Zebrafish Information Network - Zebrafish Information Network

ZFIN
Database.png
Obsah
PopisZebrafish Model Organism Database.
OrganismyZebrafish
Kontakt
Výzkumné centrumUniversity of Oregon
Primární citaceBradford a kol. (2011)[1]
Datum vydání2010
Přístup
webová stránkahttp://zfin.org

The Zebrafish Information Network (ZFIN ) je online biologická databáze informací o zebrafish (Danio rerio). Zebrafish je široce používán modelový organismus pro genetický, genomický, a vývojový studies, a ZFIN poskytuje integrované rozhraní pro dotazování a zobrazení velkého objemu dat generovaných tímto výzkumem.[2] Aby se usnadnilo použití zebrafish jako modelu člověk biologie, ZFIN spojuje tato data s odpovídajícími informacemi o jiných modelových organismech (např. myš ) a do databází lidských nemocí.[3] Bohaté odkazy na externí sekvence databáze (např. GenBank ) a jsou zahrnuty prohlížeče genomu. Údaje o genovém produktu, genové expresi a fenotypu jsou anotovány termíny z biomedicíny ontologie. ZFIN je založen na University of Oregon ve Spojených státech s financováním poskytovaným Národní institut zdraví (NIH).

Obsah

ZFIN se skládá ze dvou hlavních částí:

  1. web komunitních zpráv a oznámení a také biologických zdrojů, jako jsou laboratorní protokoly, a genová nomenklatura průvodce a informace o anatomii
  2. A relační databáze obsahující biologická data, která jsou kurátor z vědecké literatury a které jsou přímo předkládány výzkumnými laboratořemi zebrafish (např. Thisse high-throughput gene expression analysis[4]).

Informace v ZFIN jsou úzce spojeny s webovými zdroji Zebrafish International Resource Center (ZIRC ), China Zebrafish Resource Center (CZRC ) atd., které udržují a poskytují výzkumné zdroje, materiály a služby související se zebrafish.

Rozhraní relační databáze ZFIN poskytuje formuláře dotazů a zobrazení stránek pro následující typy biologických dat:

  • Geny, markery a klony
  • Genový výraz
  • Protilátky
  • Sekvenční zarovnání (VÝBUCH )
  • Mutanti a transgenní linie
  • Anatomie
  • Genetické mapy

ZFIN také udržuje databázi publikací, laboratoří, lidí a společností týkajících se zebrafish.

Kromě svých specializovaných rozhraní pro vyhledávání poskytuje ZFIN a Google -jako globální vyhledávání na stránkách.

Komunita ZFIN wiki dává vědcům zebrafish schopnost sdílet informace o laboratorních protokolech a protilátkách.

Poznámky a odkazy

  1. ^ Bradford, Yvonne; Conlin, Tom; Dunn, Nathan; Fashena, David; Frazer, Ken; Howe, Douglas G; Rytíř, Jonathan; Mani, Prita; Martin, Ryan; Moxon, Sierra A. T .; Paddock, Holly; Pich, Christian; Ramachandran, Sridhar; Ruef, Barbara J; Růžička, Leyla; Bauer Schaper, Holle; Schaper, Kevin; Shao, Xiang; Zpěvačka, Amy; Sprague, Judy; Sprunger, Brock; Van Slyke, Ceri; Westerfield, Monte (leden 2011). „ZFIN: vylepšení a aktualizace databáze modelu Zebrafish Model Organism“. Nucleic Acids Res. Anglie. 39 (Problém s databází): D822-9. doi:10.1093 / nar / gkq1077. PMC  3013679. PMID  21036866.
  2. ^ Sprague et al. (2008). Zebrafish Information Network: databáze organismu modelu zebrafish poskytuje rozšířenou podporu pro genotypy a fenotypy. Nucleic Acids Res 36: D768.
  3. ^ Projekt databáze Zebrafish
  4. ^ B. Thisse a C. Thisse (2004). „Klony s rychlým uvolňováním: analýza s vysokou propustností výrazu“. Přímé zadávání dat ZFIN (nepublikováno).CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)

externí odkazy

Viz také