TSBP1 - TSBP1 - Wikipedia

TSBP1
Identifikátory
AliasyTSBP1, TSBP, otevřený čtecí rámec 10 chromozomu 6, varle exprimovaný základní protein 1, C6orf10
Externí IDOMIM: 618151 HomoloGene: 81753 Genové karty: TSBP1
Umístění genu (člověk)
Chromozom 6 (lidský)
Chr.Chromozom 6 (lidský)[1]
Chromozom 6 (lidský)
Genomické umístění pro TSBP1
Genomické umístění pro TSBP1
Kapela6p21.32Start32,288,526 bp[1]
Konec32,371,912 bp[1]
Exprese RNA vzor
PBB GE C6orf10 207523 na fs.png
Další údaje o referenčních výrazech
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

10665

n / a

Ensembl

n / a

UniProt

Q5SRN2

n / a

RefSeq (mRNA)

NM_001286474
NM_001286475
NM_006781

n / a

RefSeq (protein)

NP_001273403
NP_001273404
NP_006772

n / a

Místo (UCSC)Chr 6: 32,29 - 32,37 Mbn / a
PubMed Vyhledávání[2]n / a
Wikidata
Zobrazit / upravit člověka

TSBP1 je protein že u lidí je kódován TSBP1 gen.[3][4] C6orf10 je otevřený čtecí rámec na chromozom 6 obsahující protein, který je všudypřítomně exprimován v nízkých hladinách v dospělém genomu a může hrát roli během vývoje plodu. Bylo zjištěno, že C6orf10 je spojen s oběma neurodegenerativní a autoimunitní onemocnění u dospělých. Exprese tohoto genu je nejvyšší v varle ale je také vidět u jiných typů tkání, jako je mozek, oční čočka a dřeň.[5][6][7] TSBP1 byl dříve známý jako C6orf10.

Přepis mRNA

Isoform MSA 2.png
Isoform MSA 3.png
Vícenásobné seřazení sekvencí všech lidských izoforem C6orf10. Tento obrázek byl vygenerován pomocí nástroje Clustal W.[8] a M. pohled.[9]

C6orf10 obsahuje sedm lidí mRNA varianty spoje (a, b, c, X1, X2, X3, X4).

Zachovaná nekódující oblast

TSBP1 obsahuje vysoce konzervované stonková smyčka struktura v 3 'UTR od základů 100-124.


Vysoce konzervovaná struktura kmenové smyčky z izoformy C6orf10 a[10]

Protein

Složení

Izoforma C6orf10 je bohatá na lysin (K), Glutamin (Q) a Kyselina glutamová (E) a chudí Histidin (Ruka Fenylalanin (F)[11]]. Isoforma a je základní protein s izoelektrický bod 9 a a molekulární váha 62 000 kDa.[12]

Tato izoforma obsahuje dvě transmembránové oblasti blízko začátku aminokyselinové sekvence.[13] První transmembránová oblast sahá od zbytek 6 až zbytek 25 (celkem 19 zbytků) a má izoelektrický bod 5. Druhá transmembránová oblast se rozprostírá od zbytku 100 do zbytku 119 (celkem 19 zbytků) a má izoelektrický bod 8. Izoforma a obsahuje PTZ00121 doména[14] počínaje zbytkem 221 a pokračující až do konce proteinu. V této doméně existuje několik opakujících se sekvencí.

Sekundární struktura

TSBP1 se skládá převážně z alfa helixy a náhodné cívky.[15] Existuje pouze několik oblastí, které obsahují beta listy.[16][17]

Subcelulární lokalizace

Předpokládá se, že TSBP1 bude lokalizován do jádra a endoplazmatického retikula.[13] Mezi aminokyselinou 30 a 31 je místo štěpení signálním peptidem[18] který zahrnuje první transmembránovou doménu. Tato N-koncová oblast C6orf10 je pravděpodobně lokalizována do endoplazmatického retikula. C-koncová oblast proteinu obsahuje dva nukleární lokalizační signály z aminokyselin 489-505 a 513-529, což naznačuje, že část proteinu za místem štěpení signálního peptidu je lokalizována do jádra.

Výraz

TSBP1 je všudypřítomně exprimován v nízkých hladinách u dospělého člověka genom. U dospělých je exprese tohoto genu nejvyšší ve varlatech.[19] C6orf10 je vyjádřen na vyšších úrovních v fetální a embryonální papírové kapesníky. To naznačuje, že C6orf10 může hrát roli ve vývoji.

