Topoizomeráza typu II - Type II topoisomerase

DNA topoizomeráza II (ATP-hydrolyzující)
Gyr.PNG
Struktura 42 KDa fragmentu N-terminální ATPázy a transduktorových domén DNA gyrázy homologní se všemi ostatními topoizomerázami typu IIA.
Identifikátory
EC číslo5.6.2.2
Databáze
IntEnzIntEnz pohled
BRENDAVstup BRENDA
EXPASYPohled NiceZyme
KEGGVstup KEGG
MetaCycmetabolická cesta
PRIAMprofil
PDB strukturRCSB PDB PDBe PDBsum

Topoizomerázy typu II jsou topoizomerázy který rozřezal oba řetězce DNA šroubovice současně, aby to zvládl DNA spleti a supercoily. Používají hydrolýzu ATP na rozdíl od Topoizomeráza typu I. V tomto procesu tyto enzymy mění spojovací číslo kruhové DNA o ± 2.

Funkce

Po nařezání jsou konce DNA odděleny a přes zlom je veden druhý duplex DNA. Po pasáži je štěpená DNA znovu ligována. Tato reakce umožňuje topoizomerázám typu II zvýšit nebo snížit počet vazeb DNA smyčky o 2 jednotky a podporuje rozložení chromozomů. Reakce zahrnující zvýšení nadzávitnice vyžadují dvě molekuly ATP. Například, DNA gyráza, topoizomeráza typu II pozorovaná v E-coli a většina ostatních prokaryoty, zavádí záporné nadzávitnice a snižuje číslo spojování o 2. Gyrase je také schopna odstranit uzly z bakteriální chromozom. Spolu s gyrázou obsahuje většina prokaryot také druhou topoizomerázu typu IIA, nazvanou topoizomeráza IV. Gyráza a topoizomeráza IV se liší svými C-koncovými doménami, o nichž se předpokládá, že určují substrátovou specificitu a funkčnost těchto dvou enzymů. Stopa ukazuje, že gyráza, která tvoří stopu 140 bazických párů a obaluje DNA, zavádí negativní supercoily, zatímco topoizomeráza IV, která tvoří stopu 28 bazických párů, neobaluje DNA.

Eukaryotická topoizomeráza typu II nemůže zavádět supercoily; může je jen uvolnit.

Role topoizomeráz typu IIB jsou méně známé. Na rozdíl od topoizomeráz typu IIA nemohou topoizomerázy typu IIB zjednodušit topologii DNA (viz níže), ale sdílejí několik strukturních rysů s topoizomerázami typu IIA.

Zjednodušení topologie

Topoizomerázy typu IIA jsou nezbytné při separaci zapletených dceřiných řetězců během replikace. Předpokládá se, že tuto funkci plní topoizomeráza II u eukaryot a topoizomeráza IV u prokaryot. Neschopnost oddělit tyto řetězce vede k buněčné smrti. Topoizomerázy typu IIA mají speciální schopnost relaxovat DNA do stavu pod termodynamickou rovnováhou, což je vlastnost na rozdíl od topoizomeráz typu IA, IB a IIB. Tuto schopnost, známou jako zjednodušení topologie, poprvé identifikovali Rybenkov et al.[1] Toto zjednodušení řídí hydrolýza ATP, ale jasný molekulární mechanismus pro toto zjednodušení stále chybí. Bylo navrženo několik modelů vysvětlujících tento jev, včetně dvou modelů, které se spoléhají na schopnost topoizomeráz typu IIA rozpoznávat ohnuté duplexy DNA.[2] Biochemie, elektronová mikroskopie a nedávné struktury topoizomerázy II vázané na DNA ukazují, že topoizomerázy typu IIA se vážou na vrcholcích DNA, což podporuje tento model.

Klasifikace

Existují dvě podtřídy topoizomeráz typu II, typ IIA a IIB.

