Eukaryotický ribozom (80S) - Eukaryotic ribosome (80S) - Wikipedia

Rendering of a crystal structure.
Eukaryotický ribozom. The 40S podjednotka je vlevo, 60S podjednotka vpravo. Ribozomální RNA (rRNA ) jádro je znázorněno jako šedá trubice, expanzní segmenty jsou zobrazeny červeně. Všeobecně konzervované proteiny jsou zobrazeny modře. Tyto proteiny mají homology v eukaryotech, archaeách a bakteriích. Bílkoviny sdílené pouze mezi eukaryoty a archaea jsou zobrazeny oranžově a bílkoviny specifické pro eukaryoty jsou zobrazeny červeně. Identifikátory PDB 4a17, 4A19, 2XZM zarovnané s 3U5B, 3U5C, 3U5D, 3U5E

Ribozomy jsou velký a složitý molekulární stroj, který katalyzuje syntézu bílkoviny, označované jako překlad. Ribozom vybírá aminoacylované přenos RNA (tRNA) na základě sekvence kódující protein messenger RNA (mRNA) a kovalentně spojuje aminokyseliny do polypeptid Ribozomy ze všech organismů sdílejí vysoce konzervované katalytické centrum. Avšak ribozomy z eukaryoty (zvířata, rostliny, houby a mnoho jednobuněčných organismů s a jádro ) jsou mnohem větší než prokaryotický (bakteriální a archaeal ) ribozomy a podléhají složitějším regulačním a biogenezním cestám.[1][2]Eukaryotické ribozomy jsou také známé jako 80. LÉTA ribozomy, s odkazem na jejich sedimentační koeficienty v Svedbergovy jednotky, protože sedimentují rychleji než prokaryotické (70S ) ribozomy. Eukaryotické ribozomy mají dvě nerovné podjednotky, označené malá podjednotka (40S) a velká podjednotka (60S) podle jejich sedimentačních koeficientů. Obě podjednotky obsahují desítky ribozomální proteiny uspořádány na lešení složeném z ribozomální RNA (rRNA). Malá podjednotka sleduje doplňkovost mezi tRNA antikodon a mRNA, zatímco velká podjednotka katalyzuje peptidová vazba formace.

Složení

Ve srovnání s jejich prokaryotickými homology je mnoho eukaryotických ribozomálních proteinů zvětšeno inzercemi nebo prodloužením konzervovaného jádra. Kromě toho se v malé a velké podjednotce eukaryotických ribozomů, které nemají prokaryotické homology, nachází několik dalších proteinů. Podjednotka 40S obsahuje 18S ribozomální RNA (zkráceně 18S rRNA), který je homologní s prokaryotem 16S rRNA. Podjednotka 60S obsahuje 28S rRNA, která je homologní s prokaryotem 23S ribozomální RNA. Kromě toho obsahuje 5,8S rRNA, která odpovídá 5 'konci 23S rRNA, a krátkou 5S rRNA. Jak 18S, tak 28S mají více inzercí do záhybu základní rRNA svých prokaryotických protějšků, které se nazývají expanzní segmenty. Podrobný seznam proteinů, včetně archaeálních a bakteriálních homologů, naleznete v samostatných článcích na webu 40S a 60S podjednotky. Nedávný výzkum naznačuje heterogenitu v ribozomálním složení, tj. Že stechiometrie mezi jádrovými ribozomálními proteiny v kvasinkových buňkách divokého typu a embryonálních kmenových buňkách závisí jak na podmínkách růstu, tak na počtu ribozomů vázaných na mRNA.[3]

Eukaryotický[4]Bakteriální[4]
RibozomSedimentační koeficient80. LÉTA70 S.
Molekulová hmotnost~3.2×106 Da~2.0×106 Da
Průměr~250–300 A~ 200 Å
Velká podjednotkaSedimentační koeficient60 S.50 S.
Molekulová hmotnost~2.0×106 Da~1.3×106 Da
Proteiny4633
rRNA
  • 25/28 S rRNA (3354 nukleotidy )
  • 5 S rRNA (120 nukleotidů)
  • 5,8 S rRNA (154 nukleotidů)
  • 23S rRNA (2839 nukleotidů)
  • 5S rRNA (122 nukleotidů)
Malá podjednotkaSedimentační koeficient40 S.30 S.
Molekulová hmotnost~1.2×106 Da~0.7×106 Da
Proteiny3320
rRNA
  • 18S rRNA (1753 nukleotidů)
  • 16S rRNA (1504 nukleotidů)

