Kazalská doména - Kazal domain
Doména inhibitoru serinové proteázy kazalského typu | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
struktura komplexu follistatin: aktivin | |||||||||
Identifikátory | |||||||||
Symbol | Kazal_1 | ||||||||
Pfam | PF00050 | ||||||||
InterPro | IPR002350 | ||||||||
STRÁNKA | PDOC00254 | ||||||||
SCOP2 | 3 sgb / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
|
Doména inhibitoru serinové proteázy kazalského typu | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
struktura fs1, domény vázající heparin follistatinu | |||||||||
Identifikátory | |||||||||
Symbol | Kazal_2 | ||||||||
Pfam | PF07648 | ||||||||
InterPro | IPR011497 | ||||||||
STRÁNKA | PDOC00254 | ||||||||
SCOP2 | 3 sgb / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
|
The Kazalská doména je evoluční konzervovaný proteinová doména obvykle svědčí o serinová proteáza inhibitory. Kazal-like domény jsou však také vidět v extracelulární části Agrins, o kterých není známo, že jsou proteázovými inhibitory.
U zvířat jsou inhibitory serinové proteázy, které působí prostřednictvím své kazalské domény, seskupeny pod MEROPS rodina inhibitorů I1, klan IA.[1][2]
Kazal 1
Kazalské domény se často vyskytují v tandemových polích. Malý alfa + beta fold obsahující tři disulfidové vazby. Zarovnání také zahrnuje jednu doménu z transportérů v rodině OATP / PGT P46721.
Peptid inhibitory proteinázy lze najít jako singl doména bílkoviny nebo jako jeden nebo více domén v proteinech; tyto se označují buď jako jednoduché, nebo jako složené inhibitory. V mnoha případech jsou syntetizovány jako součást většího předchůdce protein, buď jako prepropeptid, nebo jako N-terminální doména spojená s neaktivním peptidáza nebo zymogen. Tato doména brání v přístupu Podklad do Aktivní stránky. Odstranění N-terminální inhibiční domény buď interakcí s druhou peptidázou nebo pomocí autokatalytický výstřih aktivuje zymogen. Jiné inhibitory komunikovat přímo s proteinázy pomocí jednoduchého nekovalentního mechanismu zámku a klíče; zatímco ostatní používají a konformační odchyt založený na změnách mechanismus to záleží na jejich strukturální a termodynamické vlastnosti.
Tato rodina inhibitorů Kazal patří do rodiny inhibitorů MEROPS I1, klanu IA. Ony inhibovat serin peptidázy rodiny S1 (INTERPRO ).[3] Členové jsou primárně metazoani, ale zahrnuje výjimky v alveolata (apicomplexa), stramenopiles, vyšší rostliny a bakterie.
Patří mezi inhibitory Kazal, které inhibují řadu serinových proteáz (jako je trypsin a elastáza) rodina proteinů to zahrnuje sekreci pankreatu trypsin inhibitor; ptačí ovomukoid; inhibitor akrosinu; a inhibitor elastázy. Tyto bílkoviny obsahují 1 až 7 inhibitorů kazalského typu opakuje.[4][5]
The struktura kazalského opakování zahrnuje velké množství prodlouženého řetězce, 2 krátké alfa-šroubovice a 3vláknová antiparalelní beta list.[4] Inhibitor s ním naváže 11 kontaktů enzym substrát: neobvykle, 8 z těchto důležitých zbytky jsou hypervariabilní.[5] Změna zbytků po kontaktu s enzymem, zejména zbytků vazby aktivního místa, ovlivňuje sílu inhibice a specifičnost inhibitoru konkrétního serinu proteázy.[5][6] Přítomnost této domény Pfam obvykle svědčí o serinu proteáza inhibitory, nicméně, jako Kazal domén jsou také vidět v extracelulární část agrinů, o kterých není známo, že jsou inhibitory proteinázy.