  • Topoizomerázy typu IIA zahrnují enzymy DNA gyráza eukaryotická topoizomeráza II (topo II) a bakteriální topoizomeráza IV (topo IV). Tyto enzymy pokrývají všechny oblasti života a jsou nezbytné pro fungování.[3]
  • Topoizomerázy typu IIB jsou strukturně a biochemicky odlišné a zahrnují jednoho člena rodiny, topoizomerázu VI (topo VI). Topoizomerázy typu IIB se nacházejí v archaeách a některých vyšších rostlinách.

Některé organismy mají dvě izoformy topoizomerázy II: alfa a beta. v rakoviny topoizomeráza II-alfa je vysoce exprimována ve vysoce proliferujících buňkách. U některých druhů rakoviny, jako jsou nádory plášťů periferních nervů, je vysoká exprese jeho kódovaného proteinu také spojena se špatným přežitím pacientů.

Tyto dvě třídy topoizomeráz mají podobný mechanismus průchodu vlákny a strukturu domény (viz níže), mají však také několik důležitých rozdílů. Topoizomerázy typu IIA vytvářejí dvouvláknové zlomy s přesahy čtyř bazí, zatímco topoizomerázy typu IIB tvoří dvouvláknové zlomy se dvěma přesahy bází.[4] Kromě toho jsou topoizomerázy typu IIA schopné zjednodušit topologii DNA,[1] zatímco topoizomerázy typu IIB ne.[5]

Struktura

Typ IIA

Schematická struktura gyrázy, orientovaná vzhůru nohama ve srovnání s ostatními příklady v tomto článku.
Struktura kvasinkové topoizomerázy II navázaná na dvojnásobně nicked 34-mer duplex DNA (PDB: 2RGR). Sklad Toprim je zbarven azurově; DNA je zbarvena oranžově; HTH je barevně purpurová; a brána C je zbarvena do fialova. Všimněte si, že DNA je ohnuta o ~ 160 stupňů invariantním isoleucinem (Ile833 v kvasinkách).

Topoizomerázy typu IIA se skládají z několika klíčových motivů:

  • N-koncový GHKL ATPáza doména (pro gyrázu, Hsp, kinázu a MutL),
  • A Toprim doména (A Rossmann fold podtřída), která existuje jak v topoizomerázách typu II, topoizomerázách typu IA, tak v bakteriální primáze (DnaG),
  • centrální jádro vázající DNA (které strukturálně tvoří strukturu ve tvaru srdce) a
  • variabilní C-terminální doména.

Eukaryotické topoizomerázy typu II jsou homodimery (A2), zatímco prokaryotické topoizomerázy typu II jsou heterotetramery (A2B2). Prokaryoty mají na jednom polypeptidu doménu ATPázy a Toprim (Pfam PF00204 ), zatímco jádro štěpení DNA a CTD leží na druhém polypeptidu (Pfam PF00521 ). U gyrázy se první polypeptid nazývá GyrB a druhý polypeptid se nazývá GyrA. Pro topo IV se první polypeptid nazývá ParE a druhý polypeptid se nazývá ParC. Oba podpisy Pfam se nacházejí v jednořetězcové eukayotické topoizomeráze.

Struktury N-terminální ATPázové domény gyrázy[6] a kvasinková topoizomeráza II[7] byly vyřešeny komplexně s AMPPNP (analog ATP), což ukazuje, že dvě domény ATPázy dimerizují a tvoří uzavřenou konformaci. U gyrázy má struktura podstatný otvor ve středu, o kterém se předpokládá, že pojme T-segment.

