Molekulární modely DNA - Molecular models of DNA


Molekulární modely struktur DNA jsou reprezentace molekulární geometrie a topologie deoxyribonukleové kyseliny (DNA ) molekuly využívající jeden z několika způsobů s cílem zjednodušit a představit základní, fyzikální a chemické vlastnosti molekulárních struktur DNA buď in vivo nebo in vitro. Tato reprezentace zahrnují pečlivě zabalené koule (CPK modely) z plastu, kovové dráty pro kosterní modely, grafické výpočty a animace na počítačích, umělecké ztvárnění. Počítačové molekulární modely také umožňují animace a simulace molekulární dynamiky, které jsou velmi důležité pro pochopení fungování DNA in vivo.
Pokročilejší, počítačový molekulární modely DNA zahrnovat molekulární dynamika simulace a kvantová mechanika výpočty vibračních rotací, delokalizovaných molekulární orbitaly (MO), elektrické dipólové momenty, vodíkové vazby, a tak dále. Modelování molekulární dynamiky DNA zahrnuje simulaci deoxyribonukleové kyseliny (DNA ) molekulární geometrie a topologie se mění s časem v důsledku intra- a inter-molekulárních interakcí DNA. Vzhledem k tomu, molekulární modely molekul DNA, jako jsou těsně zabalené koule (modely CPK) vyrobené z plastových nebo kovových drátů pro kosterní modely jsou užitečnými reprezentacemi statických struktur DNA, jejich užitečnost je pro reprezentaci komplexní dynamiky DNA velmi omezená. Počítačové molekulární modelování umožňuje animace i simulace molekulární dynamiky, které jsou velmi důležité pro pochopení fungování DNA in vivo.
Dějiny

Od raných stádií strukturálních studií DNA od Rentgenová difrakce a biochemické prostředky, molekulární modely, jako je Watson-Crick dvojitá šroubovice nukleové kyseliny Model byl úspěšně použit k vyřešení „skládačky“ struktury DNA a také k zjištění, jak tato souvisí s jejími klíčovými funkcemi v živých buňkách. První vysoce kvalitní rentgenové difraktogramy A-DNA byly hlášeny autorem Rosalind Franklin a Raymond Gosling v roce 1953.[1] Rosalind Franklin učinila kritické pozorování, že DNA existuje ve dvou odlišných formách, A a B, a vytvořila nejostřejší snímky obou pomocí rentgenové difrakční techniky.[2] První výpočty Fourierovy transformace atomové šroubovice ohlásili o rok dříve Cochran, Crick a Vand,[3] a v roce 1953 následoval výpočet Fourierovy transformace svinuté cívky Crickem.[4]
Strukturní informace jsou generovány z rentgenových difrakčních studií orientovaných vláken DNA pomocí molekulárních modelů DNA, které jsou kombinovány s krystalografickou a matematickou analýzou rentgenových obrazců.
První zprávy o molekulárním modelu dvojšroubovice struktury B-DNA vytvořili James Watson a Francis Crick v roce 1953.[5][6] Téhož roku Maurice F. Wilkins, A. Stokes a H.R. Wilson uvedli první rentgenový obrazec in vivo B-DNA v hlavách částečně orientovaných lososích spermií.[7]
Vývoj prvního správného molekulárního modelu DNA se dvěma šroubovicemi Crickem a Watsonem by možná nebyl možný bez biochemických důkazů pro párování nukleotidových bází ([A --- T]; [C --- G]), nebo Chargaffova pravidla.[8][9][10][11][12][13] Ačkoli takové počáteční studie struktur DNA pomocí molekulárních modelů byly v zásadě statické, jejich důsledky pro vysvětlení in vivo funkce DNA byly významné v oblastech biosyntézy proteinů a kvazi-univerzálnosti genetického kódu. Epigenetické transformační studie DNA in vivo se však vyvíjely mnohem pomaleji, i přes jejich význam pro embryologii, morfogenezi a výzkum rakoviny. Taková chemická dynamika a biochemické reakce DNA jsou mnohem složitější než molekulární dynamika fyzikálních interakcí DNA s vodou, ionty a proteiny / enzymy v živých buňkách.
