Halorubrum - Halorubrum

Halorubrum
Vědecká klasifikace
Doména:	Archaea
Království:	Euryarchaeota
Kmen:	Euryarchaeota
Třída:	Halobakterie
Objednat:	Halobacteriales
Rodina:	Halobacteriaceae
Rod:	Halorubrum; McGenity a Grant 1996[Citace je zapotřebí ]
Druh
	H. aidingense; H. alkaliphilum; H. arcis; H. californiensis; H. coriense; H. distributum; H. ejinorense; H. ezzemoulense; H. kocurii; H. lacusprofundi; H. lipolyticum; H. litoreum; H. luteum; H. orientalis; H. saccharovorum; H. salsolis; H. sodomense; H. tebenquichense; H. terrestre; H. tibetense; H. trapanicum; H. vakuolatum; H. xinjiangense;
Synonyma[Citace je zapotřebí ]
	Halorubrobacterium Kamekura a Dyall-Smith 1996;

Halorubrum je rod v rodině Halobacteriaceae. Halorubrum druhy lze nalézt v Mrtvé moře, Jezero Zabuye a jiné vody s vysokou koncentrací solí.

Genetická výměna

Populace haloarchaea Halorubrum ve svém přirozeném prostředí s vysokou koncentrací solí si vyměňovaly genetické informace často rekombinací.^[1] Tato populace vykazovala určitý stupeň vazebné rovnováhy blížící se sexuální populaci.

Taxonomie

v taxonomie, Halorubrum je rod z Halobacteriaceae.^[2]

Druh

Halorubrum ejinorense byl poprvé izolován od Ejinorského jezera v vnitřní Mongolsko, Čína.^[3]

Halorubrum lacusprofundi byl poprvé izolován v 80. letech od Deep Lake, Antarktida.^[4] Své genom, seřazeno v roce 2006 se skládá ze dvou chromozomy (jeden 2.74 Mb a druhý 0,53 Mb) a jeden plazmid (0,43 Mb).^[5] Své β-galaktosidáza enzym byl rozsáhle studován, aby pochopil, jak proteiny fungují v prostředí s nízkou teplotou a solným roztokem.^[6]^[7] Jeden kmen H. lacusprofundi obsahuje plazmid pro horizontální přenos genů, který probíhá prostřednictvím mechanismu, který využívá virům podobné částice uzavřené ve vezikulech.^[8]

Halorubrum sodomense byl poprvé identifikován v Mrtvé moře v roce 1980. Vyžaduje vyšší koncentraci Mg²⁺ ionty pro růst než související halofili.^[9] Své buněčná povrchová membrána obsahuje Archaerhodopsin-3 (AR3), fotoreceptorový protein, který sklízí energetickou frontu sluneční světlo vytvořit protonovou hybnou sílu, která se používá pro ATP syntéza.^[10] Mutanti AR3 jsou široce používány jako nástroje v optogenetika pro neurovědecký výzkum.^[11]

Halorubrum tibetense byl poprvé izolován z Jezero Zabuye v Tibet, Čína.^[12]

Halorubrum xinjiangense byl poprvé izolován z Jezero Xiao-Er-Kule v Sin-ťiang, Čína.^[13]