Propojení domény ATPázy se záhybem Toprim je šroubovicový prvek známý jako doména měniče. Předpokládá se, že tato doména komunikuje nukleotidový stav domény ATPázy se zbytkem proteinu. Úpravy této domény ovlivňují aktivitu topoizomerázy a strukturální práce prováděná skupinou Verdine ukazuje, že stav ATP ovlivňuje orientaci domény převodníku.[8]

Centrální jádro proteinu obsahuje záhyb Toprim a jádro vázající DNA, které obsahuje doménu okřídlené šroubovice (WHD), často označovanou jako doména CAP, protože bylo poprvé identifikováno, že se podobá WHD proteinu aktivujícího katabolit. Katalytický tyrosin leží na tomto WHD. Toprim fold je Rossmann fold, který obsahuje tři neměnné kyselé zbytky, které koordinují ionty hořčíku podílející se na štěpení DNA a náboženství DNA.[9] Struktura Toprim fold a jádro vázající DNA kvasinkové topoizomerázy II bylo nejprve vyřešeno Bergerem a Wangem,[10] a první jádro vázající DNA gyrázy bylo vyřešeno Moraisem Cabralem a kol.[11] Struktura vyřešená Bergerem odhalila důležité poznatky o funkci enzymu. Jádro vázající DNA se skládá z WHD, která vede k doméně věže. Oblast coiled-coil vede k C-terminální doméně, která tvoří hlavní dimerní rozhraní pro tento krystalový stav (často označovaný jako C-gate). Zatímco původní struktura topoizomerázy II ukazuje situaci, kdy jsou WHD odděleny velkou vzdáleností, struktura gyrázy vykazuje uzavřenou konformaci, kde se WHD blíží.

Jádro topoizomerázy II bylo později vyřešeno v nových konformacích, včetně jedné od Fass et al.[12] a jeden od Donga a kol.[13] Struktura Fass ukazuje, že doména Toprim je flexibilní a že tato flexibilita může doméně Toprim umožnit koordinaci s WHD za vytvoření kompetentního štěpného komplexu. Toto bylo nakonec doloženo Dongem a spol. struktura, která byla vyřešena v přítomnosti DNA. Tato poslední struktura ukázala, že doména Toprim a WHD vytvořily štěpný komplex velmi podobný komplexu topoizomeráz typu IA a naznačila, jak lze oddělit vazbu a štěpení DNA, a struktura ukázala, že DNA byla ohnuta o ~ 150 stupňů přes invariantní isoleucin (v topoizomeráze II je to I833 a v gyrázě je to I172). Tento mechanismus ohýbání se velmi podobá mechanismu integrace hostitelského faktoru (IHF) a HU, dvou architektonických proteinů v bakteriích. Kromě toho, zatímco předchozí struktury jádra vázajícího DNA měly uzavřenou bránu C, tato struktura zachytila ​​bránu otevřenou, což je klíčový krok v mechanismu dvou bran (viz níže).

V poslední době bylo vyřešeno několik struktur struktury vázané na DNA ve snaze porozumět jak chemickému mechanismu štěpení DNA, tak strukturnímu základu pro inhibici topoizomerázy antibakteriálními jedy. První kompletní architektura E-coli DNA gyráza byla vyřešena kryoelektronovou mikroskopií při téměř atomovém rozlišení.[14] Nukleoproteinový komplex byl zachycen dlouhým duplexem DNA a gepotidacinem, novým bakteriálním inhibitorem topoizomerázy.

C-koncová oblast prokaryotických topoizomeráz byla vyřešena pro více druhů. První struktura C-terminální domény gyrázy byla vyřešena Corbettem a kol.[15] a C-koncová doména topoizomerázy IV byla vyřešena Corbettem a kol.[5] Struktury vytvořily novou beta hlaveň, která ohýbá DNA obalením nukleové kyseliny kolem sebe. Ohýbání DNA gyrázou bylo navrženo jako klíčový mechanismus ve schopnosti gyrázy vnést do DNA negativní supercoily. To je v souladu s daty stopy, která ukazují, že gyra má stopu 140 párů bází. Jak gyráza, tak topoizomeráza IV CTD ohýbají DNA, ale pouze gyráza zavádí negativní supercoily.