Důležitost
Starý stálý dynamický problém spočívá v tom, jak probíhá „autoreplikace“ DNA v živých buňkách, což by mělo zahrnovat přechodné odvíjení nadšroubovicových vláken DNA. Ačkoli DNA sestává z relativně tuhých, velmi velkých podlouhlých biopolymerních molekul nazývaných vlákna nebo řetězy (které jsou vyrobeny z opakování nukleotid jednotky čtyř základních typů, připojené k deoxyribózovým a fosfátovým skupinám), její molekulární struktura in vivo prochází dynamickými změnami konfigurace, které zahrnují dynamicky připojené molekuly vody a ionty. Supercoiling, balení s histony v chromozomových strukturách a další podobné supramolekulární aspekty také zahrnují in vivo Topologie DNA což je ještě složitější než molekulární geometrie DNA, čímž se molekulární modelování DNA stává zvlášť náročným problémem jak pro molekulární biology, tak pro biotechnology. Stejně jako jiné velké molekuly a biopolymery existuje DNA často ve více stabilních geometriích (tj. Vykazuje) konformační izomerismus ) a konfigurační kvantové stavy, které jsou si navzájem blízké v energii na povrchu potenciální energie molekuly DNA.
Takové proměnlivé molekulární geometrie lze také vypočítat, alespoň v zásadě, za použití ab initio kvantová chemie metody, které mohou dosáhnout vysoké přesnosti pro malé molekuly, ačkoli tvrzení, že přijatelné přesnosti lze dosáhnout také u polynuklelotidů a konformací DNA, byly nedávno provedeny na základě vibrační kruhový dichroismus (VCD) spektrální data. Takové kvantové geometrie definují důležitou třídu ab initio molekulární modely DNA, jejichž průzkum sotva začal, zejména v souvislosti s výsledky získanými VCD v roztocích. Podrobnější srovnání s takovými ab initio kvantové výpočty lze v zásadě získat pomocí 2D-FT NMR spektroskopie a relaxačních studií polynukleotidových roztoků nebo specificky značené DNA, jako například pomocí deuteriových značek.
Ve zajímavém kroucení rolí bylo navrženo použití molekuly DNA kvantové výpočty prostřednictvím DNA. Jak nanostruktury DNA, tak DNA Výpočet DNA biočipy byly postaveny.
Základní koncepty


Chemická struktura DNA nestačí k pochopení složitosti 3D struktur DNA. Naproti tomu animované molekulární modely umožňují člověku vizuálně prozkoumat trojrozměrnou (3D) strukturu DNA. Zobrazený model DNA (zcela vpravo) vyplňuje prostor nebo CPK, model dvojité šroubovice DNA. Animované molekulární modely, jako je drát nebo kosterní typ zobrazený v horní části tohoto článku, umožňují člověku vizuálně prozkoumat trojrozměrnou (3D) strukturu DNA. Dalším typem modelu DNA je model vyplňující prostor nebo CPK.
Dynamika vodíkových vazeb a výměna protonů se velmi liší o mnoho řádů mezi dvěma systémy plně hydratované DNA a molekulami vody v ledu. Dynamika DNA je tedy složitá a zahrnuje nanosekundu a několik desítek pikosekundových časových měřítek, zatímco tekutý led je na pikosekundové časové škále a protonová výměna v ledu je na milisekundové časové škále. Výměnné rychlosti protonů v DNA a připojených proteinech se mohou lišit od pikosekundy do nanosekundy, minut nebo let, v závislosti na přesném umístění vyměněných protonů ve velkých biopolymerech.
Jednoduchý harmonický oscilátor „vibrace“ je pouze zjednodušená dynamická reprezentace podélných vibrací spletených šroubovic DNA, u nichž bylo zjištěno anharmonie spíše než harmonické, jak se často předpokládá v kvantu dynamické simulace DNA.