Reference

^ Papke RT, Koenig JE, Rodríguez-Valera F, Doolittle WF (prosinec 2004). "Častá rekombinace v solené populaci Halorubrum". Věda. 306 (5703): 1928–9. Bibcode:2004Sci ... 306.1928P. doi:10.1126 / science.1103289. PMID 15591201. S2CID 21595153.
^ Viz NCBI webová stránka na Halorubrum. Data extrahovaná z „Zdroje taxonomie NCBI“. Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 2007-03-19.
^ Castillo AM, Gutiérrez MC, Kamekura M, Xue Y, Ma Y, Cowan DA, Jones BE, Grant WD, Ventosa A (2007). "Halorubrum Ejinorense Sp. Nov., Isolated From Lake Ejinor, Inner Mongolia, China". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 57 (11): 2538–2542. doi:10.1099 / ijs.0.65241-0. PMID 17978215.
^ Franzmann PD, Stacklebrandt E, Sanderson K, Volkman JK, Camberon DE, Stevenson PL, McMeekin TA, Burton HR (1998). "Halobacterium lacusprofundii sp. nov., halofilní bakterie izolovaná z Deep Lake v Antarktidě “. Syst. Appl. Microbiol. 11 (1): 20–27. doi:10.1016 / S0723-2020 (88) 80044-4.
^ Anderson IJ, DasSarma P, Lucas S, Copeland A, Lapidus A, Del Rio T, Tice H, Dalin E, Bruce DC, Goodwin L, Pitluck S, Sims D, Brettin TS, Detter JC, Han CS, Larimer F, Hauser L, Land M, Ivanova N, Richardson P, Cavicchioli R, DasSarma S, Woese CR, Kyrpides (2006). „Kompletní sekvence genomu Antarktidy Halorubrum lacusprofundi typ kmen ACAM 34 ". Standardy v genomických vědách. 11 (1): 70. doi:10.1186 / s40793-016-0194-2. PMC 5018182. PMID 27617060.
^ Karan R, Capes MD, DasSarma P, DasSarma S (2013). „Klonování, nadměrná exprese, čištění a charakterizace polyextremofilní β-galaktosidázy z antarktického haloarchaeonu Halorubrum lacusprofundi". BMC Biotechnol. 13: 10.1186/1472-6750-13-3. doi:10.1186/1472-6750-13-3. PMC 3556326. PMID 23320757.
^ Laye VJ, Karan R, Kim JM, Pecher WT, DasSarma P, DasSarma S (2017). „Klíčové aminokyselinové zbytky propůjčující zvýšenou aktivitu enzymu při nízkých teplotách v antarktické polyextremofilní β-galaktosidáze“. PNAS. 114 (47): 12530–35. doi:10.1073 / pnas.1711542114. PMC 5703305. PMID 29109294.
^ Erdmann S, Tschitschko B, Zhong L, Raftery MJ, Cavicchioli R (9. září 2017). „Plazmid z antarktického haloarcheonu používá speciální membránové vezikuly k šíření a infikování buněk bez plazmidu.“ Přírodní mikrobiologie. 2 (10): 1446–1455. doi:10.1038 / s41564-017-0009-2. PMID 28827601. S2CID 38729395.
^ Oren A (1983). "Halobacterium sodomense sp. listopad. mrtvé moře Halobacterium s extrémně vysokým požadavkem na hořčík “. International Journal of Systematic Bacteriology. 33 (2): 381–386. doi:10.1099/00207713-33-2-381.
^ Ihara K, Umemura T, Katagiri I, Kitajima-Ihara T, Sugiyama Y, Kimura Y, Mukohata Y (leden 1999). "Vývoj archeaálních rhodopsinů: změny rychlosti evoluce duplikací genů a funkční diferenciací". Journal of Molecular Biology. 285 (1): 163–74. doi:10.1006 / jmbi.1998.2286. PMID 9878396.
^ Flytzanis NC, Bedbrook CN, Chiu H, Engqvist MK, Xiao C, Chan KY, Sternberg PW, Arnold FH, Gradinaru V (2014). „Varianty archaerhodopsinu se zvýšenou fluorescencí citlivou na napětí u savců a Caenorhabditis elegans neurony ". Příroda komunikace. 5: 4894. doi:10.1038 / ncomms5894. PMC 4166526. PMID 25222271.
^ Fan H, Xue Y, Ma Y, Ventosa A, Grant WD (2004). "Halorubrum tibetense sp. nov., nový haloalkalifilní archaeon z jezera Zabuye v Tibetu v Číně “. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 54 (4): 1213–1216. doi:10.1099 / ijs.0.03032-0. PMID 15280294.
^ Feng J, Zhou PJ, Liu SJ (2004). "Halorubrum xinjiangense sp. nov., nový halofil izolovaný ze slaných jezer v Číně “. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 54 (5): 1789–1791. doi:10.1099 / ijs.0.63209-0. PMID 15388744.

Další čtení

Vědecké časopisy

Oren A, Ventosa A (2000). „Mezinárodní výbor pro systematickou bakteriologii Podvýbor pro taxonomii Halobacteriaceae. Zápis ze schůze, 16. srpna 1999, Sydney, Austrálie“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50 (3): 1405–1407. doi:10.1099/00207713-50-3-1405. PMID 10843089.
Oren A, Ventosa A (1996). „Návrh na převod Halorubrobacterium distributum a Halorubrobacterium coriense do rodu Halorubrum jako Halorubrum distributum comb. Nov., Respektive Halorubrum coriense comb. Nov.“. Int. J. Syst. Bacteriol. 46 (4): 1180. doi:10.1099/00207713-46-4-1180.
McGenity TJ, Grant WD (1995). „Převod Halobacterium saccharovorum, Halobacterium sodomense, Halobacterium trapanicum NRC 34021 a Halobacterium lacusprofundi do rodu Halorubrum gen. Nov., Jako Halorubrum saccharovorum comb. Nov., Halorubrumsodomense comb. Nov., Halorubrum trapan .listopad". Syst. Appl. Microbiol. 18 (2): 237–243. doi:10.1016 / s0723-2020 (11) 80394-2.
Kamekura M, Dyall-Smith ML (1995). "Taxonomie čeledi Halobacteriaceae a popis dvou nových rodů Halorubrobacterium a Natrialba". J. Gen. Appl. Microbiol. 41 (4): 333–350. doi:10 2323 / jgam.41 333.
Papke T, Fullmer M, Soucy S, Swithers K, Makkay A, Wheeler R, Ventosa A, Gogarten P (11. dubna 2014). "Populace a genomová analýza rodu Halorubrum". Hranice v mikrobiologii. 5 (Článek č .: 140): 140. doi:10.3389 / fmicb.2014.00140. PMC 3990103. PMID 24782836. Citováno 9. listopadu 2014.

Vědecké knihy

Gibbons, NE (1974). „Rodina V. Halobacteriaceae fam. Nov.“. V RE Buchanan; NE Gibbons (eds.). Bergey's Manual of Determinative Bacteriology (8. vydání). Baltimore: Williams & Wilkins Co. ISBN 0-683-01117-0.

