Pyrobaculum - Pyrobaculum

Pyrobaculum
Vědecká klasifikace
Doména:
Archaea
Království:
Crenarchaeota
Kmen:
Crenarchaeota
Třída:
Thermoprotei
Objednat:
Termoprotealy
Rodina:
Thermoproteaceae
Rod:
Pyrobaculum

Huber, Kristjansson & Stetter, 1988
Druh

Pyrobaculum je rod z Thermoproteaceae.

Popis a význam

Jako jeho latinský název Pyrobaculum („ohnivá hůl“) naznačuje, že archeon má tvar tyče a je izolován od míst s vysokými teplotami. to je Gramnegativní a jeho buňky jsou obklopeny Vrah proteinových podjednotek.

P. aerophilum je hypertermofilní a metabolicky všestranný organismus. Na rozdíl od jiných hypertermofilů může žít v přítomnosti kyslíku a efektivně roste mikroaerobní podmínky.

Pyrobaculum yellowstonensis kmen WP30 byl získán z elementárního sirného sedimentu (Joseph's Coat Hot Spring [JCHS], 80 ° C, pH 6,1, 135 μM As) v Yellowstonském národním parku (YNP), USA a je chemoorganoheterotrofní a vyžaduje elementární síru a / nebo arzeničnan jako akceptor elektronů. Růst v přítomnosti elementární síry a arsenátu vedl k tvorbě thioarsenátů a polysulfidů. Celý genom tohoto organismu byl sekvenován (1,99 Mb, 58% obsah G + C), což odhalilo řadu metabolických cest pro degradaci sacharidů, aminokyselin a lipidů. Bylo identifikováno několik genů dimethylsulfoxid-molybdopterin (DMSO-MPT) oxidoreduktázy, které se podílejí na redukci síry a arsenu. Cesty pro de novo byla identifikována syntéza téměř všech požadovaných kofaktorů a metabolitů. Srovnávací genomika P. yellowstonensis a sestavená sekvence metagenomu z JCHS ukázala, že tento organismus je vysoce příbuzný (- 95% průměrná identita nukleotidové sekvence) s in situ populace. Fyziologické vlastnosti a metabolické schopnosti P. yellowstonensis poskytnout důležitý základ pro rozvoj porozumění distribuce a fungování těchto populací v YNP.

Struktura genomu

První Pyrobaculum druh, který má být sekvenován, byl P. aerophilum. Jeho sekvence kruhového genomu má délku 2 222 430 Bp a obsahuje 2605 sekvencí kódujících protein (CDS).

Struktura buněk a metabolismus

Za anaerobních podmínek archaeon redukuje dusičnany na molekulární dusík cestou denitrifikace. Většina druhů roste buď chemolithoautotroficky redukcí síry, nebo organotrofně sírovou respirací nebo fermentací. Buňky jsou tyčkovitého tvaru s téměř obdélníkovými konci a jsou asi 1,5–8 * 0,5–0,6 µm. Pyrobaculum je pohyblivý kvůli peritrichous nebo bipolární polytrichous flagellation a jeho kolonie jsou kulaté a šedé až zelenavě černé. Druhy jsou buď fakulativně aerobní nebo přísně anaerobní. Růst byl pozorován na kvasinkovém extraktu, pepton, extrakt z masa, ale ne na galaktóza, glukóza, sladový cukr, glykogen škrobu, ethanol, methanolu, formamid, mravenčan, malát, propionát, laktát, acetát, a kasamino kyseliny.

První z Pyrobaculum druhy, které mají být geneticky sekvenovány, P. aerophilum (ve tvaru tyče, 3–8 * 0,6 µm), má pro archeona vzácnou vlastnost, protože je schopen aerobního dýchání (aerophilum = „milující vzduch“). To je patrné ze skutečnosti, že archeon rostl pouze v přítomnosti kyslíku, když chyběl dusičnan. Produkuje kolonie, které jsou kulaté a šedavě žluté. Využívá jak organické (maximální hustoty buněk byly pozorovány u komplexních organických látek, jako jsou kvasnicový extrakt, masový extrakt, trypton a pepton jako substráty), tak anorganické sloučeniny během aerobního a anaerobního dýchání. Bylo také pozorováno použití elementární síry pro růst. Dále, P. aerophilum roste mezi 75 a 104 ° C s optimální teplotou růstu při 100 ° C.

Ekologie

K tomuto datu kmeny Pyrobaculum byly izolovány z neutrálních až mírně zásaditých vroucích solfatarických vod a mělkých mořských hydrotermálních systémů. P. aerophilum byl izolován z vroucího otvoru mořské vody na pláži Maronti, Ischia, Itálie. Další studie to ukazují P. aerophilum roste za přísně anaerobních podmínek s dusičnanem jako akceptorem elektronů.[1]

Viz také

Reference

  1. ^ Viz NCBI webová stránka na Pyrobaculum. Data extrahovaná z „Zdroje taxonomie NCBI“. Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 2007-03-19.

Další čtení

Vědecké časopisy

Vědecké knihy

Vědecké databáze

externí odkazy