Pektátová lyáza - Pectate lyase - Wikipedia

pektát lyáza
Identifikátory
EC číslo4.2.2.2
Číslo CAS9015-75-2
Databáze
IntEnzIntEnz pohled
BRENDAVstup BRENDA
EXPASYPohled NiceZyme
KEGGVstup KEGG
MetaCycmetabolická cesta
PRIAMprofil
PDB strukturRCSB PDB PDBe PDBsum
Genová ontologieAmiGO / QuickGO
Pektátová lyáza / Amb alergen
Identifikátory
SymbolAmb_allergen
PfamPF00544
InterProIPR002022
CHYTRÝSM00656
Membranome596

Pektátová lyáza (ES 4.2.2.2 ) je enzym podílející se na maceraci a měkkém hnilobě rostlinné tkáně. Pektát lyáza je zodpovědná za eliminační štěpení pektát, čímž se získají oligosacharidy s 4-deoxy-α-D-mann-4-enuronosylové skupiny na svých neredukujících koncích. Protein je maximálně exprimován pozdě ve vývoji pylu. Bylo navrženo, že pylová exprese genů pektát lyázy může souviset s požadavkem na degradaci pektinu během růstu pylové trubice.[1]

Tento enzym katalyzuje the chemická reakce

Eliminativní štěpení (1 → 4) -α-D-galakturonan za vzniku oligosacharidů s 4-deoxy-α-D-galakt-4-enuronosylové skupiny na svých neredukujících koncích

Struktura a kinetika skládání jednoho člena této rodiny, pektát lyázy C (pelC) 1 z Erwinia chrysanthemi byla zkoumána podrobně ,.[2][3] PelC obsahuje paralelní skládací motiv beta-šroubovice. Většina pravidelné sekundární struktury je složena z paralelních beta listů (asi 30%). Jednotlivé prameny listů jsou spojeny neuspořádanými smyčkami různé délky. Páteř pak tvoří velká spirála složená z beta listů. V PelC a 12 existují dvě disulfidové vazby prolin zbytky. Jeden z těchto prolinů, Pro220, je zapojen do a cis peptidová vazba. Skládací mechanismus PelC zahrnuje dvě pomalé fáze, které byly přisuzovány izomerizaci prolinů.

Některé proteiny v této rodině jsou alergeny. Alergie jsou reakce přecitlivělosti imunitního systému na specifické látky zvané alergeny (jako je pyl, syntetické materiály, prach, žihadla, léky nebo potraviny), které u většiny lidí nemají žádné příznaky. Byl zaveden systém názvosloví pro antigeny (alergeny), které u lidí způsobují atopické alergie zprostředkované IgE.[4] Tento systém názvosloví je definován označením, které se skládá z prvních tří písmen rodu; prostor; první písmeno názvu druhu; mezeru a arabské číslo. V případě, že dva názvy druhů mají shodná označení, jsou navzájem diskriminována přidáním jednoho nebo více písmen (podle potřeby) ke každému označení druhu.

Alergeny v této rodině zahrnují alergeny s následujícím označením: Amb a 1, Amb a 2, Amb a 3, Cha o 1, Hrnek a 1, Cry j 1, Června a 1.

Dva z hlavních alergenů v pylu krátkého ambrózie (Ambrosia artemisiifolia ) jsou Amb a I a Amb a II. Byla odvozena primární struktura Amb a II a bylo prokázáno, že sdílí ~ 65% sekvenční identitu s multigenní rodinou alergenů Amb a I.[5] Členové Amb a Já /A II rodina patří Tabák (Nicotiana tabacum, Společný tabák) pektát lyáza, která je podobná odvozeným aminokyselinovým sekvencím dvou pyl-specifických genů pektát lyázy identifikovaných v Lycopersicon esculentum (Rajče);[6] Cry j I, hlavní alergenní glykoprotein z Cryptomeria japonica (Japonský cedr) - nejběžnější pylový alergen v Japonsku;[7] a P56 a P59, které sdílejí sekvenční podobnost s pektátovými lyázami rostlinných patogenních bakterií.[1]

Tento enzym patří do rodiny lyázy, konkrétně ty lyázy uhlík-kyslík působící na polysacharidy. The systematické jméno této třídy enzymů je (1-> 4) -alfa-D-galakturonan lyáza. Mezi další běžně používaná jména patří polygalakturonová transelimináza, transelimináza kyseliny pektové, polygalakturonát lyáza, endopektin methyltranselimináza, pektát transelimináza, endogalakturonát transelimináza, lyáza kyseliny pektové, pektická lyáza, lyáza kyseliny alfa-1,4-D-endopolygalakturonové, PGA lyáza, PPáza-N, lyáza kyseliny endo-alfa-1,4-polygalakturonové, lyáza kyseliny polygalakturonové, pektin trans-elimináza, a Trans-elimináza kyseliny polygalakturonové. Tento enzym se účastní interverze pentózy a glukuronátu.

Reference

  1. ^ A b Wing RA, Yamaguchi J, Larabell SK, Ursin VM, McCormick S (1990). „Molekulární a genetická charakterizace dvou pylem exprimovaných genů, které mají sekvenční podobnost s pektátovými lyázami rostlinného patogenu Erwinia“. Plant Mol. Biol. 14 (1): 17–28. doi:10.1007 / BF00015651. PMID  1983191. S2CID  19901421.
  2. ^ Kamen DE, Woody RW (2002). „Kinetika skládání proteinázy pektát lyázy C odhaluje rychle se formující meziprodukty a pomalou izomerizaci prolinů“. Biochemie. 41 (14): 4713–4723. doi:10.1021 / bi0115129. PMID  11926834.
  3. ^ Yoder MD, Keen NT, Jurnak F (1993). "Nový motiv domény: struktura pektát lyázy C, vylučovaného faktoru virulence rostlin". Věda. 260 (5113): 1503–1507. Bibcode:1993Sci ... 260,1503Y. doi:10.1126 / science.8502994. PMID  8502994.
  4. ^ Podvýbor pro nomenklaturu alergenů WHO / IUIS (King TP, Hoffmann D, Loewenstein H, Marsh DG, Platts-Mills TAE, Bull TW). Světový zdravotnický orgán. 72: 797–806 (1994).
  5. ^ King TP, Rogers BL, Morgenstern JP, Griffith IJ, Yu XB, Counsell CM, Brauer AW, Garman RD, Kuo MC (1991). „Kompletní sekvence alergenu Amb α II. Rekombinantní exprese a reaktivita s T buňkami od pacientů alergických na ambróziu “. J. Immunol. 147 (8): 2547–2552. PMID  1717566.
  6. ^ Rogers HJ, Harvey A, Lonsdale DM (1992). "Izolace a charakterizace tabákového genu s homologií s pektátovou lyázou, která je specificky exprimována během mikrosporogeneze". Plant Mol. Biol. 20 (3): 493–502. doi:10.1007 / BF00040608. PMID  1421152. S2CID  35504226.
  7. ^ Kojima K, Ogawa H, Hijikata A, Matsumoto I (1994). „Antigenicita oligosacharidové skupiny japonského cedru (Cryptomeria japonica pylový alergen, Cry j Já ". Int. Oblouk. Allergy Immunol. 105 (2): 198–202. doi:10.1159/000236826. PMID  7920021.
Tento článek včlení text od public domain Pfam a InterPro: IPR002022