Vyhledávač stromů - Treefinder
Vývojáři | Gangolf Jobb |
---|---|
Stabilní uvolnění | Březen 2011 / 1. březen 2011 |
K dispozici v | Angličtina |
Typ | Bioinformatika nářadí |
webová stránka | www |
Vyhledávač stromů je počítačový program pro na základě pravděpodobnosti rekonstrukce fylogenetické stromy z molekulárních sekvencí. Napsal to Gangolf Jobb, bývalý vědecký pracovník University of Munich, Německo, a původně vyšlo v roce 2004. Treefinder je zdarma, ačkoli nejnovější licence zakazuje jeho použití v USA a osmi evropských zemích.
Přehled
Grafické prostředí nezávislé na platformě integruje standardní sadu analýz: rekonstrukce fylogeneze, bootstrap analýza, výběr modelu, testování hypotéz, kalibrace stromů, manipulace se stromy a sekvenční data. Treefinder je skriptovatelný prostřednictvím proprietárního skriptovací jazyk nazývá TL.
Treefinder má efektivní algoritmus pro vyhledávání stromů které mohou odvodit stromy s tisíci druh v krátké době. Stromy výsledků se zobrazí a poté je lze uložit jako zprávu o rekonstrukci, která může sloužit například jako vstup pro další analýzu testování hypotéz. Zpráva obsahuje všechny informace o stromu a použitých modelech. Treefinder také podporuje export výsledků jako NEWICK nebo NEXUS soubory.
Tento software podporuje širokou škálu modely evoluce sekvence. Vydání z června 2008 implementuje 7 modelů substituce nukleotidů (HKY, TN, J1, J2, J3 (= TIM), TVM, GTR), 14 empirických modelů substituce aminokyselin (BLOSUM, cpREV, Dayhoff, JTT, LG, mtArt, mtMam, mtREV, PMB, rtREV, betHIV, witHIV, VT, WAG), 4 substituční modely strukturované rRNA (bactRNA, eukRNA, euk23RNA, mitoRNA), 6stupňový proteinový model „skupiny Dayhoff“ (DG), 2stupňový a 3-stavové modely DNA (GTR3, GTR2), parametrický smíšený model (MIX) směšující empirické modely proteinů nebo rRNA a také uživatelsky definovatelný model typu GTR (MAP) mapující znaky na stavy podle potřeby. K dispozici jsou tři modely heterogenity mezi lokalitami (Gamma, Gamma + I, I), které lze kombinovat s jakýmkoli ze substitučních modelů. Lze předpokládat různé modely pro různé oddíly a zarovnání sekvence Lze předpokládat, že se oddíly vyvíjejí různými rychlostmi. Všechny parametry modelů lze z dat odhadnout maximalizací pravděpodobnosti. Určité výrazy TL, „modelové výrazy“, umožňují stručnou notaci složitých modelů spolu s jejich parametry a režimy optimalizace.
Původní publikace Treefinder z roku 2004[1] byl ve vědecké literatuře citován více než tisíckrát.[Citace je zapotřebí ]
Kontroverze
1. února 2015 Jobb zakázal používání Treefinderu v USA za účelem politického prohlášení.[2] Autor znovu změnil licenční podmínky 1. října 2015, aby vyloučil použití v Německu, Rakousku, Francii, Nizozemsku, Belgii, Velké Británii, Švédsku a Dánsku - zemích, o nichž tvrdil, že „hostí většinu neevropských přistěhovalců“. V průvodním prohlášení odsoudil zacházení s Evropská migrační krize evropskými zeměmi.[2][3] Deník BMC Evoluční biologie , který zveřejnil původní poznámku k aplikaci, ji od té doby odvolal s tím, že změna licence porušila zásady deníku.[4][5]
Viz také
Reference
- ^ Jobb, Gangolf; von Haeseler, Arndt; Strimmer, Korbinian (2004). „TREEFINDER: výkonné prostředí grafické analýzy pro molekulární fylogenetiku“. BMC Evoluční biologie. Springer Nature. 4 (1): 18. doi:10.1186/1471-2148-4-18. ISSN 1471-2148. PMC 459214. PMID 15222900.CS1 maint: ref = harv (odkaz) (Zatažené, viz doi:10.1186 / s12862-015-0513-z )
- ^ A b "Zprávy". Treefinder.de. 2015-09-30. Citováno 2018-02-06.
- ^ „Vědec tvrdí, že vědci v zemích přátelských k přistěhovalcům nemohou používat jeho software“. Věda | AAAS. 2015-09-29. Citováno 2018-02-06.
- ^ „Poznámka ke stažení: TREEFINDER: výkonné prostředí grafické analýzy pro molekulární fylogenetiku. BMC Evolutionary Biology“. 2015-11-11. Citováno 2015-11-11.
- ^ „BMC stahuje papír od vědce, který zakázal používání jeho softwaru v zemích, které jsou přátelské k přistěhovalcům“. Zatahovací hodinky. 11. listopadu 2015.