Stanovení struktury

Počáteční struktury eukaryotických ribozomů byly stanoveny pomocí elektronová mikroskopie První 3D struktury byly získány při rozlišení 30–40 A pro kvasinky[5]a savčí ribozomy.[6][7]Struktury kvasinkového ribozomu s vyšším rozlišením kryo-elektronová mikroskopie umožnil identifikaci strukturních prvků proteinu a RNA.[8]Nověji byly získány struktury při rozlišení sub nanometrů pro komplexy ribozomů a faktory podílející se na translaci.[9][10][11]Po stanovení první bakterie[12][13][14]a archaeal[15]ribosomové struktury při atomovém rozlišení v 90. letech, trvalo další desetiletí, než v roce 2011 byly struktury eukaryotického ribozomu s vysokým rozlišením získány Rentgenová krystalografie, hlavně kvůli potížím v získání dostatečně kvalitních krystalů.[16][17][18]Kompletní struktura eukaryotické 40S ribozomální struktury v Tetrahymena thermophila bylo publikováno a popsáno, stejně jako mnoho o interakci podjednotky 40S s eIF1 během zahájení překladu.[16] Struktura eukaryotické podjednotky 60S byla také stanovena z T. thermophila v komplexu s eIF6.[17] Kompletní struktura eukaryotického 80S ribozomu z kvasinek Saccharomyces cerevisiae byl získán krystalografií při rozlišení 3,0 A.[18] Tyto struktury odhalují přesnou architekturu prvků specifických pro eukaryot, jejich interakci s všeobecně konzervovaným jádrem a všechny mosty specifické pro eukaryot mezi dvěma ribozomálními podjednotkami.

Atomové souřadnice (Soubory PDB) a strukturní faktory eukaryotického ribozomu byly uloženy v Proteinová datová banka (PDB) podle následujících přístupových kódů:

KomplexZdrojový organizmusRozlišeníIdentifikátor PDB[19]
80S: Stm1S. cerevisiae3,0 Å
40S: eIF1T. thermophila3,9 Å
60S: eIF6T. thermophila3,5 Å

Architektura

Obecné rysy

Některé obecné architektonické prvky ribozomu jsou zachovány napříč královstvími:[20] Strukturu malé podjednotky lze rozdělit na dva velké segmenty, hlavu a tělo. Mezi charakteristické rysy těla patří levé a pravé chodidlo, rameno a plošina. Hlava má špičatý výčnělek připomínající ptačí zobák. V charakteristickém „korunním pohledu“ na velkou podjednotku zahrnují strukturální mezníky centrální výčnělek, stopku L1 a stopku P.[21][22]Většina prvků RNA a proteinů specifických pro eukaryoty se nachází na stranách 40S vystavených rozpouštědlům [16] a 60S[17] podjednotky. Rozhraní podjednotky, stejně jako důležité funkční oblasti, jako je centrum peptidyltransferázy a dekódovací místo, jsou většinou zachovány, s určitými rozdíly pozorovanými v okolních oblastech. V ostrém kontrastu s prokaryotickými ribozomálními proteiny, které interagují primárně s RNA, se eukaryotické specifické proteinové segmenty účastní mnoha proteinových proteinových interakcí. Interakce na velké vzdálenosti jsou zprostředkovány specificky pro eukaryoty spirálovitý rozšíření ribozomálních proteinů a několik eukaryotických ribozomálních proteinů společně za vzniku mezibuněčného proteinu beta-listy.

Krystalové struktury eukaryotických ribozomálních podjednotek z T. thermophila

  • 40S podjednotka při pohledu ze strany rozhraní podjednotky, identifikátor PDB 2XZM

  • 40S podjednotka při pohledu ze strany vystavené rozpouštědlům, identifikátor PDB 2XZM

  • 60S podjednotka při pohledu ze strany rozhraní podjednotky, identifikátory PDB 4A17, 4A19

  • 60S podjednotka při pohledu ze strany vystavené rozpouštědlům, identifikátory PDB 4A17, 4A19

Ribosomální jádro RNA je znázorněno jako šedá trubice, expanzní segmenty jsou zobrazeny červeně. Všeobecně konzervované proteiny jsou zobrazeny modře. Tyto proteiny mají homology v eukaryotech, archaeách a bakteriích. Bílkoviny sdílené pouze mezi eukaryoty a archeami jsou zobrazeny oranžově a bílkoviny specifické pro eukaryoty jsou zobrazeny červeně.

