Hopanoidy - Hopanoids

Některé reprezentativní hopanoidy: A. Diplopten, také nazývaný 22 (29) -hopen B. Diplopterol, také nazývaný hopan-22-ol, hydratovaný cyklomer diploptenu C. Bacteriohopanetetrol (BHT), běžný rozšířený hopanoid D. Hopane, diagenetikum produkt A a B, který je výsledkem redukčních podmínek během depozice a přetrvává v horninovém záznamu. Diagenetickým produktem C by byl rozšířený C35 hopan.
Cholesterol, a sterol sloučenina nalezená ve všech eukaryotech.

Hopanoidy jsou různorodou podtřídou triterpenoidy se stejným uhlovodíkovým skeletem jako sloučenina hopane. Tato skupina pentacyklický Molekuly proto odkazují na jednoduché hopeny, hopanoly a hopany, ale také na značně funkcionalizované deriváty, jako jsou bakteriohopanepolyoly (BHP) a hopanoidy kovalentně připojené k lipid A.[1][2]

První známý hopanoid, hydroxyhopanon, byl izolován dvěma chemiky v The National Gallery v Londýně, kteří pracovali na chemii dammar guma, přírodní pryskyřice používaná jako lak na obrazy.[3] Zatímco se předpokládá, že se hopanoidy vyrábějí pouze v bakteriích, jejich název ve skutečnosti pochází z množství hopanoidních sloučenin v pryskyřici rostlin z rodu Hopea. Na oplátku je tento rod pojmenován John Hope, první Regius Keeper z Královská botanická zahrada, Edinburgh.

Od jejich počátečního objevu v krytosemenná rostlina, hopanoidy byly nalezeny v plazmatických membránách bakterie, lišejníky, mechorosty, kapradiny, tropické stromy a houby.[4] Hopanoidy jsou stabilní polycyklický struktury, které jsou dobře zachovány v ropných nádržích, horninách a sedimentech, což umožňuje diagenetický produkty těchto molekul lze interpretovat jako biomarkery pro přítomnost specifických mikrobů a potenciálně pro chemické nebo fyzikální podmínky v době depozice.[5] Hopanoidy nebyly v systému detekovány archaea.[6][7]

Biologická funkce

Asi 10% sekvenovaných bakterií genomy mít domnělý shc gen kódující a skvalen-hopen cykláza a může pravděpodobně vyrábět hopanoidy, u nichž bylo prokázáno, že v EU hrají různé role plazmatická membrána a může umožnit některým organismům přizpůsobit se v extrémním prostředí.[8][9]

Vzhledem k tomu, že hopanoidy modifikují vlastnosti plazmatické membrány v bakteriích, jsou často srovnávány s steroly (např., cholesterol ), které modulují tekutost membrány a plní další funkce v eukaryoty.[10] Ačkoli hopanoidy nezachrání nedostatek sterolu, předpokládá se, že zvyšují tuhost membrány a snižují propustnost.[9][11][12] Taky, gamaproteobakterie a bylo prokázáno, že eukaryotické organismy, jako jsou lišejníky a mechorosty, produkují jak steroly, tak hopanoidy, což naznačuje, že tyto lipidy mohou mít i jiné odlišné funkce.[4][13] Způsob, jakým se hopanoidy balí do plazmatické membrány, se může měnit v závislosti na připojených funkčních skupinách. Hopanoidní bakteriohopanetetrol předpokládá příčnou orientaci v lipidové dvojvrstvy, ale diplopten se nachází mezi vnitřním a vnějším letákem a pravděpodobně zesiluje membránu, aby se snížila propustnost.[14]

Hopanoid diplopterol objednává membrány interakcí s lipid A, běžný membránový lipid v bakteriích, podobným způsobem jako cholesterol a sfingolipidy interagují v eukaryotických plazmatických membránách.[10] Bylo prokázáno, že diplopterol a cholesterol podporují kondenzaci a inhibují tvorbu gelové fáze u obou sfingomyelin jednovrstvé a monovrstvy glykanu modifikovaného lipidu A. Dále jak diplopterol, tak cholesterol by mohly zachránit fázové přechody závislé na pH v glykanem modifikovaných lipidech A monovrstvách.[10] Role hopanoidů v membránou zprostředkované toleranci vůči kyselinám je dále podporována pozorováním růstu inhibovaného kyselinou a morfologických abnormalit plazmatické membrány u bakterií s nedostatkem hopanoidů pomocí mutantních skvalen-hopenových cykláz.[15][16]

