Seznam softwaru pro vizualizaci fylogenetických stromů - List of phylogenetic tree visualization software

Tento seznam software pro prohlížení fylogenetických stromů je kompilace softwarových nástrojů a webových portálů používaných při vizualizaci fylogenetické stromy.

Online software

názevPopisCitace
AquaponyProhlížeč stromu Javascript pro Beast[1]
Prohlížeč stromů sady nástrojů ETEonline nástroj pro zobrazení fylogenetických stromů (formát Newick), který umožňuje zobrazit více zarovnání sekvencí společně se stromy (formát Fasta)[2]
EvolViewonline nástroj pro vizualizaci, anotování a správu fylogenetických stromů[3]
IcyTreeProhlížeč Javascript SVG na straně klienta pro anotované kořenové stromy. Podporuje také fylogenetické sítě[4]
IrokiAutomatické přizpůsobení a vizualizace fylogenetických stromů[5]
iTOL - interaktivní Strom životaanotovat stromy různými typy dat a exportovat do různých grafických formátů; skriptovatelné prostřednictvím dávkového rozhraní[6]
MikroreakcePropojujte, vizualizujte a prozkoumávejte sekvence a metadata pomocí fylogenetických stromů, map a časových os[7]
OneZoompoužívá IFIG (Interactive Fractal Inspired Graphs) k zobrazení fylogenetických stromů, které lze přiblížit ke zvětšení detailů[8]
Phylo.ioProhlížejte a porovnávejte až 2 stromy vedle sebe pomocí interaktivních vizualizací HTML5[9]
PhyloExplorernástroj usnadňující hodnocení a správu sbírek fylogenetických stromů. Vzhledem k vstupní sbírce kořenových stromů poskytuje PhyloExplorer zařízení pro získávání statistik popisujících sbírku, opravu neplatných názvů taxonů, extrakci taxonomicky relevantních částí sbírky pomocí vyhrazeného dotazovacího jazyka a identifikaci souvisejících stromů v TreeBASE databáze.[10]
PHYLOViZ onlineWebový nástroj pro vizualizaci, fylogenetické odvození, analýzu a sdílení stromů o minimálním rozsahu[11]
PhyloWidgetprohlížet, upravovat a publikovat fylogenetické stromy online; rozhraní s databázemi[12]
T-REX (webový server)Odvození a vizualizace stromu (hierarchické, radiální a axiální zobrazení stromu), Horizontální přenos genů detekce a vizualizace sítě HGT[13]
TidyTreeFylogenetický vykreslovač stromů na straně klienta HTML5 / SVG, založený na D3.js[14]
TreeVectorškálovatelné, interaktivní, fylogenetické stromy pro web, produkují dynamický výstup SVG nebo PNG implementovaný v Javě[15]

Desktopový software

názevPopisOS1Citace
ARBIntegrované softwarové prostředí pro vizualizaci a anotaci stromůLM[16]
ArcheopteryxProhlížeč a editor stromů Java (dříve ATV)[17]
BioNumerikaUniverzální platforma pro správu, ukládání a analýzu všech typů biologických dat, včetně stromových a síťových inferencí sekvenčních datŽ
Bio :: PhyloKolekce modulů Perl pro manipulaci a vizualizaci fylogenetických dat. Bio :: Philo je součástí komplexní sady Nástroje biologie PerlVšechno[18]
DendroskopInteraktivní prohlížeč velkých fylogenetických stromů a sítíVšechno[19]
DensiTreeProhlížeč schopný prohlížet více překrytých stromů.Všechno[20]
FíkovníkJednoduchý prohlížeč stromů Java schopný číst soubory stromu newick a nexus. Lze použít k barvení větví a produkci vektorové grafiky.Všechno[21]
JEvTraceMultivalentní prohlížeč pro zarovnání sekvence, fylogenezi a strukturu. Provádí interaktivní Evoluční stopu[22] a další analýzy inspirované fylogenezí.Všechno[23]
MEGASoftware pro statistickou analýzu molekulární evoluce. Zahrnuje různé funkce vizualizace stromuVšechno[24]
MultiDendrogramyInteraktivní open-source aplikace pro výpočet a vykreslování fylogenetických stromůVšechno[25]
PHYLOViZFylogenetická inference a vizualizace dat pro profily alelických / SNP sekvencí pomocí Minimum Spanning TreesVšechno[26]
TreeDynOpen-source software pro manipulaci se stromy a anotace umožňující začlenění meta informacíVšechno[27]
TreevolutionOpen-source nástroj pro kruhovou vizualizaci se zkreslením sekcí a kruhů a několika dalšími funkcemi, jako je shlukování větví a prořezáváníVšechno[28]
TreeGraph 2Open-source editor stromů s mnoha editačními a formátovacími operacemi včetně kombinace různých fylogenetických analýzVšechno[29]
TreeViewSoftware pro treeviewingVšechno[30][31]
UGENEVizuální rozhraní opensource pro balíček Phylip 3.6Všechno