Struktura DNA
Struktura DNA ukazuje různé formy, jak dvouvláknové, tak jednovláknové. Mechanické vlastnosti DNA, které přímo souvisejí s její strukturou, jsou významným problémem buňky. Každý proces, který se váže nebo čte DNA je schopen použít nebo upravit mechanické vlastnosti DNA pro účely rozpoznávání, balení a modifikace. Extrémní délka (a chromozóm může obsahovat 10 cm dlouhý řetězec DNA), relativní tuhost a spirálovitá struktura DNA vedla k vývoj z histony a ze dne enzymy jako topoizomerázy a helikázy řídit DNA buňky. Vlastnosti DNA úzce souvisejí s její molekulární strukturou a sekvencí, zejména slabostí vodíkových vazeb a elektronických interakcí, které drží řetězce DNA pohromadě ve srovnání s pevností vazeb v každém řetězci.
Experimentální metody, které mohou přímo měřit mechanické vlastnosti DNA, jsou relativně nové a vizualizace ve vysokém rozlišení v roztoku je často obtížná. Vědci nicméně odhalili velké množství dat o mechanických vlastnostech tohoto polymeru a důsledky mechanických vlastností DNA na buněčné procesy jsou předmětem aktivního současného výzkumu.
DNA nalezená v mnoha buňkách může mít délku makroskopickou: několik centimetrů dlouhou pro každý lidský chromozom. V důsledku toho musí buňky zhutnit nebo balík DNA, aby to v sobě nesla. v eukaryoty to je neseno jako cívka bílkoviny pojmenovaný histony, kolem kterého se vine DNA. Jedná se o další zhutnění tohoto komplexu DNA-protein, které produkuje dobře známou mitotickou eukaryotiku chromozomy.
Na konci 70. let se střídají non-helikální modely struktury DNA byly krátce považovány za potenciální řešení problémů v replikace DNA v plazmidy a chromatin. Modely však byly vyčleněny ve prospěch modelu s dvojitou spirálou kvůli následným experimentálním pokrokům, jako je Rentgenová krystalografie DNA duplexů a později částice jádra nukleosomu a objev topoizomerázy. Takové modely bez dvojité šroubovice nejsou běžnou vědeckou komunitou v současné době přijímány.[14][15]
Stanovení struktury DNA pomocí molekulárního modelování a rentgenových vzorků DNA


Poté, co byla DNA oddělena a purifikována standardními biochemickými metodami, má člověk vzorek ve sklenici podobně jako na obrázku v horní části tohoto článku. Níže jsou uvedeny hlavní kroky při generování strukturních informací z rentgenových difrakčních studií orientovaných vláken DNA, které jsou odebírány z hydratovaného vzorku DNA pomocí molekulárních modelů DNA kombinovaných s krystalografickou a matematickou analýzou rentgenových obrazců .
Parakrystalické mřížkové modely struktur B-DNA

A parakrystalický mřížka nebo parakrystal je molekulární nebo atomová mřížka s významným množstvím (např. větším než několik procent) částečného neuspořádání molekulárních uspořádání. Omezující případy modelu paracrystalů jsou nanostruktury, jako brýle, kapaliny atd., které mohou mít pouze místní objednávání a žádné globální objednávky. Jednoduchý příklad parakrystalické mřížky ukazuje křemičité sklo na následujícím obrázku:
Tekuté krystaly mít také spíše parakrystalickou než krystalický struktur.
Vysoce hydratovaná B-DNA se přirozeně vyskytuje v živých buňkách v takovém parakrystalickém stavu, který je dynamický navzdory relativně tuhé dvojité šroubovici DNA stabilizované paralelními vodíkovými vazbami mezi páry nukleotidových bází ve dvou komplementárních spirálovitých řetězcích DNA (viz obrázky ). Pro jednoduchost většina molekulárních modelů DNA vynechává vodu i ionty dynamicky vázané na B-DNA, a proto jsou méně užitečné pro pochopení dynamického chování B-DNA in vivo. Fyzikální a matematická analýza rentgenového záření[16][17] a spektroskopická data pro parakrystalickou B-DNA jsou tedy mnohem složitější než data krystalických rentgenových difraktogramů A-DNA. Parakrystalický model je také důležitý pro technologické aplikace DNA, jako je DNA nanotechnologie. Nyní se také vyvíjejí nové metody, které kombinují rentgenovou difrakci DNA s rentgenovou mikroskopií v hydratovaných živých buňkách.[18]
Genomické a biotechnologické aplikace molekulárního modelování DNA

Existují různá použití molekulárního modelování DNA v aplikacích výzkumu genomiky a biotechnologie, od opravy DNA po PCR a DNA nanostruktury. Byly vizualizovány dvourozměrná pole spojení DNA Mikroskopie atomové síly.[19]
Molekulární modelování DNA má v genomika a biotechnologie, s výzkumnými aplikacemi od opravy DNA po PCR a nanostruktury DNA. Patří mezi ně počítačové molekulární modely molekul, které se liší od RNA polymerázy, E. coli, bakteriální DNA primasový templát, což naznačuje velmi složitou dynamiku na rozhraní mezi enzymy a DNA templátem, a molekulární modely mutagenní, chemické interakce silných molekul karcinogenu s DNA. To vše je uvedeno v galerii níže.
