Malý nukleární ribonukleoprotein D1 - Small nuclear ribonucleoprotein D1

SNRPD1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1B34, 3CW1, 3PGW, 3S6N, 4F7U, 4PJO, 4V98, 4WZJ, 3JCR
Identifikátory
Aliasy	SNRPD1, HsT2456, SMD1, SNRPD, Sm-D1, malý nukleární ribonukleoprotein D1, malý nukleární ribonukleoprotein D1 polypeptid
Externí ID	OMIM: 601063 MGI: 98344 HomoloGene: 107532 Genové karty: SNRPD1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 18 (lidský)
Konec	21,633,524 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 18 (myš)
Konec	10,642,079 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001948 vazba na proteiny; • U1 snRNP vazba; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• cytoplazma; • SMN-Sm proteinový komplex; • cytosol; • prespliceosom; • katalytický krok 2 spliceosom; • spliceosomální tri-snRNP komplex; • U5 snRNP; • Spliceozomální komplex typu U12; • U2 snRNP; • nukleoplazma; • methylosom; • prekatalytický spliceosom; • malý nukleární ribonukleoproteinový komplex; • pICln-Sm proteinový komplex; • spliceosomální komplex; • komplex závazků; • U4 snRNP; • buněčné jádro; • U1 snRNP; • Komplex U4 / U6 x U5 tri-snRNP; • Prekatalytický spliceosom typu U2; • Spliceosom katalytického kroku 2 typu U2;
Biologický proces	• Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • Zpracování RNA; • Zpracování mRNA; • sestava spliceosomálního komplexu; • Sestřih RNA; • jaderný dovoz; • sestava spliceosomal snRNP;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	6632
	20641
	ENSG00000167088
	ENSMUSG00000002477
	P62314
	P62315
	NM_006938; NM_001291916
	NM_009226
	NP_001278845; NP_008869
	NP_033252
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Malý nukleární ribonukleoprotein Sm D1 je protein že u lidí je kódován SNRPD1 gen.^[5]^[6]

Funkce

Tento gen kóduje malý nukleární ribonukleoprotein, který patří do rodiny jádrových proteinů SNRNP. Protein může působit jako nabitý proteinový skelet pro podporu sestavení SNRNP nebo posílení interakcí SNRNP-SNRNP prostřednictvím nespecifických elektrostatických kontaktů s RNA.^[7]

Interakce

Bylo prokázáno, že malý nukleární ribonukleoprotein D1 komunikovat s:

CDC5L,^[8]
CLNS1A,^[9]
DDX20,^[10]
SMN1,^[11]^[12]^[13] a
Malý nukleární ribonukleoprotein D2^[14]^[15]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000167088 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000002477 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Lehmeier T, Raker V, Hermann H, Lührmann R (prosinec 1994). „cDNA klonování Sm proteinů D2 a D3 z lidských malých jaderných ribonukleoproteinů: důkaz přímé interakce D1-D2“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 91 (25): 12317–21. doi:10.1073 / pnas.91.25.12317. PMC 45428. PMID 7527560.
^ Lehmeier T, Foulaki K, Lührmann R (listopad 1990). „Důkazy pro tři odlišné D proteiny, které reagují odlišně s anti-Sm autoprotilátkami, v jádrech hlavních snRNP U1, U2, U4 / U6 a U5“. Výzkum nukleových kyselin. 18 (22): 6475–84. doi:10.1093 / nar / 18.22.6475. PMC 332598. PMID 1701240.
^ „Entrez Gene: SNRPD1 malý nukleární ribonukleoprotein D1 polypeptid 16kDa“.
^ Ajuh P, Kuster B, Panov K, Zomerdijk JC, Mann M, Lamond AI (prosinec 2000). „Funkční analýza lidského komplexu CDC5L a identifikace jeho složek hmotnostní spektrometrií“. Časopis EMBO. 19 (23): 6569–81. doi:10.1093 / emboj / 19.23.6569. PMC 305846. PMID 11101529.
^ Friesen WJ, Paushkin S, Wyce A, Massenet S, Pesiridis GS, Van Duyne G, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (prosinec 2001). „Methylosom, komplex 20S obsahující JBP1 a pICln, produkuje proteiny Sm dimethylargininem“. Molekulární a buněčná biologie. 21 (24): 8289–300. doi:10.1128 / MCB.21.24.8289-8300.2001. PMC 99994. PMID 11713266.
^ Charroux B, Pellizzoni L, Perkinson RA, Shevchenko A, Mann M, Dreyfuss G (prosinec 1999). „Gemin3: Nový DEAD box protein, který interaguje s SMN, produktem genu spinální svalové atrofie a je součástí drahokamů“. The Journal of Cell Biology. 147 (6): 1181–94. doi:10.1083 / jcb.147.6.1181. PMC 2168095. PMID 10601333.
^ Meister G, Bühler D, Laggerbauer B, Zobawa M, Lottspeich F, Fischer U (srpen 2000). „Charakterizace jaderného komplexu 20S obsahujícího přežití proteinu motorických neuronů (SMN) a specifické podskupiny proteinů spliceosomálního Sm“. Lidská molekulární genetika. 9 (13): 1977–86. doi:10,1093 / hmg / 9,13.1977. PMID 10942426.
^ Liu Q, Fischer U, Wang F, Dreyfuss G (září 1997). „Produkt genu pro spinální muskulární atrofii, SMN, a jeho přidružený protein SIP1 jsou v komplexu s proteiny spliceosomal snRNP.“ Buňka. 90 (6): 1013–21. doi:10.1016 / s0092-8674 (00) 80367-0. PMID 9323129. S2CID 10855404.
^ Friesen WJ, Dreyfuss G (srpen 2000). „Specifické sekvence proteinů Sm a Sm-like (Lsm) zprostředkovávají jejich interakci s genovým produktem onemocnění spinální svalové atrofie (SMN)“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (34): 26370–5. doi:10,1074 / jbc.M003299200. PMID 10851237.
^ Fury MG, Zhang W, Christodoulopoulos I, Zieve GW (listopad 1997). "Více proteinů: interakce proteinů mezi běžnými jádrovými proteiny snRNP". Experimentální výzkum buněk. 237 (1): 63–9. doi:10.1006 / excr.1997.3750. PMID 9417867.
^ Kambach C, Walke S, Young R, Avis JM, de la Fortelle E, Raker VA, Lührmann R, Li J, Nagai K (únor 1999). "Krystalové struktury dvou proteinových komplexů Sm a jejich důsledky pro sestavení spliceosomálních snRNP". Buňka. 96 (3): 375–87. doi:10.1016 / s0092-8674 (00) 80550-4. PMID 10025403. S2CID 17379935.