Na rozdíl od funkce C-koncové domény prokaryotických topoizomeráz není funkce C-koncové oblasti eukaryotické topoizomerázy II stále jasná. Studie naznačují, že tato oblast je regulována fosforylací a to moduluje aktivitu topoizomerázy, nicméně je třeba provést další výzkum, aby se to prozkoumalo.

Typ IIB

Struktura topo VI (PDB: 2Q2E) V orientaci podobné příkladu s kvasinkami. Řetězy jsou barevně odlišeny. Doména Toprim leží nahoře a doména ATPase dole; každý tvoří bránu DNA.

Organizace topoizomeráz typu IIB je podobná organizaci typu IIA, kromě toho, že všechny typy IIB mají dva geny a tvoří heterotetramery. Jeden gen, nazývaný topo VI-B (protože se podobá gyrB), obsahuje doménu ATPázy, doménu měniče (Pfam PF09239 ) a C-koncový Ig-násobný H2TH doména (Pfam PF18000 ). Druhý gen, nazývaný topo VI-A (Pfam PF04406 ), obsahuje WHD a doménu Toprim.

ATPázová doména topo VI B byla vyřešena ve více nukleotidových stavech.[16] Velmi se podobá doméně GHKL topo II a MutL a ukazuje, že nukleotidový stav (ADP versus ATP) ovlivňuje orientaci domény převodníku (a 1MX0).

Strukturu topo VI-A vyřešili Bergerat et al.[17] což ukazuje, že záhyby HTH a Toprim měly novou konformaci ve srovnání s konformací topo IIA.

Byla vyřešena nedávná struktura komplexu topo VI A / B, která ukazuje otevřenou a uzavřenou konformaci, dva stavy, které jsou predikovány v mechanismu dvou bran (viz níže). Tyto struktury, z nichž jedna je rentgenová krystalová struktura a druhá rekonstrukce rentgenového rozptylu malého úhlu (SAXS), ukazují, že doména ATPázy může být otevřená nebo uzavřená.[18]

Mechanismus účinku

Strand průchod

Topoizomeráza typu IIA funguje prostřednictvím mechanismu „dvou bran“ (ačkoli se jedná o historickou notaci), což je mechanismus podporovaný biochemií[19] stejně jako strukturálními pracemi.[20]

Řetězec DNA, nazývaný brána, nebo G-segment, je vázán centrální bránou vázající DNA (brána DNA). Druhý řetězec DNA, nazývaný transport, nebo T-segment, je zachycen dimerizací N-koncové domény ATPázy (ATPázová brána), když se dvě molekuly ATP vážou. Hydrolýza ATP a uvolňování anorganického fosfátu vede ke štěpení G-segmentu, protože katalytické tyrosiny tvoří kovalentní fosfotyrosinovou vazbu s 5 'koncem DNA. Tím se vytvoří čtyřpodlažní přesah a dvouvláknový zlom v G-segmentu. Když se brána vázající DNA odděluje, T-segment se přenáší přes G-segment. G-segment je utěsněn, což vede k otevření C-terminálu (nebo C-brány), což umožňuje uvolnění T-segmentu. Uvolnění produktu ADP vede k resetu systému a umožňuje zachytit druhý T-segment.

Topoizomerázy typu IIB fungují podobným způsobem, až na to, že protein tvoří dvoubázový přesah v G-segmentu a C-terminální brána zcela chybí.

Štěpení DNA

V mechanismu průchodu vláknem je štěpení DNA klíčové pro umožnění přenosu T-segmentu přes G-segment. Mechanismus štěpení DNA topoizomerázami typu IIA byl v poslední době předmětem mnoha biochemických a strukturních biologických studií.

