SNRPD3 - SNRPD3 - Wikipedia

SNRPD3
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1D3B, 3CW1, 3PGW, 3VRI, 4PJO, 4WZJ, 3JCR
Identifikátory
Aliasy	SNRPD3, SMD3, Sm-D3, malý nukleový ribonukleoproteinový D3 polypeptid
Externí ID	OMIM: 601062 MGI: 1914582 HomoloGene: 3078 Genové karty: SNRPD3
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 22 (lidský)
Konec	24,582,052 bp
Genová ontologie
Molekulární funkce	• histonová pre-mRNA DCP vazba; • U2 snRNA vazba; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba enzymu; • U7 snRNA vazba; • vazba telomerázy RNA; • U1 snRNP vazba; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• SMN-Sm proteinový komplex; • cytosol; • prespliceosom; • katalytický krok 2 spliceosom; • spliceosomální tri-snRNP komplex; • U5 snRNP; • Spliceozomální komplex typu U12; • U2 snRNP; • nukleoplazma; • methylosom; • U7 snRNP; • prekatalytický spliceosom; • malý nukleární ribonukleoproteinový komplex; • pICln-Sm proteinový komplex; • komplex telomerázy a holoenzymu; • spliceosomální komplex; • komplex závazků; • U4 snRNP; • extracelulární exosom; • buněčné jádro; • U1 snRNP; • cytoplazma; • jaderné těleso; • Komplex U4 / U6 x U5 tri-snRNP; • Prekatalytický spliceosom typu U2; • Spliceosom katalytického kroku 2 typu U2;
Biologický proces	• Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • ukončení transkripce RNA polymerázy II; • Zpracování RNA; • Zpracování mRNA; • sestava spliceozomálního komplexu; • Sestřih RNA; • metabolický proces histonové mRNA; • methylace bílkovin; • jaderný dovoz; • sestava spliceosomal snRNP;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	6634
	67332
	ENSG00000100028
	ENSMUSG00000020180
	P62318
	P62320
	NM_001278656; NM_004175
	NM_026095
	NP_001265585; NP_004166
	NP_080371
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Malý nukleární ribonukleoprotein Sm D3 je protein že u lidí je kódován SNRPD3 gen.^[4]^[5]^[6]

Funkce

Protein kódovaný tímto genem patří do rodiny malých jaderných ribonukleoproteinových jádrových proteinů. Je nezbytný pro sestřih pre-mRNA a biogenezi malých jaderných ribonukleoproteinů.^[6]

Interakce

SNRPD3 bylo prokázáno komunikovat s:

CDC5L,^[7]
CLNS1A,^[8]
DDX20,^[9] a
Protein arginin methyltransferáza 5.^[8]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000100028 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Lehmeier T, Foulaki K, Lührmann R (leden 1991). „Důkazy pro tři odlišné D proteiny, které reagují odlišně s anti-Sm autoprotilátkami, v jádrech hlavních snRNP U1, U2, U4 / U6 a U5“. Nucleic Acids Res. 18 (22): 6475–84. doi:10.1093 / nar / 18.22.6475. PMC 332598. PMID 1701240.
^ Lehmeier T, Raker V, Hermann H, Lührmann R (leden 1995). „cDNA klonování Sm proteinů D2 a D3 z lidských malých jaderných ribonukleoproteinů: důkaz přímé interakce D1-D2“. Proc Natl Acad Sci U S A. 91 (25): 12317–21. doi:10.1073 / pnas.91.25.12317. PMC 45428. PMID 7527560.
^ ^A ^b „Entrez Gene: SNRPD3 malý nukleární ribonukleoprotein D3 polypeptid 18kDa“.
^ Ajuh P, Kuster B, Panov K, Zomerdijk JC, Mann M, Lamond AI (prosinec 2000). „Funkční analýza lidského komplexu CDC5L a identifikace jeho složek hmotnostní spektrometrií“. EMBO J.. 19 (23): 6569–81. doi:10.1093 / emboj / 19.23.6569. PMC 305846. PMID 11101529.
^ ^A ^b Friesen WJ, Paushkin S, Wyce A, Massenet S, Pesiridis GS, Van Duyne G, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (prosinec 2001). „Methylosom, komplex 20S obsahující JBP1 a pICln, produkuje proteiny Sm dimethylargininem“. Mol. Buňka. Biol. 21 (24): 8289–300. doi:10.1128 / MCB.21.24.8289-8300.2001. PMC 99994. PMID 11713266.
^ Charroux B, Pellizzoni L, Perkinson RA, Shevchenko A, Mann M, Dreyfuss G (prosinec 1999). „Gemin3: Nový DEAD box protein, který interaguje s SMN, produktem genu spinální svalové atrofie a je součástí drahokamů“. J. Cell Biol. 147 (6): 1181–94. doi:10.1083 / jcb.147.6.1181. PMC 2168095. PMID 10601333.

