Rab geranylgeranyltransferáza - Rab geranylgeranyltransferase

Rab-protein geranylgeranyltransferáza
Identifikátory
EC číslo2.5.1.60
Databáze
IntEnzIntEnz pohled
BRENDAVstup BRENDA
EXPASYPohled NiceZyme
KEGGVstup KEGG
MetaCycmetabolická cesta
PRIAMprofil
PDB strukturRCSB PDB PDBe PDBsum
Genová ontologieAmiGO / QuickGO
Rab geranylgeranyltransferáza, alfa podjednotka
Rab geranylgeranyltransferase.png
Krystalografická struktura krysy RabGGTase (duhově zbarvená, N-konec = modrá, C-konec = červená).[1]
Identifikátory
SymbolRABGGTA
Gen NCBI5875
HGNC9795
OMIM601905
RefSeqNM_004581
UniProtQ92696
Další údaje
EC číslo2.5.1.60
MístoChr. 14 q11.2
Rab geranylgeranyltransferáza, beta podjednotka
Identifikátory
SymbolRABGGTB
Gen NCBI5876
HGNC9796
OMIM179080
RefSeqNM_004582
UniProtP53611
Další údaje
EC číslo2.5.1.60
MístoChr. 1 p31

Rab geranylgeranyltransferáza také známý jako (protein) geranylgeranyltransferáza II je jedním ze tří prenyltransferázy. Přenáší (obvykle) dva geranylgeranyl skupiny k cysteinu (cysteinům) v C-konec z Rab bílkoviny.[2]

geranylgeranyl difosfát + protein-cystein S-geranylgeranyl-Cys-protein + difosfát

C-konec Rab proteinů se liší délkou a sekvencí a je označován jako hypervariabilní. Rab proteiny tedy nemají konsenzuální sekvenci, jako je například CAAX box, který Rab geranylgeranyltransferáza dokáže rozpoznat. Místo toho jsou proteiny Rab vázány Doprovodný protein Rab (REP) nad konzervativnější oblastí proteinu Rab a poté prezentovány Rab geranylgeranyltransferase.

Jakmile jsou proteiny Rab prenylovány, lipidová kotva (kotvy) zajistí, že Rabs již nebude rozpustný. REP proto hraje důležitou roli ve vazbě a solubilizaci geranylgeranylových skupin a dodává protein Rab na příslušnou buněčnou membránu.

Reakce

Rab geranylgeranyltransferáza (RabGGTase; kód provize enzymu EC 2.5.1.60) je klasifikován jako enzym transferáza; konkrétně je v rodině proteinových prenyltransferáz spolu s dalšími dvěma enzymy (protein farnesyltransferáza a protein geranylgeranyltransferáza typu I). Reakce katalyzovaná RabGGTase je shrnuta následovně:

  • geranylgeranyl difosfát + protein-cystein = S-geranylgeranyl-protein + difosfát

Tato reakce je nezbytná pro řízení dokování membrány a fúze. Studie na myších ukázaly, že geny Rab GGTázy jsou exprimovány ve všech hlavních orgánech dospělých, stejně jako v některých embryonálních jednotkách, včetně míchy a jater (Chinpaisal).

„Outsourcing“ specificity Rab geranylgeranyltransferase (použití REP k interakci s Rab proteiny, které prenyláty, jak je uvedeno výše), je mezi prenyltransferázami jedinečný. Rab GGTase je „zodpovědný za největší počet jednotlivých případů prenylace proteinů v buňce“[1] pravděpodobně kvůli této schopnosti interagovat s mnoha různými proteiny Rab (může prenylovat jakoukoli sekvenci obsahující cysteinový zbytek).

Studie in vitro ukázaly, že Rab GGTáza může být inhibována bisfosfonátovými léky obsahujícími dusík, jako je risedronát; účinky těchto léků se však zdají být mnohem omezenější in vivo (Coxon).

Struktura

Krystalografická struktura krysí RabGGTázy (alfa podjednotka = zelená, beta podjednotka = břidlicově modrá, ionty vápníku jsou zobrazeny jako zelené koule, iont zinku jako modrá koule).[1]

RabGGTase je heterodimer složený z alfa a beta podjednotek, které jsou kódovány RABGGTA a RABGGTB geny. Struktura krysí RabGGTázy byla stanovena rentgenovou difrakcí (viz obrázek vlevo) na rozlišení 1,80 Á.[1] Sekundární struktura RabGGTase je z velké části složena z alfa helixy; alfa podjednotka je ze 74% spirálovitá s č beta listy, zatímco beta podjednotka je 51% šroubovicová a 5% beta list. Existuje celkem 28 alfa šroubovic (15 v alfa podjednotce a 13 v beta podjednotce) a 15 velmi krátkých (ne více než 4 zbytky) beta listů. Funkční RabGGTáza váže tři ionty kovů jako ligandy: dva vápník ionty (Ca2+) a a zinek ion (Zn2+), které všechny interagují s beta podjednotkou.

Viz také

Reference

  1. ^ A b C d PDB: 3DSS​; Guo Z, Wu YW, Das D, Delon C, Cramer J, Yu S, Thuns S, Lupilova N, Waldmann H, Brunsveld L, Goody RS, Alexandrov K, Blankenfeldt W (září 2008). „Struktury komplexů RabGGTáza-substrát / produkt poskytují poznatky o vývoji prenylace proteinů“. EMBO J.. 27 (18): 2444–56. doi:10.1038 / emboj.2008.164. PMC  2543052. PMID  18756270.
  2. ^ Maurer-Stroh S, Washietl S, Eisenhaber F (2003). "Protein prenyltransferázy". Genome Biol. 4 (4): 212. doi:10.1186 / gb-2003-4-4-212. PMC  154572. PMID  12702202.

externí odkazy