Haladaptatus paucihalophilus - Haladaptatus paucihalophilus
| Haladaptatus paucihalophilus | |
|---|---|
| Vědecká klasifikace | |
| Doména: | |
| Kmen: | |
| Třída: | |
| Objednat: | |
| Rodina: | |
| Rod: | |
| Druh: | H. paucihalophilus |
| Binomické jméno | |
| Haladaptatus paucihalophilus Savage et al 2007, emend.[1] | |
Haladaptatus paucihalophilus je halofilní archaeal druh, původně izolovaný z pramene v Oklahoma.[1] Využívá novou cestu k syntetizovat glycin a obsahuje jedinečné fyziologický funkce pro osmoadaptace.[2]
Objev
H. paucihalophilus byl původně nalezen v roce 2004, ale v té době nebyl klasifikován jako druh; pouze Halobacteriales byly studovány.[3] H. paucihalophilus byl izolován od pramene Zodletone v Oklahomě.[1] Původně se předpokládalo, že má dva různé kmeny: DX253 a GY252.[1] Tyto dva kmeny však byly později považovány za jediný druh, protože mají 97,7% druhovou podobnost 16S ribozomální RNA sekvenční analýza.[1] Izolovat H. paucihalophilus konkrétně byly odebrány vzorky půdy z pramene a později naočkovány do a halofil -selektivní médium a poté analyzováno dále po růstu kolonií.[1] Testování bylo provedeno na Gramovo barvení, zdroj uhlíku, produkci kyseliny, růst při minimu koncentrace soli, a antibiotikum citlivost.[1] Taky, PCR byla provedena s primery A1F a UA1406R.[1] H. paucihalophilus byl pojmenován pro svou schopnost růst v prostředích s nízkým obsahem soli (latinsky Paucus což znamená málo, řečtina hals což znamená sůl, řecky Philos což znamená milovat).[1]
Ekologie
Většina druhů v rámci Halobacteriaceae lze nalézt v prostředích, jako jsou pružiny a bažiny, které obsahují vysokou koncentraci solí.[1] Mnoho z nich však archaeal druhy, které mají vysokou toleranci vůči solím, mohou také existovat v prostředích s nízkým obsahem soli.[1] H. paucihalophilus je schopen přežít a růst v širokém rozmezí koncentrací solí, lze jej tedy najít i v prostředí s nízkým obsahem soli, podobně jako Zodletone Spring.[1]
Fylogeneze
Na základě 16S ribozomální RNA sekvenování H. paucihalophilus je podobný druhu Halalkalicoccus tibetensis o 89,5-90,8% s rozdíly soustředěnými na základní páry 1-200 a 400-800.[1] Rozdíly s fosfolipid obsah v H. paucihalophilus ve srovnání s jinými halofilní rody tvoří hlavně diferenciaci.[1]
Charakterizace
Morfologie
H. paucihalophilus je kokus -tvarovaná chemoorganotrof, nepohyblivý a růžově pigmentované archaeal druh.[1] H. paucihalophius buňky mají průměr 1,2 μm s a zdvojnásobení času 12–13 hodin a rostou jako jednotlivé buňky nebo ve dvojicích.[1] Tento druh obsahuje fosfolipidy: fosfatidylglycerol, methylester fosfatidylglycerol fosfátu a fosfatidylglycerol sulfát.[1] Produkuje kyselinu, roste v a pH rozmezí 5,0-7,5 a je schopen růst v koncentracích solí od 0,8-5,1 M.[1]
Metabolismus
Tok uhlíku pro H. paucihalophilus se provádí s oxidačním činidlem cyklus trikarboxylové kyseliny, ale nepoužívá cyklus redukční trikarboxylové kyseliny.[4] Využívá to kyselina glutamová, histidin, norleucin, fenylalanin, Kyselina D-glukuronová, aesculin, trehalóza, dextrin, salicin, sacharóza, fruktóza, xylóza, glukóza, galaktóza, glycerol, citrát, pyruvát, acetát, škrob, laktát, mannitol, fumarát, a malát jako zdroje uhlíku.[1] H. paucihalophilus je aerobní, tak to používá kyslík jako terminální akceptor elektronů.