PomBase - PomBase - Wikipedia

PomBase
PomBase Logo.png
Obsah
PopisVědecký zdroj pro Schizosaccharomyces pombe
Typy dat
zajat		Molekulární funkce, biologický proces, buněčná složka, fenotyp, genotyp, alela, modifikace proteinů, genová exprese, exprese proteinů, sekvence nukleotidů, sekvence RNA, sekvence proteinů, genomika, lidské ortology, ortology Saccharomyces cerevisiae, komplementy, asociace nemocí, vlastnosti proteinu, Fyzické interakce, genetické interakce
OrganismySchizosaccharomyces pombe
Kontakt
Výzkumné centrumUniverzita v Cambridge a University College v Londýně
AutořiAntonia Lock, Midori A Harris, Kim Rutherford, Jürg Bähler, Steve Oliver, Valerie Wood
Primární citaceLock, et al (2018) [1]
Datum vydání2011
Přístup
webová stránkaPomBase.org
Stáhnout URLSoubory ke stažení
webová služba URLProhlížeč genomu
Smíšený
LicenceVeřejná doména
Kurátorská politikaProfesionálně a komunitně kurátorem
Bookmarkable
subjekty		Ano

PomBase je databáze modelových organismů , který poskytuje online přístup k štěpné droždí Schizosaccharomyces pombe genom sekvence a anotované rysy, spolu s celou řadou ručně upravovaných funkčních genově specifických dat. Web PomBase byl přestavěn v roce 2016, aby poskytoval uživatelům plně integrovanější a výkonnější službu (popsáno v [2]).

Kurátor dat a kontrola kvality

Přehled údajů poskytovaných PomBase a způsobů přístupu k nim.

Zaměstnanci PomBase ručně kurátorují širokou škálu datových typů s využitím primární literatury i zdrojů bioinformatiky a jsou používány četné mechanismy k zajištění platnosti syntaktického i biologického obsahu[3].

Typy údajů, které jsou předmětem výběru, zahrnují:

  • Sekvence a rysy genomu (např. Fyzické umístění genů v genomu)
  • Bílkoviny a ncRNA funkce, buněčné procesy, kterých se účastní a kde se nacházejí
  • Fenotypy spojené s různými alely a genotypy
  • Specifická místa modifikace proteinů a kdy se vyskytnou
  • Lidské a začínající droždí ortology z S. pombe geny (ručně upravená datová sada)
  • Metadata datových souborů načtených do prohlížeče genomu
  • Sdružení nemocí, když je známo, že lidský ortolog způsobuje onemocnění
  • Údaje o tom, kdy jsou specifické geny exprimovány
  • Údaje o komplementaci tam, kde existuje funkční komplementace mezi štěpným kvasinkovým genem a genem z jiného organismu
  • Složení podjednotek komplexů

Organizace údajů

Genovou anotaci lze zobrazit buď na úrovni specifické pro gen (na stránkách genů), nebo na úrovni specifické pro termín (na stránkách termínů ontologie). To umožňuje:

  • Zobrazte například všechny poznámky vytvořené pro gen pat1
  • Podívejte se například na všechny geny komentované výrazem cytokineze
  • Zobrazte například všechny poznámky vytvořené z konkrétního odkazu Chica a kol. 2016

K datovým sadám pro celý genom (včetně datových souborů s proteiny, všech anotací, ručně upravených seznamů ortologů atd.) Lze přistupovat z datové sady strana. K datovým sadám vhodným pro zobrazení v prohlížeči genomu, které byly načteny, lze přistupovat prostřednictvím PomBase JBrowse instance.

PomBase využívá několik biologických ontologií k zachycení genově specifických informací, včetně:

  • Genová ontologie (GO) - používá se k popisu enzymatických funkcí, biologických rolí a buněčných poloh genových produktů
  • Fenotypová fenotypová ontologie (FYPO),[4] Používá se k asociaci fenotypů s alelami genů ve srovnání s fenotypem referenčního kmene
  • Sekvenční ontologie - používá se k popisu funkcí DNA nebo bílkovin
  • Modifikace proteinů - pomocí PSI-MOD[5]

Stav genové charakterizace

The GO štíhlá stránka poskytuje přehled „biologické role“ všech „známých“ štěpných genů kvasinek - jedná se o proteiny, které byly experimentálně charakterizovány ve štěpných kvasinkách nebo u jiných druhů a přeneseny ortologicky.

Je pozoruhodné, že téměř 20% eukaryotických proteomů, od kvasinek po člověka, není charakterizováno, pokud jde o cesty a procesy, kterých se tyto proteiny účastní [6], což z něj činí jeden z největších nevyřešené problémy v biologii. Role, kterou tyto proteiny hrají v biologii, nebyla dosud u žádného druhu objevena. Na podporu výzkumu těchto neznámých proteinů udržuje PomBase soupis necharakterizované štěpné kvasinkové proteiny. The prioritní nestudované geny seznam představuje podmnožinu necharakterizovaných štěpných genů kvasinek, které jsou konzervovány člověkem, což z něj činí obzvláště důležitý výzkumný cíl.

Společná kurace komunity

K doplnění práce malého týmu profesionálních kurátorů PomBase přispívají výzkumníci štěpných kvasinek anotacemi přímo do PomBase prostřednictvím inovativního schématu komunitní kurace, pro které online kurátorský nástroj Canto[7] byl vyvinut. Kurátorství komunity kontrolují zaměstnanci PomBase a výsledkem jsou vysoce přesné a efektivně spolupůsobící anotace. [8]

PomBase udržuje stránka statistik anotací.

Aktualizace databáze znalostí

Dokumentace

Pombase poskytuje obojí dokumentace a FAQ.