Další čtení

Renz M, Heim C, Bräunling O, Czichos A, Wieland C, Seelig HP (září 1989). "Exprese hlavních lidských ribonukleoproteinových (RNP) autoantigenů v Escherichia coli a jejich použití v EIA pro screening sér od pacientů s autoimunitními chorobami". Klinická chemie. 35 (9): 1861–3. doi:10.1093 / clinchem / 35.9.1861. PMID 2528429.
Rokeach LA, Haselby JA, Hoch SO (červenec 1988). "Molekulární klonování cDNA kódující lidský autoprotigen Sm-D". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 85 (13): 4832–6. doi:10.1073 / pnas.85.13.4832. PMC 280530. PMID 3260384.
Sun D, Ou YC, Hoch SO (duben 1997). „Analýza genů pro lidský protein snRNP Sm-D1 a identifikace promotorové sekvence, která vykazuje segmentální homologii s promotory genů Sn-RNA Sm-E a U1“. Gen. 189 (2): 245–54. doi:10.1016 / S0378-1119 (96) 00858-X. PMID 9168134.
Liu Q, Fischer U, Wang F, Dreyfuss G (září 1997). „Produkt genu pro spinální muskulární atrofii, SMN, a jeho přidružený protein SIP1 jsou v komplexu s proteiny spliceosomal snRNP.“ Buňka. 90 (6): 1013–21. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80367-0. PMID 9323129. S2CID 10855404.
Fury MG, Zhang W, Christodoulopoulos I, Zieve GW (listopad 1997). "Více proteinů: interakce proteinů mezi běžnými jádrovými proteiny snRNP". Experimentální výzkum buněk. 237 (1): 63–9. doi:10.1006 / excr.1997.3750. PMID 9417867.
Kambach C, Walke S, Young R, Avis JM, de la Fortelle E, Raker VA, Lührmann R, Li J, Nagai K (únor 1999). "Krystalové struktury dvou proteinových komplexů Sm a jejich důsledky pro sestavení spliceosomálních snRNP". Buňka. 96 (3): 375–87. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80550-4. PMID 10025403. S2CID 17379935.
Charroux B, Pellizzoni L, Perkinson RA, Shevchenko A, Mann M, Dreyfuss G (prosinec 1999). „Gemin3: Nový DEAD box protein, který interaguje s SMN, produktem genu spinální svalové atrofie a je součástí drahokamů“. The Journal of Cell Biology. 147 (6): 1181–94. doi:10.1083 / jcb.147.6.1181. PMC 2168095. PMID 10601333.
Charroux B, Pellizzoni L, Perkinson RA, Yong J, Shevchenko A, Mann M, Dreyfuss G (březen 2000). „Gemin4. Nová složka komplexu SMN, která se nachází jak v drahokamech, tak v jadérech“. The Journal of Cell Biology. 148 (6): 1177–86. doi:10.1083 / jcb.148.6.1177. PMC 2174312. PMID 10725331.
Mammoto A, Sasaki T, Kim Y, Takai Y (květen 2000). "Fyzická a funkční interakce rabphilinu-11 s savčím proteinem Sec13. Důsledky v obchodování vezikul". The Journal of Biological Chemistry. 275 (18): 13167–70. doi:10,1074 / jbc.C000096200. PMID 10747849.
Brahms H, Raymackers J, Union A, de Keyser F, Meheus L, Lührmann R (červen 2000). „C-koncové RG dipeptidové repetice spliceozomálních Sm proteinů D1 a D3 obsahují symetrické dimethylargininy, které tvoří hlavní B-buněčný epitop pro anti-Sm autoprotilátky“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (22): 17122–9. doi:10,1074 / jbc.M000300200. PMID 10747894.
Meister G, Bühler D, Laggerbauer B, Zobawa M, Lottspeich F, Fischer U (srpen 2000). „Charakterizace jaderného komplexu 20S obsahujícího přežití proteinu motorických neuronů (SMN) a specifické podskupiny proteinů spliceosomálního Sm“. Lidská molekulární genetika. 9 (13): 1977–86. doi:10,1093 / hmg / 9,13.1977. PMID 10942426.
Ajuh P, Kuster B, Panov K, Zomerdijk JC, Mann M, Lamond AI (prosinec 2000). „Funkční analýza lidského komplexu CDC5L a identifikace jeho složek hmotnostní spektrometrií“. Časopis EMBO. 19 (23): 6569–81. doi:10.1093 / emboj / 19.23.6569. PMC 305846. PMID 11101529.
Selenko P, Sprangers R, Stier G, Bühler D, Fischer U, Sattler M (leden 2001). "Struktura domény SMN tudor a její interakce s proteiny Sm". Přírodní strukturní biologie. 8 (1): 27–31. doi:10.1038/83014. PMID 11135666. S2CID 27071310.
Urlaub H, Raker VA, Kostka S, Lührmann R (leden 2001). "Interakce RNA proteinu-Sm ve vnitřním kruhu spliceosomální struktury jádra snRNP". Časopis EMBO. 20 (1–2): 187–96. doi:10.1093 / emboj / 20.1.187. PMC 140196. PMID 11226169.
Friesen WJ, Massenet S, Paushkin S, Wyce A, Dreyfuss G (květen 2001). „SMN, produkt genu pro spinální svalovou atrofii, se přednostně váže na proteinové cíle obsahující dimethylarginin“. Molekulární buňka. 7 (5): 1111–7. doi:10.1016 / S1097-2765 (01) 00244-1. PMID 11389857.
Park JW, Voss PG, Grabski S, Wang JL, Patterson RJ (září 2001). „Sdružení galektinu-1 a galektinu-3 s Gemin4 v komplexech obsahujících protein SMN“. Výzkum nukleových kyselin. 29 (17): 3595–602. doi:10.1093 / nar / 29.17.3595. PMC 55878. PMID 11522829.
Friesen WJ, Paushkin S, Wyce A, Massenet S, Pesiridis GS, Van Duyne G, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (prosinec 2001). „Methylosom, komplex 20S obsahující JBP1 a pICln, produkuje proteiny Sm dimethylargininem“. Molekulární a buněčná biologie. 21 (24): 8289–300. doi:10.1128 / MCB.21.24.8289-8300.2001. PMC 99994. PMID 11713266.
Gubitz AK, Mourelatos Z, Abel L, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (únor 2002). „Gemin5, nová složka proteinu WD repetice komplexu SMN, která váže proteiny Sm“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (7): 5631–6. doi:10,1074 / jbc.M109448200. PMID 11714716.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000167088 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000002477 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid7527560-5] Lehmeier T, Raker V, Hermann H, Lührmann R (prosinec 1994). „cDNA klonování Sm proteinů D2 a D3 z lidských malých jaderných ribonukleoproteinů: důkaz přímé interakce D1-D2“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 91 (25): 12317–21. doi:10.1073 / pnas.91.25.12317. PMC 45428. PMID 7527560.