Katenace

Katenace je proces, při kterém jsou dva kruhové řetězce DNA spojeny dohromady jako články řetězu. K tomu dochází po replikaci DNA, kdy jsou dva jednotlivé řetězce catenovány a mohou se stále replikovat, ale nemohou se oddělit do dvou dceřiných buněk. Protože topoizomery typu II rozbíjejí dvojité vlákno, mohou tento stav opravit (topoizomerázy typu I by to dokázaly pouze v případě, že již existuje jednořetězcový nick), a správné číslo chromozomu může zůstat v dceřiných buňkách. Lineární DNA v eukaryoty je tak dlouhý, že je lze považovat za bez konce; topoizomerázy typu II jsou potřebné ze stejného důvodu.

Inhibice

Malé molekuly, které cílí na topoizomerázu typu II, se dělí do dvou tříd: inhibitory a jedy. Vzhledem k jejich časté přítomnosti v proliferujících eukaryotických buňkách byly inhibitory topoizomeráz typu II rozsáhle studovány a používány jako protinádorové léky.[21]

  • Inhibitory topoizomerázy typu II zahrnují HU-331, ICRF-187, ICRF-193, a mitindomid. Tyto molekuly fungují tak, že inhibují aktivitu ATPázy tím, že působí jako nekompetitivní inhibitory ATP. To bylo prokázáno strukturálními studiemi[7] a biochemické studie provedené skupinou Lindsley.
  • Mezi jedy topoizomeráz typu II patří etoposid, novobiocin, chinolony (počítaje v to ciprofloxacin ), a teniposid. Tyto malé molekuly se zaměřují na komplex DNA-protein. Některé z těchto molekul vedou ke zvýšenému štěpení, zatímco jiné, jako je etoposid, inhibují náboženství.

Experimentální protinádorový lék m-AMSA (4 '- (9'-akridinylamino) methansulfon-m-anisidid) také inhibuje topoizomerázu typu 2.[22]

Topoizomerázové jedy byly široce používány jako protirakovinné i antibakteriální terapie. Zatímco antibakteriální sloučeniny, jako je ciprofloxacin, cílí na bakteriální gyrázu, neinhibují eukaryotický topoizomerázy typu IIA. Kromě toho mají bakterie rezistentní na léky často bodovou mutaci gyráza (Serine79Alanin v E. coli), který činí chinolony neúčinnými.[Citace je zapotřebí ] Nedávné strukturální studie vedly k objevu sloučeniny, která se již nespoléhá na tento zbytek, a proto má účinnost proti bakteriím rezistentním na léky.[Citace je zapotřebí ]

Bakteriofág T4 gyráza

Bakteriofág (fág) T4 gyráza (topoizmeráza typu II) je multisubunitový protein sestávající z produktů genů 39, 52 a pravděpodobně 60.[23][24] Katalyzuje relaxaci negativně nebo pozitivně superhelikální DNA a používá se ve fágu replikace DNA během infekce E-coli bakteriální hostitel.[25] Protein fágového genu 52 sdílí homologii s E-coli gyrase gyr Podjednotka[26] a protein fágového genu 39 sdílí homologii s podjednotkou gyr B.[27] Od hostitele E-coli DNA gyráza může částečně kompenzovat ztrátu fágových produktů T4 genu, mutanty defektní buď v genech 39, 52 nebo 60 úplně nezruší replikaci fágové DNA, ale spíše oddálí její iniciaci.[25] U takových mutantních infekcí není rychlost prodloužení DNA pomalejší než u divokého typu.[28] Mutanti defektní v genech 39, 52 nebo 60 vykazují zvýšený výskyt genetická rekombinace stejně jako zvýšená substituce a delece báze mutace což naznačuje, že syntéza DNA kompenzovaná hostitelem je méně přesná než syntéza směrovaná fágem divokého typu.[29] Mutant defektní v genu 39 vykazuje zvýšenou citlivost na inaktivaci pomocí ultrafialový ozáření během stádia fágové infekce po zahájení replikace DNA při více kopiích fága chromozóm jsou přítomny.[30] Mutanty defektní v genech 39, 52 a 60 mají sníženou schopnost provádět multiplicitní reaktivaci, což je forma rekombinační opravy, která si poradí s různými typy poškození DNA.[31] Gyráza určená genomem neinfikované E-coli také se zdá, že se účastní rekombinační opravy poskytnutím iniciačního bodu pro vzájemnou výměnu řetězců řízenou proteinem RecA.[32]