Technologické aplikace zahrnují DNA biočip a DNA nanostruktury určené pro Výpočet DNA a další dynamické aplikace DNA nanotechnologie.[20][21][22][23][24][25]Obrázek vpravo je samostatně sestavených nanostruktur DNA. Struktura DNA „dlaždice“ na tomto obrázku sestává ze čtyř rozvětvených spojů orientovaných v úhlech 90 °. Každá destička se skládá z devíti DNA oligonukleotidů, jak je znázorněno; takové dlaždice slouží jako primární „stavební blok“ pro sestavení DNA nanogridů, které jsou ukázány na mikrofotografii AFM.
Quadruplex DNA se mohou podílet na některých rakovinách.[26][27] Obrázky čtyřnožecké DNA jsou v galerii níže.
Galerie modelů DNA
Točící se generický model DNA.
Zjednodušený náčrt struktury dvojité šroubovice A-DNA.
Model replikace DNA založený na konceptu dvojité šroubovice.
Animovaný, prostor vyplňující molekulární model dvojité šroubovice A-DNA
Rozsáhlý model Crick-Watson DNA ukázaný v Muzeu Príncipe Felipeho.
Boční pohled na molekulární modely A-, B-, Z- DNA.
Zjednodušený model dvojité šroubovice A-DNA.
Molekulární modelování RNA polymerázy.
Molekulární modelování šablony primázy bakteriální DNA.
Molekulární modelování interakcí DNA s molekulou karcinogenu MGMT.
3D Molekulární model DNA poškozené karcinogenním 2-aminofluorenem (AF).
Obr.6. Molekulární modelování opravy DNA
Animovaný kosterní model A-DNA.
Zjednodušené modely chromatinu.
Zjednodušený model struktury chromozomů.
Hypotetický kvadruplex struktur DNA bohatých na guanin, které se mohou podílet na rakovině.
3D molekulární struktura intramolekulárního lidského telomerního G-kvadruplexu v roztoku draslíku.
Molekulární model DNA vyplňující prostor
Model navrženého čtyřstěnu DNA.
15 m dlouhý model DNA, Centrum biologické rozmanitosti Naturalis
Viz také
- G-quadruplex
- Krystalografie
- Křišťálové mřížky
- Databáze vlastností dinukleotidů (DiProDB ), určený ke sběru a analýze termodynamických, strukturálních a dalších dinukleotidových znaků
- Rentgenová mikroskopie
- Rentgenový rozptyl
- Rozptyl neutronů
- Sekvence nukleové kyseliny
- Vibrační kruhový dichroismus (VCD)
- Ramanova spektroskopie -mikroskopie a koherentní anti-Stokesova Ramanova spektroskopie (AUTA)
- Vážený pane Lawrence Bragg, FRS
- Porovnání simulačního softwaru nukleových kyselin
- JANTAR
- CHARMM
- Abalone (molekulární mechanika)
- Vizualizační software Sirius
- QMC @ Home
- NMR spektroskopie (FT-NMR)
- NMR zobrazování mikroskopie
- Mikrovlnná spektroskopie
- FT-infračervený (IR)
- FT-blízká infračervená spektroskopie (NIR)
- Spektrální zobrazování, hyperspektrální zobrazování, chemické zobrazování
- Fluorescenční korelační spektroskopie
- Fluorescenční křížová korelační spektroskopie a Försterův přenos rezonanční energie (FRET)
- Konfokální mikroskopie
Reference
- ^ Franklin, R.E., Gosling, R.G. (6. března 1953). "Struktura vláken thymonukleátu sodného I. Vliv obsahu vody". Acta Crystallogr. 6 (8): 673. doi:10.1107 / S0365110X53001939.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
Franklin, R.E., Gosling, R.G. (6. března 1953). "Struktura vláken thymonukleátu sodného II. Válcově symetrická Pattersonova funkce". Acta Crystallogr. 6 (8): 678. doi:10.1107 / S0365110X53001940.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz) - ^ Hammer, DEAN H .; Maddox, Brenda (2002). „Zkroucená cesta do dvojité šroubovice“. Scientific American. 287 (6): 127–128. Bibcode:2002SciAm.287f.127H. doi:10.1038 / scientificamerican1202-127. JSTOR 26060090.
