KIAA0895 - KIAA0895

KIAA0895
Identifikátory
AliasyKIAA0895, 9530077C05Rik, 1110003N12Rik, Kiaa0895, mKIAA0895
Externí IDMGI: 1915533 HomoloGene: 19280 Genové karty: KIAA0895
Umístění genu (člověk)
Chromozom 7 (lidský)
Chr.Chromozom 7 (lidský)[1]
Chromozom 7 (lidský)
Genomické umístění pro KIAA0895
Genomické umístění pro KIAA0895
Kapela7p14.2Start36,324,221 bp[1]
Konec36,390,125 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

23366

68283

Ensembl

ENSG00000164542

ENSMUSG00000036411

UniProt

Q8NCT3

Q7TQE7

RefSeq (mRNA)

NM_026739
NM_183273
NM_001378982
NM_001378983

RefSeq (protein)

NP_081015
NP_001365911
NP_001365912

Místo (UCSC)Chr 7: 36,32 - 36,39 MbChr 9: 22,41 - 22,44 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

KIAA0895 je protein že v Homo sapiens je kódován KIAA0895 gen. Gen kóduje a protein běžně známý jako protein KIAA0895. Mezi jeho aliasy patří hypotetický protein LOC23366, OTTHUMP00000206979, OTTHUMP00000206980, 9530077C05Rik a 1110003N12Rik.[5] Nachází se na 7p14.2.[6]

Výzkum proteinů KIAA ukázal, že jsou podobné známým genům s příbuznými funkcemi buněčná signalizace / komunikace, buněčná struktura / pohyblivost a řízení nukleových kyselin.[7]

Gen

Místo

Gen KIAA0895 je lokalizován na 7p14.2.[6] Genomová DNA je 65 976 párů bází dlouhá,[8] zatímco nejdelší mRNA, kterou produkuje, je dlouhá 4463 bází.

Lze jej přepsat do 15 varianty přepisu, což může produkovat 13 různých izoformy bílkoviny.[9]

Umístění genu KIAA0895 na chromozomu 7

Genové sousedství

KIAA0895 je obklopena následujícími geny na chromozomu 7:[8]

Velikost genu

Gen kódovaný pro protein KIAA0895 je 65 975 nukleotidy dlouhý, od nukleotidů 36324150 do 36390125, se sedmi exony.

mRNA

Existuje deset různých izoformy pro KIAA0895.[6]

  • NP_001093895.1
  • EAW94064.1
  • NP_056129.2
  • NP_001186636.1
  • NP_001186635.1
  • XP_005249746.1
  • EAW94065.1
  • XP_024302470.1
  • NP_001186637.1
  • NP_001287885.1

Protein

Nejdelší proteinová izoforma který je produkován genem KIAA0895, se nazývá LOC23366 izoforma 1 a je 520 aminokyseliny dlouho.[10] Předpovězeno molekulární váha je 61 kDa.[11] Navíc teoretická izoelektrický bod je 10.[11]

Složení aminokyselin

KIAA0895 je lysin a arginin částečně obohacený protein.[12] KIAA0895 je částečně obohacen o skupiny pozitivně nabitého lysinu a argininu a pozitivně a negativně nabitý lysin, arginin, kyselina glutamová a kyselina asparagová skupiny.[12] KIAA0895 je však částečně vyčerpán nepolární alanin, glycin a prolin skupiny.[12]

Analýza rozložení náboje ukazuje, že neexistují žádné záporné nebo smíšené klastry náboje.[12] Existuje však jeden shluk pozitivních nábojů z aminokyselin 12 až 36.[12]

Doména neznámé funkce 1704
Identifikátory
SymbolDUF1704
PfamPF08014
InterProIPR012548

Regiony

LOC23366 obsahuje protein doména neznámé funkce s názvem DUF1704.[13] Obsahuje také oblast s nízkou komplexitou od pozice 120 do pozice 150 v proteinu,[14] a arginin - bohatá oblast z pozice 12 do polohy 51.[15]

Organizátoři

Pomocí ElDorado od Genomatrix byla nalezena sekvence oblasti promotoru.[16] Nejpravděpodobnější promotor pro KIAA0895 začíná na 36389926 a jde na 36391149 s délkou 1224.[16]

Předpovězeno serin, threonin, a tyrosin fosforylační místa proteinu KIAA0895

Posttranslační modifikace

Předpokládá se, že KIAA0895 podstoupí fosforylace na několik seriny, threoniny, a tyrosiny v celé své struktuře.[17] Fosforylace na těchto místech je formou genová regulace. Výsledkem fosforylace je a konformační změna ve struktuře mnoha enzymů a receptorů. To způsobí jejich aktivaci nebo deaktivaci.