Další čtení

Liu Q, Fischer U, Wang F, Dreyfuss G (1997). „Produkt genu pro spinální muskulární atrofii, SMN, a jeho přidružený protein SIP1 jsou v komplexu s proteiny spliceosomal snRNP.“ Buňka. 90 (6): 1013–21. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80367-0. PMID 9323129.
Fury MG, Zhang W, Christodoulopoulos I, Zieve GW (1998). "Více proteinů: interakce proteinů mezi běžnými jádrovými proteiny snRNP". Exp. Cell Res. 237 (1): 63–9. doi:10.1006 / excr.1997.3750. PMID 9417867.
Kambach C, Walke S, Young R, Avis JM, de la Fortelle E, Raker VA, Lührmann R, Li J, Nagai K (1999). "Krystalové struktury dvou proteinových komplexů Sm a jejich důsledky pro sestavení spliceosomálních snRNP". Buňka. 96 (3): 375–87. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80550-4. PMID 10025403.
Charroux B, Pellizzoni L, Perkinson RA, Shevchenko A, Mann M, Dreyfuss G (2000). „Gemin3: Nový protein mrtvého boxu, který interaguje se Smn, produktem genů spinální svalové atrofie a je součástí drahokamů“. J. Cell Biol. 147 (6): 1181–94. doi:10.1083 / jcb.147.6.1181. PMC 2168095. PMID 10601333.
Charroux B, Pellizzoni L, Perkinson RA, Yong J, Shevchenko A, Mann M, Dreyfuss G (2000). „Gemin4: nová součást smn komplexu, který se nachází jak v drahokamech, tak v Nucleoli“. J. Cell Biol. 148 (6): 1177–86. doi:10.1083 / jcb.148.6.1177. PMC 2174312. PMID 10725331.
Brahms H, Raymackers J, Union A, de Keyser F, Meheus L, Lührmann R (2000). „C-koncové RG dipeptidové repetice spliceozomálních Sm proteinů D1 a D3 obsahují symetrické dimethylargininy, které tvoří hlavní B-buněčný epitop pro anti-Sm autoprotilátky“. J. Biol. Chem. 275 (22): 17122–9. doi:10,1074 / jbc.M000300200. PMID 10747894.
Ajuh P, Kuster B, Panov K, Zomerdijk JC, Mann M, Lamond AI (2001). „Funkční analýza lidského komplexu CDC5L a identifikace jeho složek hmotnostní spektrometrií“. EMBO J.. 19 (23): 6569–81. doi:10.1093 / emboj / 19.23.6569. PMC 305846. PMID 11101529.
Urlaub H, Raker VA, Kostka S, Lührmann R (2001). „Interakce proteinu Sm - místo RNA ve vnitřním kruhu spliceosomální struktury jádra snRNP“. EMBO J.. 20 (1–2): 187–96. doi:10.1093 / emboj / 20.1.187. PMC 140196. PMID 11226169.
Friesen WJ, Massenet S, Paushkin S, Wyce A, Dreyfuss G (2001). „SMN, produkt genu pro spinální svalovou atrofii, se přednostně váže na proteinové cíle obsahující dimethylarginin“. Mol. Buňka. 7 (5): 1111–7. doi:10.1016 / S1097-2765 (01) 00244-1. PMID 11389857.
Friesen WJ, Paushkin S, Wyce A, Massenet S, Pesiridis GS, Van Duyne G, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (2001). „Methylosom, komplex 20S obsahující JBP1 a pICln, produkuje proteiny Sm dimethylargininem“. Mol. Buňka. Biol. 21 (24): 8289–300. doi:10.1128 / MCB.21.24.8289-8300.2001. PMC 99994. PMID 11713266.
Gubitz AK, Mourelatos Z, Abel L, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (2002). „Gemin5, nová složka proteinu WD repetice komplexu SMN, která váže proteiny Sm“. J. Biol. Chem. 277 (7): 5631–6. doi:10,1074 / jbc.M109448200. PMID 11714716.
Meister G, Eggert C, Bühler D, Brahms H, Kambach C, Fischer U (2002). "Methylace Sm proteinů komplexem obsahujícím PRMT5 a domnělý U snRNP montážní faktor pICln". Curr. Biol. 11 (24): 1990–4. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00592-9. hdl:11858 / 00-001M-0000-0012-F501-7. PMID 11747828.
Pellizzoni L, Baccon J, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (2002). „Čištění přirozeného přežití komplexů motorických neuronů a identifikace Gemin6 jako nové složky“. J. Biol. Chem. 277 (9): 7540–5. doi:10,1074 / jbc.M110141200. PMID 11748230.
Friesen WJ, Wyce A, Paushkin S, Abel L, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (2002). „Nová WD opakovaná proteinová složka methylosomu váže proteiny Sm“. J. Biol. Chem. 277 (10): 8243–7. doi:10,1074 / jbc.M109984200. PMID 11756452.
Fong YW, Zhou Q (2002). "Stimulační účinek spojovacích faktorů na transkripční prodloužení". Příroda. 414 (6866): 929–33. doi:10.1038 / 414929a. PMID 11780068.
Andersen JS, Lyon CE, Fox AH, Leung AK, Lam YW, Steen H, Mann M, Lamond AI (2002). "Řízená proteomická analýza lidského nukleolu". Curr. Biol. 12 (1): 1–11. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID 11790298.
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR, Grigorieff N, Moore MJ (2002). „Čištění a charakterizace nativních spliceosomů vhodných pro trojrozměrnou strukturní analýzu“. RNA. 8 (4): 426–39. doi:10.1017 / S1355838202021088. PMC 1370266. PMID 11991638.
Baccon J, Pellizzoni L, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (2002). „Identifikace a charakterizace Gemin7, nové složky přežití komplexu motorických neuronů“. J. Biol. Chem. 277 (35): 31957–62. doi:10,1074 / jbc.M203478200. PMID 12065586.