Společný vývoj rRNA a proteinů

Struktura podjednotky 40S odhalila, že eukaryotické specifické proteiny (rpS7, rpS10, rpS12 a RACK1), stejně jako četná eukaryoticky specifická rozšíření proteinů, jsou umístěna na straně malé podjednotky vystavené rozpouštědlu.[16] Zde se podílejí na stabilizaci expanzních segmentů rRNA. Kromě toho je zobák podjednotky 40S předělán, protože rRNA byla nahrazena proteiny rpS10 a rpS12.[16]Jak bylo pozorováno u podjednotky 40S, všechny eukaryotické specifické proteiny podjednotky 60S (RPL6, RPL22, RPL27, RPL28, RPL29 a RPL36) a mnoho rozšíření jsou umístěny na straně vystavené rozpouštědlům a tvoří složitou síť interakcí s eukaryotickými specifické segmenty expanze RNA. RPL6, RPL27 a RPL29 zprostředkovávají kontakty mezi ES sadami ES7 – ES39, ES31 – ES20 – ES26 a ES9 – ES12, respektive RPL28 stabilizovaným expanzním segmentem ES7A.[17]

Ubikvitinové fúzní proteiny

V eukaryotech, malá podjednotková bílkovina RPS27A (nebo eS31) a velký podjednotkový protein RPL40 (nebo eL40) jsou zpracované polypeptidy, které jsou přeloženy jako fúzní proteiny nesoucí N-terminál ubikvitin domén. Oba proteiny jsou umístěny vedle důležitých funkčních center ribozomu: neštěpené ubiquitinové domény eS31) a eL40 by byly umístěny v dekódovacím místě, respektive poblíž vazebného místa translačního faktoru. Tyto pozice naznačují, že proteolytické štěpení je zásadním krokem při produkci funkčních ribozomů.[16][17] Mutace linkeru mezi jádrem eS31 a ubikvitinovou doménou jsou ve skutečnosti v kvasinkách smrtelné.[23]

Aktivní stránky

Srovnání mezi bakteriálními, archaálními a eukaryotickými strukturami ribozomu odhaluje velmi vysoký stupeň konzervace v aktivním místě - aka peptidyltransferáza střed (PTC) - region. Žádný z proteinových prvků specifických pro eukaryot není dostatečně blízko k přímé účasti na katalýze.[17] RPL29 však projektuje do 18Å od aktivního místa v roce T. thermophilaa eukaryoticky specifická rozšíření propojují několik proteinů v blízkosti PTC podjednotky 60S,[17][21] zatímco odpovídající 50S proteiny jsou singulární entity.[15]

Mezipodjednotkové mosty

Kontakty napříč dvěma ribozomálními podjednotkami jsou známé jako mosty mezi podjednotkami. V eukaryotickém ribozomu dochází k dalším kontaktům prostřednictvím 60S expanzních segmentů a proteinů.[24] Konkrétně C-koncové prodloužení 60S proteinu RPL19 interaguje s ES6E 40S rRNA a C-koncové prodloužení 60S proteinu RPL24 interaguje s 40S rpS6 a rRNA šroubovice h10. Navíc 60S expanzní segmenty ES31 a ES41 interagují s rpS3A (S1) a rpS8 40S podjednotky a základní 25-aminokyselinový peptid RPL41 je umístěn na rozhraní podjednotky v 80S ribozomu a interaguje s rRNA prvky obě podjednotky.[21][24]

Ribozomální proteiny s rolemi v signalizaci

Dva 40S ribozomální proteiny (RACK1 a RPS6 (nebo eS6) ) se podílejí na buněčné signalizaci: RACK1, poprvé popsaná jako receptor z aktivovaná proteinkináza C (PKC), je nedílnou součástí eukaryotického ribozomu a nachází se v zadní části hlavy.[16] Může spojovat signální transdukční dráhy přímo s ribozomem, i když má také roli v několika translačních procesech, které se zdají nesouvisející (přehled v [25]). Ribozomální protein eS6 je umístěn na pravém patě podjednotky 40S [16] a je fosforylován v reakci na savčí cíl rapamycinu (mTOR) signalizace.[26]