1 „Vše“ označuje Microsoft Windows, Apple OSX a Linux; L = Linux, M = Apple Mac, W = Microsoft Windows

Knihovny

názevJazykPopisCitace
ggtreeRBalíček R pro vizualizaci a anotaci stromu s podporou gramatiky grafiky[32]
jsPhyloSVGJavascriptknihovna javascriptů s otevřeným zdrojovým kódem pro vykreslování vysoce rozšiřitelných a přizpůsobitelných fylogenetických stromů; používá se pro Elsevierovy interaktivní stromy[33][34]
PhyD3Javascriptinteraktivní vizualizace fylogenetického stromu s numerickými anotačními grafy, s výstupem SVG nebo PNG, implementována v D3.js[35]
phylotree.jsJavascriptphylotree.js je knihovna, která rozšiřuje populární rámec vizualizace dat D3.js, a je vhodný pro vytváření aplikací JavaScriptu, kde mohou uživatelé prohlížet a pracovat s fylogenetickými stromy[36]
FytoolyRFylogenetické nástroje pro srovnávací biologii (a další věci) založené na R.[37]
toytreeKrajtaToytree: Minimalistická stromová vizualizační a manipulační knihovna pro Python[38]

Viz také

Reference

  1. ^ Cazaux, Bastien; Castel, Guillaume; Rivals, Eric (2019-01-14). „AQUAPONY: vizualizace a interpretace fylogeografických informací o fylogenetických stromech“ (PDF). Bioinformatika. 35 (17): 3163–3165. doi:10.1093 / bioinformatika / btz011. ISSN  1367-4803. PMID  30649190.
  2. ^ Huerta-Cepas J, Dopazo J, Gabaldón T (leden 2010). „ETE: prostředí pythonu pro průzkum stromů“. BMC bioinformatika. 11: 24. doi:10.1186/1471-2105-11-24. PMC  2820433. PMID  20070885.
  3. ^ Zhang H, Gao S, Lercher MJ, Hu S, Chen WH (červenec 2012). „EvolView, online nástroj pro vizualizaci, anotování a správu fylogenetických stromů“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s webovým serverem): W569–72. doi:10.1093 / nar / gks576. PMC  3394307. PMID  22695796.
  4. ^ Vaughan TG (srpen 2017). „IcyTree: rychlá vizualizace založená na prohlížeči pro fylogenetické stromy a sítě“. Bioinformatika. 33 (15): 2392–2394. doi:10.1093 / bioinformatika / btx155. PMC  5860111. PMID  28407035.
  5. ^ Moore RM, Harrison AO, McAllister SM, Polson SW, Wommack KE (únor 2020). „Iroki: automatické přizpůsobení a vizualizace fylogenetických stromů“. PeerJ. 8 (e8584): e8584. doi:10,7717 / peerj.8584. PMC  7049256. PMID  32149022.
  6. ^ Letunic I, Bork P (Leden 2007). „Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation“ (PDF). Bioinformatika. 23 (1): 127–8. doi:10.1093 / bioinformatika / btl529. PMID  17050570.
  7. ^ Argimón, Silvia; Abudahab, Khalil; Goater, Richard J. E .; Fedosejev, Artemij; Bhai, Jyothish; Glasner, Corinna; Feil, Edward J .; Holden, Matthew T. G .; Yeats, Corin A. (2016-11-30). „Microreact: vizualizace a sdílení údajů pro genomovou epidemiologii a fylogeografii“. Mikrobiální genomika. 2 (11): e000093. doi:10,1099 / mg. 0,000093. ISSN  2057-5858. PMC  5320705. PMID  28348833.
  8. ^ Rosindell J, Harmon LJ (2012). „OneZoom: fraktální průzkumník stromu života“. PLOS Biology. 10 (10): e1001406. doi:10.1371 / journal.pbio.1001406. PMC  3472976. PMID  23091419.
  9. ^ Robinson O, Dylus D, Dessimoz C (srpen 2016). „Phylo.io: Interaktivní prohlížení a srovnání velkých fylogenetických stromů na webu“. Molekulární biologie a evoluce. 33 (8): 2163–6. arXiv:1602.04258. Bibcode:2016arXiv160204258R. doi:10,1093 / molbev / msw080. PMC  4948708. PMID  27189561.
