RNA specifická pro malé tělo Cajal 15 - Small Cajal body specific RNA 15

RNA specifická pro malé tělo Cajal 15
RF00426.jpg
Identifikátory
SymbolSCARNA15
Alt. SymbolysnoACA45
RfamRF00426
Další údaje
RNA typGen; snRNA; snoRNA; scaRNA
DoményEukaryota
JÍTGO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO:
TAKSO: 0000275
PDB strukturPDBe

RNA specifická pro malé tělo Cajal 15 (také známý jako SCARNA15 nebo ACA45) je malá nukleolární RNA nalezen v Cajalská těla a předpokládá se, že je zapojen do pseudouridylace (izomerizace z uridin na pseudouridin ) z U1 spliceozomální RNA.

scaRNA jsou specifickou třídou malé nukleolární RNA že lokalizovat do Cajalská těla a řídit úpravy RNA polymeráza II přepsal spliceosomální RNA U1, U2, U4, U5 a U12.[1]

ACA45 patří do H / ACA box třída naváděcích RNA, protože má předpokládanou strukturu vlásenka-pant-vlásenka-ocas, konzervované motivy H / ACA-boxu a je spojena s GAR1.[2] Předpokládá se, že ACA45 řídí pseudouridylaci zbytku U37 spliceosomální snRNA U2.[3]

Ukázalo se, že lidský ACA45 lze zpracovat na 21 nukleotidy dlouho dospělý miRNA podle Endoribonukleáza rodiny RNAse III hráč v kostky.[4] Tento produkt snoRNA byl dříve identifikován jako mmu-miR-1839[5] a ukázalo se, že je zpracováván nezávisle na ostatních generujících miRNA endoribonukleáza drosha.[6]

Reference

  1. ^ Darzacq X, Jády BE, Verheggen C, Kiss AM, Bertrand E, Kiss T (červen 2002). „Cajalovo tělo specifické malé jaderné RNA: nová třída 2'-O-methylace a pseudouridylace vodicích RNA“. Časopis EMBO. 21 (11): 2746–56. doi:10.1093 / emboj / 21.11.2746. PMC  126017. PMID  12032087.
  2. ^ Kiss AM, Jády BE, Bertrand E, Kiss T (červenec 2004). "Human box H / ACA pseudouridylation guide RNA machines". Molekulární a buněčná biologie. 24 (13): 5797–807. doi:10.1128 / MCB.24.13.5797-5807.2004. PMC  480876. PMID  15199136.
  3. ^ Lestrade L, Weber MJ (leden 2006). „snoRNA-LBME-db, komplexní databáze lidských H / ACA a C / D box snoRNA“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D158-62. CiteSeerX  10.1.1.105.7552. doi:10.1093 / nar / gkj002. PMC  1347365. PMID  16381836.
  4. ^ Ender C, Krek A, Friedländer MR, Beitzinger M, Weinmann L, Chen W, Pfeffer S, Rajewsky N, Meister G (listopad 2008). "Lidská snoRNA s funkcemi podobnými mikroRNA". Molekulární buňka. 32 (4): 519–28. doi:10.1016 / j.molcel.2008.10.017. PMID  19026782.
  5. ^ „mmu-miR-1839“. MiRBase.
  6. ^ Babiarz JE, Ruby JG, Wang Y, Bartel DP, Blelloch R (říjen 2008). „Myší buňky ES exprimují endogenní shRNA, siRNA a další malé RNA nezávislé na mikroprocesorech, závislé na Dicerovi“. Geny a vývoj. 22 (20): 2773–85. doi:10.1101 / gad.1705308. PMC  2569885. PMID  18923076.

externí odkazy