Základna PHI - PHI-base

Základna PHI
Logo PHI-base
Obsah
PopisDatabáze interakcí patogen-hostitel
Typy dat
zajat		fenotypy mikrobiálních mutantů
Organismy~ 260 houbových, bakteriálních a protistických patogenů agronomického a lékařského významu testováno na ~ 185 hostitelích
Kontakt
Výzkumné centrumRothamsted Research
Primární citacePMID  27915230
Datum vydáníKvěten 2005
Přístup
Datový formátXML, FASTA
webová stránkaZákladna PHI
Nástroje
WebPHI-základní vyhledávání

PHIB-BLAST

PHI-Canto (kurátorka)
Smíšený
LicenceCreative Commons Attribution-NoDerivatives 4.0 mezinárodní licence
Správa verzíAno
Uvolnění dat
frekvence		6 měsíčně
Verze4.8 (září 2019)
Kurátorská politikaRuční kurace

The Databáze interakcí patogen-hostitel (Základna PHI) je biologická databáze, která obsahuje vybrané informace o genech, u nichž bylo experimentálně prokázáno, že ovlivňují výsledek interakce patogen-hostitel. Databáze je udržována výzkumnými pracovníky na Rothamsted Research, spolu s externími spolupracovníky od roku 2005.[1][2][3][4][5][6][7] Od dubna 2017 je součástí PHI-base ELIXÍR „Evropská infrastruktura biologických věd pro biologické informace prostřednictvím uzlu ELIXIR-UK.

Pozadí

The Patogen -Hostitel Interakční databáze byla vyvinuta za účelem efektivního využití rostoucího počtu ověřených genů, které zprostředkovávají schopnost organismu způsobovat nemoci a / nebo vyvolat reakce hostitele.

Webové databázové katalogy experimentálně ověřovaly patogenitu, virulenci a efektorové geny bakteriálních, plísňových a oomycete patogeny, které infikují zvířecí, rostlinné a houbové hostitele. PHI-base je první on-line zdroj věnovaný identifikaci a prezentaci informací o genech patogenity hub a oomycete a jejich interakcích s hostiteli. Jako takový je PHI-báze cenným zdrojem pro objev kandidátských cílů v lékařsky a agronomicky důležitých houbových a oomycetových patogenech pro intervenci syntetickými chemickými látkami a přírodními produkty (fungicidy ).

Každá položka v PHI-base je kurátorována odborníky na doménu a podporována silnými experimentálními důkazy (experimenty s narušením genů) a literárními odkazy, ve kterých jsou experimenty popsány. Každý gen v PHI-báze je prezentován s jeho nukleotidem a odvozenou aminokyselinovou sekvencí, stejně jako podrobný strukturovaný popis funkce predikovaného proteinu během procesu infekce hostitele. Aby se usnadnila interoperabilita dat, geny jsou anotovány pomocí řízených slovníků (Genová ontologie podmínky, Čísla ES atd.) a odkazy na další externí zdroje dat, jako např UniProt, EMBL a NCBI taxonomické služby.

Současný vývoj

Verze 4.8 (16. září 2019) databáze PHI poskytuje informace o 6780 genech od 268 patogenů a 210 hostitelů a jejich dopadu na interakce 13801 a také na informace o účinnosti ~ 20 léků a cílových sekvencí v patogenu. PHI-base se v současné době zaměřuje na rostlinné patogenní a lidské patogenní organismy včetně hub, oomycet a bakterií. Celý obsah databáze lze stáhnout ve formátu odděleném tabulátory. Od roku 2015 web obsahuje online nástroj pro kurátorství literatury s názvem PHI-Canto pro kurátorství komunitní literatury různých patogenních druhů. Od uvedení verze 4 lze základnu PHI prohledávat také pomocí vyhledávacího nástroje PHIB-BLAST, který používá VÝBUCH algoritmus pro porovnání sekvence uživatele se sekvencemi dostupnými z PHI-base. V roce 2016 byla část závodu PHI-base použita k vytvoření sémantického vyhledávacího nástroje PHI-základny “ [8].

PHI-base je zarovnán s Genomy souboru od roku 2011, Fungidb od roku 2016 a Globální biotické interakce (GloBI) (od srpna 2018). Všechny nové verze PHI-base jsou integrovány do těchto nezávislých databází. Základna PHI byla citována ve více než 350 recenzovaných publikacích. Podrobnosti o všech těchto publikacích jsou uvedeny v části databáze „o nás“.