  10. ^ Ranwez V, Clairon N, Delsuc F, Pourali S, Auberval N, Diser S, Berry V (květen 2009). „PhyloExplorer: webový server pro ověřování, zkoumání a dotazování fylogenetických stromů“. BMC Evoluční biologie. 9. 9: 108. doi:10.1186/1471-2148-9-108. PMC  2695458. PMID  19450253.
  11. ^ Ribeiro-Gonçalves B, Francisco AP, Vaz C, Ramirez M, Carriço JA (červenec 2016). „PHYLOViZ Online: webový nástroj pro vizualizaci, fylogenetickou inference, analýzu a sdílení stromů s minimálním rozpětím“. Výzkum nukleových kyselin. 44 (W1): W246–51. doi:10.1093 / nar / gkw359. PMC  4987911. PMID  27131357.
  12. ^ Jordan GE, Piel WH (červenec 2008). „PhyloWidget: webové vizualizace pro strom života“. Bioinformatika. 24 (14): 1641–2. doi:10.1093 / bioinformatika / btn235. PMID  18487241.
  13. ^ Boc A, Diallo AB, Makarenkov V (červenec 2012). „T-REX: webový server pro odvozování, ověřování a vizualizaci fylogenetických stromů a sítí“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s webovým serverem): W573–9. doi:10.1093 / nar / gks485. PMC  3394261. PMID  22675075.
  14. ^ Boyles, Anthony (2019). „TidyTree: Nekompromisně flexibilní fylogenetické stromy“. CDC.
  15. ^ Pethica R, Barker G, Kovacs T, Gough J (leden 2010). „TreeVector: škálovatelné, interaktivní, fylogenetické stromy pro web“. PLOS One. 5 (1): e8934. Bibcode:2010PLoSO ... 5.8934P. doi:10,1371 / journal.pone 0008934. PMC  2812488. PMID  20126613.
  16. ^ Ludwig W, Strunk O, Westram R, Richter L, Meier H, Buchner A, Lai T, Steppi S, Jobb G, Förster W, Brettske I, Gerber S, Ginhart AW, Gross O, Grumann S, Hermann S, Jost R „König A, Liss T, Lüssmann R, květen M, Nonhoff B, Reichel B, Strehlow R, Stamatakis A, Stuckmann N, Vilbig A, Lenke M, Ludwig T, Bode A, Schleifer KH (2004). „ARB: softwarové prostředí pro sekvenční data“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (4): 1363–71. doi:10.1093 / nar / gkh293. PMC  390282. PMID  14985472.
  17. ^ Zmasek CM, Eddy SR (duben 2001). "ATV: zobrazení a manipulace s anotovanými fylogenetickými stromy". Bioinformatika. 17 (4): 383–4. doi:10.1093 / bioinformatika / 17.4.383. PMID  11301314.
  18. ^ Vos RA, Caravas J, Hartmann K, Jensen MA, Miller C (únor 2011). "BIO :: Phylo-phyloinformatic analysis using perl". BMC bioinformatika. 12: 63. doi:10.1186/1471-2105-12-63. PMC  3056726. PMID  21352572.
  19. ^ Huson DH, Richter DC, Rausch C, Dezulian T, Franz M, Rupp R (listopad 2007). „Dendroskop: Interaktivní prohlížeč velkých fylogenetických stromů“. BMC bioinformatika. 8: 460. doi:10.1186/1471-2105-8-460. PMC  2216043. PMID  18034891.
  20. ^ Bouckaert R, Heled J (08.12.2014). „DensiTree 2: Vidět stromy lesem“. bioRxiv  10.1101/012401.
  21. ^ Rambaut A. 2018. FigTree 1.4.4. https://github.com/rambaut/figtree/releases
  22. ^ Lichtarge, O .; Bourne, H. R .; Cohen, F. E. (1996-03-29). „Evoluční stopová metoda definuje vazebné povrchy společné rodinám proteinů“. Journal of Molecular Biology. 257 (2): 342–358. doi:10.1006 / jmbi.1996.0167. ISSN  0022-2836. PMID  8609628.
  23. ^ Joachimiak MP, Cohen FE (2002). „JEvTrace: zdokonalení a variace evoluční stopy v Javě“. Genome Biology. 3 (12): research0077.1. doi:10.1186 / gb-2002-3-12-research0077. PMC  151179. PMID  12537566.