Funkční aspekty

Zahájení překladu

Syntéza proteinů je primárně regulována ve fázi zahájení překladu. U eukaryot vyžaduje kanonická iniciační cesta alespoň 12 proteinů iniciační faktory, z nichž některé jsou samy o sobě velké komplexy.[27] Struktury 40S: eIF1 [16] a 60S: eIF6 [17] komplexy poskytují první podrobné poznatky o atomových interakcích mezi eukaryotickým ribozomem a regulačními faktory. eIF1 se účastní výběru start kodonů a eIF6 stericky vylučuje spojení podjednotek. Strukturální informace o eukaryotických iniciačních faktorech a jejich interakcích s ribozomem jsou však omezené a do značné míry pocházejí z homologických modelů nebo analýz s nízkým rozlišením.[28] Elucidace interakcí mezi eukaryotickým ribozomem a iniciačními faktory na atomové úrovni je nezbytná pro mechanické pochopení regulačních procesů, ale představuje významnou technickou výzvu kvůli vlastní dynamice a flexibilitě iniciačních komplexů. První struktura preiniciačního komplexu savců byla provedena kryoelektronovou mikroskopií.[29] Brzy následovaly další struktury iniciačních komplexů, poháněné technickými vylepšeními kryo-EM.[30][31] Tyto struktury pomohou lépe porozumět procesu iniciace translace u eukaryot.

Regulační role ribozomálních proteinů

Nedávné genetické důkazy byly interpretovány tak, že naznačují, že jednotlivé proteiny eukaryotického ribozomu přímo přispívají k regulaci translace.[32][33][34] Tato interpretace je však kontroverzní a někteří vědci navrhli, aby genetické změny genů ribozomálních proteinů nepřímo ovlivňovaly celkový počet ribozomů nebo procesy biogeneze ribozomů.[35][36]

Translokace a cílení proteinů

K uplatnění svých funkcí v buňce musí být nově syntetizované proteiny zacíleny na vhodné místo v buňce, čehož je dosaženo pomocí cílení na bílkoviny a přemístění systémy.[37] Rostoucí polypeptid opouští ribozom úzkým tunelem ve velké podjednotce. Oblast kolem výstupního tunelu podjednotky 60S je velmi podobná bakteriální a archaální podjednotce 50S. Další prvky jsou omezeny na druhou vrstvu proteinů kolem výstupu z tunelu, pravděpodobně konzervovanými interakcemi se složkami translokačního aparátu.[17] Zaměřovací a translokační aparát je u eukaryot mnohem složitější.[38]

Ribozomální onemocnění a rakovina

Ribosomopatie jsou vrozené lidské poruchy vyplývající z defektů genů ribozomálního proteinu nebo rRNA nebo jiných genů, jejichž produkty se podílejí na biogenezi ribozomu.[39] Mezi příklady patří X-vázaná Dyskeratosis congenita (X-DC),[40] Anémie typu Diamond – Blackfan,[41] Treacher Collinsův syndrom (TCS) [41][42] a Shwachman – Bodian – Diamondův syndrom (SBDS).[39] SBDS je způsoben mutacemi v proteinu SBDS, které ovlivňují jeho schopnost spojovat hydrolýzu GTP pomocí GTPázy EFL1 s uvolňováním eIF6 z podjednotky 60S.[43]

Terapeutické příležitosti

Ribozom je významným cílem drog antibakteriální látky, které interferují s translací v různých fázích prodlužovacího cyklu [44] Nejvíce klinicky relevantní translační sloučeniny jsou inhibitory bakteriální translace, ale inhibitory eukaryotické translace mohou mít také terapeutický potenciál pro aplikaci při rakovině nebo antifungální chemoterapii.[45] Inhibitory prodloužení vykazují protinádorovou aktivitu „in vivo“ a „in vitro“.[46][47][48] Jedním toxickým inhibitorem eukaryotického prodloužení translace je glutarimid antibiotikum cykloheximid (CHX), který byl kokrystalizován s eukaryotickou podjednotkou 60S [17] a váže se na ribozomální E. místo. Strukturální charakterizace eukaryotického ribozomu [16][17][24] může umožnit použití strukturní metody pro návrh nových antibakteriálních látek, přičemž rozdíly mezi eukaryotickými a bakteriálními ribozomy lze využít ke zlepšení selektivity léčiv, a tedy ke snížení nepříznivé účinky.