Vědecké databáze

externí odkazy

Tento archaea související článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[pmid15591201-1] Papke RT, Koenig JE, Rodríguez-Valera F, Doolittle WF (prosinec 2004). "Častá rekombinace v solené populaci Halorubrum". Věda. 306 (5703): 1928–9. Bibcode:2004Sci ... 306.1928P. doi:10.1126 / science.1103289. PMID 15591201. S2CID 21595153.

[2] Viz NCBI webová stránka na Halorubrum. Data extrahovaná z „Zdroje taxonomie NCBI“. Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 2007-03-19.

[3] Castillo AM, Gutiérrez MC, Kamekura M, Xue Y, Ma Y, Cowan DA, Jones BE, Grant WD, Ventosa A (2007). "Halorubrum Ejinorense Sp. Nov., Isolated From Lake Ejinor, Inner Mongolia, China". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 57 (11): 2538–2542. doi:10.1099 / ijs.0.65241-0. PMID 17978215.

[4] Franzmann PD, Stacklebrandt E, Sanderson K, Volkman JK, Camberon DE, Stevenson PL, McMeekin TA, Burton HR (1998). "Halobacterium lacusprofundii sp. nov., halofilní bakterie izolovaná z Deep Lake v Antarktidě “. Syst. Appl. Microbiol. 11 (1): 20–27. doi:10.1016 / S0723-2020 (88) 80044-4.

[5] Anderson IJ, DasSarma P, Lucas S, Copeland A, Lapidus A, Del Rio T, Tice H, Dalin E, Bruce DC, Goodwin L, Pitluck S, Sims D, Brettin TS, Detter JC, Han CS, Larimer F, Hauser L, Land M, Ivanova N, Richardson P, Cavicchioli R, DasSarma S, Woese CR, Kyrpides (2006). „Kompletní sekvence genomu Antarktidy Halorubrum lacusprofundi typ kmen ACAM 34 ". Standardy v genomických vědách. 11 (1): 70. doi:10.1186 / s40793-016-0194-2. PMC 5018182. PMID 27617060.

[6] Karan R, Capes MD, DasSarma P, DasSarma S (2013). „Klonování, nadměrná exprese, čištění a charakterizace polyextremofilní β-galaktosidázy z antarktického haloarchaeonu Halorubrum lacusprofundi". BMC Biotechnol. 13: 10.1186/1472-6750-13-3. doi:10.1186/1472-6750-13-3. PMC 3556326. PMID 23320757.

[7] Laye VJ, Karan R, Kim JM, Pecher WT, DasSarma P, DasSarma S (2017). „Klíčové aminokyselinové zbytky propůjčující zvýšenou aktivitu enzymu při nízkých teplotách v antarktické polyextremofilní β-galaktosidáze“. PNAS. 114 (47): 12530–35. doi:10.1073 / pnas.1711542114. PMC 5703305. PMID 29109294.

[8] Erdmann S, Tschitschko B, Zhong L, Raftery MJ, Cavicchioli R (9. září 2017). „Plazmid z antarktického haloarcheonu používá speciální membránové vezikuly k šíření a infikování buněk bez plazmidu.“ Přírodní mikrobiologie. 2 (10): 1446–1455. doi:10.1038 / s41564-017-0009-2. PMID 28827601. S2CID 38729395.

[9] Oren A (1983). "Halobacterium sodomense sp. listopad. mrtvé moře Halobacterium s extrémně vysokým požadavkem na hořčík “. International Journal of Systematic Bacteriology. 33 (2): 381–386. doi:10.1099/00207713-33-2-381.

[pmid9878396-10] Ihara K, Umemura T, Katagiri I, Kitajima-Ihara T, Sugiyama Y, Kimura Y, Mukohata Y (leden 1999). "Vývoj archeaálních rhodopsinů: změny rychlosti evoluce duplikací genů a funkční diferenciací". Journal of Molecular Biology. 285 (1): 163–74. doi:10.1006 / jmbi.1998.2286. PMID 9878396.

[Flytzanis-11] Flytzanis NC, Bedbrook CN, Chiu H, Engqvist MK, Xiao C, Chan KY, Sternberg PW, Arnold FH, Gradinaru V (2014). „Varianty archaerhodopsinu se zvýšenou fluorescencí citlivou na napětí u savců a Caenorhabditis elegans neurony ". Příroda komunikace. 5: 4894. doi:10.1038 / ncomms5894. PMC 4166526. PMID 25222271.

[12] Fan H, Xue Y, Ma Y, Ventosa A, Grant WD (2004). "Halorubrum tibetense sp. nov., nový haloalkalifilní archaeon z jezera Zabuye v Tibetu v Číně “. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 54 (4): 1213–1216. doi:10.1099 / ijs.0.03032-0. PMID 15280294.

[13] Feng J, Zhou PJ, Liu SJ (2004). "Halorubrum xinjiangense sp. nov., nový halofil izolovaný ze slaných jezer v Číně “. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 54 (5): 1789–1791. doi:10.1099 / ijs.0.63209-0. PMID 15388744.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]