[5] Není schopen používat dusičnan, síran, thiosíran, elementární síra, dimethylsulfoxid nebo trimethylamin-N-oxid jako akceptor elektronů pro růst v anaerobní podmínky.[1] U tohoto druhu lysin syntéza se provádí pomocí diaminopimelát cesta, typická cesta pro halofil archaea.[4] H. paucihalophillus se od sebe odděluje biosyntéza z glycin pomocí směsi tří biosyntetické dráhy, což jsou serin hydroxymethyltransferáza cesta, threonin aldoláza cesty a zadní strana systém štěpení glycinem.[4]
Genomika
Velikost genom z H. paucihalophilus je celkem 4 317 540 základen.[5] Obsahuje 4 489 geny, z nichž je 4429 geny kódující proteiny.[5] The Obsah G-C z H. paucihalophilus je 60,5 mol %.[1]
Vědecký význam
Tento konkrétní halofil má ve vědecké oblasti význam, protože nejenže dokáže přežít vysoké koncentrace solí, ale také snáší nízké koncentrace solí, což z něj činí cílový druh ke studiu v laboratoři.[4] Je to také první rozpoznaný mikrob, který je schopen syntetizovat glycin pomocí různých cest kromě typické serin hydroxymethyltransferáza cesta.[4] H. paucihalophilus je organismus ke studiu díky svým jedinečným fyziologickým vlastnostem pro osmoadaptace, což je jeho schopnost přizpůsobit se rozdílům v osmolaritě tím, že má v cytoplazmě sůl.[2][6]
Reference
- ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó str q r s t u Savage, K. N .; Krumholz, L. R .; Oren, A .; Elshahed, M.S. (2007). „Haladaptatus paucihalophilus gen. Nov., Sp. Nov., Halofilní archeon izolovaný z pramene s nízkým obsahem soli a bohatým na sulfidy“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 57 (1): 19–24. doi:10.1099 / ijs.0.64464-0. PMID 17220434.
- ^ A b Youssef, N.H .; Savage-Ashlock, K. N .; McCully, A. L .; Luedtke, B .; Shaw, E. I .; Hoff, W. D .; Elshahed, M. S. (2014). „Biosyntéza trehalosy / 2-sulfotrehalosy a absorpce glycinu-betainu jsou široce rozšířené mechanismy osmoadaptace u Halobacteriales“. Časopis ISME. 8 (3): 636–649. doi:10.1038 / ismej.2013.165. PMC 3930309. PMID 24048226.
- ^ Elshahed, M.S .; Najar, F. Z .; Roe, B. A .; Oren, A .; Dewers, T. A .; Krumholz, L (2004). „Průzkum rozmanitosti archaelů odhaluje hojnost halofilní Archaea na prameni s nízkým obsahem solí a sírou a sírou“. Appl Environ Microbiol. 70 (4): 2230–2239. doi:10.1128 / AEM.70.4.2230-2239.2004. PMC 383155. PMID 15066817.
- ^ A b C d E Liu, G .; Zhang, M .; Mo, T .; On, L .; Zhang, W .; Yu, Y .; Ding, W. (2015). „Analýza metabolického toku halofilního archaeon haladaptatus paucihalophilus“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 467 (4): 1058–1062. doi:10.1016 / j.bbrc.2015.09.174. PMID 26441084.
- ^ A b C Markowitzl, Victor M; Chen, I-Min A .; Palaniappan, Krišna; Chu, Ken; Szeto, Ernest; Grechkin, Yuri; Ratner, Anna; Jacob, Biju; Huang, Jinghua; Williams, Peter; Huntemann, Marcel; Anderson, Iain; Marvromatis, Konstantinos; Ivanova, Natalia N .; Kyrpides, Nikos C. "Haladaptatus paucihalophilus DX253". IMG: integrovaná databáze mikrobiálních genomů a systém srovnávací analýzy. Citováno 26. dubna 2016.
- ^ Kráječ, Roy D; Hill, Colin (2002). „Bakteriální osmoadaptace: role osmolytů v bakteriálním stresu a virulenci“. Recenze mikrobiologie FEMS. 26 (1): 49–71. doi:10.1111 / j.1574-6976.2002.tb00598.x. PMID 12007642.