- ^ Cochran, W., Crick, F.H.C., Vand V. (1952). „Struktura syntetických polypeptidů. 1. Transformace atomů na šroubovici“. Acta Crystallogr. 5 (5): 581–6. doi:10.1107 / S0365110X52001635.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
- ^ Crick, F.H.C. (1953a). „Fourierova transformace svinuté cívky“. Acta Crystallogr. 6 (8–9): 685–9. doi:10.1107 / S0365110X53001952.
- ^ Watson, James D., Crick, Francis H.C. (25. dubna 1953). „Struktura nukleové kyseliny deoxyribózy“ (PDF). Příroda. 171 (4356): 737–8. Bibcode:1953Natur.171..737W. doi:10.1038 / 171737a0. PMID 13054692. S2CID 4253007.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz), .
- ^ Watson, J.D .; Crick F.H.C. (1953b). "Struktura DNA". Cold Spring Harbor Symposia o kvantitativní biologii. 18: 123–31. doi:10.1101 / SQB.1953.018.01.020. PMID 13168976.
- ^ Wilkins M.H.F., A.R. Stokes A.R. & Wilson, H.R. (1953). "Molekulární struktura nukleových kyselin deoxypentózy" (PDF). Příroda. 171 (4356): 738–40. Bibcode:1953Natur.171..738W. doi:10.1038 / 171738a0. PMID 13054693. S2CID 4280080.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
- ^ Elson D, Chargaff E (1952). „K obsahu deoxyribonukleové kyseliny v gametách mořského ježka“. Experientia. 8 (4): 143–5. doi:10.1007 / BF02170221. PMID 14945441. S2CID 36803326.
- ^ Chargaff E, Lipshitz R, Green C (1952). "Složení deoxypentózových nukleových kyselin čtyř rodů mořského ježka". J Biol Chem. 195 (1): 155–160. PMID 14938364.
- ^ Chargaff E, Lipshitz R, Green C, Hodes ME (1951). "Složení deoxyribonukleové kyseliny z lososích spermií". J Biol Chem. 192 (1): 223–230. PMID 14917668.
- ^ Chargaff E (1951). "Některé nedávné studie o složení a struktuře nukleových kyselin". J Cell Physiol Suppl. 38 (Suppl).
- ^ Magasanik B, Vischer E, Doniger R, Elson D, Chargaff E (1950). "Oddělení a odhad ribonukleotidů v nepatrném množství". J Biol Chem. 186 (1): 37–50. PMID 14778802.
- ^ Chargaff E (1950). "Chemická specificita nukleových kyselin a mechanismus jejich enzymatické degradace". Experientia. 6 (6): 201–9. doi:10.1007 / BF02173653. PMID 15421335. S2CID 2522535.
- ^ Stokes, T. D. (1982). „Dvojitá spirála a pokroucený zip - příkladný příběh“. Sociální vědy. 12 (2): 207–240. doi:10.1177/030631282012002002. PMID 11620855. S2CID 29369576.
- ^ Gautham, N. (25. května 2004). „Odpověď na“ Rozmanitost v sekundární struktuře DNA"" (PDF). Současná věda. 86 (10): 1352–1353. Citováno 25. května 2012.