Mechanismus formování

Eukaryotické ribozomy se vyrábějí a montují do jádro. Ribozomální proteiny vstupují do jádra a kombinují se čtyřmi vlákny rRNA za vzniku dvou ribozomálních podjednotek (jedné malé a jedné velké), které tvoří dokončený ribozom. Jednotky ribozomu opouštějí jádro skrz jaderné póry a spojte se jednou v cytoplazmě za účelem syntézy proteinů.

Reference

  1. ^ „Rozdíl mezi 70S ribozomy a 80S ribozomy, RNA, mikromolekulami“. www.microbiologyprocedure.com. Archivovány od originál dne 2008-09-05. Citováno 2009-08-06.
  2. ^ „Ribosomy 80S, eukaryotické ribozomy, prokaryotické ribozomy, nukleové kyseliny, sedimentační koeficient“. www.microbiologyprocedure.com. Archivovány od originál dne 2009-06-23. Citováno 2009-08-06.
  3. ^ Slavov, Nikolai; Semrau, Stefan; Airoldi, Edoardo; Budnik, Bogdan; van Oudenaarden, Alexander (2015). „Diferenciální stechiometrie mezi základními ribozomálními proteiny“. Zprávy buněk. 13 (5): 865–873. doi:10.1016 / j.celrep.2015.09.056. ISSN  2211-1247. PMC  4644233. PMID  26565899.
  4. ^ A b Hodnoty jsou založeny na ribozomech Tetrahymena thermophila (PDB: 4V8P) a Thermus thermophilus (PDB: 4V5D). Přesná velikost, hmotnost a počet bílkovin se u jednotlivých organismů liší.
  5. ^ Verschoor, A; Warner, JR; Srivastava, S; Grassucci, RA; Frank, J (leden 1998). „Trojrozměrná struktura kvasinkového ribozomu“. Nucleic Acids Res. 26 (2): 655–661. doi:10.1093 / nar / 26.2.655. PMC  147289. PMID  9421530.
  6. ^ Verschoor, A; Frank, J (srpen 1990). „Trojrozměrná struktura cytoplazmatického ribozomu savců“. J Mol Biol. 214 (3): 737–749. doi:10.1016 / 0022-2836 (90) 90289-X. PMID  2388265.
  7. ^ Dube, P; Wieske, M; Stark, H; Schatz, M; Stahl, J; Zemlin, F; Lutsch, G; van Heel, M (březen 1998). „80S potkaní jaterní ribozom při rozlišení 25 A elektronovou kryomikroskopií a úhlovou rekonstitucí“. Struktura. 6 (3): 389–399. doi:10.1016 / s0969-2126 (98) 00040-9. PMID  9551559.
  8. ^ Spahn, CM; Beckmann, R; Eswar, N; Penczek, PA; Sali, A; Blobel, G; Frank, J (listopad 2001). "Struktura 80S ribozomu ze Saccharomyces cerevisiae - interakce tRNA-ribozom a podjednotka-podjednotka". Buňka. 107 (3): 373–386. doi:10.1016 / s0092-8674 (01) 00539-6. PMID  11701127.
  9. ^ Halic, M; Gartmann, M; Schlenker, O; Mielke, T; Pool, MR; Hřích, já; Beckmann, R (květen 2006). "Částicový receptor rozpoznávající signál vystavuje vazebné místo ribozomálního translokonu". Věda. 312 (5774): 745–747. doi:10.1126 / science.1124864. hdl:11858 / 00-001M-0000-0010-842E-9. PMID  16675701.
  10. ^ Becker, T; Bhushan, S; Jarasch, A; Armache, JP; Funes, S; Jossinet, F; Gumbart, J; Mielke, T; Berninghausen, O; Schulten, K; Westhof, E; Gilmore, R; Mandon, EC; Beckmann, R (prosinec 2009). "Struktura monomerních kvasinek a savčích komplexů Sec61 interagujících s translačním ribozomem". Věda. 326 (5958): 1369–1373. doi:10.1126 / science.1178535. PMC  2920595. PMID  19933108.
  11. ^ Schüler, M; Connell, SR; Lescoute, A; Giesebrecht, J; Dabrowski, M; Schroeer, B; Mielke, T; Penczek, PA; Westhof, E; Spahn, CM (prosinec 2006). "Struktura viru paralýzy kriketu vázaného na ribozomy IRES RNA". Nat Struct Mol Biol. 13 (12): 1092–1096. doi:10.1038 / nsmb1177. hdl:11858 / 00-001M-0000-0010-8321-7. PMID  17115051.
