Dihydrodipikolinát syntáza - Dihydrodipicolinate synthase
| 4-hydroxy-tetrahydrodipikolinát syntáza | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||
| EC číslo | 4.3.3.7 | ||||||||
| Číslo CAS | 9055-59-8 | ||||||||
| Databáze | |||||||||
| IntEnz | IntEnz pohled | ||||||||
| BRENDA | Vstup BRENDA | ||||||||
| EXPASY | Pohled NiceZyme | ||||||||
| KEGG | Vstup KEGG | ||||||||
| MetaCyc | metabolická cesta | ||||||||
| PRIAM | profil | ||||||||
| PDB struktur | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| Genová ontologie | AmiGO / QuickGO | ||||||||
| |||||||||
| Rodina dihydrodipikolinát syntetázy | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Krystalová struktura dihydrodipikolinát syntázy dapa-2 (ba3935) z Bacillus anthracis v rozlišení 1,94a. | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | DHDPS | ||||||||
| Pfam | PF00701 | ||||||||
| Pfam klan | CL0036 | ||||||||
| InterPro | IPR002220 | ||||||||
| STRÁNKA | PDOC00569 | ||||||||
| SCOP2 | 1 hp / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| CDD | cd00950 | ||||||||
| |||||||||
4-Hydroxy-tetrahydrodipikolinát syntáza (ES 4.3.3.7, dihydrodipikolinát syntáza, dihydropikolinát syntetáza, syntáza kyseliny dihydrodipikolinové, L-aspartát-4-semialdehydhydrolyáza (přidání pyruvátu a cyklizace), dapA (gen)) je enzym s systematické jméno L-aspartát-4-semialdehydhydrolyáza (přidání pyruvátu a cyklizace; tvorba (4S) -4-hydroxy-2,3,4,5-tetrahydro- (2S) -dipikolinátu).[1][2][3][4] Tento enzym katalýzy následující chemická reakce
- pyruvát + L-aspartát-4-semialdehyd (2S, 4S) -4-hydroxy-2,3,4,5-tetrahydrodipikolinát + H2Ó
Reakce probíhá ve třech po sobě jdoucích krocích.
Funkce
Tento enzym patří do rodiny lyázy, konkrétně amin-lyázy, které štěpí vazby uhlík-dusík. Klíčem je 4-hydroxy-tetrahydrodipikolinát syntáza enzym v biosyntéza lysinu cestou diaminopimelátu z prokaryoty, někteří fykomycety, a vyšší rostliny. Enzym katalýzy kondenzace L-aspartát-beta-semialdehydu a pyruvátu na kyselinu 4-hydroxy-tetrahydropikolinovou prostřednictvím ping-pongového mechanismu, ve kterém pyruvát váže se na enzym tvorbou a Schiffova základna s lysin zbytek.[5]
Související enzymy
Tři další bílkoviny jsou strukturálně související s tímto enzymem a pravděpodobně také působí podobným katalytickým mechanismem. Tyto jsou Escherichia coli N-acetylneuraminát lyáza (ES 4.1.3.3 ) (protein NanA), který katalýzy kondenzace N-acetyl-D-manosamin a pyruvát N-acetylneuraminát; Rhizobium meliloti (Sinorhizobium meliloti) protein MosA,[6] který se podílí na biosyntéze rhizopinu 3-Ó-methyl-scyllo-inosamin; a E-coli hypotetický protein YjhH.
Struktura
The sekvence 4-hydroxy-tetrahydrodipikolinát syntázy z různých zdrojů jsou dobře konzervované. Struktura má formu homotetrameru, ve kterém 2 monomery souvisí přibližně 2krát symetrie.[5] Každý monomer obsahuje 2 domény: 8násobný alfa- / beta-barel a C-terminál alfa-šroubovice doména. The složit připomíná to z N-acetylneuraminát lyáza. The Aktivní stránky lysin se nachází v doméně hlavně a má přístup přes 2 kanály na C-terminální straně hlavně.
Reference
- ^ Yugari Y, Gilvarg C (prosinec 1965). "Kondenzační krok v syntéze diaminopimelátu". The Journal of Biological Chemistry. 240 (12): 4710–6. PMID 5321309.
- ^ Blickling S, Renner C, Laber B, Pohlenz HD, Holak TA, Huber R (leden 1997). „Reakční mechanismus dihydrodipikolinát syntázy Escherichia coli zkoumán rentgenovou krystalografií a NMR spektroskopií“. Biochemie. 36 (1): 24–33. doi:10.1021 / bi962272d. PMID 8993314.
- ^ Devenish SR, Blunt JW, Gerrard JA (červen 2010). „NMR studie odhalují alternativní substráty pro dihydrodipikolinát syntázu a naznačují, že dihydrodipikolinát reduktáza je také dehydratáza.“ Journal of Medicinal Chemistry. 53 (12): 4808–12. doi:10.1021 / jm100349s. PMID 20503968.
- ^ Soares da Costa TP, Muscroft-Taylor AC, Dobson RC, Devenish SR, Jameson GB, Gerrard JA (červenec 2010). "Jak zásadní je 'základní' lysin v aktivním místě v dihydrodipikolinát syntáze?". Biochimie. 92 (7): 837–45. doi:10.1016 / j.biochi.2010.03.004. PMID 20353808.
- ^ A b Mirwaldt C, Korndörfer I, Huber R (únor 1995). "Krystalová struktura dihydrodipikolinát syntázy z Escherichia coli při rozlišení 2,5 A". Journal of Molecular Biology. 246 (1): 227–39. doi:10.1006 / jmbi.1994.0078. PMID 7853400.
- ^ Murphy PJ, Trenz SP, Grzemski W, De Bruijn FJ, Schell J (srpen 1993). „Rhizobium meliloti rhizopine mos locus je mozaiková struktura usnadňující jeho symbiotickou regulaci“. Journal of Bacteriology. 175 (16): 5193–204. doi:10.1128 / jb.175.16.5193-5204.1993. PMC 204987. PMID 8349559.
Další čtení
- Shedlarski JG, Gilvarg C (březen 1970). "Pyruvát-asparagový semialdehydový kondenzační enzym Escherichia coli". The Journal of Biological Chemistry. 245 (6): 1362–73. PMID 4910051.
externí odkazy
- 4-hydroxy-tetrahydrodipikolinát + syntáza v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