Avšak objev topoizomeráz vzal „bodnutí“ z topologické námitky proti plectonaemic double helix. Novější řešení monokrystalické rentgenové struktury částice jádra nukleosomu ukázalo téměř 150 párů bází DNA (tj. Přibližně 15 úplných otáček) se strukturou, která je ve všech podstatných ohledech stejná jako model Watson – Crick . To zasadilo smrtelnou ránu myšlence, že jiné formy DNA, zejména DNA s dvojitou spirálou, existují jako cokoli jiného než lokální nebo přechodné struktury.
[mrtvý odkaz ] - ^ Hosemann R., Bagchi R.N., Přímá analýza difrakce hmotou, North-Holland Publs., Amsterdam - New York, 1962.
- ^ Baianu, I.C. (1978). "Rentgenový rozptyl částečně narušenými membránovými systémy". Acta Crystallogr. A. 34 (5): 751–3. Bibcode:1978AcCrA..34..751B. doi:10.1107 / S0567739478001540.
- ^ Yamamoto Y, Shinohara K (říjen 2002). "Aplikace rentgenové mikroskopie při analýze živých hydratovaných buněk". Anat. Rec. 269 (5): 217–23. doi:10,1002 / ar.10166. PMID 12379938. S2CID 43009840.
- ^ Mao, Chengde; Sun, Weiqiong; Seeman, Nadrian C. (16. června 1999). „Navržená dvourozměrná pole DNA Holliday Junction vizualizovaná mikroskopií atomové síly“. Journal of the American Chemical Society. 121 (23): 5437–43. doi:10.1021 / ja9900398.
- ^ Robinson, Bruche H .; Seeman, Nadrian C. (srpen 1987). „Návrh biočipu: samomontážní paměťové zařízení v molekulárním měřítku“. Proteinové inženýrství. 1 (4): 295–300. doi:10.1093 / protein / 1.4.295. ISSN 0269-2139. PMID 3508280. Odkaz
- ^ Rothemund, Paul W. K.; Ekani-Nkodo, Axel; Papadakis, Nick; Kumar, Ashish; Fygenson, Deborah Kuchnir; Winfree, Erik (22. prosince 2004). "Návrh a charakterizace programovatelných nanotrubiček DNA". Journal of the American Chemical Society. 126 (50): 16344–52. doi:10.1021 / ja044319l. PMID 15600335.
- ^ Keren, K .; Rotem S. Berman; Evgeny Buchstab; Uri Sivan; Erez Braun (listopad 2003). "Uhlíkatý nanotrubičkový tranzistor s efektem pole z uhlíkových vláken". Věda. 302 (6549): 1380–2. Bibcode:2003Sci ... 302.1380K. CiteSeerX 10.1.1.454.2291. doi:10.1126 / science.1091022. PMID 14631035. S2CID 29794525.
- ^ Zheng, Jiwen; Constantinou, Pamela E .; Micheel, Christine; Alivisatos, A. Paul; Kiehl, Richard A .; Seeman Nadrian C. (2006). „2D pole nanočástic ukazují organizační sílu robustních motivů DNA“. Nano dopisy. 6 (7): 1502–4. Bibcode:2006 NanoL ... 6.1502Z. doi:10.1021 / nl060994c. PMC 3465979. PMID 16834438.
- ^ Cohen, Justin D .; Sadowski, John P .; Dervan, Peter B. (2007). "Řešení jednotlivých molekul na DNA nanostrukturách". Angewandte Chemie International Edition. 46 (42): 7956–9. doi:10.1002 / anie.200702767. PMID 17763481.
- ^ Constantinou, Pamela E .; Wang, Tong; Kopatsch, Jens; Izrael, Lisa B .; Zhang, Xiaoping; Ding, Baoquan; Sherman, William B .; Wang, Xing; Zheng, Jianping; Sha, Ruojie; Seeman, Nadrian C. (2006). „Dvojitá soudržnost ve strukturní DNA nanotechnologii“. Organická a biomolekulární chemie. 4 (18): 3414–9. doi:10.1039 / b605212f. PMC 3491902. PMID 17036134.
- ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 23. května 2009. Citováno 17. května 2009.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
- ^ „Kryptowährungen und Physik - Planetphysics“. Archivovány od originál dne 31. března 2009. Citováno 17. května 2009.
