BioNumerika - BioNumerics
 | |
 | |
| Vývojáři | Applied Maths N.V. |
|---|---|
| Stabilní uvolnění | 7.6 |
| Operační systém | Okna |
| Plošina | C ++, Krajta |
| Typ | Bioinformatika |
| Licence | komerční |
| webová stránka | http://www.applied-maths.com |
BioNumerika je sada bioinformatika softwarové aplikace vyvinuté společností Applied Maths NV.
Dějiny
BioNumerics byl vydán v roce 1996 a dodnes je platformou pro správu, ukládání a (statistickou) analýzu všech typů biologických dat. BioNumerika je používána několika sítěmi po celém světě ke sdílení a identifikaci informací o kmenech. Pulsenet, síť provozovaná Centra pro kontrolu a prevenci nemocí (CDC), používá k rozlišení BioNumerics gelová elektroforéza s pulzním polem (PFGE) vzory z různých kmenů organismů [1][2] Calicinet, síť pro sledování ohniska norovirů, používá k odeslání BioNumerics norovirus sekvence a základní epidemiologické informace do centrální databáze [3]
Funkce
BioNumerics se skládá z 10 softwarových modulů, které se používají k analýze všech hlavních aplikací v bioinformatice: 1D elektroforetické gely, chromatografické a spektrometrický profily, fenotyp postavy, mikročipy, sekvence, atd..[4] BioNumerics je schopen kombinovat informace z různých genomových a fenotypových zdrojů do jedné globální databáze a provádět nezvratné analýzy[5][6].
externí odkazy
Reference
- ^ Protokoly BioNumerics používané Pulsenet Archivováno 6. prosince 2011, v Wayback Machine
- ^ Hunter SB, Vauterin P, Lambert-Fair MA, Van Duyne MS, Kubota K, Graves L, Wrigley D, Barrett T, Ribot E (2005). „Vytvoření standardního kmene univerzální velikosti pro použití se standardizovanými protokoly gelové elektroforézy pulzního pole PulseNet: převod národních databází na nový standard velikosti“. J. Clin. Microbiol. 43 (3): 1045–1050. doi:10.1128 / JCM.43.3.1045-1050.2005. PMC 1081233. PMID 15750058.
- ^ Vega E .; Barclay L .; Gregoricus N .; Williams K .; Lee D .; Vinjé J. (2011). „Novel Surveillance Network for Norovirus Gastroenteritis Outbreaks, United States“. Emerg Infect Dis. 17 (8). doi:10,3201 / eid1708.101837. PMC 3381557. PMID 21801614.
- ^ Vauterin L, Vauterin P. Integrovaná databáze a analýza. In: Molekulární identifikace, systematika a populační struktura prokaryot (ed. Erko Stackebrandt). Springer, 2006. ISBN 978-3-540-23155-4
- ^ [1] Schouls LM, Spalburg EC, van Luit M, Huijsdens XW, Pluister GN a kol. 2009 Analýza více tandemů s různým počtem tandemových opakování Staphylococcus aureus: Porovnání s gelovou elektroforézou s pulzním polem a typizací lázní " PLOS ONE 4 (4) e5082. doi:10,1371 / journal.pone.0005082
- ^ [2] A. M. Rodas, S. Ferrer a I. Pardo. 2005. Polyfázická studie kmenů vína Lactobacillus: taxonomické důsledky, IJSEM leden 2005, sv. 55 č. 1 197-207