KIX doména - KIX domain

KIX (CBP)
KIX a TAD v komplexu, struktura podle Lecoq 2017, PDB 5U4K.jpg
Komplex mezi doménou KIX CBP (žlutá, zelená a azurová) a C-terminálem transaktivační doména z p65 / RELA (červená)[1]
Identifikátory
SymbolKIX
PfamPF02172
Pfam klanCL0589
InterProIPR003101
KOCOUR1 sb0
SCOP21 sb0 / Rozsah / SUPFAM
KIX (MED15)
Identifikátory
SymbolKIX_2
PfamPF16987
InterProIPR036546

V biochemii se KIX doména (kinázou indukovatelná doména (KID) interagující doména) nebo Vazebná doména CREB je proteinová doména z eukaryotický transkripční koaktivátory CBP a P300. Slouží jako dokovací místo pro formování heterodimery mezi koaktivátorem a konkrétními transkripční faktory. Strukturálně je doména KIX globulární doména skládající se ze tří α-šroubovic a dvou krátkých 310- helixy.

Doména KIX byla původně objevena v roce 1996 jako specifická a minimální oblast v CBP, která se váže a interaguje s fosforylovanou CREB za účelem aktivace transkripce.[2] Proto byla poprvé nazvána CREB-vazebná doména. Když se však později zjistilo, že také váže mnoho dalších proteinů, stal se oblíbenější obecnější název KIX doména. Doména KIX obsahuje dvě samostatná vazebná místa: „web c-Myb“, pojmenovaný po onkoproteinu c-Myb a „stránka MLL“, pojmenovaná podle protoonkogenu MLL (Mixed Lineage Leukemia, KMT2A ).[3]

The paralogní koaktivátory CBP (CREBBP ) a P300 (EP300 ) jsou přijímáni do DNA -vázaný transkripční faktory aktivovat přepis. Koaktivátoři se mohou sdružovat s promotéři a zesilovače v DNA pouze nepřímo protein-protein kontakty s transkripční faktory. CBP a P300 aktivují transkripci synergicky dvěma způsoby: zaprvé přestavbou a uvolněním chromatin přes jejich vnitřní histon acetyltransferáza činnost a zadruhé náborem bazála transkripce stroje, jako např RNA polymeráza II.[4]

Doména KIX patří k navrhované Nadrodina domén GACKIX. GACKIX obsahuje strukturně a funkčně vysoce homologní domény v příbuzných proteinech. Je pojmenován po proteinu GAL11 / ARC105 (MED15 ), rostlinný protein podobný CBP a doména KIX z CBP a P300.[5] Mezi další instance patří RECQL5 a příbuzné rostlinné proteiny.[6][7] Všechny tyto obsahují doménu KIX nebo doménu související s KIX, která interaguje s transaktivační doménou mnoha různých transkripčních faktorů. Rozdíl mezi doménou KIX, doménou související s KIX a doménou GACKIX je předmětem probíhající debaty a není jasně definován.

Plný protein CBP / P300

Přehled strukturálních domén CBP

Kromě domény KIX obsahují CBP a P300 mnoho dalších domén vázajících proteiny, které by neměly být zaměňovány (čísla jsou aa číslování):

  • CH1 / TAZ1 doména, CBP [347–433], P300 [323-423][8]
  • Doména KIX, CBP [587–666], P300 [566–645][8]
  • Bromodoména, CBP [1103–1175], P300 [1067–1139][8]
  • Doména CH2 (IPR010303 ), CBP [1191–1317], P300 [1155–1280].[9]
  • HAT doména, CBP [1323–1700], P300 [1287–1663][8]
  • CH3 / ZZ doména, CBP [1701-1744], P300 [1664-1707][8]
  • CH3 / TAZ2 doména, CBP [1765–1846], P300 [1728-1809][8]
  • Vazba IRF-3 (i-BiD),[10] vazba koaktivátoru jaderných receptorů (NCBD),[11] nebo SRC1 interakční doména (SID; IPR014744 ),[12] CBP [2020-2113], P300 [1992-2098].

Všechny tři domény CH (bohaté na cystein / histidin) jsou zinkové prsty.[9]

Interakce

9aaTAD-KIX doménové komplexy

Lidské a zvířecí bílkoviny:

Kvasinkové proteiny:

Virové proteiny:

Reference

  1. ^ A b Lecoq L, Raiola L, Chabot PR, Cyr N, Arseneault G, Legault P, Omichinski JG (květen 2017). „Strukturální charakterizace interakcí mezi transaktivační doménou 1 podjednotky p65 NF-kB a transkripčními regulačními faktory“. Výzkum nukleových kyselin. 45 (9): 5564–5576. doi:10.1093 / nar / gkx146. PMC  5435986. PMID  28334776.
  2. ^ Parker D, Ferreri K, Nakajima T, LaMorte VJ, Evans R, Koerber SC a kol. (Únor 1996). „Fosforylace CREB na Ser-133 indukuje tvorbu komplexu s proteinem vázajícím CREB prostřednictvím přímého mechanismu“. Molekulární a buněčná biologie. 16 (2): 694–703. doi:10.1128 / MCB.16.2.694. PMC  231049. PMID  8552098.
  3. ^ Goto NK, Zor T, Martinez-Yamout M, Dyson HJ, Wright PE (listopad 2002). „Kooperativita ve vazbě transkripčního faktoru na koaktivátor vázající protein CREB (CBP). Aktivační doména proteinu leukemie smíšené linie (MLL) se váže na alosterické místo v doméně KIX.“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (45): 43168–74. doi:10,1074 / jbc.M207660200. PMID  12205094.
  4. ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó str q Thakur JK, Yadav A, Yadav G (únor 2014). „Molekulární rozpoznávání doménou KIX a její role v regulaci genů“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (4): 2112–25. doi:10.1093 / nar / gkt1147. PMC  3936767. PMID  24253305.
  5. ^ Novatchkova M, Eisenhaber F (leden 2004). „Propojení transkripčních mediátorů prostřednictvím superrodiny domény GACKIX“. Aktuální biologie. 14 (2): R54-5. doi:10.1016 / j.cub.2003.12.042. PMID  14738747.
  6. ^ Popuri V, Ramamoorthy M, Tadokoro T, Singh DK, Karmakar P, Croteau DL, Bohr VA (červenec 2012). „Dynamika náboru a retence RECQL5 na dvouřetězcových lomech DNA“. Oprava DNA. 11 (7): 624–35. doi:10.1016 / j.dnarep.2012.05.001. PMC  3374033. PMID  22633600.
  7. ^ Yadav A, Thakur JK, Yadav G (listopad 2017). „KIXBASE: Komplexní webový zdroj pro identifikaci a průzkum domén KIX“. Vědecké zprávy. 7 (1): 14924. doi:10.1038 / s41598-017-14617-0. PMC  5668377. PMID  29097748.
  8. ^ A b C d E F UniProt a InterPro položka pro CBP (Q92793) a P300 (Q09472)
  9. ^ A b Park S, Martinez-Yamout MA, Dyson HJ, Wright PE (srpen 2013). „Doména CH2 CBP / p300 je nový zinkový prst“. FEBS Dopisy. 587 (16): 2506–11. doi:10.1016 / j.febslet.2013.06.051. PMC  3765250. PMID  23831576.
  10. ^ A b Lin CH, Hare BJ, Wagner G, Harrison SC, Maniatis T, Fraenkel E (září 2001). „Malá doména CBP / p300 váže různé proteiny: struktura roztoku a funkční studie“. Molekulární buňka. 8 (3): 581–90. doi:10.1016 / S1097-2765 (01) 00333-1. PMID  11583620.
  11. ^ Demarest SJ, Deechongkit S, Dyson HJ, Evans RM, Wright PE (leden 2004). "Balení, specificita a mutabilita na vazebném rozhraní mezi p160 koaktivátorem a CREB-vazebným proteinem". Věda o bílkovinách. 13 (1): 203–10. doi:10.1110 / ps.03366504. PMC  2286511. PMID  14691235.
  12. ^ Sheppard HM, Harries JC, Hussain S, Bevan C, Heery DM (leden 2001). „Analýza rozhraní interakce steroidního receptoru koaktivátoru 1 (SRC1) -CREB vazebného proteinu a jeho význam pro funkci SRC1“. Molekulární a buněčná biologie. 21 (1): 39–50. doi:10.1128 / MCB.21.1.39-50.2001. PMC  86566. PMID  11113179.
  13. ^ Takahata S, Ozaki T, Mimura J, Kikuchi Y, Sogawa K, Fujii-Kuriyama Y (září 2000). "Transaktivační mechanismy transkripčních faktorů hodin myši, mClock a mArnt3". Geny do buněk. 5 (9): 739–47. doi:10.1046 / j.1365-2443.2000.00363.x. PMID  10971655.
  14. ^ Xu H, Gustafson CL, Sammons PJ, Khan SK, Parsley NC, Ramanathan C a kol. (Červen 2015). „Kryptochrom 1 reguluje cirkadiánní hodiny prostřednictvím dynamických interakcí s koncem BMAL1 C“. Přírodní strukturní a molekulární biologie. 22 (6): 476–484. doi:10.1038 / nsmb.3018. PMC  4456216. PMID  25961797.
  15. ^ A b C d E F G h i j k l m Vo N, Goodman RH (duben 2001). „CREB-binding protein and p300 in transkripční regulace“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (17): 13505–8. doi:10,1074 / jbc.R000025200. PMID  11279224.
  16. ^ Wang F, Marshall CB, Li GY, Yamamoto K, Mak TW, Ikura M (prosinec 2009). „Synergická souhra mezi rozpoznáváním promotorů a náborem koaktivátoru CBP / p300 společností FOXO3a“. ACS Chemická biologie. 4 (12): 1017–27. doi:10.1021 / cb900190u. PMID  19821614.
  17. ^ Dai P, Akimaru H, Tanaka Y, Maekawa T, Nakafuku M, Ishii S (březen 1999). „Aktivace promotoru Gli1 vyvolaná Sonic Hedgehog je zprostředkována GLI3“. The Journal of Biological Chemistry. 274 (12): 8143–52. doi:10.1074 / jbc.274.12.8143. PMID  10075717.
  18. ^ Ernst P, Wang J, Huang M, Goodman RH, Korsmeyer SJ (duben 2001). „MLL a CREB se vážou na jaderný koaktivátor CREB-vázající protein“. Molekulární a buněčná biologie. 21 (7): 2249–58. doi:10.1128 / MCB.21.7.2249-2258.2001. PMC  86859. PMID  11259575.
  19. ^ Gerritsen ME, Williams AJ, Neish AS, Moore S, Shi Y, Collins T (duben 1997). „CREB-binding protein / p300 jsou transkripční koaktivátory p65“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 94 (7): 2927–32. doi:10.1073 / pnas.94.7.2927. PMC  20299. PMID  9096323.
  20. ^ Bradney C, Hjelmeland M, Komatsu Y, Yoshida M, Yao TP, Zhuang Y (leden 2003). "Regulace aktivit E2A histonovými acetyltransferázami ve vývoji B lymfocytů". The Journal of Biological Chemistry. 278 (4): 2370–6. doi:10,1074 / jbc.M211464200. PMID  12435739.

externí odkazy