BioPAX - BioPAX - Wikipedia
BioPAX (Biological Pathway Exchange) je a RDF /SOVA -standardní jazyk založený na reprezentaci biologické cesty na molekulární a buněčné úrovni. Jeho hlavním využitím je usnadnit výměnu údajů o dráze. Údaje o dráze zachycují naše chápání biologických procesů, ale její rychlý růst vyžaduje vývoj databází a výpočetních nástrojů, které pomáhají interpretovat. Současná fragmentace informací o dráze napříč mnoha databázemi s nekompatibilními formáty však představuje překážky pro jejich efektivní využití. BioPAX řeší tento problém tím, že podstatně usnadňuje shromažďování, indexování, interpretaci a sdílení údajů o dráze. BioPAX může představovat metabolické a signální dráhy, molekulární a genetické interakce a sítě pro regulaci genů. BioPAX byl vytvořen komunitním procesem. Prostřednictvím BioPAX jsou k dispozici miliony interakcí uspořádaných do tisíců cest napříč mnoha organismy z rostoucího počtu zdrojů. Velké množství dat o dráze je tedy k dispozici ve výpočetní formě na podporu vizualizace, analýzy a biologického objevu.
Je podporován řadou online databází (např. Reactome ) a nástroje. Poslední vydanou verzí je BioPAX úrovně 3. Existuje také snaha vytvořit verzi BioPAX jako součást OBO.
Správa a rozvoj
Další verze BioPAX, úroveň 4, je vyvíjena komunitou výzkumníků. Vývoj je koordinován radou editorů a usnadňován různými pracovními skupinami BioPAX.
Systémová biologická výměna cest (SBPAX) je rozšířením pro úroveň 3 a návrhem na úrovni 4 pro přidání kvantitativních údajů a biologie systémů termíny (např Systémová biologie Ontologie ). Export SBPAX byl implementován cesta databáze Signalizační stránky molekul brány[1] a Databáze kinetiky reakce SABIO. Import protokolu SBPAX byl implementován rámcem celulárního modelování Virtuální buňka.
Mezi další návrhy pro úroveň 4 patří vylepšená podpora pro Sémantický web, validace a vizualizace.
Databáze s exportem BioPAX
Online databáze nabízející export BioPAX zahrnují:
- Stránky molekul signální brány (SGMP)
- Reactome
- BioCyc
- INOH
- BioModely
- Databáze interakcí mezi přírodou a NCI
- Mapa buněk rakoviny
- Pathway Commons
- Netpath - Vybraný zdroj drah přenosu signálu u lidí
- ConsensusPathDB - Databáze integrující lidské funkční interakční sítě
- PANTER (Seznam cest )
- WikiPathways
- PharmGKB /PharmGKB *
Software
Software podporující BioPAX zahrnuje:
- Paxtools, rozhraní Java API pro zpracování souborů BioPAX
- Systémový biologický linker (Sybil), aplikace pro vizualizaci BioPAX a převod BioPAX na SBML jako součást Virtuální buňka.
- ChiBE (Editor Chisio BioPAX),[2] aplikace pro vizualizaci a úpravy BioPAX.
- Validátor BioPAX - syntaxe a sémantická pravidla a osvědčené postupy (projekt wiki )
- Cytoscape obsahuje čtečku BioPAX a další rozšíření, například plugin PathwayCommons a aplikaci CyPath2.
- BiNoM, plugin cytoscape pro síťovou analýzu, s funkcemi pro import a export souborů BioPAX úrovně 3.
- BioPAX vzor, Java API pro definování a prohledávání vzorů grafů v souborech BioPAX.
Viz také
Reference
- ^ Dinasarapu A.R; Saunders B; Ozerlat I; Azam K; Subramaniam S (2010). „Stránky molekul brány Signaling - perspektiva datového modelu“. Bioinformatika. 27 (12): 1736–1738. doi:10.1093 / bioinformatika / btr190. PMC 3106186. PMID 21505029.
- ^ Babur, Ozgun, Ugur Dogrusoz, Emek Demir a Chris Sander. „ChiBE: interaktivní vizualizace a manipulace s modely dráhy BioPAX.“ Bioinformatika 26, č. 3 (2010): 429-431.