Profil tkáňové exprese genu C6orf10 v preimplantovaných embryích
Profil vyjádření tkáně C6orf10 pro dospělé. Oranžové tečky označují velmi nízkou úroveň výrazu, zatímco modrý pruh označuje vysoký výraz.[19]

Regulace projevu

Transkripční

TSBP1 má promotér to je 1206 bází dlouho.[20] Tento promotor se překrývá s 3 'UTR, ale končí před prvním kodon. Tento promotér je celkem dobře konzervovaný primáti s výjimkou 136 nukleotidové oblasti uprostřed a na konci promotorové oblasti.[21] Primáti mají inzerce v těchto dvou oblastech, které lidem chybí. To může naznačovat, že tyto oblasti promotoru nejsou pro člověka nezbytné.

Transkripční faktory

Transkripce TSBP1 je regulována vazbou mnoha transkripčních faktorů na promotorovou oblast. The CCAAT vazebný protein a TATA pole jsou vysoce konzervované oblasti, které jsou důležité při zahájení transkripce. Několik z transkripční faktory počítaje v to EH1, NACA, NKX5-2, SIX4, VCR atd. Se účastní vývojových cest.[20]

ZkratkaCelé jméno transkripčního faktoruMaticové skórePramen
CSRNP-1Jaderný protein 1 bohatý na cytosin-serin (AXUD1, AXIN1 up-regulovaný-1)1.0+
CCAAT BoxCCAAT / enhancer vazebný protein (C / EBP), gama0.923+
EH1Engobilovaný Homeobox 10.862+
Košík-1Homeoprotein chrupavky 10.997-
ZFP 263Protein se zinkovým prstem 263, ZKSCAN12 (Protein se zinkovým prstem s doménami KRAB a SCAN 12)0.921+
SWI / SNFSWI / SNF související, matricově asociovaný, aktinově závislý regulátor chromatinu, podčeleď, člen 30.999-
TATA BoxObratlovců TATA vazebný proteinový faktor0.899+
HSF2Faktor tepelného šoku 20.974-
Hmx2 /Nkx5-2Transkripční faktor homeodomény Hmx2 / Nkx5-20.933+
Pdx1Inzulínový promotor faktor 1; homeobox pankreatu a dvanáctníku 1 (Pdx1 )0.924+
LMX1ALIM homeobox transkripční faktor 1 alfa1.0+
NACAVznikající komplexní podjednotka spojená s polypeptidem alfa 11.0-
1. říjnaOctamer vazebný faktor 10.921+
POU6F1Homeobox POU třídy 6 10.973+
STAT 5BPřevodník signálu a aktivátor transkripce 5B0.973+
ŠESTÝ 4Sine oculis homeobox homolog 40.96-
NMP4Protein jaderné matrice 40.971+
MSXHomeodoménové proteiny MSX-1 a MSX-20.989-
OBLAST 6Atp1a1 regulační prvek vazebný faktor 61.0-
VideorekordérKaudální protein homeodomény související s obratlovci0.963+

Interakce s proteiny

Většina předpokládaných interakcí proteinů s C6orf10 je založena pouze na dolování textu a informace shromážděné z genomové asociační studie. Dva proteiny s nejvyšším skóre interakce byly protein podobný butyrofilinu 2 (BTNL2 ) a obsahující opakující se doménu tetratrikopeptidu TTC32.[22] BTNL2 je a negativní regulátor z T-buňka činnost a člen nadrodina imunoglobulinů. BTNL2 se nachází v sousedství genu C6orf10. TTC32 pochází z proteinové rodiny strukturních opakujících se motivů, které zprostředkovávají interakce protein-protein při tvorbě komplexů protein-protein.[23] To může naznačovat potenciál pro C6orf10 interagovat s jiným proteinem pro formu a komplex.

