DTDP-glukóza 4,6-dehydratáza - DTDP-glucose 4,6-dehydratase

dTDP-glukóza 4,6-dehydratáza
Identifikátory
EC číslo4.2.1.46
Číslo CAS37259-54-4
Databáze
IntEnzIntEnz pohled
BRENDAVstup BRENDA
EXPASYPohled NiceZyme
KEGGVstup KEGG
MetaCycmetabolická cesta
PRIAMprofil
PDB strukturRCSB PDB PDBe PDBsum
Genová ontologieAmiGO / QuickGO

v enzymologie, a dTDP-glukóza 4,6-dehydratáza (ES 4.2.1.46 ) je enzym že katalyzuje the chemická reakce

dTDP-glukóza dTDP-4-dehydro-6-deoxy-D-glukóza + H2Ó

Tento enzym tedy jeden má Podklad, dTDP-glukóza a dva produkty, dTDP-4-dehydro-6-deoxy-D-glukóza a H2Ó.

Struktura a mechanismus účinku

První proteinové struktury dTDP-glukózy 4,6-dehydratázy (RmlB) dokončil Jim Thoden v laboratoři Hazel Holden (University of Wisconsin – Madison ) a Simon Allard v laboratoři Jim Naismith (University of St Andrews ).[1][2] Dále strukturální, mutagenní, a enzymatický studie obou skupin spolu s důležitou mechanistickou prací W. Wallace Cleland a Perry Frey skupiny vedly k dobrému porozumění tomuto enzymu.[3][4] Stručně shrnuto, enzym je a dimerní protein s Rossmann fold; používá pevně svázané koenzym NAD+ pro přechodnou oxidaci substrátu a jeho aktivaci pro dehydratace krok.[5][6]

Nomenklatura

Tento enzym patří do rodiny lyázy, konkrétně hydrolyázy, které štěpí vazby uhlík-kyslík. The systematické jméno této třídy enzymů je dTDP-glukóza 4,6-hydrolýza (tvorba dTDP-4-dehydro-6-deoxy-D-glukózy). Mezi další běžně používaná jména patří thymidindifosfoglukóza oxidoreduktáza, TDP-glukózaoxidoreduktáza, RmlB, DESIV, a dTDP-glukóza 4,6-hydrolýza. Tento enzym se účastní 4 metabolické cesty: metabolismus nukleotidových cukrů, biosyntéza streptomycinu, biosyntéza polyketidové jednotky cukru, a biosyntéza antibiotik skupiny vankomycinů.

Reference

  1. ^ Allard, STM; Cleland WW; Holden, HM. (2004). „RTG struktura s vysokým rozlišením dTDP-glukózy 4,6-dehydratázy ze Streptomyces venezuelae“. Journal of Biological Chemistry. 279 (3): 2211–20. doi:10,1074 / jbc.M310134200. PMID  14570895.
  2. ^ Allard, STM; Giraud, M-F; Naismith, JH; et al. (2001). "Krystalová struktura dTDP-d-glukózy 4,6-dehydratázy (RmlB) ze Salmonella enterica serovar typhimurium, druhého enzymu v dráze dTDP-l-ramnózy". Journal of Molecular Biology. 307 (1): 283–295. doi:10.1006 / jmbi.2000.4470. PMID  11243820.
  3. ^ Hegeman AD, Gross JW, Frey PA (Únor 2002). "Sloučené a postupné dehydratační mechanismy pozorované u divokého typu a mutovaných Escherichia coli dTDP-glukóza 4,6-dehydratáza". Biochemie. 41 (8): 2797–804. CiteSeerX  10.1.1.557.8752. doi:10.1021 / bi011748c. PMID  11851427.
  4. ^ Gerratana B, Cleland WW, Frey PA (srpen 2001). „Mechanistické role Thr134, Tyr160 a Lys 164 v reakci katalyzované dTDP-glukóza 4,6-dehydratázou“. Biochemie. 40 (31): 9187–95. doi:10.1021 / bi0108249. PMID  11478886.
  5. ^ Allard, STM; Beis K; Giraud MF; Hegeman AD; Gross JW; Wilmouth RC; Whitfield C; Graninger M; Messner P; Allen AG; Maskell DJ; Naismith JH (leden 2002). "Směrem ke strukturálnímu pochopení mechanismu dehydratázy". Struktura. 10 (1): 81–92. doi:10.1016 / S0969-2126 (01) 00694-3. PMID  11796113.
  6. ^ Beis K, Allard; STM, Hegeman AD; Murshudov G; Philp D; Naismith JH (říjen 2003). "Struktura NADH v enzymu dTDP-d-glukóza dehydratáza (RmlB)". J. Am. Chem. Soc. 125 (39): 11872–8. doi:10.1021 / ja035796r. PMID  14505409.

Další čtení

  • Gilbert JM, Matshushi M, Strominger JL (1965). "Thymidíndifosfát 4-acetamido-4,6-dideoxyhexózy. II Čištění a vlastnosti thymidíndifosfát d-glukózaoxidoreduktázy". J. Biol. Chem. 240: 1305–8. PMID  14284740.
  • Melo A, Elliott WH, Glaser L (1968). „Mechanismus syntézy 6-deoxyhexózy. I. Intramolekulární přenos vodíku katalyzovaný deoxythymidíndifosfát-D-glukózaoxidoreduktázou“. J. Biol. Chem. 243 (7): 1467–74. PMID  4869560.
  • Wang SF, Gabriel O (1969). "Biologické mechanismy podílející se na tvorbě deoxy cukrů. V Izolace a krystalizace thymidindifosfát-D-glukózaoxidoreduktázy z Escherichia coli B". J. Biol. Chem. 244 (13): 3430–7. PMID  4307450.