BioModely - BioModels
 | |
|---|---|
| Obsah | |
| Popis | Úložiště pro ukládání, výměnu a načítání výpočetních modelů biologického zájmu. |
| Typy dat zajat | výpočetní modely |
| Organismy | Všechno |
| Kontakt | |
| Výzkumné centrum | EMBL-EBI, BI, Caltech |
| Primární citace | PMID 20587024 |
| Datum vydání | 2005 |
| Přístup | |
| Standardy | MIRIAM |
| Datový formát | SBML, BioPAX, SciLab, Oktáva, XPP, VCML, RDF / XML |
| webová stránka | Hlavní instance EBI, Zrcadlo Caltech |
| Stáhnout URL | EBI FTP |
| webová služba URL | MÝDLO |
| Nástroje | |
| Web | Zobrazení modelu, více strategií procházení, pokročilé vyhledávání, hromadné stahování, model měsíce |
| Smíšený | |
| Licence | CC0 Věnování veřejné domény |
| Verze | 28 (září 2014) |
| Kurátorská politika | ano (manuální) |
| Bookmarkable subjekty | Ano |
BioModely je zdarma a open-source úložiště pro ukládání, výměnu a získávání kvantitativních modelů biologického zájmu vytvořených v roce 2006.[1][2][3] Všechny modely v kurátorované části databáze BioModels byly popsány v recenzováno vědecká literatura.
Modely uložené v kurátorské větvi BioModels jsou kompatibilní s MIRIAM, standard úpravy modelu a anotace. Kurátoři simulovali modely, aby ověřili, že při spuštění v simulacích poskytují stejné výsledky, jaké jsou popsány v publikaci. Součásti modelu jsou anotovány, takže uživatelé mohou pohodlně identifikovat každý prvek modelu a získávat další informace z jiných zdrojů.
Modeláři mohou modely odeslat v SBML a CellML. Modely lze následně stáhnout v SBML, VCML, XPP, SciLab, Oktáva, BioPAX a RDF / XML. Reakční sítě modelů jsou prezentovány v některých grafických formátech, jako např PNG, SVG a grafické Jáva applet, ve kterém byly některé sítě prezentovány následovně Systémová biologie Grafická notace. A lidsky čitelné shrnutí každého modelu je k dispozici v PDF.
Obsah
BioModels se skládá z několika větví. Kurátorovaná větev hostí modely, které jsou dobře kurátorované a anotované. Non-curated-branch poskytuje modely, které stále nejsou kurátorem, jsou neopravitelné (prostorové modely, modely v ustáleném stavu atd.) Nebo jsou příliš velké na to, aby byly kurátorem. Nekurované modely lze později přesunout do kurátorské větve. Úložiště také hostí modely, které byly automaticky generovány z databází cest.
Všechny modely jsou volně dostupné pod Creative Commons CC0 Public Domain Dedication, a lze k nim snadno přistupovat prostřednictvím webových stránek nebo Webové služby.[4] Lze také stáhnout archivy všech modelů z EBI FTP server.
Společnost BioModels oznámila své 31. vydání 26. června 2017.[5] Nyní veřejně poskytuje 144 710 modelů. To odpovídá 1 640 modelům publikovaným v literatuře a 143 070 modelům automaticky generovaným ze zdrojů cesty.
Ukládání modelů v BioModels obhajuje řada vědeckých časopisů, včetně Molekulární systémy biologie, všechny deníky Veřejná knihovna vědy, všechny deníky BioMed Central a všechny deníky vydané Royal Society of Chemistry.
Rozvoj
BioModels je vyvíjen týmem BioModels.net na webu EMBL -EBI Ve Velké Británii, laboratoř Le Novère v Babraham Institute, Velká Británie a SBML Tým v Caltech, USA.[6]
Financování
Společnost BioModels Development těží z fondů Evropská laboratoř molekulární biologie, Rada pro výzkum v oblasti biotechnologií a biologických věd, Iniciativa pro inovativní léčiva, Sedmý rámcový program (7. RP), Národní ústav všeobecných lékařských věd, DARPA a Národní centrum pro zdroje výzkumu.
Reference
- ^ Le Novère N., Bornstein B., Broicher A., Courtot M., Donizelli M., Dharuri H., Li L., Sauro H., Schilstra M., Shapiro B., Snoep JL, Hucka M. Databáze biomodelů: Zdarma, centralizovaná databáze upravených, publikovaných, kvantitativních kinetických modelů biochemických a buněčných systémů. Nucleic Acids Research (2006), 34: D689-D691.
- ^ Li, Chen; Donizelli, Marco; Rodriguez, Nicolas; Dharuri, Harish; Endler, Lukas; Chelliah, Vijayalakshmi; Li, Lu; On, Enuo; Henry, Arnaud; Stefan, Melanie I; Snoep, Jacky L; Hucka, Michael; Le Novère, Nicolas; Laibe, Camille (2010). „BioModels Database: An enhanced, curated and annotated resource for published quantitative kinetic models“. Biologie systémů BMC. 4 (1): 92. doi:10.1186/1752-0509-4-92. PMC 2909940. PMID 20587024.
- ^ Chelliah V., Juty N., Ajmera I., Raza A., Dumousseau M., Glont M., Hucka M., Jalowicki G., Keating S., Knight-Schrijver V., Lloret-Villas A., Natarajan K ., Pettit J.-B., Rodriguez N., Schubert M., Wimalaratne S., Zhou Y., Hermjakob H., Le Novère N., Laibe C. BioModels: desetileté výročí. Nucleic Acids Research (2015) 43 (D1): D542-D548
- ^ Li C., Courtot M., Le Novère N. a Laibe C (2009) BioModels.net Web Services, bezplatná a integrovaná sada nástrojů pro software pro výpočetní modelování, Briefings in Bioinformatics, doi:10.1093 / bib / bbp056
- ^ Databáze biomodelů: Hinxton, 26. června 2017
- ^ Financující a spolupracovníci BioModels