Thermococcus kodakarensis - Thermococcus kodakarensis

Thermococcus ksis
Vědecká klasifikace
Doména:
Archaea
Království:
Euryarchaeota
Kmen:
Euryarchaeota
Třída:
Termokoky
Objednat:
Termokoky
Rodina:
Thermococcaceae
Rod:
Thermococcus
Druh:
T. kodakarensis
Binomické jméno
Thermococcus kodakarensis
Atomi a kol., 2004[1]

Thermococcus kodakarensis je druh z termofilní archaea. The kmen typu T. kodakarensis KOD1 je jedním z nejlépe studovaných členů rod.

Dějiny

T. kodakarensis byl izolován od a solfatara blízko břehu Ostrov Kodakara, Kagošima, Japonsko.[2] Izolát byl původně pojmenován Pyrococcus kodakarensis KOD1, ale překlasifikován jako druh Thermococcus, na základě 16S rRNA sekvence.[1] Včasný výzkum s T. kodakarensis byl zaměřen hlavně na jeho termostabilní enzymy, ale jeho relativní snadnost manipulace a genetická manipulace usnadněná přirozená kompetence z něj učinil atraktivní systém pro studium několika biologických procesů.[3][4]

Vlastnosti

T. kodakarensis buňky jsou nepravidelné koky Průměr 1–2 μm, často se vyskytující v párech, a jsou vysoce pohyblivé pomocí lophotrichous archaella. Buněčná stěna se skládá z vrstvy dietherových a tetraetherových lipidů a vnější glykoprotein kabát.[1][2]T. kodakarensis je obligátní anaerobní a heterotrofní, rychle roste na různých organických substrátech v přítomnosti elementů síra, produkující sirovodík plyn. Za optimálních podmínek se doba generování odhaduje na 40 minut.[2] Požadavek na elementární síru se uvolní, když pyruvát nebo škrob se používá pro růst. V nepřítomnosti síry vodík místo sirovodíku se vyrábí.[1] Růst je možný při teplotách v rozmezí 60–100 ° C, optimálně při 85 ° C.[1] Stejně jako ostatní mořské organismy jsou pro optimální růst vyžadovány vysoké koncentrace solí a ve zředěných roztocích může dojít k lýze buněk.

Genom

V roce 2005 byl genom T. kodakarensis KOD1 byl plně sekvenován. Genom se skládá z jediného kruhového chromozomu 2 088 737 párů bází, kódujícího předpokládaných 2306 proteinů.[5]

Reference

  1. ^ A b C d E Atomi, H., T. Fukui, T. Kanai, M. Morikawa a T. Imanaka. 2004. Popis Thermococcus kodakaraensis sp. nov., dobře prostudovaný hypertermofilní archaeon dříve uváděný jako Pyrococcus sp. KOD1. Archaea 1: 263–267.
  2. ^ A b C Morikawa, M., Y. Izawa, N. Rashid, T. Hoaki a T. Imanaka. 1994. Čištění a charakterizace termostabilní thiolové proteázy z nově izolované hypertermofilní látky Pyrococcus sp. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie 60: 4559–4566.
  3. ^ Sato, T., T. Fukui, H. Atomi a T. Imanaka. 2003. Cílené narušení genů homologní rekombinací v hypertermofilním archaeonu Thermococcus kodakaraensis KOD1. Journal of Bacteriology 185: 210–220.
  4. ^ Sato, T., T. Fukui, H. Atomi a T. Imanaka. 2005. Vylepšený a univerzální transformační systém umožňující více genetických manipulací s hypertermofilním archeonem Thermococcus kodakaraensis. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie 71: 3889–3899. Genome Research 15: 352–363.
  5. ^ Fukui, T., H. Atomi, T. Kanai, R. Matsumi, S. Fujiwara a T. Imanaka. 2005. Kompletní genomová sekvence hypertermofilního archeona Thermococcus kodakaraensis KOD1 a srovnání s Pyrococcus genomy. Genome Research 15: 352–363.

Další čtení

Elshawadfy, Ashraf M .; Keith, Brian J .; Ooi, H'Ng Ee; Kinsman, Thomas; Heslop, Pauline; Connolly, Bernard A. (27. května 2014). „Hybridy DNA polymerázy odvozené z enzymů rodiny B Pyrococcus furiosus a Thermococcus kodakarensis: zlepšení výkonu v polymerázové řetězové reakci“. Hranice v mikrobiologii. 5 (224): 224. doi:10.3389 / fmicb.2014.00224. PMC  4034419. PMID  24904539.

Hwa, Kuo-Yuan; Subramani, Boopathi; Shen, San-Tai; Lee, Yu-May (27. března 2014). „Intermolekulární disulfidová vazba je nutná pro termostabilitu a termoaktivitu β-glykosidázy z Thermococcus kodakarensis KOD1.“ Aplikovaná mikrobiologie a biotechnologie. 98 (18): 7825–7836. doi:10.1007 / s00253-014-5731-6. PMID  24728717.

Kishimoto, Asako; Kita, Akiko; Ishibashi, Takuya; Tomita, Hiroya; Yokooji, Yuusuke; Imanaka, Tadayuki; Atomi, Haruyuki; Miki, Kunio (září 2014). "Krystalová struktura fosfopantothenát syntetázy z Thermococcus kodakarensis". Proteiny: struktura, funkce a bioinformatika. 82 (9): 1924–1936. doi:10,1002 / prot.24546. PMID  24638914. Citováno 10. listopadu 2014.