Databáze modelových organismů - Model organism database - Wikipedia

Databáze modelových organismů (MOD) jsou biologické databáze nebo znalostní báze věnované poskytování hloubkových biologických údajů pro intenzivně studované modelové organismy. MOD umožňují vědcům snadno najít základní informace o velkých souborech genů, efektivně plánovat experimenty, kombinovat jejich data s existujícími znalostmi a vytvářet nové hypotézy.[1][2] Umožňují uživatelům analyzovat výsledky a interpretovat datové sady a data, která generují, se stále více používají k popisu méně dobře studovaných druhů.[1] Pokud je to možné, MOD sdílejí společné přístupy ke shromažďování a reprezentaci biologických informací. Například všechny MOD používají Genová ontologie (JÍT) [3][4] popsat funkce, procesy a buněčné polohy specifických genových produktů. Existují také projekty umožňující sdílení softwaru pro kuraci, vizualizaci a dotazování mezi různými MOD.[5] Organizační rozmanitost a různé požadavky uživatelů však znamenají, že k přizpůsobení zachycení, zobrazení a poskytování dat jsou často vyžadovány MOD.[1]

Druhy dat a služeb

Databáze modelových organismů generují, získávají a porovnávají druhově specifické informace integrativně kombinací odborných znalostí s kurátorem literatury a bioinformatikou.

Služby poskytované komunitám biologického výzkumu zahrnují:

  • Anotace sekvence genomu
    • Umístění genů a regulačních oblastí v genomu
  • Funkční léčba genových produktů
    • Rozlišujte funkce, které plní genový produkt, na základě různých dat včetně Genová ontologie (GO) anotace, fenotypy, genová exprese, informace o dráze
  • Poznámky k sekvenci proteinů / RNA
  • Anatomické informace
  • Skladová centra
  • Ortologie

Seznam databází modelových organismů

Běžné jménoOdborný názevStránka WikipedieOdpojení databáze
Pekařské droždíSaccharomyces cerevisiaeDatabáze genomu SaccharomycesSGD[6]
Štěpné droždíSchizosaccharomyces pombePomBasePomBase[7][8][9][10]
Drápaná žábaXenopusXenbaseXenbase[11][12]
Ovocný letDrosophila melanogasterFlyBaseFlyBase[13]
MyšMus musculusMyší genomová informatikaMGI[14]
HlísticeCaenorhabditis elegansWormBaseWormBase[15]
KrysaRattus norvegicusDatabáze krysích genomůRGD[16]
Sociální amébaDictyostelium discoideumDictyBasedictyBase[17]
Thale řeřichaArabidopsis thalianaInformační zdroj ArabidopsisTAIR[18]
KukuřiceZea mays ssp. může-KukuřiceGDB[19][20]
ZebrafishDanio rerioZebrafish Information NetworkZFIN[21]
-Candida albicans-CGD[22]
-Escherichia coliEcoCycEcoCyc[23]