Další čtení
- Aplikace nových technik na zdravé potraviny, lékařské a zemědělské biotechnologie(Červen 2004) I. C. Baianu, P. R. Lozano, V. I. Prisecaru a H. C. Lin., Q-bio / 0406047.
- F. Bessel, Untersuchung des Theils der planetarischen Störungen, Berlin Abhandlungen (1824), článek 14.
- Sir Lawrence Bragg, FRS. Krystalický stát, obecný průzkum. London: G. Bells and Sons, Ltd., sv. 1 a 2., 1966., 2024 stran.
- Cantor, C. R. a Schimmel, P.R. Biofyzikální chemie, části I a II., San Franscisco: W.H. Freeman and Co. 1980. 1 800 stran.
- Voet, D. a J.G. Voet. Biochemie, 2. vyd., New York, Toronto, Singapur: John Wiley & Sons, Inc., 1995, ISBN 0-471-58651-X., 1361 stran.
- Watson, G. N. Pojednání o teorii Besselových funkcí., (1995) Cambridge University Press. ISBN 0-521-48391-3.
- Watson, James D. Molekulární biologie genu. New York a Amsterdam: W.A. Benjamin, Inc. 1965., 494 stran.
- Wentworth, W.E. Fyzikální chemie. Krátký kurz., Malden (Mass.): Blackwell Science, Inc. 2000.
- Herbert R. Wilson, FRS. Difrakce rentgenového záření proteiny, nukleovými kyselinami a viry., London: Edward Arnold (Publishers) Ltd. 1966.
- Kurt Wuthrich. NMR bílkovin a nukleových kyselin., New York, Brisbane, Chicester, Toronto, Singapur: J. Wiley & Sons. 1986., 292 stran.
- Hallin PF, David Ussery D (2004). „CBS Genome Atlas Database: A dynamic storage for bioinformatic results and DNA sequence data“. Bioinformatika. 20 (18): 3682–6. doi:10.1093 / bioinformatika / bth423. PMID 15256401.
- Zhang CT, Zhang R, Ou HY (2003). „Databáze křivky Z: grafické znázornění sekvencí genomu“. Bioinformatika. 19 (5): 593–599. doi:10.1093 / bioinformatika / btg041. PMID 12651717.
externí odkazy
- DNA The Double Helix Game Z oficiálního webu Nobelovy ceny
- MDDNA: Strukturální bioinformatika DNA
- Double Helix 1953–2003 Národní centrum pro biotechnologické vzdělávání
- DNAlive: webové rozhraní pro výpočet fyzikálních vlastností DNA. Také umožňuje křížové propojení výsledků s UCSC Prohlížeč genomu a dynamika DNA.
- Další podrobnosti o matematické a molekulární analýze struktury DNA na základě rentgenových dat
- Besselovy funkce odpovídající Fourierovým transformacím atomových nebo molekulárních šroubovic.[mrtvý odkaz ]
- přehled principů STM / AFM / SNOM s výukovými videy
Databáze pro molekulární modely a sekvence DNA
- Rentgenová difrakce
- ID NDB: databáze UD0017
- Rentgenová atlasová databáze
- Soubory PDB souřadnic struktur nukleových kyselin z rentgenové difrakce krystaly NA (vč. DNA)
- Strukturální faktory stahovatelné soubory ve formátu CIF
- Rozptyl neutronů
- Zdroj neutronů ISIS: Zdroj pulzních neutronů ISIS: Světové centrum pro vědu s neutrony a miony v Harwellu poblíž Oxfordu ve Velké Británii.
- Rentgenová mikroskopie
- Elektronová mikroskopie
- NMR databáze
- NMR Atlas - databáze
- mmcif soubory ke stažení souřadnic nukleových kyselin v roztoku z 2D-FT NMR dat
- Soubory omezení NMR pro NA ve formátu PDB
- Genomické a strukturální databáze
- Databáze CBS Genome Atlas - obsahuje příklady základních zkosení.
- Databáze Z křivek genomů - trojrozměrný vizualizační a analytický nástroj genomů.
- Molekulární modely DNA a dalších nukleových kyselin: Souřadnicové soubory modelů molekulárních struktur nukleových kyselin ve formátech PDB a CIF
- Mikroskopie atomové síly