Hopanoidy se vyrábějí v několika bakterie fixující dusík.[9] V aktinomycete Frankia, hopanoidy v membránách vezikuly specializované pro fixace dusíkem pravděpodobně omezit vstup kyslík tím, že lipidová dvojvrstva je těsnější a kompaktnější.[17] v Bradyrhizobium, hopanoidy chemicky vázané na lipid A zvyšují stabilitu a tuhost membrány, zvyšují toleranci vůči stresu a intracelulární přežití Aeschynomene luštěniny.[18] V sinice Nostoc punctiforme, velké množství 2-methylhopanoidů se lokalizuje do vnějších membrán tzv. struktur přežití akinetes.[19] V dalším příkladu tolerance vůči stresu jsou hopanoidy v anténě hyfy (struktury nesoucí spory) prokaryotických půdních bakterií Streptomyces Předpokládá se, že minimalizují ztráty vody přes membránu do vzduchu.[20]

Biosyntéza

Syntéza skvalenu

Vzhledem k tomu, že hopanoidy jsou terpenoidy s 2 atomy uhlíku, začíná biosyntéza isopentenylpyrofosfát (IPP) a dimethylallylpyrofosfát (DMAP), které jsou spojeny a tvoří delší řetězec isoprenoidy.[2] Syntéza těchto menších prekurzorů probíhá buď prostřednictvím mevalonátová cesta nebo methylerythritol-4-fosfátová cesta v závislosti na bakteriálním druhu, i když ten druhý má tendenci být častější.[21] DMAP kondenzuje s jednou molekulou IPP na geranylpyrofosfát, což zase kondenzuje s dalším generováním IPP farnesylpyrofosfát (FPP).[2] Skvalen syntáza, kódovaný genem čtverečních, poté katalyzuje kondenzaci dvou molekul FPP na presqualen pyrofosfát (PSPP) před oxidací NADPH uvolnit skvalen.[22] Některým bakteriím produkujícím hopanoidy však chybí skvalen syntáza a místo toho používají tři enzymy HpnC, HpnD a HpnE, které jsou kódovány v hpn operon s mnoha dalšími geny pro biosyntézu hopanoidů.[23] V této alternativní, ale zdánlivě rozšířenější cestě syntézy skvalenu, se uvolňuje HpnD pyrofosfát protože kondenzuje dvě molekuly FPP na PSPP, které HpnC převádí na hydroxysqualen, spotřebovává molekulu vody a uvolňuje další pyrofosfát. Poté se hydroxysqualen redukuje na skvalen v dehydratační reakci zprostředkované FAD -závislý enzym HpnE.[22]

Aktivní místo skvalen-hopen cyklázy z Methylococcus capsulatus zapojení substrátu, skvalenu, zobrazeného ve zlatě. Cykláza je znázorněna jako monomer.

Cyklizace

Alfa hlavní struktura skvalen-hopen cyklázy z Methylococcus capsulatus. Alfa šroubovice jsou zobrazeny modře, oblasti smyček zeleně a listy beta červeně.

Dále skvalen-hopen cykláza katalyzuje komplikovanou cyklizační reakci a zapojí skvalen do energeticky výhodné konformace všeho předsedajícího, než vytvoří 5 cyklů, 6 kovalentních vazeb a 9 chirálních center na molekule v jediném kroku.[24][25] Tento enzym kódovaný genem shc (také zvaný hpnF v některých bakteriích), má dvojitý ⍺-barel záhyb charakteristický pro terpenoidní biosyntézu[26] a je v buňce přítomen jako monotopický homodimer, což znamená, že páry cyklázy jsou zapuštěny do plazmatické membrány, ale nepřesahují ji.[24][27] In vitro, tento enzym vykazuje promiskuitní substrátovou specificitu, také cyklickou 2,3-oxidosqualen.[28]

Aromatické zbytky v aktivním místě tvoří několik nepříznivých karbokationty na substrátu, které jsou uhaseny rychlou polycyklizací.[25] V posledním dílčím kroku cyklizační reakce poté, co elektrony obsahující terminální alkenovou vazbu na skvalenu zaútočily na hopenylovou karbokation pro uzavření E kruhu, může být karbokace C-22 uhasena mechanismy, které vedou k různým hopanoidním produktům. Nukleofilní útok vody poskytne diplopterol, zatímco deprotonace na sousedním uhlíku vytvoří jeden z několika izomerů hopenu, často diplopten.[4]

