Halostagnicola larsenii - Halostagnicola larsenii

Halostagnicola larsenii
Vědecká klasifikace
Doména:
Archaea
Království:
Euryarchaeota
Kmen:
Euryarchaeota
Třída:
Halobakterie
Objednat:
Halobacteriales
Rodina:
Halobacteriaceae
Rod:
Halostagnicola
Binomické jméno
Halostagnicola larsenii kmen XH-48
Castillo a kol. 2006
Druh
  • H. larsenii

Halostagnicola larsenii je nepohyblivý, aerobní, gramnegativní, ve tvaru tyče archaeon.[1] Je to halofilní, neutrofilní, chemo-organotrofní a byl izolován ze vzorků odebraných ze solného jezera v Číně.[1] Etymologie názvu pochází hals, halos Řek pro sůl, stagnovat Latinsky pro kus stojaté vody, -cola Latina pro obyvatele nebo obyvatele a Larsenii pojmenoval podle norského mikrobiologa Helge Larsena, který byl průkopníkem ve výzkumu týkajícím se halofili.[1]

Objev

V září 2003 vědci z Univerzita v Seville, Španělsko, získal vzorky sedimentu z jezera v vnitřní Mongolsko, Čína.[1] Jezero Xilinholt je extrémně slané jezero, které poskytuje optimální podmínky pro růst Halostagnicola larsenii .[1] Vzorky byly kultivovány ve 20% solném roztoku.[1] Živný agar destičky byly použity ke kultivaci vzorků.[1] Média obsahovala chlorid sodný a byla optimalizována na pH 7,5.[1] H. larsenii roste optimálně při 15% NaCl, 37 ° C a pH 7-8.[1] Není schopen růst při teplotách nad 50 ° C.[1] Byla provedena další charakterizace druhu a navrhli Castillo et al., Aby byl kmen XH-48 identifikován jako nový druh v Halostagnicola kmen.[1]

Charakterizace

Morfologie

Morfologie bylo stanoveno pomocí fázový kontrast optika mikroskopu Olympus BX41.[1] Buňky Halostagnicola larsenii XH48 jsou 0,5-1,0 mikrometrů široké a 1,0-3,0 mikrometrů dlouhé.[1] Buňky H. larsenii jsou pleomorfní, a zobrazovací tyč, čtvercové nebo diskové buňky.[1] To odráží schopnost kmene měnit velikost a tvar v reakci na změny v prostředí, jako je slanost.[1] Morfologie kolonií H. larsenii je kruhový, hladký, neprůhledný a růžové barvy.[1] Polární etherové lipidy nacházející se v jeho membráně zahrnují fosfatidylglycerol a fosfatidylglyceromethylfosfát.[1] Tyto lipidy byly extrahovány chloroform a methanolu.[1] Testy odhalily, že tento organismus je oxidáza pozitivní a kataláza negativní.[1]

Metabolismus

Halostagnicola larsenii je halofilní, neutrofilní, chemo-organotrofní a používá kyslík jako svůj terminální akceptor elektronů.[1] H. larsenii může využívat různé sacharidy jako fruktóza, glycerol, laktóza, glukóza, arabinóza, acetát, ribóza, škrob, sladový cukr, galaktóza, ribóza, xylóza, glutamát, a propionát tak jako substráty pro růst.[1] Růst substráty byly stanoveny pomocí izolační médium, který obsahoval Podklad testováno spolu s výtažek z kvasnic.[1] Dodatečně, H. larsenii podléhá asimilaci dusičnan snížení na dusitany na amoniak.[2] Tento proces se liší od redukce dusičnanů, protože probíhá aerobně a používá se ferrodoxin jako dárce elektronů.[3]

Odolnost proti antibiotikům

H. larsenii je rezistentní na následující antibiotika: ampicilin, chloramfenikol, erythromycin, gentamicin, kyselina nalidixová, neomycin, penicilin G., rifampicin, streptomycin, a tetracyklin.[1] Organismus je citlivý na bacitracin a novobiocin.[1] Citlivost a rezistence na antibiotika byla stanovena pomocí agarový difúzní test ve kterých byly na agarové desky umístěny papírové disky nasycené antibiotiky.[1]