Reference

  1. ^ A b Rybenkov VV, Ullsperger C, Vologodskii AV, Cozzarelli NR (srpen 1997). „Zjednodušení topologie DNA pod rovnovážné hodnoty topoizomerázami typu II“. Věda. New York, NY 277 (5326): 690–3. doi:10.1126 / science.277.5326.690. PMID  9235892.
  2. ^ Vologodskii AV, Zhang W, Rybenkov VV, Podtelezhnikov AA, Subramanian D, Griffith JD, Cozzarelli NR (březen 2001). "Mechanismus zjednodušení topologie pomocí DNA topoizomeráz typu II". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 98 (6): 3045–9. Bibcode:2001PNAS ... 98,3045V. doi:10.1073 / pnas.061029098. PMC  30604. PMID  11248029.
  3. ^ Reece RJ, Maxwell A (leden 1991). "DNA gyráza: struktura a funkce". Kritické recenze v biochemii a molekulární biologii. 26 (3–4): 335–75. doi:10.3109/10409239109114072. PMID  1657531.
  4. ^ Buhler C, Lebbink JH, Bocs C, Ladenstein R, Forterre P (říjen 2001). „DNA topoizomeráza VI generuje dvouvláknové zlomy závislé na ATP s přesahy dvou nukleotidů“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (40): 37215–22. doi:10,1074 / jbc.M101823200. PMID  11485995. S2CID  24354635.
  5. ^ A b PDB: 1zvt​; Corbett KD, Schoeffler AJ, Thomsen ND, Berger JM (srpen 2005). "Strukturální základ pro substrátovou specificitu v DNA topoizomeráze IV". Journal of Molecular Biology. 351 (3): 545–61. doi:10.1016 / j.jmb.2005.06.029. PMID  16023670.
  6. ^ Wigley DB, Davies GJ, Dodson EJ, Maxwell A, Dodson G (červen 1991). "Krystalová struktura N-terminálního fragmentu proteinu DNA gyrázy B". Příroda. 351 (6328): 624–9. Bibcode:1991 Natur.351..624W. doi:10.1038 / 351624a0. PMID  1646964. S2CID  4373125.
  7. ^ A b PDB: 1PVG​; Classen S, Olland S, Berger JM (září 2003). "Struktura oblasti topoizomerázy II ATPázy a její mechanismus inhibice chemoterapeutickým činidlem ICRF-187". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 100 (19): 10629–34. Bibcode:2003PNAS..10010629C. doi:10.1073 / pnas.1832879100. PMC  196855. PMID  12963818.
  8. ^ Wei H, Ruthenburg AJ, Bechis SK, Verdine GL (listopad 2005). „Pohyb domény závislý na nukleotidu v doméně ATPázy lidské topoizomerázy DNA typu IIA“. The Journal of Biological Chemistry. 280 (44): 37041–7. doi:10,1074 / jbc.M506520200. PMID  16100112. S2CID  35186716.
  9. ^ Aravind L, Leipe DD, Koonin EV (září 1998). „Toprim - konzervovaná katalytická doména v topoizomerázách typu IA a II, primázách typu DnaG, nukleázách rodiny OLD a proteinech RecR“. Výzkum nukleových kyselin. 26 (18): 4205–13. doi:10.1093 / nar / 26.18.4205. PMC  147817. PMID  9722641.
  10. ^ PDB: 1BGW​; Berger JM, Gamblin SJ, Harrison SC, Wang JC (leden 1996). "Struktura a mechanismus DNA topoizomerázy II". Příroda. 379 (6562): 225–32. Bibcode:1996 Natur.379..225B. doi:10.1038 / 379225a0. PMID  8538787. S2CID  4360011.
