2] REASE který interaguje se dvěma[3] nebo tři[4] kopie pseudopalindromu DNA sekvence rozpoznávání 5' -CC ŽGG -3' (Š = A nebo T ), z nichž jeden je skutečným terčem štěpení, druhý slouží jako alosterický aktivátor (s). EcoRII snižuje cíl DNA sekvence CCWGG, generování lepivé konce.[5]

Vyjmout diagram

Místo pro rozpoznáváníVýsledky řezu
5 's. ŠCCWGGNN3 'NNGGWCCNN 
5 's. Š CCWGGNN3 'NNGGWCC  NN

Struktura

Restrikční endonukleáza EcoRII, N-terminál
PDB 1na6 EBI.jpg
krystalová struktura restrikční endonukleázy ecorii mutant r88a
Identifikátory
SymbolEcoRII-N
PfamPF09217
Pfam klanCL0405
InterProIPR015300
SCOP21na6 / Rozsah / SUPFAM
Terminál EcoRII C.
PDB 1na6 EBI.jpg
krystalová struktura restrikční endonukleázy ecorii mutant r88a
Identifikátory
SymbolEcoRII-C
PfamPF09019
Pfam klanCL0236
InterProIPR015109

The apo krystal struktura EcoRII mutant R88A (PDB: 1NA6​)[6] byl vyřešen 2.1 A rozlišení. EcoRII monomer má dva domén, N-terminál a C-terminál, propojené prostřednictvím a závěs smyčka.

Efektorová vazebná doména

N-terminál efektor -vazebná doména má archetypální záhyb DNA vázající pseudobarrel (SCOP 101936 ) s prominentní rozštěp. Strukturální superpozice ukázal, že to evolučně souvisí s:

Katalytická doména

C-terminál katalytická doména má typický[10] restrikční záhyb podobný endonukleáze (SCOP 52979 ) a patří mezi velké (více než 30 členů) restrikční endonukleáza nadčeleď (SCOP 52980 ).

Mechanismus automatické inhibice / aktivace

Sekvence založená na struktuře zarovnání a místně zaměřená mutageneze identifikoval domnělou PD..D / EXK aktivní stránky dimeru katalytické domény EcoRII, které jsou v apo struktuře prostorově blokovány N-koncovými doménami.[6]

Viz také

externí odkazy

  • EcoRII v databázi restrikčních enzymů REBASE

Reference

  1. ^ Richard J. Roberts. „EcoRII“. REBASE - Databáze restrikčních enzymů. Citováno 2008-03-23.
  2. ^ Roberts RJ, Belfort M, Bestor T a kol. (2003). „Názvosloví pro restrikční enzymy, DNA methyltransferázy, naváděcí endonukleázy a jejich geny“. Nucleic Acids Res. 31 (7): 1805–12. doi:10.1093 / nar / gkg274. PMC  152790. PMID  12654995. PDF
  3. ^ Mücke M, Lurz R, Mackeldanz P, Behlke J, Krüger DH, Reuter M (2000). "Zobrazovací smyčky DNA indukované restrikční endonukleázou EcoRII. Jedna aminokyselinová substituce odpojí rozpoznávání cíle od kooperativní DNA interakce a štěpení". J. Biol. Chem. 275 (39): 30631–7. doi:10,1074 / jbc.M003904200. PMID  10903314.PDF
  4. ^ Shlyakhtenko LS, Gilmore J, Portillo A, Tamulaitis G, Siksnys V, Lyubchenko YL (2007). „Přímá vizualizace trojitého synaptického komplexu EcoRII-DNA mikroskopem atomové síly“. Biochemie. 46 (39): 11128–36. doi:10.1021 / bi701123u. PMID  17845057. S2CID  27800123.
  5. ^ Griffiths, Anthony J. F. (1999). Úvod do genetické analýzy. San Francisco: W.H. Freemane. ISBN  978-0-7167-3520-5.
  6. ^ A b Zhou XE, Wang Y, Reuter M, Mücke M, Krüger DH, Meehan EJ, Chen L (2004). „Krystalová struktura restrikční endonukleázy typu IIE EcoRII odhaluje autoinhibiční mechanismus pomocí nové vazby efektoru“. J. Mol. Biol. 335 (1): 307–19. doi:10.1016 / j.jmb.2003.10.030. PMID  14659759.
  7. ^ Yamasaki K, Kigawa T, Inoue M, Tateno M, Yamasaki T, Yabuki T, Aoki M, Seki E, Matsuda T, Tomo Y, Hayami N, Terada T, Shirouzu M, Osanai T, Tanaka A, Seki M, Shinozaki K , Yokoyama S (2004). „Struktura řešení vazebné domény B3 DNA transkripčního faktoru RAV1 reagujícího na chlad za studena Arabidopsis“. Rostlinná buňka. 16 (12): 3448–59. doi:10.1105 / tpc.104.026112. PMC  535885. PMID  15548737.PDF
  8. ^ Richard J. Roberts. "BfiI". REBASE - Databáze restrikčních enzymů. Citováno 2008-03-23.
  9. ^ Grazulis S, Manakova E, Roessle M, Bochtler M, Tamulaitiene G, Huber R, Siksnys V (2005). „Struktura restrikčního enzymu BfiI nezávislého na kovu odhaluje fúzi specifické domény vázající DNA s nespecifickou nukleázou“ (PDF). Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 (44): 15797–802. Bibcode:2005PNAS..10215797G. doi:10.1073 / pnas.0507949102. PMC  1266039. PMID  16247004. PDF
  10. ^ Niv MY, Ripoll DR, Vila JA, Liwo A, Vanamee ES, Aggarwal AK, Weinstein H, Scheraga HA (2007). „Topologie revizí typu II znovu navštívena; strukturální třídy a společné konzervované jádro“. Výzkum nukleových kyselin. 35 (7): 2227–37. doi:10.1093 / nar / gkm045. PMC  1874628. PMID  17369272.