Klinický význam

Bylo zjištěno, že C6orf10 je spojen s oběma neurodegenerativní onemocnění a autoimunitní onemocnění. Tyto asociace se většinou získávají z asociačních studií celého genomu. Mezi běžná neurodegenerativní onemocnění spojená s C6orf10 patří frontotemporální demence, Parkinsonova choroba,[24] a Alzheimerova choroba.[24] Mezi autoimunitní onemocnění spojená s C6orf10 patří Revmatoidní artritida,[25][26][24][27] psoriáza,[28][27] roztroušená skleróza,[29][24] Graveova nemoc[24] a lupus.[Citace je zapotřebí ]

Homology

Ortology

Prohledáním databáze NCBI BLAST[30] pro interakce protein-protein bylo zjištěno, že C6orf10 je protein nalezený pouze v savci. The VÝBUCH databáze našla nejvyšší počet homology v Primáti, Artiodactyla, a Carnivora. V knihovně bylo jen pár homologů taxonomické objednávky z Rodentia, Chiroptera, a Perissodactyla. V objednávkách Scandentia, Eulipotyphyla, Tubulidentata a sirenia byl pouze jeden úplný homolog, ale několik dílčích sekvencí skutečně existuje. Byly tam částečné proteinové sekvence Lagomorpha, Dermoptera, a Macroscelidea a nebyly tam žádné ortology Diprotodontie, Didelphimorphia, Kytovci, Dasyuromorphia, Pilosa, Monotremata, a Proboscidea. Mimo savců nebyly nalezeny žádné homology.

C6orf10 Isoform X4 ortology

Latinský názevBěžné jménoIdentitaMedián data divergence (MYA)
PrimátiHomo sapiensČlověk100%0
PrimátiGorila gorila gorilaGorila83.36%8.61
PrimátiPongo abeliiOrangutan sumaterský82.81%15.2
CarnivoraCanis lupus familiarisPes49.79%94
CarnivoraCanis lupus dingoAustralský pes49.33%94
ArtiodactylaBubalus bubalisVodní buvol49.16%94
ArtiodactylaEquus caballusKůň49.00%94
ArtiodactylaOdocoileus virginianus texanusBílý sledoval jelena44.59%94
RodentiaChinchilla lanigeraČinčila41.99%88
RodentiaMus caroliRyuku myš41.06%88
CarnivoraFelis catusKočka40.77%94
RodentiaRattus norvegicusHnědá krysa37.45%88

Paralogy

C6orf10 má jeden paralog, který se rozcházel asi před 135,6 miliony let. Tento paralog se nazývá doména thioredoxinu obsahující protein 2 (TXNDC2).[30]

[1] BLAST: Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání. Národní centrum pro biotechnologické informaceK dispozici na: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi. Datum přístupu 4. března 2019.

