Databáze kinetiky reakce SABIO - SABIO-Reaction Kinetics Database
Obsah | |
---|---|
Popis | Databáze biochemických reakcí a jejich kinetických vlastností |
Typy dat zajat | Kvantitativní informace o dynamice reakce |
Organismy | Všechno |
Kontakt | |
Výzkumné centrum | Heidelberger Institut für Theoretische Studien |
Laboratoř | Vědecké databáze a vizualizace |
Datum vydání | 2006 |
Přístup | |
webová stránka | http://sabio.h-its.org |
webová služba URL | http://sabio.h-its.org/layouts/content/webservices.gsp |
Smíšený | |
Licence | http://sabio.h-its.org/layouts/content/termscondition.gsp |
Kurátorská politika | Upravená databáze |
SABIO-RK (System pro Analýza Biochemické cesty - Rjídlo K.inetics) je přístupný na webu databáze ukládání informací o biochemických reakce a jejich kinetický vlastnosti.
SABIO-RK obsahuje reprezentaci kvantitativních informací o dynamice reakce na základě vybrané vybrané publikace, která zahrnuje všechny dostupné kinetické parametry spolu s jejich odpovídajícími rychlostní rovnice, stejně jako kinetické zákony a typy parametrů a experimentální a environmentální podmínky, za kterých byla kinetická data stanovena. Kromě toho SABIO-RK obsahuje informace o základních biochemických reakcích a cesty včetně jejich účastníci reakce,buněčný umístění a podrobné informace o enzymy katalyzující reakce.[1][2][3][4][5]
Obsah databáze SABIO-RK
Data uložená v SABIO-RK jsou komplexním způsobem extrahována hlavně ručně z literatury. To zahrnuje reakce, jejich účastníky (substráty, produkty), modifikátory (inhibitory, aktivátory, kofaktory ), katalyzátor podrobnosti (např. Klasifikace enzymů ES, složení proteinového komplexu, divoký typ / mutant kinetické parametry spolu s odpovídající rychlostní rovnicí, biologické zdroje (organismus, tkáň, celulární umístění), podmínky prostředí (pH, teplota, pufr) a referenční podrobnosti. Data jsou přizpůsobena, normalizována a anotována do kontrolovaných slovníků, ontologie a externí zdroje dat včetně KEGG, UniProt, ChEBI, PubChem, NCBI, Reactome, BRENDA, MetaCyc, BioModely, a PubMed.
Od září 2019 obsahuje SABIO-RK více než 60 000 vybraných samostatných záznamů z více než 6 000 publikací.
Několik nástrojů, databází a pracovních postupů v Systémová biologie využívat data biochemických reakcí SABIO-RK integrací do jejich rámce včetně SYCAMORE,[6]MeMo-RK,[7]CellDesigner,[8]PeroxisomeDB,[9]Taverna nástroje pracovního postupu, jako je software KineticsWizard pro sběr a analýzu dat.[10]Součástí je také SABIO-RK MIRIAM registr, soubor pokynů pro anotaci a úpravu výpočetní modely[11][12]
Přístup k databázi SABIO-RK
Používání SABIO-RK je bezplatné. Komerční uživatelé potřebují licenci. Sabio-RK nabízí několik způsobů přístupu k datům:
- rozhraní založené na prohlížeči
- Klidný - webové služby založené na programovém přístupu
Sady dat o výsledcích lze exportovat v různých formátech včetně SBML, BioPAX /SBPAX a formát tabulky.
Reference
- ^ Wittig, U; Rey, M; Weidemann, A; Kania, R; Müller, W (4. ledna 2018). „SABIO-RK: aktualizovaný zdroj pro ručně upravenou kinetiku biochemické reakce“. Výzkum nukleových kyselin. 46 (D1): D656 – D660. doi:10.1093 / nar / gkx1065. PMC 5753344. PMID 29092055.
- ^ Wittig, U; Kania, R; Golebiewski, M; Rey, M; Shi, L; Jong, L; Algaa, E; Weidemann, A; Sauer-Danzwith, H; Mir, S; Krebs, O; Bittkowski, M; Wetsch, E; Rojas, I; Müller, W (leden 2012). "SABIO-RK - databáze kinetiky biochemických reakcí". Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D790-6. doi:10.1093 / nar / gkr1046. PMC 3245076. PMID 22102587.
- ^ Rojas, I; Golebiewski, M; Kania, R; Krebs, O; Mir, S; Weidemann, A; Wittig, U (2007). "Ukládání a anotace kinetických dat". In Silico Biology. 7 (2 doplňky): S37–44. PMID 17822389.
- ^ Wittig, Ulrike; Golebiewski, Martin; Kania, Renate; Krebs, Olga; Mir, Saqib; Weidemann, Andreas; Anstein, Stefanie; Saric, Jasmin; Rojas, Isabel (2006). „SABIO-RK: Integration and Curation of Reaction Kinetics Data“. Integrace dat v biologických vědách. Přednášky z informatiky. 4075. str. 94–103. doi:10.1007/11799511_9. ISBN 978-3-540-36593-8.
- ^ Müller W. In:Pfade im Informationsdschungel Spektrum der Wissenschaft „Spektrum Spezial: Datengetriebene Wissenschaft, prosinec 2011
- ^ Weidemann, A .; Richter, S .; Stein, M .; Sahle, S .; Gauges, R .; Gabdoulline, R .; Surovtsova, I .; Semmelrock, N .; et al. (2008). „SYCAMORE - prostředí pro výpočetní analýzu a modelování biologie systémů“. Bioinformatika. 24 (12): 1463–4. doi:10.1093 / bioinformatika / btn207. PMID 18463116.
- ^ Swainston, Neil; Golebiewski, Martin; Messiha, Hanan L .; Malys, Naglis; Kania, Renate; Kengne, Sylvestre; Krebs, Olga; Mir, Saqib; et al. (2010). Msgstr "Informatika kinetiky enzymů: Od přístroje k prohlížeči". FEBS Journal. 277 (18): 3769–79. CiteSeerX 10.1.1.659.3420. doi:10.1111 / j.1742-4658.2010.07778.x. PMID 20738395.
- ^ Funahashi, A; Jouraku, A; Matsuoka, Y; Kitano, H (2007). "Integrace CellDesigner a SABIO-RK". In Silico Biology. 7 (2 doplňky): S81–90. PMID 17822394.
- ^ Schluter, A .; Real-Chicharro, A .; Gabaldon, T .; Sanchez-Jimenez, F .; Pujol, A. (2009). „PeroxisomeDB 2.0: Integrative view of the global peroxisomal metabolome“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Problém s databází): D800–5. doi:10.1093 / nar / gkp935. PMC 2808949. PMID 19892824.
- ^ Messiha, Hanan L .; Malys, Naglis; Carroll, Kathleen M. (2011). "Směrem k úplnému kvantitativnímu popisu metabolismu kvasinek". Metody v biologii systémů. Metody v enzymologii. 500. 215–231. doi:10.1016 / B978-0-12-385118-5.00012-8. ISBN 978-0-12-385118-5. PMID 21943900.
- ^ Juty, N .; Le Novere, N .; Laibe, C. (2011). „Identifiers.org a MIRIAM Registry: Prostředky komunity k zajištění trvalé identifikace“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D580–6. doi:10.1093 / nar / gkr1097. PMC 3245029. PMID 22140103.
- ^ SABIO-RK jako součást registru MIRIAM