HYPHY (software) - HYPHY (software)
| Vývojáři | Rybník Sergeje L Kosakovského, Art FY Poon, Steven Weaver, N. Lance Hepler, Martin Smith. |
|---|---|
| Stabilní uvolnění | Červen 2012/7. Srpna 2018 |
| K dispozici v | Angličtina |
| Typ | Výpočetní fylogenetika |
| webová stránka | www |
HYPHY (/ˈhaɪFaɪ/ HY-fy ) je bezplatná multiplatforma (Mac, Windows a UNIX) Výpočetní fylogenetika softwarový balíček určený k provádění analýz maximální pravděpodobnosti údajů o genetické sekvenci a vybavený nástroji pro testování různých statistických hypotéz.[1] Název HYPHY je zkratkou pro „HYpothesis testing using PHYlogenies“.[2] V březnu 2018 uvádí HYPHY přibližně 2 000 recenzovaných článků ve vědeckých časopisech.[3]
Hlavní rysy
HYPHY podporuje analýzu nukleotidových, proteinových a kodonových sekvencí pomocí předdefinovaných standardních modelů nebo uživatelem definovaných modelů evoluce. Balíček podporuje interakci prostřednictvím grafického uživatelského rozhraní i dávkového jazyka pro nastavení rozsáhlých a komplikovaných analýz a zpracování výsledků.[1]
HyPhy zahrnuje univerzální sadu metod pro detekci adaptivního vývoje na jednotlivých aminokyselinových stanovištích a / nebo liniích, včetně zobecnění Nielsen-Yang PAML a přístupy Suzuki-Gojobori a mnoho dalších.
Dějiny
Vývoj HyPhy byl zahájen v roce 1997, přičemž první veřejné vydání bylo vydáno v roce 2000 a nejnovější verze z dubna 2019 byla 2.3.14.[2]
Dostupnost softwaru / kódu a licence
HYPHY je distribuován jako freeware se zdrojovým kódem vydaným pod Licence MIT. Zkompilované binární soubory pro Mac OS X a Windows jsou k dispozici ke stažení. Zdrojový kód je k dispozici, aby uživatelé mohli kompilovat aplikaci HyPhy v systémech POSIX.
Podskupinu metod HYPHY pro detekci adaptivní evoluce také poskytuje tým HYPHY na adrese Temple University na DataMonkey shluk.[4]
Poznámky
- ^ A b Pond SL, Frost SD, Muse SV (březen 2005). „HyPhy: testování hypotéz pomocí fylogenezí“. Bioinformatika. 21 (5): 676–9. doi:10.1093 / bioinformatika / bti079. PMID 15509596.
- ^ A b „Stránka balíčku HYPHY“. Citováno 2009-01-22.
- ^ „Vyhledejte příspěvky citující publikaci HYPHY ve službě Google Scholar“. Citováno 2018-03-23.
- ^ Pond SL, Frost SD (květen 2005). „Datamonkey: rychlá detekce selektivního tlaku na jednotlivých místech vyrovnání kodonů“. Bioinformatika. 21 (10): 2531–3. doi:10.1093 / bioinformatika / bti320. PMID 15713735. Citováno 2009-01-22.