Kmenové smyčky

Použitím databáze s názvem Mfold ukazuje formování kmenové smyčky pro 5 'UTR oblast, že chybí ochrana, což znamená, že existuje určitá přednost, že tyto kmeny a smyčky nejsou používány pro regulaci překladu.[18] Hodnota ΔG byla -12,90 kcal / mol se třemi smyčkami.[18] Použitím stejné databáze formace kmenové smyčky pro oblast 3 'UTR ukazuje, že existuje ochrana, což znamená, že existuje určitá přednost, že se používají pro regulaci překladu.[18] Hodnota ΔG byla -636,80 kcal / mol.[18]

Terciární struktura

KIAA0895 má terciární strukturu s alfa helixy a beta listy.[19]

Navrhovaná terciární struktura pro KIAA0895.
Navrhovaná terciární struktura pro 24% KIAA0895. Obrázek zbarvený duhou N → C konec.

Interagující proteiny

Existují tři proteiny, které pravděpodobně interagují s KIAA0895. Tyto proteiny jsou ELAVL1,[20] vata,[21] a glym.[21] Tyto interakce mají experimentální důkazy z poskytnutých zdrojů.

Výraz

KIAA0895 se nejčastěji vyskytuje v varle, má však také silný výraz v ledviny, nadledviny, a mozek. [6]

Data tkáně RNA-seq se uvádějí jako průměr TPM (transkripty na milion).
Průměrné hodnoty RPKM pro KIAA0895 ve 27 různých typech tkání.

Podle zdravotního stavu

Použitím EST profilu od NCBI má KIAA0895 silnou expresi v cervikálních nádorech a karcinomu močového měchýře.[22]

Profil EST vytvořil NCBI. Profily EST ukazují přibližné vzorce genové exprese odvozené z počtů EST a zdrojů knihovny cDNA.

Interagující proteiny

Pomocí tří různých databází byly nalezeny tři různé interagující proteiny. Patří mezi ně ELAVL1, VATA a GLYM.[21] Existovaly experimentální důkazy pro všechny tři tyto interagující proteiny.

Homology a ortology

KIAA0895 má přes 228 ortology.[6] Ortology byly nalezeny v savci a eukaryoty.[23] Existují homology u 9 druhů.[6] Úplný seznam organismů, ve kterých byly nalezeny homology, je uveden níže.

Paralogy

KIAA0895 má 7 paralogů Homo sapiens:[23]

  • Nejmenovaný proteinový produkt
  • Necharakterizovaný protein podobný KIAA0895
  • hCG28832, izoforma CRA_a
  • Hypotetický protein
  • Nejmenovaný proteinový produkt
  • hCG38687, izoforma CRA_a, částečná
  • hCG38687, izoforma CRA_b

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000164542 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000036411 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ „GeneCards: KIAA0895 Gene“. Citováno 2011-04-24.
  6. ^ A b C d E F „KIAA0895 KIAA0895 [Homo sapiens (human)] - gen - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2019-02-24.
  7. ^ Nagase T, Ishikawa K, Suyama M, Kikuno R, Hirosawa M, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (prosinec 1998). „Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. XII. Kompletní sekvence 100 nových cDNA klonů z mozku, které kódují velké proteiny in vitro“. Výzkum DNA. 5 (6): 355–64. doi:10.1093 / dnares / 5.6.355. PMID  10048485.
  8. ^ A b „Entrez Gene: KIAA0895“. Citováno 2011-04-24.
  9. ^ „NCBI AceView: KIAA0895“. Citováno 2011-04-24.
  10. ^ „Protein NCBI: izoforma 1 LOC23366 1“. Citováno 2011-05-09.
  11. ^ A b "ExPASy - nástroj pro výpočet pI / MW". web.expasy.org. Citováno 2019-04-17.
  12. ^ A b C d E "SAPS . www.ebi.ac.uk. Citováno 2019-04-17.
  13. ^ „Wellcome Trust Sanger Institute, Pfam“. Archivovány od originál dne 2014-06-17. Citováno 2011-05-09.
  14. ^ „MyHits Dotlet“. Citováno 2011-05-09.
  15. ^ „Uniprot“. Citováno 2011-05-09.
  16. ^ A b „Úvod do ElDorado“. www.genomatix.de. Citováno 2019-05-13.
  17. ^ „Centrum pro biologické vědy DTU, NetPhos“. Citováno 2011-05-09.
  18. ^ A b C d „Webový server Mfold | mfold.rit.albany.edu“. unfold.rna.albany.edu. Citováno 2019-04-17.
  19. ^ „Server pro rozpoznávání skládání proteinů PHYRE2“. www.sbg.bio.ic.ac.uk. Citováno 2019-04-20.
  20. ^ "mentha: interaktivní prohlížeč". mentha.uniroma2.it. Citováno 2019-04-20.
  21. ^ A b C „Pro hledaný výraz KIAA0895 byly nalezeny 2 binární interakce“. Databáze molekulárních interakcí IntAct. Citováno 2019-04-20.
  22. ^ "Tkáňová exprese KIAA0895 - Shrnutí - Atlas lidského proteinu". www.proteinatlas.org. Citováno 2019-05-13.
  23. ^ A b "NCBI BLAST". Citováno 2011-05-09.