PHI-base je zdrojem pro mnoho aplikací, včetně:

›Objev konzervovaných genů v lékařsky a agronomicky důležitých patogenech, které mohou být potenciálními cíli pro chemickou intervenci

›Srovnávací analýzy genomu

›Anotace nově sekvenovaných genomů patogenů

›Funkční interpretace sekvenování RNA a microarray experimentů

›Rychlá křížová kontrola fenotypových rozdílů mezi patogenními druhy při psaní článků k recenzování

Použití PHI-base bylo citováno v> 360 recenzovaných článcích publikovaných v International Journals. Všechny tyto články jsou citovány v sekci „O databázi“.

Aktuálně je podporováno několik konkrétních vylepšení PHI-base. The PhytoPath Projekt vyvíjí zdroj bioinformatiky, který integruje data v měřítku genomu od důležitých druhů rostlinných patogenů s fenotypy zachycenými v PHI-base. Pomocí prohlížeče Ensembl Genomes poskytuje PhytoPath přístup k úplným genomovým sestavám a genovým modelům prioritních rostlinných a modelových houbových a oomycetových fytopatogenů. Pokročilý vyhledávací nástroj PhytoPath BioMart umožňuje prohledávání různých druhů rostlinných patogenů.

Financování

PHI-base je národní kapacita financovaná z Rada pro výzkum v oblasti biotechnologií a biologických věd (BBSRC), britská rada pro výzkum.

Reference

  1. ^ Urban, M .; Cuzick, A .; Rutherford, K .; Irvine, A. G .; Pedro, H .; Pant, R .; Sadanadan, V .; Khamari, L .; Billal, S .; Mohanty, S .; Hammond-Kosack, K. (2017). „PHI-base: nové rozhraní a další přírůstky pro databázi interakcí více druhů patogenů s hostiteli“. Nucleic Acids Res. 45 (D1): D604 – D610. doi:10.1093 / nar / gkw1089. PMC  5210566. PMID  27915230.
  2. ^ Winnenburg, R .; Baldwin, T. K.; Urban, M .; Rawlings, C .; Köhler, J .; Hammond-Kosack, K.E. (2014). „PHI-base: nová databáze interakcí hostitele s patogenem“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Vydání databáze): D459-464. doi:10.1093 / nar / gkj047. PMC  1347410. PMID  16381911.
  3. ^ Baldwin, T. K.; Winnenburg, R .; Urban, M .; Rawlings, C .; Köhler, J .; Hammond-Kosack, K.E. (2006). „Databáze interakcí patogen-hostitel (PHI-base) poskytuje pohledy na obecná a nová témata patogenity“. Molekulární interakce rostlin a mikrobů. 19 (12): 1451–1462. doi:10.1094 / mpmi-19-1451. PMID  17153929.
  4. ^ Winnenburg, R .; Urban, M .; Beacham, A .; Baldwin, T. K.; Holland, S .; Lindeberg, M .; Hansen, H .; Rawlings, C .; Hammond-Kosack, K.E .; Köhler, J. (2008). „Aktualizace PHI-base: přírůstky do databáze interakcí hostitele patogenu“. Výzkum nukleových kyselin. 36 (Vydání databáze): D572-576. doi:10.1093 / nar / gkm858. PMC  2238852. PMID  17942425.
  5. ^ Urban, M .; Pant, R .; Raghunath, A .; Irvine, A.G .; Pedro, H .; Hammond-Kosack, K.E. (2015). „Databáze interakcí mezi patogeny a hostiteli (základna PHI): přírůstky a budoucí vývoj“ (PDF). Výzkum nukleových kyselin. 43 (Vydání databáze): D645 – D655. doi:10.1093 / nar / gku1165. PMC  4383963. PMID  25414340.
  6. ^ Urban, M .; Irvine, A. G .; Raghunath, A .; Cuzick, A .; Hammond-Kosack, K.E. (2015). „Využití databáze interakcí patogen-hostitel (PHI-base) k vyšetřování genomů rostlinných patogenů a genů zapojených do virulence“ (PDF). Front Plant Sci. 6: 605. doi:10.3389 / fpls.2015.00605. PMC  4526803. PMID  26300902.
  7. ^ Brown, N. A .; Urban, M .; Hammond-Kosack, K.E. (2016). „Trans-království identifikace negativních regulátorů hypervirulence patogenů“. FEMS Microbiol Rev. 40 (1): 19–40. doi:10.1093 / femsre / fuv042. PMC  4703069. PMID  26468211.
  8. ^ Rodriguez-Iglesias, A .; Rodriguez-Gonzalez, A .; Irvine, A.G .; Sesma, A .; Urban, M .; Hammond-Kosack, K.E .; Wilkinson, M.D. (2016). „Publikace FAIR dat: vzorová metodika využívající PHI-Base“. Front Plant Sci. 7: 641. doi:10.3389 / fpls.2016.00641. PMC  4922217. PMID  27433158.

externí odkazy