Reference

  1. ^ A b C Oliver SG, Lock A, Harris MA, Nurse P, Wood V (červen 2016). „Modelové databáze organismů: základní zdroje, které vyžadují podporu jak poskytovatelů finančních prostředků, tak uživatelů“. Biologie BMC. 14 (1): 49. doi:10.1186 / s12915-016-0276-z. PMC  4918006. PMID  27334346.
  2. ^ Bond M, Holthaus SM, Tammen I, Tear G, Russell C (listopad 2013). „Využití modelových organismů pro studium neuronální ceroidní lipofuscinózy“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molekulární základ choroby. 1832 (11): 1842–65. doi:10.1016 / j.badis.2013.01.009. PMID  23338040.
  3. ^ Ashburner M, Ball CA, Blake JA, Botstein D, Butler H, Cherry JM a kol. (Květen 2000). "Genová ontologie: nástroj pro sjednocení biologie. The Gene Ontology Consortium". Genetika přírody. 25 (1): 25–9. doi:10.1038/75556. PMC  3037419. PMID  10802651.
  4. ^ Konsorcium pro genovou ontologii (leden 2015). „Gene Ontology Consortium: do budoucna“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (Problém s databází): D1049–56. doi:10.1093 / nar / gku1179. PMC  4383973. PMID  25428369.
  5. ^ O'Connor BD, den A, Cain S, Arnaiz O, Sperling L, Stein LD (2008). „GMODWeb: webový rámec pro databázi obecných modelových organizací“. Genome Biology. 9 (6): R102. doi:10.1186 / gb-2008-9-6-r102. PMC  2481422. PMID  18570664.
  6. ^ Cherry JM, Hong EL, Amundsen C, Balakrishnan R, Binkley G, Chan ET a kol. (Leden 2012). „Databáze genomu Saccharomyces: zdroj genomiky začínajících kvasinek“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D700–5. doi:10.1093 / nar / gkr1029. PMC  3245034. PMID  22110037.
  7. ^ Lock, A; Rutherford, K; Harris, MA; Hayles, J; Oliver, SG; Bähler, J; Wood, V (13. října 2018). „PomBase 2018: uživatelsky řízená reimplementace databáze štěpných kvasinek poskytuje rychlý a intuitivní přístup k různým vzájemně propojeným informacím“. Výzkum nukleových kyselin. 47 (D1): D821 – D827. doi:10.1093 / nar / gky961. PMC  6324063. PMID  30321395.
  8. ^ Wood V, Harris MA, McDowall MD, Rutherford K, Vaughan BW, Staines DM a kol. (Leden 2012). „PomBase: komplexní online zdroj pro štěpné kvasinky“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D695–9. doi:10.1093 / nar / gkr853. PMC  3245111. PMID  22039153.
  9. ^ McDowall MD, Harris MA, Lock A, Rutherford K, Staines DM, Bähler J a kol. (Leden 2015). „PomBase 2015: aktualizace databáze štěpných kvasinek“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (Problém s databází): D656–61. doi:10.1093 / nar / gku1040. PMC  4383888. PMID  25361970.
  10. ^ Lock, A; Rutherford, K; Harris, MA; Wood, V (2018). PomBase: Vědecký zdroj pro štěpné kvasnice. Metody v molekulární biologii. 1757. str. 49–68. doi:10.1007/978-1-4939-7737-6_4. ISBN  978-1-4939-7736-9. PMC  6440643. PMID  29761456.
  11. ^ Karimi K, Fortriede JD, Lotay VS, Burns KA, Wang DZ, Fisher ME a kol. (Leden 2018). „Xenbase: genomová, epigenomická a transkriptomická databáze modelových organismů“. Výzkum nukleových kyselin. 46 (D1): D861 – D868. doi:10.1093 / nar / gkx936. PMC  5753396. PMID  29059324.
  12. ^ James-Zorn C, Ponferrada VG, Fisher ME, Burns KA, Fortriede JD, Segerdell E, Karimi K, Lotay VS, Wang DZ, Chu S, Pells TJ, Wang Y, Vize PD, Zorn AM (květen 2018). Xenbase: Navigace Xenbase: Integrovaná databáze genomiky a genových výrazů Xenopus. Eukaryotické genomové databáze: Metody a protokoly. Metody v molekulární biologii. 1757. str. 251–305. doi:10.1007/978-1-4939-7737-6_10. ISBN  978-1-4939-7736-9. PMC  6853059. PMID  29761462.
