Rhamnogalakturonan endolyáza - Rhamnogalacturonan endolyase

Rhamnogalakturonan endolyáza
Identifikátory
EC číslo4.2.2.23
Databáze
IntEnzIntEnz pohled
BRENDAVstup BRENDA
EXPASYPohled NiceZyme
KEGGVstup KEGG
MetaCycmetabolická cesta
PRIAMprofil
PDB strukturRCSB PDB PDBe PDBsum

Rhamnogalakturonan endolyáza (ES 4.2.2.23, rhamnogalakturonáza B, alfa-L-ramnopyranosyl- (1-> 4) -alfa-D-galaktopyranosyluronid lyáza, Rgase B, rhamnogalakturonan alfa-L-rhamnopyranosyl- (1,4) -alfa-D-galaktopyranosyluronid lyáza, RG-lyáza, Ano, W, RGL4, Rgl11A, Rgl11Y, RhiE) je enzym s systematické jméno alfa-L-ramnopyranosyl- (1-> 4) -alfa-D-galaktopyranosyluronát endolyáza.[1][2][3][4][5][6][7][8] Tento enzym katalýzy následující chemická reakce

Endotypové eliminační štěpení vazeb L-alfa-rhamnopyranosyl- (1-> 4) -alfa-D-galaktopyranosyluronové kyseliny rhamnogalakturonanových I domén v rozvětvených chlupatých oblastech pektin opuštění L-rhamnopyranóza na redukčním konci a kyselina 4-deoxy-4,5-nenasycená D-galaktopyranosyluronová na neredukujícím konci.

Enzym je součástí degradačního systému pro rhamnogalakturonan I. Bacillus subtilis kmen 168 a Aspergillus aculeatus.

Reference

  1. ^ Mutter M, Colquhoun IJ, Schols HA, Beldman G, Voragen AG (leden 1996). „Rhamnogalakturonáza B z Aspergillus aculeatus je rhamnogalakturonan alfa-L-rhamnopyranosyl- (1 -> 4) -alfa-D-galaktopyranosyluronid lyáza“. Fyziologie rostlin. 110 (1): 73–7. doi:10,1104 / s. 110.1.73. PMC  157695. PMID  8587995.
  2. ^ Azadi P, O'Neill MA, Bergmann C, Darvill AG, Albersheim P (prosinec 1995). „Páteř pektického polysacharidu rhamnogalakturonanu I je štěpen endohydrolázou a endolyázou“. Glykobiologie. 5 (8): 783–9. doi:10.1093 / glycob / 5.8.783. PMID  8720076.
  3. ^ Mutter M, Colquhoun IJ, Beldman G, Schols HA, Bakx EJ, Voragen AG (květen 1998). „Charakterizace rekombinantní rhamnogalakturonanové alfa-L-rhamnopyranosyl- (1,4) -alfa-D-galaktopyranosyluronid lyázy z Aspergillus aculeatus. Enzym, který fragmentuje rhamnogalakturonanové I oblasti pektinu.“. Fyziologie rostlin. 117 (1): 141–52. doi:10.1104 / pp.117.1.141. PMC  34997. PMID  9576783.
  4. ^ Kadirvelraj R, Harris P, Poulsen JC, Kauppinen S, Larsen S (srpen 2002). „Postupná optimalizace krystalů rhamnogalakturonan lyázy z Aspergillus aculeatus“. Acta Crystallographica oddíl D. 58 (Pt 8): 1346–9. doi:10.1107 / s0907444902009137. PMID  12136151.
  5. ^ Laatu M, Condemine G (březen 2003). „Rhamnogalakturonát lyáza RhiE je vylučována výstupním systémem v Erwinia chrysanthemi“. Journal of Bacteriology. 185 (5): 1642–9. doi:10.1128 / jb.185.5.1642-1649.2003. PMC  148073. PMID  12591882.
  6. ^ Pagès S, Valette O, Abdou L, Bélaïch A, Bélaïch JP (srpen 2003). "Rhamnogalacturonan lyáza v Clostridium cellulolyticum celulosome". Journal of Bacteriology. 185 (16): 4727–33. doi:10.1128 / jb.185.16.4727-4733.2003. PMC  166469. PMID  12896991.
  7. ^ Ochiai A, Yamasaki M, Itoh T, Mikami B, Hashimoto W, Murata K (květen 2006). „Krystalizace a předběžná rentgenová analýza rhamnogalakturonan lyázy YesW z kmene Bacillus subtilis 168, člena rodiny polysacharidových lyáz 11“. Acta Crystallographica oddíl F. 62 (Pt 5): 438–40. doi:10,1107 / s1744309106011894. PMC  2219969. PMID  16682770.
  8. ^ Jensen MH, Otten H, Christensen U, Borchert TV, Christensen LL, Larsen S, Leggio LL (listopad 2010). „Strukturální a biochemické studie objasňují mechanismus rhamnogalakturonan lyázy z Aspergillus aculeatus.“ Journal of Molecular Biology. 404 (1): 100–11. doi:10.1016 / j.jmb.2010.09.013. PMID  20851126.

externí odkazy