  12. ^ Clemons, WM Jr.; May, JL; Wimberly, BT; McCutcheon, JP; Capel, MS; Ramakrishnan, V (srpen 1999). "Struktura bakteriální 30S ribozomální podjednotky při rozlišení 5,5 A". Příroda. 400 (6747): 833–840. doi:10.1038/23631. PMID  10476960.
  13. ^ Cate, JH; Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Earnest, TN; Noller, HF (září 1999). „Rentgenové krystalové struktury 70S ribozomových funkčních komplexů“. Věda. 285 (5436): 2095–2104. doi:10.1126 / science.285.5436.2095. PMID  10497122.
  14. ^ Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Baucom, A; Lieberman, K; Earnest, TN; Cate, JH; Noller, HF (květen 2001). "Krystalová struktura ribozomu v rozlišení 5,5 A". Věda. 292 (5518): 883–896. doi:10.1126 / science.1060089. PMID  11283358. S2CID  39505192.
  15. ^ A b Ban, N; Nissen, P; Hansen, J; Moore, PB; Steitz, TA (srpen 2000). "Kompletní atomová struktura velké ribozomální podjednotky v rozlišení 2,4 A". Věda. 289 (5481): 905–920. doi:10.1126 / science.289.5481.905. PMID  10937989. S2CID  14056415.
  16. ^ A b C d E F G h i j Rabl, J; Leibundgut, M; Ataide, SF; Haag, A; Ban, N (únor 2011). "Krystalová struktura eukaryotické 40S ribozomální podjednotky v komplexu s iniciačním faktorem 1". Věda. 331 (6018): 730–736. doi:10.1126 / science.1198308. hdl:20.500.11850/153130. PMID  21205638.
  17. ^ A b C d E F G h i j k Klinge, S; Voigts-Hoffmann, F; Leibundgut, M; Arpagaus, S; Ban, N (listopad 2011). "Krystalová struktura eukaryotické 60S ribozomální podjednotky v komplexu s iniciačním faktorem 6". Věda. 334 (6058): 941–948. doi:10.1126 / science.1211204. PMID  22052974. S2CID  206536444.
  18. ^ A b Ben-Shem A, Garreau de Loubresse N, Melnikov S, Jenner L, Yusupova G, Yusupov M (únor 2011). "Struktura eukaryotického ribozomu v rozlišení 3,0 Å". Věda. 334 (6062): 1524–1529. doi:10.1126 / science.1212642. PMID  22096102.
  19. ^ Kvůli omezením velikosti jsou struktury ribozomu často rozděleny do několika souborů souřadnic
  20. ^ Melnikov, S; Ben-Shem, A; Garreau; de Loubresse, N; Jenner, L; Yusupova, G; Yusupov, M (červen 2012). "Jedno jádro, dvě skořápky: bakteriální a eukaryotické ribozomy". Nat Struct Mol Biol. 19 (6): 560–567. doi:10.1038 / nsmb.2313. PMID  22664983.
  21. ^ A b C Klinge, S; Voigts-Hoffmann, F; Leibundgut, M; Ban, N (květen 2012). "Atomové struktury eukaryotického ribozomu". Trends Biochem Sci. 37 (5): 189–198. doi:10.1016 / j.tibs.2012.02.007. PMID  22436288.
  22. ^ Jenner, L; Melnikov, S; de Loubresse, NG; Ben-Shem, A; Iskakova, M; Urzhumtsev, A; Meskauskas, A; Dinman, J; Yusupova, G; Yusupov, M (prosinec 2012). "Krystalová struktura kvasinkového ribozomu 80S". Curr Opin Struct Biol. 22 (6): 759–767. doi:10.1016 / j.sbi.2012.07.013. PMID  22884264.
  23. ^ Lacombe, T; García-Gómez, JJ; de la Cruz, J; Roser, D; Hurt, E; Linder, P; Kressler, D (duben 2009). „Pro efektivní produkci a funkční integritu 40S ribozomálních podjednotek je nutná lineární fúze ubikvitinu na Rps31 a jeho následné štěpení.“ Mol Microbiol. 72 (1): 69–84. doi:10.1111 / j.1365-2958.2009.06622.x. PMID  19210616. S2CID  33924290.