Lidské proteiny s doménami Kazal 1:
- ÚŠKLEBEK, CPAMD8
- FST, FSTL3, FSTL4, FSTL5
- IGFBPL1
- SMOC1, SPARC, SPARCL1, SPINK1, SPINK2, SPINK4, SPINK5, SPINK5L2, SPINK5L3, SPINK6, SPINK7, SPINK 9
- TMEFF1, TMEFF2
Kazal 2
Tento doména je obvykle indikátorem serinové proteázy inhibitory které patří Meropsovi inhibitor rodiny: I1, I2, I17 a I31. Nicméně jako kazal domén jsou také vidět v extracelulární část agrinů, o nichž není známo, že jsou inhibitory proteázy. Kazal domén se často vyskytují v tandemová pole a mít centrální alfa-šroubovici, krátkou dvouvláknovou antiparalelní beta-list a několik disulfidů vazby.[7][8][9] Aminoterminální segment této domény váže do Aktivní stránky svých cílových proteáz, čímž inhibuje jejich funkci.
Lidské proteiny s doménami Kazal 2:
- C6, CFI
- FSTL1, FSTL3
- HTRA1, HTRA3, HTRA4
- IGFBP7, KAZALD1, LST3, RECK
- SLC21A8, SLCO1A2, SLCO1B1, SLCO1B3, SLCO1C1, SLCO2A1, SLCO3A1, SLCO4A1, SLCO4C1, SLCO5A1, SLCO6A1, SMOC2, SPINK5, SPOCK1, SPOCK2, SPOCK3
- WFIKKN1, WFIKKN2
Reference
- ^ Rodina MEROPS I1
- ^ InterPro: IPR001239
- ^ Rawlings ND, Tolle DP, Barrett AJ (březen 2004). "Evoluční rodiny inhibitorů peptidázy". Biochem. J. 378 (Pt 3): 705–16. doi:10.1042 / BJ20031825. PMC 1224039. PMID 14705960.
- ^ A b Williamson MP; Marion D; Wüthrich K (březen 1984). "Sekundární struktura v konformaci roztoku inhibitoru proteinázy IIA z býčí semenné plazmy nukleární magnetickou rezonancí". J. Mol. Biol. 173 (3): 341–59. doi:10.1016/0022-2836(84)90125-6. PMID 6699915.
- ^ A b C Laskowski M, Kato I, Ardelt W, Cook J, Denton A, Empie MW, Kohr WJ, Park SJ, Parks K, Schatzley BL (leden 1987). „Ovomukoidní třetí domény od 100 ptačích druhů: izolace, sekvence a hypervariabilita kontaktních zbytků enzym-inhibitor“. Biochemie. 26 (1): 202–21. doi:10.1021 / bi00375a028. PMID 3828298.
- ^ Empie MW, Laskowski M (květen 1982). „Termodynamika a kinetika nahrazování jednotlivých zbytků ve třetích doménách ovomukoidů ptáků: účinek na interakce inhibitorů se serinovými proteinázami“. Biochemie. 21 (10): 2274–84. doi:10.1021 / bi00539a002. PMID 7046785.
- ^ Schlott B, Wöhnert J, Icke C, Hartmann M, Ramachandran R, Gührs KH, Glusa E, Flemming J, Görlach M, Grosse F, Ohlenschläger O (duben 2002). "Interakce domén inhibitoru kazalského typu se serinovými proteinázami: biochemické a strukturní studie". J. Mol. Biol. 318 (2): 533–46. doi:10.1016 / S0022-2836 (02) 00014-1. PMID 12051857.
- ^ Stubbs MT, Morenweiser R, Stürzebecher J, Bauer M, Bode W, Huber R, Piechottka GP, Matschiner G, Sommerhoff CP, Fritz H, Auerswald EA (srpen 1997). „Trojrozměrná struktura inhibitoru tryptázy odvozeného od pijavice v komplexu s trypsinem. Důsledky pro strukturu tryptázy z lidských mastocytů a její inhibici“. J. Biol. Chem. 272 (32): 19931–7. doi:10.1074 / jbc.272.32.19931. PMID 9242660.
- ^ van de Locht A, Lamba D, Bauer M, Huber R, Friedrich T, Kröger B, Höffken W, Bode W (listopad 1995). „Dvě hlavy jsou lepší než jedna: krystalová struktura dvojdomény kazalského inhibitoru rhodniinu odvozeného od hmyzu v komplexu s trombinem“. EMBO J.. 14 (21): 5149–57. doi:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb00199.x. PMC 394622. PMID 7489704.