  24. ^ Kumar S, Stecher G, Li M, Knyaz C, Tamura K (červen 2018). „MEGA X: Molekulární evoluční genetická analýza napříč výpočetními platformami“. Molekulární biologie a evoluce. 35 (6): 1547–1549. doi:10.1093 / molbev / msy096. PMC  5967553. PMID  29722887.
  25. ^ Fernández A, Gómez S (2008). „Řešení nejedinečnosti v aglomerativním hierarchickém shlukování pomocí multidendrogramů“. Journal of Classification. 25 (1): 43–65. arXiv:cs / 0608049. doi:10.1007 / s00357-008-9004-x.
  26. ^ Francisco AP, Vaz C, Monteiro PT, Melo-Cristino J, Ramirez M, Carriço JA (květen 2012). „PHYLOViZ: fylogenetická inference a vizualizace dat pro metody psaní založené na sekvenci“. BMC bioinformatika. 13: 87. doi:10.1186/1471-2105-13-87. PMC  3403920. PMID  22568821.
  27. ^ Chevenet F, Brun C, Bañuls AL, Jacq B, Christen R (říjen 2006). "TreeDyn: směrem k dynamické grafice a anotacím pro analýzy stromů". BMC bioinformatika. 7: 439. doi:10.1186/1471-2105-7-439. PMC  1615880. PMID  17032440.
  28. ^ Santamaría R, Therón R (srpen 2009). „Treevolution: vizuální analýza fylogenetických stromů“. Bioinformatika. 25 (15): 1970–1. doi:10.1093 / bioinformatika / btp333. PMID  19470585.
  29. ^ Stöver BC, Müller KF (leden 2010). „TreeGraph 2: kombinování a vizualizace důkazů z různých fylogenetických analýz“. BMC bioinformatika. 11: 7. doi:10.1186/1471-2105-11-7. PMC  2806359. PMID  20051126.
  30. ^ „Archivovaná kopie“ (PDF). Archivovány od originál (PDF) dne 2015-02-14. Citováno 2008-10-22.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
  31. ^ Strana RD (srpen 1996). "TreeView: aplikace pro zobrazení fylogenetických stromů na osobních počítačích". Počítačové aplikace v biologických vědách. 12 (4): 357–8. doi:10.1093 / bioinformatika / 12.4.357. PMID  8902363.
  32. ^ Yu G, Smith DK, Zhu H, Guan Y, Lam TT (1. ledna 2017). „ggtree: balíček R pro vizualizaci a anotaci fylogenetických stromů s jejich kovariátami a dalšími souvisejícími daty“. Metody v ekologii a evoluci. 8 (1): 28–36. doi:10.1111 / 2041-210X.12628.
  33. ^ [1]
  34. ^ Smits SA, Ouverney CC (srpen 2010). Poon AF (ed.). „jsPhyloSVG: knihovna javascriptů pro vizualizaci interaktivních a vektorových fylogenetických stromů na webu“. PLOS One. 5 (8): e12267. Bibcode:2010PLoSO ... 512267S. doi:10.1371 / journal.pone.0012267. PMC  2923619. PMID  20805892.
  35. ^ Kreft L, Botzki A, Coppens F, Vandepoele K, Van Bel M (září 2017). „PhyD3: prohlížeč fylogenetických stromů s rozšířenou podporou phyloXML pro vizualizaci dat funkční genomiky“. Bioinformatika. 33 (18): 2946–2947. doi:10.1093 / bioinformatika / btx324. PMID  28525531.
  36. ^ Shank SD, Weaver S, Kosakovsky Pond SL (červenec 2018). „phylotree.js - knihovna JavaScript pro vývoj aplikací a interaktivní vizualizaci dat ve fylogenetice“. BMC bioinformatika. 19 (1): 276. doi:10.1186 / s12859-018-2283-2. PMC  6060545. PMID  30045713.
  37. ^ Revell, LJ (2012). „fytooly: balíček R pro fylogenetickou srovnávací biologii (a další věci)“. Metody Ecol. Evol. 3 (2): 217–223. doi:10.1111 / j.2041-210X.2011.00169.x.
  38. ^ Eaton, DAR (2019). „Toytree: Minimalistická stromová vizualizační a manipulační knihovna pro Python“. Metody Ecol. Evol. 11 (1): 187–191. doi:10.1111 / 2041-210X.13313.

externí odkazy