  24. ^ A b C Ben-Shem, A; Garreau; de Loubresse, N; Melnikov, S; Jenner, L; Yusupova, G; Yusupov, M (prosinec 2011). "Struktura eukaryotického ribozomu v rozlišení 3,0 ×". Věda. 334 (6062): 1524–1529. doi:10.1126 / science.1212642. PMID  22096102. S2CID  9099683.
  25. ^ Nilsson, J; Sengupta, J; Frank, J; Nissen, P (prosinec 2004). „Regulace eukaryotické translace proteinem RACK1: platforma pro signalizaci molekul na ribozomu“. EMBO Rep. 5 (12): 1137–1141. doi:10.1038 / sj.embor.7400291. PMC  1299186. PMID  15577927.
  26. ^ Palm, L; Andersen, J; Rahbek-Nielsen, H; Hansen, TS; Kristiansen, K; Højrup, P (březen 1995). „Fosforylovaný ribozomální protein S7 v Tetrahymena je homologní se savčím S4 a fosforylované zbytky jsou lokalizovány v C-koncové oblasti. Strukturní charakterizace proteinů oddělená dvourozměrnou polyakrylamidovou gelovou elektroforézou“. J Biol Chem. 270 (11): 6000–6005. doi:10.1074 / jbc.270.11.6000. PMID  7890730.
  27. ^ Hinnebusch, AG; Lorsch, JR (říjen 2012). „Mechanismus iniciace eukaryotického překladu: nové poznatky a výzvy“. Cold Spring Harb Perspect Biol. 4 (10): a011544. doi:10.1101 / cshperspect.a011544. PMC  3475172. PMID  22815232.
  28. ^ Voigts-Hoffmann, F; Klinge, S; Ban, N (prosinec 2012). "Strukturální pohledy na eukaryotické ribozomy a zahájení translace". Curr Opin Struct Biol. 22 (6): 768–777. doi:10.1016 / j.sbi.2012.07.010. PMID  22889726.
  29. ^ Hashem, Y .; Georges, A .; Dhote, V .; Langlois, R .; Liao, H. Y .; Grassucci, R. A .; Frank, J. (2013). "Struktura savčího ribozomálního preiniciačního komplexu 43S vázaného na skenovací faktor DHX29". Buňka. 153 (5): 1108–1119. doi:10.1016 / j.cell.2013.04.036. PMC  3730827. PMID  23706745.
  30. ^ Hashem, Y., Des Georges, A., Dhote, V., Langlois, R., Liao, H. Y., Grassucci, R. A., ... & Frank, J. (2013). Vnitřní místa vstupu ribozomu podobná viru hepatitidy C vytlačují eIF3, aby získala přístup k podjednotce 40S. Příroda.
  31. ^ Fernández, I. S .; Bai, X. C .; Hussain, T .; Kelley, A. C .; Lorsch, J. R .; Ramakrishnan, V .; Scheres, S. H. (2013). „Molekulární architektura eukaryotického translačního iniciačního komplexu“. Věda. 342 (6160): 1240585. doi:10.1126 / science.1240585. PMC  3836175. PMID  24200810.
  32. ^ Gilbert, Wendy V. (2011). „Funkční specializace ribozomů?“. Trendy v biochemických vědách. 36 (3): 127–132. doi:10.1016 / j.tibs.2010.12.002. ISSN  0968-0004. PMC  3056915. PMID  21242088.
  33. ^ Topisirovic, I; Sonenberg, N (duben 2011). "Translační kontrola eukaryotickým ribozomem". Buňka. 145 (3): 333–334. doi:10.1016 / j.cell.2011.04.006. PMID  21529706.
  34. ^ Preiss, Thomas (2015). „Všechny ribozomy jsou stvořeny stejně. Opravdu?“. Trendy v biochemických vědách. 41 (2): 121–123. doi:10.1016 / j.tibs.2015.11.009. ISSN  0968-0004. PMID  26682497.
  35. ^ Ferretti, Max B .; Karbstein, Katrin (07.02.2019). „Existuje funkční specializace ribozomů?“. RNA. Cold Spring Harbor Laboratory. 25 (5): 521–538. doi:10.1261 / rna.069823.118. ISSN  1355-8382.