  11. ^ PDB: 1AB4​; Morais Cabral JH, Jackson AP, Smith CV, Shikotra N, Maxwell A, Liddington RC (srpen 1997). "Krystalová struktura domény rozbití a shledání DNA gyrázy". Příroda. 388 (6645): 903–6. Bibcode:1997 Natur.388..903M. doi:10.1038/42294. PMID  9278055. S2CID  4320715.
  12. ^ PDB: 1BJT​; Fass D, Bogden CE, Berger JM (duben 1999). „Kvartérní změny v topoizomeráze II mohou řídit ortogonální pohyb dvou řetězců DNA“. Přírodní strukturní biologie. 6 (4): 322–6. doi:10.1038/7556. PMID  10201398. S2CID  947461.
  13. ^ PDB: 2RGR​; Dong KC, Berger JM (prosinec 2007). „Strukturální základna pro rozpoznávání a ohýbání brány-DNA topoizomerázami typu IIA“. Příroda. 450 (7173): 1201–5. Bibcode:2007 Natur.450.1201D. doi:10.1038 / nature06396. PMID  18097402. S2CID  1756317.
  14. ^ Vanden Broeck A, Lotz C, Ortiz J, Lamour V (říjen 2019). „Kryo-EM struktura kompletního nukleoproteinového komplexu DNA DNA gyrázy E. coli“. Příroda komunikace. 10 (1): 4935. Bibcode:2019NatCo..10,4935V. doi:10.1038 / s41467-019-12914-r. PMC  6821735. PMID  31666516.
  15. ^ PDB: 1SUU​; Corbett KD, Shultzaberger RK, Berger JM (květen 2004). „C-koncová doména DNA gyrázy A přebírá záhyb beta-větrníku ohýbající DNA“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 101 (19): 7293–8. Bibcode:2004PNAS..101,7293C. doi:10.1073 / pnas.0401595101. PMC  409912. PMID  15123801.
  16. ^ PDB: 1MU5​; Corbett KD, Berger JM (leden 2003). „Struktura podjednotky topoizomerázy VI-B: důsledky pro mechanismus a vývoj topoizomerázy typu II. Časopis EMBO. 22 (1): 151–63. doi:10.1093 / emboj / cdg008. PMC  140052. PMID  12505993.
  17. ^ Bergerat A, de Massy B, Gadelle D, Varoutas PC, Nicolas A, Forterre P (březen 1997). "Atypická topoizomeráza II z Archea s důsledky pro meiotickou rekombinaci". Příroda. 386 (6623): 414–7. Bibcode:1997 Natur.386..414B. doi:10.1038 / 386414a0. PMID  9121560. S2CID  4327493.
  18. ^ PDB: 2Q2E​; Corbett KD, Benedetti P, Berger JM (červenec 2007). „Sestava holoenzymu a konformační dynamika topoizomerázy VI zprostředkovaná ATP“. Přírodní strukturní a molekulární biologie. 14 (7): 611–9. doi:10.1038 / nsmb1264. PMID  17603498. S2CID  2159631.
  19. ^ Roca J, Wang JC (květen 1994). „Transport DNA topoizomerázou DNA typu II: důkazy ve prospěch mechanismu dvou bran“. Buňka. 77 (4): 609–16. doi:10.1016/0092-8674(94)90222-4. PMID  8187179. S2CID  19776252.
  20. ^ Berger JM, Wang JC (únor 1996). "Nedávný vývoj ve struktuře a mechanismu DNA topoizomerázy II". Aktuální názor na strukturní biologii. 6 (1): 84–90. doi:10.1016 / s0959-440x (96) 80099-6. PMID  8696977.
  21. ^ Alberts B (2014-11-18). Molekulární biologie buňky (Šesté vydání). New York, NY. ISBN  978-0-8153-4432-2. OCLC  887605755.