[pmid1701240-6] Lehmeier T, Foulaki K, Lührmann R (listopad 1990). „Důkazy pro tři odlišné D proteiny, které reagují odlišně s anti-Sm autoprotilátkami, v jádrech hlavních snRNP U1, U2, U4 / U6 a U5“. Výzkum nukleových kyselin. 18 (22): 6475–84. doi:10.1093 / nar / 18.22.6475. PMC 332598. PMID 1701240.

[entrez-7] „Entrez Gene: SNRPD1 malý nukleární ribonukleoprotein D1 polypeptid 16kDa“.

[pmid11101529-8] Ajuh P, Kuster B, Panov K, Zomerdijk JC, Mann M, Lamond AI (prosinec 2000). „Funkční analýza lidského komplexu CDC5L a identifikace jeho složek hmotnostní spektrometrií“. Časopis EMBO. 19 (23): 6569–81. doi:10.1093 / emboj / 19.23.6569. PMC 305846. PMID 11101529.

[pmid11713266-9] Friesen WJ, Paushkin S, Wyce A, Massenet S, Pesiridis GS, Van Duyne G, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (prosinec 2001). „Methylosom, komplex 20S obsahující JBP1 a pICln, produkuje proteiny Sm dimethylargininem“. Molekulární a buněčná biologie. 21 (24): 8289–300. doi:10.1128 / MCB.21.24.8289-8300.2001. PMC 99994. PMID 11713266.

[pmid10601333-10] Charroux B, Pellizzoni L, Perkinson RA, Shevchenko A, Mann M, Dreyfuss G (prosinec 1999). „Gemin3: Nový DEAD box protein, který interaguje s SMN, produktem genu spinální svalové atrofie a je součástí drahokamů“. The Journal of Cell Biology. 147 (6): 1181–94. doi:10.1083 / jcb.147.6.1181. PMC 2168095. PMID 10601333.

[pmid10942426-11] Meister G, Bühler D, Laggerbauer B, Zobawa M, Lottspeich F, Fischer U (srpen 2000). „Charakterizace jaderného komplexu 20S obsahujícího přežití proteinu motorických neuronů (SMN) a specifické podskupiny proteinů spliceosomálního Sm“. Lidská molekulární genetika. 9 (13): 1977–86. doi:10,1093 / hmg / 9,13.1977. PMID 10942426.

[pmid9323129-12] Liu Q, Fischer U, Wang F, Dreyfuss G (září 1997). „Produkt genu pro spinální muskulární atrofii, SMN, a jeho přidružený protein SIP1 jsou v komplexu s proteiny spliceosomal snRNP.“ Buňka. 90 (6): 1013–21. doi:10.1016 / s0092-8674 (00) 80367-0. PMID 9323129. S2CID 10855404.

[pmid10851237-13] Friesen WJ, Dreyfuss G (srpen 2000). „Specifické sekvence proteinů Sm a Sm-like (Lsm) zprostředkovávají jejich interakci s genovým produktem onemocnění spinální svalové atrofie (SMN)“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (34): 26370–5. doi:10,1074 / jbc.M003299200. PMID 10851237.

[pmid9417867-14] Fury MG, Zhang W, Christodoulopoulos I, Zieve GW (listopad 1997). "Více proteinů: interakce proteinů mezi běžnými jádrovými proteiny snRNP". Experimentální výzkum buněk. 237 (1): 63–9. doi:10.1006 / excr.1997.3750. PMID 9417867.

[pmid10025403-15] Kambach C, Walke S, Young R, Avis JM, de la Fortelle E, Raker VA, Lührmann R, Li J, Nagai K (únor 1999). "Krystalové struktury dvou proteinových komplexů Sm a jejich důsledky pro sestavení spliceosomálních snRNP". Buňka. 96 (3): 375–87. doi:10.1016 / s0092-8674 (00) 80550-4. PMID 10025403. S2CID 17379935.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

Protein vázající RNA: Ribonukleoproteiny
snRNP	A A1 B B2 C D1 D2 D3 E F G N 70 tis /U1 spliceozomální RNA SNRNP200
hnRNP	A0 C L R
Jiný přepis	Telomeráza
Překlad	Ribozom
Vault ribonukleoprotein částice	Hlavní protein trezoru
jiný	Částice pro rozpoznávání signálu