  13. ^ Attrill H, Falls K, Goodman JL, Millburn GH, Antonazzo G, Rey AJ a kol. (Leden 2016). „FlyBase: založení zdroje genové skupiny pro Drosophila melanogaster“. Výzkum nukleových kyselin. 44 (D1): D786–92. doi:10.1093 / nar / gkv1046. PMC  4702782. PMID  26467478.
  14. ^ Eppig JT, Blake JA, Bult CJ, Kadin JA, Richardson JE (leden 2015). „The Mouse Genome Database (MGD): facilitating mouse as a model for human biology and disease“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (Problém s databází): D726–36. doi:10.1093 / nar / gku967. PMC  4384027. PMID  25348401.
  15. ^ Harris TW, Baran J, Bieri T, Cabunoc A, Chan J, Chen WJ a kol. (Leden 2014). „WormBase 2014: nové pohledy na vybranou biologii“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s databází): D789–93. doi:10.1093 / nar / gkt1063. PMC  3965043. PMID  24194605.
  16. ^ Shimoyama M, De Pons J, Hayman GT, Laulederkind SJ, Liu W, Nigam R a kol. (Leden 2015). „Databáze krysích genomů 2015: genomové, fenotypové a environmentální variace a choroby“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (Problém s databází): D743–50. doi:10.1093 / nar / gku1026. PMC  4383884. PMID  25355511.
  17. ^ Kreppel L, Fey P, Gaudet P, Just E, Kibbe WA, Chisholm RL a kol. (Leden 2004). „dictyBase: nová databáze genomu Dictyostelium discoideum“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (Problém s databází): D332–3. doi:10.1093 / nar / gkh138. PMC  308872. PMID  14681427.
  18. ^ Lamesch P, Berardini TZ, Li D, Swarbreck D, Wilks C, Sasidharan R a kol. (Leden 2012). „Informační zdroj Arabidopsis (TAIR): vylepšená anotace genů a nové nástroje“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D1202–10. doi:10.1093 / nar / gkr1090. PMC  3245047. PMID  22140109.
  19. ^ Lawrence, C. J. (1. ledna 2004). „MaizeGDB, komunitní databáze genetiky a genomiky kukuřice“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (90001): 393D – 397. doi:10.1093 / nar / gkh011. PMC  308746. PMID  14681441.
  20. ^ Andorf, Carson M .; Cannon, Ethalinda K .; Portwood, John L .; Gardiner, Jack M .; Harper, Lisa C .; Schaeffer, Mary L .; Braun, Bremen L .; Campbell, Darwin A .; Vinnakota, Abhinav G .; Sribalusu, Venktanaga V .; Huerta, Miranda; Cho, Kyoung Tak; Wimalanathan, Kokulapalan; Richter, Jacqueline D .; Mauch, Emily D .; Rao, Bhavani S .; Birkett, Scott M .; Sen, Taner Z .; Lawrence-Dill, Carolyn J. (1. října 2015). „Aktualizace MaizeGDB: nové nástroje, data a rozhraní pro databázi organismu modelu kukuřice“. Výzkum nukleových kyselin. 44 (D1): D1195 – D1201. doi:10.1093 / nar / gkv1007. PMC  4702771. PMID  26432828.
  21. ^ Howe DG, Bradford YM, Conlin T, Eagle AE, Fashena D, Frazer K a kol. (Leden 2013). „ZFIN, Zebrafish Model Organism Database: zvýšená podpora pro mutanty a transgeniky“. Výzkum nukleových kyselin. 41 (Problém s databází): D854–60. doi:10.1093 / nar / gks938. PMC  3531097. PMID  23074187.
  22. ^ Inglis DO, Arnaud MB, Binkley J, Shah P, Skrzypek MS, Wymore F a kol. (Leden 2012). „Databáze genomu Candida obsahuje více druhů Candida: nástroje pro vyhledávání a analýzu více druhů s vybranými informacemi o genech a proteinech pro Candida albicans a Candida glabrata“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D667–74. doi:10.1093 / nar / gkr945. PMC  3245171. PMID  22064862.
  23. ^ Keseler IM, Mackie A, Peralta-Gil M, Santos-Zavaleta A, Gama-Castro S, Bonavides-Martínez C a kol. (Leden 2013). „EcoCyc: fúze databází modelových organismů se systémovou biologií“. Výzkum nukleových kyselin. 41 (Problém s databází): D605–12. doi:10.1093 / nar / gks1027. PMC  3531154. PMID  23143106.