Reference

  1. ^ A b C ENSG00000236672, ENSG00000204296, ENSG00000206310, ENSG00000234280, ENSG00000237881, ENSG00000232106, ENSG00000226892 GRCh38: Ensembl uvolnění 89: ENSG00000206245, ENSG00000236672, ENSG00000204296, ENSG00000206310, ENSG00000234280, ENSG00000237881, ENSG00000232106, ENSG00000226892 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  3. ^ Stammers M, Rowen L, Rhodes D, Trowsdale J, Beck S (duben 2000). „BTL-II: polymorfní lokus s homologií k rodině genů butyrofilinu, který se nachází na hranici hlavních oblastí histokompatibilního komplexu třídy II a III u lidí a myší“. Imunogenetika. 51 (4–5): 373–82. doi:10,1007 / s002510050633. PMID  10803852. S2CID  31938388.
  4. ^ „Entrez Gene: C6orf10 chromozom 6 otevřený čtecí rámec 10“.
  5. ^ „AceView: Gene: C6orf10, komplexní anotace genů člověka, myši a červa s mRNA nebo ESTsAceView“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 25. února 2019.
  6. ^ „TSBP1 varle exprimovaný základní protein 1 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 25. února 2019.
  7. ^ "Tkáňová exprese C6orf10 - Shrnutí - Atlas lidského proteinu". www.proteinatlas.org. Citováno 25. února 2019.
  8. ^ "Clustal Omega . www.ebi.ac.uk. Citováno 6. května 2019.
  9. ^ "MView . www.ebi.ac.uk. Citováno 6. května 2019.
  10. ^ „Webový server Mfold | mfold.rit.albany.edu“. unfold.rna.albany.edu. Citováno 5. května 2019.
  11. ^ "SAPS . www.ebi.ac.uk. Citováno 6. května 2019.
  12. ^ "ExPASy - nástroj pro výpočet pI / MW". web.expasy.org. Citováno 6. května 2019.
  13. ^ A b „Predikce PSORT II“. psort.hgc.jp. Citováno 6. května 2019.
  14. ^ „NCBI CDD CDD Conserved Protein Domain Neuromodulin_N“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 6. května 2019.
  15. ^ "Výstup cívek". embnet.vital-it.ch. Citováno 6. května 2019.
  16. ^ „CFSSP: Chou & Fasman Server pro předpovědi sekundární struktury“. www.biogem.org. Citováno 6. května 2019.
  17. ^ npsa-prabi.ibcp.fr https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/secpred_sopma.pl. Citováno 6. května 2019. Chybějící nebo prázdný | název = (Pomoc)
  18. ^ „Server ProP 1.0 - výsledky predikce“. www.cbs.dtu.dk. Citováno 6. května 2019.
  19. ^ A b „TSBP1 varle exprimovaný základní protein 1 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 6. května 2019.
  20. ^ A b „Genomatix - analýza dat NGS a personalizovaná medicína“. www.genomatix.de. Citováno 6. května 2019.
  21. ^ „Human BLAT Search“. genom.ucsc.edu. Citováno 6. května 2019.
  22. ^ „STRING: funkční asociační sítě proteinů“. string-db.org. Citováno 6. května 2019.
  23. ^ Zeytuni N, Zarivach R (březen 2012). „Strukturální a funkční diskuse o tetrakotipeptidové repetici, modulu interakce s proteiny“. Struktura. 20 (3): 397–405. doi:10.1016 / j.str.2012.01.006. PMID  22404999.
  24. ^ A b C d E Zhang M, Ferrari R, Tartaglia MC, Keith J, Surace EI, Wolf U a kol. (Říjen 2018). „Lokalita C6orf10 / LOC101929163 je spojena s věkem nástupu u nosičů C9orf72“. Mozek. 141 (10): 2895–2907. doi:10.1093 / mozek / awy238. PMC  6158742. PMID  30252044.
  25. ^ Verma A, Basile AO, Bradford Y, Kuivaniemi H, Tromp G, Carey D, Gerhard GS, Crowe JE, Ritchie MD, Pendergrass SA (2016). „Studie sdružení zaměřená na fenomen k prozkoumání vztahů mezi genetickým lokusem souvisejícím s imunitním systémem a komplexními vlastnostmi a nemocmi“. PLOS ONE. 11 (8): e0160573. Bibcode:2016PLoSO..1160573V. doi:10.1371 / journal.pone.0160573. PMC  4980020. PMID  27508393.
  26. ^ Zheng W, Rao S (srpen 2015). „Znalostní analýza genetických asociací revmatoidní artritidy k informování studií hledajících pleiotropní geny: přehled literatury a síťová analýza“. Výzkum a terapie artritidy. 17: 202. doi:10.1186 / s13075-015-0715-1. PMC  4529690. PMID  26253105.
  27. ^ A b Malavia TA, Chaparala S, Wood J, Chowdari K, Prasad KM, McClain L, Jegga AG, Ganapathiraju MK, Nimgaonkar VL (2017). „Generování testovatelných hypotéz pro patogenezi schizofrenie a revmatoidní artritidy integrací epidemiologických, genomických a proteinových údajů o interakci“. NPJ schizofrenie. 3: 11. doi:10.1038 / s41537-017-0010-z. PMC  5441529. PMID  28560257.
  28. ^ Feng BJ, Sun LD, Soltani-Arabshahi R, Bowcock AM, Nair RP, Stuart P, Elder JT, Schrodi SJ, Begovich AB, Abecasis GR, Zhang XJ, Callis-Duffin KP, Krueger GG, Goldgar DE (srpen 2009). „Několik míst v hlavním histokompatibilním komplexu přináší riziko psoriázy“. Genetika PLOS. 5 (8): e1000606. doi:10.1371 / journal.pgen.1000606. PMC  2718700. PMID  19680446.
  29. ^ Lin X, Deng FY, Mo XB, Wu LF, Lei SF (leden 2015). "Funkční význam pro genetické varianty spojené s roztroušenou sklerózou". Imunogenetika. 67 (1): 7–14. doi:10.1007 / s00251-014-0803-4. PMID  25308886. S2CID  16113524.
  30. ^ A b „BLAST: Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání“. blast.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 6. května 2019.

externí odkazy

Další čtení