TMEM126B - TMEM126B - Wikipedia
| TMEM126B | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | TMEM126B, HT007, transmembránový protein 126B | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | OMIM: 615533 MGI: 1915722 HomoloGene: 10222 Genové karty: TMEM126B | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | n / a | Chr 7: 90,47 - 90,48 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [2] | [3] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Transmembránový protein 126B je protein že u lidí je kódován TMEM126B gen.[4][5] TMEM126B je mitochondriální transmembránový protein který je součástí mitochondriálního komplexu I montážního komplexu. The TMEM126B Gen je konzervován u savců.[6] Zakódovaný protein slouží jako montážní faktor, který je nutný pro vytvoření membránového ramene komplexu. Interaguje s NADH dehydrogenáza [ubichinon] 1 alfa subkomplexní montážní faktor 13. Přirozeně se vyskytující mutace v tomto genu jsou spojeny s izolovaným nedostatkem komplexu I. A pseudogen tohoto genu bylo definováno dne chromozom 9.[4]
Struktura
TMEM126B se nachází na q rameno z chromozóm 11 v poloze 14,1 a má 7 exony.[4] The TMEM126B Gen produkuje 4,6 kDa protein složený z 54 aminokyseliny.[7][8]Je součástí mitochondriální komplex I (MCIA), složený z NDUFAF1, ECSIT, a ACAD9 (podle podobnosti). Sdružuje se s dílčím komplexem 370 kDa neúplně sestaveného komplexu I.[9] Komplex I se skládá ze 45 evolučně konzervovaných základních podjednotek, včetně obou mitochondriální DNA a nukleární kódované podjednotky. Jedno z jeho ramen je vloženo do vnitřní membrána mitochondrií a druhý je vložen do souboru organela. Obě ramena jsou uspořádána ve tvaru písmene L. Celkem molekulární váha komplexu je 1MDa.[10] Kreslená reprezentace předpokládané orientace TMEM126B v buněčné membráně, předběžně na základě fosforylace[11] a údaje o hydrofobnosti[12] je zobrazen níže.
Funkce
The TMEM126B gen kóduje a mitochondriální transmembránový protein který je součástí mitochondriálního komplexu I montážního komplexu. Kódovaný protein slouží jako montážní faktor, který je nutný pro vytvoření membránového ramene komplexu.[4] TMEM126B spolupracuje s dalšími montážními faktory včetně ACAD9, CIA30, a ECSIT. Při absenci TMEM126B nebyly tyto montážní faktory přijaty do mitochondriální membrána, a neúčastnil se složitého shromáždění I. Je známo, že dysfunkce TMEM126B způsobuje v komplexu I několik komplikací charakterizovaných těžkými potížemi v mitochondriální dýchání a úplné selhání složité montáže I. Není však známo, že by to mělo významný vliv na sestavy mitochondriálních komplexů III, IV a V.[13]
Klinický význam
Mutace v TMEM126B je známo, že vede k mitochondriálním chorobám a souvisejícím poruchám. Je to většinou spojeno s nedostatkem komplexu I, nedostatkem prvního komplexu mitochondriální dýchací řetězec.[4] Komplexní nedostatek I zahrnující dysfunkci mitochondriální dýchací řetězec může způsobit širokou škálu klinických projevů od smrtelného novorozeneckého onemocnění až po neurodegenerativní poruchy začínající u dospělých. Fenotypy zahrnují makrocefalie s progresivním leukodystrofie, nespecifické encefalopatie, kardiomyopatie, Leighův syndrom, myopatie, nemoc jater, Leber dědičná optická neuropatie a některé formy Parkinsonova choroba.[9] Kromě komplexního nedostatku I TMEM126B mutace také ukazují souvislost s těžkými poruchami více systémů během kojeneckého věku, jako jsou chronické selhání ledvin a kardiomyopatie, a myopatie v dětství nebo dospělosti.[13]
Objev
TMEM126B byl poprvé objeven ve studii exprese proteinů v tkáních hypotalamus -hypofýza -nadledvin osa pomocí plné cDNA klonování.[5] Od té doby byl detekován v jiných tkáních.[14]
Gen
TMEM126B se nachází na chromozom 11 u lidí lemovaných následujícími geny:[15]
- DLG2: Člen spojený s membránou guanylát kináza rodina.
- TMEM126A: Paralog TMEM126B vyjádřený v mitochondrie.[16]
- CREBZF: Také známý jako Zhangfei protein, a protein který interaguje s virus herpes simplex.[17]
Překlad
Koncepční překlad proteinu TMEM126B, včetně projekce sekundární struktura,[18] předpovědi transmembránových oblastí,[12] a domnělá fosforylace[11] a glykační místa[19] je zahrnut níže:
Distribuce tkání
TMEM126B je vyjádřen ve většině tkáň typy, s výraznými výjimkami tuková tkáň, ucho tkáň, hrtan, lymfy tkáň, nerv tkáň, hypofýza, slezina, brzlík, Štítná žláza, průdušnice, a pupeční šňůra.[20] Rovněž se jeví jako vysoce vyjádřený v příštítná tělíska, kostní dřeň, a močový měchýř tkáň.[20] Existují také důkazy, že jeden z izoformy TMEM126B je vyjádřena v buněčná membrána z paměťové B buňky z adaptivní imunitní systém.[21]
Předpokládané vlastnosti
Následující vlastnosti TMEM126B byly předpovězeny pomocí bioinformatická analýza:
- Molekulární váha: 22,7 KDal [22]
- Isoelektrický bod: 9.02[23]
- TMEM126B ortology mají vysoce variabilní izoelektrické body.[23]
- Posttranslační modifikace: několik možných fosforylační místa byly zjištěny,[11] a pár možných glykační stránky byly předpovězeny[19]
- Ne signální peptid bylo předpovězeno.[24]
Interakce
Kromě společných podjednotek komplexu I má TMEM126B interakce protein-protein ECSIT, NDUFAF1, NDUFC2, NDUFA13, a další.[9]
Reference
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000030614 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b C d E „Entrez Gene: transmembránový protein 126B“.
