Nizozemské bioinformatické centrum - Netherlands Bioinformatics Centre

Nizozemské bioinformatické centrum
Typnezisková organizace
Umístění
webová stránkawww.nbic.nl

The Nizozemské bioinformatické centrum nebo NBIC[1] (2003-2013) byla nizozemská, vládou financovaná organizace, která koordinovala veškerou akademickou práci bioinformatika v Holandsko.[2] NBIC sestával z programů pro výzkum (BioRange), pro vzdělávání (BioWise) a pro podporu (BioAssist). Partneři NBIC jsou všichni Nizozemské univerzity a univerzitní nemocnice a některé komerční subjekty. Centrální kancelář NBIC byla hostitelem Centrum pro molekulární a biomolekulární informatiku (CMBI) v Lékařské centrum Radboud University Nijmegen.

Dějiny

V roce 2003 byl spuštěn NBIC[3] jako ne pro zisk organizace, posílit a organizovat bioinformatický výzkum v EU Holandsko. NBIC je jedním ze čtyř umožňujících technologických center, která iniciovala Nizozemská iniciativa pro genomiku (NGI)[4] zlepšit genomika -výzkum v Nizozemsku. Dalšími třemi technologickými centry jsou: Nizozemské centrum pro proteomiku (NPC),[5] the Nizozemské centrum metabolomiky (NMC)[6] a Nizozemské konsorcium pro systémovou biologii (NCSB).[7] Většina služeb se v roce 2015 přesunula do nizozemského Techcentra pro vědy o živé přírodě.[8]

Financování

Nizozemské středisko pro bioinformatiku bylo financováno z Nizozemská vláda skrz Nizozemská iniciativa pro genomiku (NGI)[9] a BSIK[10]program (znalostní infrastruktury).

Podpěra, podpora

Oddělení podpory NBIC, BioAssist, se skládá z pracovních skupin, které sdružují odborníky z různých oblastí bioinformatiky. Společně tito lidé identifikují běžné problémy ve svém oboru, které se rozhodli společně vyřešit. BioAssist má také skupinu BioInformatics Research Support (BRS),[11][12] který pomáhá biologickým a lékařským profesionálům s krátkými bioinformatickými projekty.

Vzdělávání

Vzdělávací část NBIC, BioWise, organizuje kurzy a školení na různých úrovních. Poskytují školení o povědomí ve školách,[13] spolupracovat s různými vzdělávacími programy v oblasti bioinformatiky na univerzitách v Nizozemsku a organizovat školení pro PhD studenti. Organizují se také školení a konference zaměřené na konkrétní předmět, a to buď na národní úrovni, nebo s dalšími mezinárodními partnery, jako je Švýcarský institut pro bioinformatiku.

Úspěchy

Organizace bioinformatického výzkumu

Dosud NBIC dosáhla svého cíle spojit různé výzkumné skupiny pro bioinformatiku v EU Holandsko. Nyní také spolupracuje s nizozemskými univerzitami aplikovaných věd (UAS) v síti LOBIN. v červenci 2011 se připojily čtyři UAS.[14]

Bioinformatický software

Široká škála bioinformatický software byl vytvořen lidmi zapojenými do NBIC.[15] NBIC také hostí službu pro koordinaci software vývoj (server Trac se softwarovými verzemi a projektovou dokumentací).[16] Mnoho nástrojů je také k dispozici prostřednictvím vlastního otevřeného NBIC Galaxie serveru[17]

Průmyslové odkazy

Byly učiněny první kroky k zahrnutí komerčních subjektů, mimo jiné prostřednictvím platformy Bioinformatics Industrial Users Platform (BIUP). BIUP, i když je ještě v počáteční fázi v polovině roku 2011, již přilákal partnery jako např DSM.

Budování komunity

Velká část úsilí NBIC se zaměřuje na rozvoj nových nebo posílení stávajících bioinformatických komunit. Například NBIC hostil rok 2011 Galaxie Komunitní konference.[18]The Nizozemská platforma pro bioinformatiku pro proteomiku (zkráceně NBPP) je společnou iniciativou Nizozemského střediska pro bioinformatiku (NBIC) a Nizozemské centrum pro proteomiku (NPC).

Zahajovací schůze Globální organizace pro výuku, vzdělávání a školení v bioinformatice (GOBLET) se konalo na NBIC v listopadu 2012.[19]

Reference

  1. ^ Web NBIC
  2. ^ van Gelder, Celia W. G .; Hooft, Rob W. W .; van Rijswijk, Merlijn N .; van den Berg, Linda; Kok, Ruben G .; Reinders, Marcel; Mons, Barend; Heringa, Jaap (15. září 2017). „Bioinformatika v Nizozemsku: hodnota celostátní komunity“. Briefings in Bioinformatics. 20 (2): 375–383. doi:10.1093 / bib / bbx087. PMC  6433734. PMID  28968694.
  3. ^ Informace o iniciativě Nizozemsko pro genomiku o NBIC
  4. ^ Přehled Centra genomiky NGI
  5. ^ Webové stránky Nizozemsko Proteomics Center
  6. ^ Webové stránky Nizozemsko Metabolomics Center
  7. ^ „Webové stránky Nizozemské konsorcium pro systémovou biologii“. Archivovány od originál dne 25.01.2012. Citováno 2012-02-27.
  8. ^ „NBIC: aktivity BioAssist přesunuty do datového programu DTL“. www.nbic.nl. Citováno 2. března 2018.
  9. ^ Webové stránky Nizozemská iniciativa pro genomiku
  10. ^ Web BSIK: Besluitské dotace Investeringen Kennisinfrastructuur
  11. ^ [1]
  12. ^ http://www.nbic.nl/support/brs/
  13. ^ Bioinformatica in de klas
  14. ^ Členové LOBIN
  15. ^ seznam klíčových softwarových produktů NBIC
  16. ^ NBIC trac server
  17. ^ NBIC Galaxy server
  18. ^ Domovská stránka konference Galaxy Community Conference 2011
  19. ^ „Setkání BTN / GOBLET | GOBLET“. www.mygoblet.org. Citováno 24. srpna 2016.