Využití PomBase jako výzkumného nástroje je prozkoumáno v kapitole knihy „Eukaryotické genomové databáze“ (Metody a protokoly).[9] Vývoj a aktualizace jsou popsány v dokumentech NAR Database Issue.[10][11] [12]

Podrobný přehled použití S. pombe jako modelový organismus viz genetický primer [13]

Reference

  1. ^ Lock, A; Rutherford, K; Harris, MA; Hayles, J; Oliver, SG; Bähler, J; Wood, V (13. října 2018). „PomBase 2018: uživatelsky řízená reimplementace databáze štěpných kvasinek poskytuje rychlý a intuitivní přístup k různým vzájemně propojeným informacím“. Výzkum nukleových kyselin. 47 (D1): D821 – D827. doi:10.1093 / nar / gky961. PMC  6324063. PMID  30321395.
  2. ^ Lock, A; Rutherford, K; Harris, MA; Hayles, J; Oliver, SG; Bähler, J; Wood, V (13. října 2018). „PomBase 2018: uživatelsky řízená reimplementace databáze štěpných kvasinek poskytuje rychlý a intuitivní přístup k různým vzájemně propojeným informacím“. Výzkum nukleových kyselin. 47 (D1): D821 – D827. doi:10.1093 / nar / gky961. PMC  6324063. PMID  30321395.
  3. ^ Wood, V; Uhlík, S; Harris, MA; Lock, A; Engel, SR; Hill, DP; Van Auken, K; Attrill, H; Feuermann, M; Gaudet, P; Milující, RC; Poux, S; Rutherford, KM; Mungall, CJ (září 2020). „Term Matrix: nový systém řízení kvality anotace genové ontologie založený na vzorcích koanotace termínů ontologie“. Otevřená biologie. 10 (9): 200149. doi:10.1098 / rsob.200149. PMID  32875947.
  4. ^ Harris MA, Lock A, Bähler J, Oliver SG, Wood V (červenec 2013). „FYPO: Fenotypová fenotypová ontologie“. Bioinformatika. 29 (13): 1671–8. doi:10.1093 / bioinformatika / btt266. PMC  3694669. PMID  23658422.
  5. ^ Montecchi-Palazzi, L; Beavis, R; Binz, PA; Chalkley, RJ; Cottrell, J; Creasy, D; Shofstahl, J; Seymour, SL; Garavelli, JS (srpen 2008). "Komunitní standard PSI-MOD pro reprezentaci dat o modifikaci proteinů". Přírodní biotechnologie. 26 (8): 864–6. doi:10.1038 / nbt0808-864. PMID  18688235. S2CID  205270043.
  6. ^ Wood, V; Lock, A; Harris, MA; Rutherford, K; Bähler, J; Oliver, SG (28. února 2019). „Skryté na očích: co zbývá objevit v eukaryotickém proteomu?“. Otevřená biologie. 9 (2): 180241. doi:10.1098 / rsob.180241. PMC  6395881. PMID  30938578.
  7. ^ Rutherford KM, Harris MA, Lock A, Oliver SG, Wood V (červen 2014). „Canto: online nástroj pro kurátorství komunitní literatury“. Bioinformatika. 30 (12): 1791–2. doi:10.1093 / bioinformatika / btu103. PMC  4058955. PMID  24574118.
  8. ^ Lock, A; Harris, MA; Rutherford, K; Hayles, J; Wood, V (1. ledna 2020). „Kurátorství komunity v PomBase: umožnění odborníkům na štěpné kvasinky poskytovat podrobné, standardizované a sdílené poznámky z výzkumných publikací“. Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2020. doi:10.1093 / databáze / baaa028. PMC  7192550. PMID  32353878.
  9. ^ Lock, A; Rutherford, K; Harris, MA; Wood, V (2018). PomBase: Vědecký zdroj pro štěpné kvasnice. Metody v molekulární biologii. 1757. str. 49–68. doi:10.1007/978-1-4939-7737-6_4. ISBN  978-1-4939-7736-9. PMC  6440643. PMID  29761456.
  10. ^ Wood V, Harris MA, McDowall MD, Rutherford K, Vaughan BW, Staines DM, Aslett M, Lock A, Bähler J, Kersey PJ, Oliver SG (leden 2012). „PomBase: komplexní online zdroj pro štěpné kvasinky“. Nucleic Acids Res. 40 (Problém s databází): D695–9. doi:10.1093 / nar / gkr853. PMC  3245111. PMID  22039153.
  11. ^ McDowall MD, Harris MA, Lock A, Rutherford K, Staines DM, Bähler J, Kersey PJ, Oliver SG, Wood V (leden 2015). „PomBase 2015: aktualizace databáze štěpných kvasinek“. Nucleic Acids Res. 43 (Problém s databází): D656–61. doi:10.1093 / nar / gku1040. PMC  4383888. PMID  25361970.
  12. ^ Lock, A; Rutherford, K; Harris, MA; Hayles, J; Oliver, SG; Bähler, J; Wood, V (13. října 2018). „PomBase 2018: uživatelsky řízená reimplementace databáze štěpných kvasinek poskytuje rychlý a intuitivní přístup k různým vzájemně propojeným informacím“. Výzkum nukleových kyselin. 47 (D1): D821 – D827. doi:10.1093 / nar / gky961. PMC  6324063. PMID  30321395.
  13. ^ Hoffman CS, Wood V, Fantes PA (říjen 2015). "Starověké kvasinky pro mladé genetiky: Primer na Schizosaccharomyces pombe Modelový systém ". Genetika. 201 (2): 403–23. doi:10.1534 / genetika.115.181503. PMC  4596657. PMID  26447128.

externí odkazy