- ^ A b Hu RM, Han ZG, Song HD, Peng YD, Huang QH, Ren SX a kol. (Srpen 2000). "Profilování genové exprese v ose lidského hypotalamu - hypofýzy - nadledvin a klonování cDNA plné délky". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 97 (17): 9543–8. Bibcode:2000PNAS ... 97,9543H. doi:10.1073 / pnas.160270997. PMC 16901. PMID 10931946.
- ^ "Výsledky HomoloGene: TMEM126B transmembránový protein 126B".
- ^ Zong NC, Li H, Li H, Lam MP, Jimenez RC, Kim CS a kol. (Říjen 2013). „Integrace biologie a medicíny srdečních proteomů pomocí specializované znalostní databáze“. Výzkum oběhu. 113 (9): 1043–53. doi:10.1161 / CIRCRESAHA.113.301151. PMC 4076475. PMID 23965338.
- ^ Jao, Danieli. „Znalostní databáze atlasu srdečních organelárních proteinů (COPaKB) - —proteinové informace“. amino.heartproteome.org. Citováno 2018-07-27.
- ^ A b C "Komplexní montážní faktor TMEM126B, mitochondriální". www.uniprot.org. Citováno 2018-07-27.
- ^ Rhein VF, Carroll J, Ding S, Fearnley IM, Walker JE (červenec 2016). „NDUFAF5 Hydroxyláty NDUFS7 v rané fázi shromáždění lidského komplexu I“. The Journal of Biological Chemistry. 291 (28): 14851–60. doi:10.1074 / jbc.M116.734970. PMC 4938201. PMID 27226634.
- ^ A b C „Předpovědi NetPhos 2.0 pro TMEM126B“.
- ^ A b Persson B, Argos P (březen 1994). "Predikce transmembránových segmentů v proteinech využívajících více sekvenčních srovnání". Journal of Molecular Biology. 237 (2): 182–92. doi:10.1006 / jmbi.1994.1220. PMID 8126732.
- ^ A b Alston CL, Compton AG, Formosa LE, Strecker V, Oláhová M, Haack TB, et al. (Červenec 2016). „Bialelické mutace v TMEM126B způsobují závažný deficit komplexu I s variabilním klinickým fenotypem“. American Journal of Human Genetics. 99 (1): 217–27. doi:10.1016 / j.ajhg.2016.05.021. PMC 5005451. PMID 27374774.
- ^ Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, Derge JG, Klausner RD, Collins FS a kol. (Prosinec 2002). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- ^ „TMEM126B v Prohlížeči map“.
- ^ „Entrez Gene: TMEM126A transmembránový protein 126A“.
- ^ „OMIM Zhangfei protein“.
- ^ Burgess AW, Ponnuswamy PK, Sheraga HA (1974). „Analýza konformací aminokyselinových zbytků a predikce topografie páteře v proteinech“. Israel Journal of Chemistry. 12 (1–2): 239–286. doi:10.1002 / ijch.197400022.
- ^ A b „NetGlycate 1.0 predictions for TMEM126B“.
- ^ A b „EST profil - Hs.525063“.
- ^ „BUNKY TÝKAJÍCÍ SE ADAPTIVNÍHO IMUNITNÍHO SYSTÉMU, KTERÝ VYJÁDŘÍ ISOFORMU PAQ TMEM126B“.
- ^ Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (březen 1992). "Metody a algoritmy pro statistickou analýzu proteinových sekvencí". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992PNAS ... 89.2002B. doi:10.1073 / pnas.89.6.2002. PMC 48584. PMID 1549558.
- ^ A b „Program PI (Isoelectric Point Predikce)“. Archivovány od originál dne 2008-10-26.
- ^ Bendtsen JD, Nielsen H, von Heijne G, Brunak S (červenec 2004). "Vylepšená predikce signálních peptidů: SignalP 3.0". Journal of Molecular Biology. 340 (4): 783–95. CiteSeerX 10.1.1.165.2784. doi:10.1016 / j.jmb.2004.05.028. PMID 15223320.
Další čtení
- Kiel DP, Demissie S, Dupuis J., Lunetta KL, Murabito JM, Karasik D (září 2007). „Celá asociace genomu s kostní hmotou a geometrií ve studii Framingham Heart“. Lékařská genetika BMC. 8 Suppl 1: S14. doi:10.1186 / 1471-2350-8-S1-S14. PMC 1995606. PMID 17903296.
- Estrada K, Krawczak M, Schreiber S, van Duijn K, Stolk L, van Meurs JB, Liu F, Penninx BW, Smit JH, Vogelzangs N, Hottenga JJ, Willemsen G, de Geus EJ, Lorentzon M, von Eller-Eberstein H , Lips P, Schoor N, Pop V, de Keijzer J, Hofman A, Aulchenko YS, Oostra BA, Ohlsson C, Boomsma DI, Uitterlinden AG, van Duijn CM, Rivadeneira F, Kayser M (září 2009). „Genomová asociační studie severozápadních Evropanů zahrnuje natriuretickou peptidovou signální cestu typu C v etiologii variací výšky člověka“. Lidská molekulární genetika. 18 (18): 3516–24. doi:10,1093 / hmg / ddp296. PMC 2729669. PMID 19570815.