  22. ^ Willmore E, de Caux S, Sunter NJ, Tilby MJ, Jackson GH, Austin CA, Durkacz BW (červen 2004). „Nový inhibitor proteinkinázy závislý na DNA, NU7026, potencuje cytotoxicitu jedů topoizomerázy II používaných při léčbě leukémie.“. Krev. 103 (12): 4659–65. doi:10.1182 / krev-2003-07-2527. PMID  15010369.
  23. ^ Liu LF, Liu CC, Alberts BM (říjen 1979). „T4 DNA topoizomeráza: nový enzym závislý na ATP nezbytný pro zahájení replikace DNA bakteriofága T4“. Příroda. 281 (5731): 456–61. Bibcode:1979 Natur.281..456L. doi:10.1038 / 281456a0. PMID  226889. S2CID  4343962.
  24. ^ Stetler GL, King GJ, Huang WM (srpen 1979). „Proteiny T4 zpožďující DNA, potřebné pro specifickou replikaci DNA, tvoří komplex, který má aktivitu ATP-dependentní DNA topoizomerázy“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 76 (8): 3737–41. Bibcode:1979PNAS ... 76,3737S. doi:10.1073 / pnas.76.8.3737. PMC  383908. PMID  226976.
  25. ^ A b McCarthy D (leden 1979). „Zahájení replikace DNA bakteriofága T4 závislé na glyáze: interakce gyrázy Escherichia coli s novobiocinem, kumermycinem a fágovými produkty pro zpoždění DNA“. Journal of Molecular Biology. 127 (3): 265–83. doi:10.1016/0022-2836(79)90329-2. PMID  372540.
  26. ^ Huang WM (září 1986). „52-proteinová podjednotka T4 DNA topoizomerázy je homologní s gyrA-proteinem gyrázy“. Výzkum nukleových kyselin. 14 (18): 7379–90. PMC  311757. PMID  3020513.
  27. ^ Huang WM (říjen 1986). "Nukleotidová sekvence genu DNA topoizomerázy typu II. Bakteriofág T4 gen 39". Výzkum nukleových kyselin. 14 (19): 7751–65. doi:10.1093 / nar / 14.19.7751. PMC  311794. PMID  3022233.
  28. ^ McCarthy D, Minner C, Bernstein H, Bernstein C (říjen 1976). „Míra prodloužení DNA a distribuce rostoucího bodu fága T4 divokého typu a mutantu jantarového zpoždění“. Journal of Molecular Biology. 106 (4): 963–81. doi:10.1016/0022-2836(76)90346-6. PMID  789903.
  29. ^ Mufti S, Bernstein H (říjen 1974). „Mutanti zpoždění DNA bakteriofága T4“. Journal of Virology. 14 (4): 860–71. doi:10.1128 / JVI.14.4.860-871.1974. PMC  355592. PMID  4609406.
  30. ^ Hyman P (srpen 1993). „Genetika účinku Luria-Latarjet v bakteriofágu T4: důkazy o zapojení více opravných drah DNA“. Genetický výzkum. 62 (1): 1–9. doi:10.1017 / s0016672300031499. PMID  8405988.
  31. ^ Miskimins R, Schneider S, Johns V, Bernstein H (červen 1982). „Zapojení topoizomerázy do multiplicity reaktivace fága T4“. Genetika. 101 (2): 157–77. PMC  1201854. PMID  6293912.
  32. ^ Cassuto E (září 1984). „Tvorba kovalentně uzavřené heteroduplexní DNA kombinovaným působením gyrázy a proteinu RecA“. Časopis EMBO. 3 (9): 2159–64. doi:10.1002 / j.1460-2075.1984.tb02106.x. PMC  557658. PMID  6092061.

Další čtení

externí odkazy