Tento článek o gen na lidský chromozom 22 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000100028 - Ensembl, Květen 2017

[2] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[3] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid1701240-4] Lehmeier T, Foulaki K, Lührmann R (leden 1991). „Důkazy pro tři odlišné D proteiny, které reagují odlišně s anti-Sm autoprotilátkami, v jádrech hlavních snRNP U1, U2, U4 / U6 a U5“. Nucleic Acids Res. 18 (22): 6475–84. doi:10.1093 / nar / 18.22.6475. PMC 332598. PMID 1701240.

[pmid7527560-5] Lehmeier T, Raker V, Hermann H, Lührmann R (leden 1995). „cDNA klonování Sm proteinů D2 a D3 z lidských malých jaderných ribonukleoproteinů: důkaz přímé interakce D1-D2“. Proc Natl Acad Sci U S A. 91 (25): 12317–21. doi:10.1073 / pnas.91.25.12317. PMC 45428. PMID 7527560.

[entrez-6] A ^b „Entrez Gene: SNRPD3 malý nukleární ribonukleoprotein D3 polypeptid 18kDa“.

[pmid11101529-7] Ajuh P, Kuster B, Panov K, Zomerdijk JC, Mann M, Lamond AI (prosinec 2000). „Funkční analýza lidského komplexu CDC5L a identifikace jeho složek hmotnostní spektrometrií“. EMBO J.. 19 (23): 6569–81. doi:10.1093 / emboj / 19.23.6569. PMC 305846. PMID 11101529.

[pmid11713266-8] A ^b Friesen WJ, Paushkin S, Wyce A, Massenet S, Pesiridis GS, Van Duyne G, Rappsilber J, Mann M, Dreyfuss G (prosinec 2001). „Methylosom, komplex 20S obsahující JBP1 a pICln, produkuje proteiny Sm dimethylargininem“. Mol. Buňka. Biol. 21 (24): 8289–300. doi:10.1128 / MCB.21.24.8289-8300.2001. PMC 99994. PMID 11713266.

[pmid10601333-9] Charroux B, Pellizzoni L, Perkinson RA, Shevchenko A, Mann M, Dreyfuss G (prosinec 1999). „Gemin3: Nový DEAD box protein, který interaguje s SMN, produktem genu spinální svalové atrofie a je součástí drahokamů“. J. Cell Biol. 147 (6): 1181–94. doi:10.1083 / jcb.147.6.1181. PMC 2168095. PMID 10601333.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

Protein vázající RNA: Ribonukleoproteiny
snRNP	A A1 B B2 C D1 D2 D3 E F G N 70 tis /U1 spliceozomální RNA SNRNP200
hnRNP	A0 C L R
Jiný přepis	Telomeráza
Překlad	Ribozom
Vault ribonukleoprotein částice	Hlavní protein trezoru
jiný	Částice pro rozpoznávání signálu