Ekologie

Halostagnicola larsenii byl původně objeven ve slaném jezeře v vnitřní Mongolsko, Čína.[1] Rovněž byl izolován od mořské vody v hornině na západním pobřeží ostrova Maharashtra, Indie.[4] Typicky, haloarchaea jako H. larsenii vyžadují pro růst prostředí s vysokou slaností a lze je nalézt v sedimentech vodního prostředí, jako je sladkovodní jezera.[5]

Genomika

V roce 2014 byl dokončen kompletní genom H. larsenii byl sekvenován pomocí Sekvenování barviv Illumina HiSeq 2000 od Iaina Andersona v rámci projektu Archaeal Tree of Life Project podporovaného Společný genomový institut.[6] Genom se skládá z 2,79 megabází [6] na kruhovém chromozomu se čtyřmi kruhy plazmidy.[7] Genom zahrnuje 4 246 genů, z nichž 4 171 jsou geny kódující proteiny, 19 z nich pseudogeny, 6 rRNA geny a 49 tRNA geny.[6] The Obsah GC genomu je 61%.[6]

Ve studii Castilla et al. Z roku 2008 byla chromozomální DNA izolována pomocí Marmur metody jednoduchého rozrušení buněk detergentem lýza, nukleová extrakce organickou solventní a obnovení DNA do srážení ethanolem byly použity.[1][8] The 16S ribozomální RNA genová sekvence H. larsenii byl studován pomocí Software ARB.[1] The sousedství metoda byla použita k provedení 16s rRNA genové sekvenční analýzy a stanovení fylogenetické vztahy.[1] Nejbližší sousední druh Natrialba aegypitaca a Natrialba asiatica měl podobnost genomu 94,5%, respektive 93,3%.[1] Klíčový rozdíl od Natrialba je to H. larsenii chybí klíčové základny 403G a 560G.[1]

Reference

  1. ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó p q r s t u proti w X y z aa ab ac inzerát ae Castillo, A. M. a kol. „Halostagnicola larsenii gen. Nov., Sp. Nov., Extrémně halofilní archeon ze slaného jezera ve vnitřním Mongolsku v Číně.“ International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 56.7 (2006): 1519-1524. PUB MED doi: 10,1099 / ijs.0.64286-0
  2. ^ „Metabolismus dusíku: H. Larsenii.“ Metabolismus dusíku: H. Larsenii. KEGG, n.d. Web. 23. dubna 2015.
  3. ^ Guerrero, M. G. „Asimilační redukce dusičnanů.“ (1985): 170-171.
  4. ^ Kanekar a kol. „Průzkum haloarcheonu, Halostagnicola larsenii izolovaného z mořské vody v hornině, západní pobřeží Maharashtra, Indie, pro výrobu Bacteriorhodopsinu (BR).“ Journal of Applied Microbiology. (2014) ZVEŘEJNĚNOdoi: 10,1111 / jam.12784
  5. ^ Luque, R. a kol. „Rozmanitost kultivovatelných halofilních archaeí izolovaných z Rambla Salada, Murcia (Španělsko).“ Extremophiles 16.2 (2012): 205-213.
  6. ^ A b C d „Halostagnicola Larsenii XH-48, Complete Genome.“ Národní centrum pro biotechnologické informace. Americká národní lékařská knihovna, n.d. Web. 01.dubna 2015.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP007055
  7. ^ „KEGG GENOME: Halostagnicola Larsenii.“ KEGG GENOME: Halostagnicola Larsenii. N.p., n.d. Web. 01.dubna 2015. http://www.genome.jp/kegg-bin/show_organism?org=hlr
  8. ^ Moore, E. a kol. „Zjednodušené protokoly pro přípravu genomové DNA z bakteriálních kultur.“ Příručka molekulární mikrobiální ekologie 1.1 (1999): 1-15.

externí odkazy