  36. ^ Farley-Barnes, Katherine I .; Ogawa, Lisa M .; Baserga, Susan J. (2019). „Ribosomopatie: staré koncepty, nové diskuse“. Trendy v genetice. Elsevier BV. 35 (10): 754–767. doi:10.1016 / j.tig.2019.07.004. ISSN  0168-9525.
  37. ^ Boehringer, Daniel; Greber, Basil; Ban, Nenad (2011). "Mechanistický pohled na zpracování, translaci, překládání, zacílení a vložení membrány na ko-translační protein". Ribozomy: 405–418. doi:10.1007/978-3-7091-0215-2_32. ISBN  978-3-7091-0214-5.
  38. ^ Bohnsack, Markus T .; Schleiff, Enrico (2010). "Vývoj systémů zaměřených na proteiny a translokačních systémů". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - výzkum molekulárních buněk. 1803 (10): 1115–1130. doi:10.1016 / j.bbamcr.2010.06.005. PMID  20600359.
  39. ^ A b Narla, A; Ebert, BL (duben 2010). „Ribosomopatie: lidské poruchy dysfunkce ribozomu“. Krev. 115 (16): 3196–3205. doi:10.1182 / krev-2009-10-178129. PMC  2858486. PMID  20194897.
  40. ^ Stumpf, ČR; Ruggero, D (srpen 2011). „Rakovinový překladový aparát“. Curr Opin Genet Dev. 21 (4): 474–483. doi:10.1016 / j.gde.2011.03.007. PMC  3481834. PMID  21543223.
  41. ^ A b Narla, A; Ebert, BL (říjen 2011). "Translační medicína: ribosomopatie". Krev. 118 (16): 4300–1. doi:10.1182 / krev-2011-08-372250. PMID  22021450.
  42. ^ Dauwerse, JG; Dixon, J; Seland, S; Ruivenkamp, ​​CA; van Haeringen, A; Hoefsloot, LH; Peters, DJ; Boers, AC; Daumer-Haas, C; Maiwald, R; Zweier, C; Kerr, B; Cobo, AM; Toral, JF; Hoogeboom, AJ; Lohmann, DR; Hehr, U; Dixon, MJ; Breuning, MH; Wieczorek, D (leden 2011). „Mutace v genech kódujících podjednotky RNA polymeráz I a III způsobují syndrom Treacher Collins“. Nat Genet. 43 (1): 20–22. doi:10,1038 / ng. 724. PMID  21131976.
  43. ^ Finch, AJ; Hilcenko, C; Basse, N; Drynan, LF; Goyenechea, B; Menne, TF; González Fernández, A; Simpson, P; D'Santos, CS; Arends, MJ; Donadieu, J; Bellanné-Chantelot, C; Costanzo, M; Boone, C; McKenzie, AN; Freund, SM; Warren, AJ (květen 2011). „Odpojení hydrolýzy GTP od uvolňování eIF6 na ribozom způsobuje syndrom Shwachman-Diamond“. Geny a vývoj. 25 (9): 917–929. doi:10,1101 / gad.623011. PMC  3084026. PMID  21536732.
  44. ^ Blanchard, SC; Cooperman, BS; Wilson, DN (červen 2010). „Probíhá překlad pomocí inhibitorů s malou molekulou“. Chem. Biol. 17 (6): 633–645. doi:10.1016 / j.chembiol.2010.06.003. PMC  2914516. PMID  20609413.
  45. ^ Pelletier, J .; Peltz, S.W. (2007). "Terapeutické příležitosti v překladu". Archiv monografie Cold Spring Harbor. 48: 855–895.
  46. ^ Schneider-; Poetsch, T .; Usui, T .; et al. (2010a). "Zkrácené zprávy a poškozené překlady". Přírodní metody. 6 (3): 189–198. doi:10.1038 / nchembio.326. PMID  20154667.
  47. ^ Schneider; Poetsch, T .; Ju, J .; et al. (2010). "2010b. Inhibice eukaryotického prodloužení translace cykloheximidem a laktimidomycinem". Nat Chem Biol. 6 (3): 209–217. doi:10.1038 / nchembio.304. PMC  2831214. PMID  20118940.
  48. ^ Dang, Y .; et al. (2011). „Inhibice eukaryotického prodloužení translace protinádorovým přírodním produktem Mycalamid B.“ RNA. 17 (8): 1578–1588. doi:10,1261 / rna.2624511. PMC  3153980. PMID  21693620.

Poznámky