Funkcionalizace

Po cyklizaci jsou hopanoidy často modifikovány enzymy biosyntézy hopanoidů kódovanými geny ve stejném operonu jako shc, hpn.[29] Například radikální SAM protein HpnH přidává adenosin skupina na diplopten, čímž se vytvoří rozšířený C35 hopanoid adenosylhopan, který pak může být dále funkcionalizován jinými hpn genové produkty.[30] HpnG katalyzuje odstranění adeninu z adenosylhopanu za vzniku ribosyl hopanu, který reaguje za vzniku bakteriohopanetetrolu (BHT) v reakci zprostředkované neznámým enzymem.[31] Mohou nastat další modifikace, protože HpnO aminuje koncový hydroxyl na BHT, produkuje aminobakteriohopanetriol nebo jako glykosyltransferáza HpnI převádí BHT na N-acetylglukosaminyl-BHT.[32] Sekvenčně protein HpnK spojený s biosyntézou hopanoidů zprostředkovává deacetylaci na glukosaminyl-BHT, ze které radikál SAM protein HpnJ generuje cyklitol ether.[32]

Důležité je, že hopanoidy C30 i C35 mohou být methylovány v polohách C-2 a C-3 radikálem SAM methyltransferázy HpnP, respektive HpnR.[33][34] Tyto dvě methylace jsou obzvláště geostabilní ve srovnání s úpravami postranního řetězce a bavily geobiology po celá desetiletí.[9]

V biosyntetické cestě výlučné pro některé bakterie katalyzuje enzym tetrahymanol syntáza přeměnu hopanoidového diploptenu na pentacyklický triterpenoid tetrahymanol. V eukaryotech jako Tetrahymena Místo toho se tetrahymanol syntetizuje přímo ze skvalenu cyklázou bez homologie s bakteriální tetrahymanol syntázou.[35]

V paleobiologii

Hopanoidy byly odhadnuty jako nejhojnější přírodní produkty na Zemi, které zůstávají v organické frakci všech sedimentů, bez ohledu na věk, původ nebo povahu.[36] Biomolekuly, jako je DNA a proteiny, se během toho odbourávají diageneze, ale polycyklické lipidy přetrvávají v životním prostředí v geologických časových intervalech kvůli jejich kondenzovaným stabilním strukturám.[37] Přestože jsou hopanoidy a steroly redukovány na hopany a sterany během depozice mohou být tyto diagenetické produkty stále užitečnými biomarkery nebo molekulárními fosiliemi pro studium koevoluce raného života a Země.[37][38]

2-methylhopanes údajně z fotosyntetický sinice a sterany byly hlášeny uživatelem Roger předvolání a kolegové jako molekulární fosilie uchované v 2.7 Gya břidlice z Pilbara region v západní Austrálie.[39] Přítomnost hojných 2-alfa-methylhopanů zachovaných v těchto břidlicích byla interpretována jako důkaz kyslíková fotosyntéza nejméně 2,7 Gya, což neočekávaně naznačuje 400 milionů let trvající mezeru mezi vývojem kyslíkového metabolismu a okamžikem, kdy zemská atmosféra oxiduje. Tato interpretace záznamu biomarkerů byla zpochybněna, když Geobacter sulfurreducens Bylo prokázáno, že při pěstování za přísně anaerobních podmínek syntetizuje různé hopanoly, i když ne 2-methyl-hopanoly.[8] Integrita 2-methylhopanů jako biomarkerů pro kyslíkovou fotosyntézu byla poté dále oslabena důkazem, že fototrofní Rhodopseudomonas palustris produkoval 2-methyl-BHP pouze za anoxických podmínek.[40] Konkrétní důkazy vycházejí ze studií, které ukazují, že ne všechny sinice vytvářejí hopanoidy a že geny kódující methyltransferázu HpnP jsou přítomny v nefotosyntetických látkách alphaproteobacteria a kyselé bakterie.[33][41]

Nálezy biomarkerů v EU Pilbara-Craton břidlice byly později zcela odmítnuty během novějších hodnocení záznamu fosilních triterpenoidů.[42] V současné době jsou nejstarší zjištěné fosilie triterpenoidů Mezoproterozoikum okenanes, sterany a methylhopany z 1,64 Gya pánve v Austrálii.[43] Nicméně, molekulární hodiny Analýzy odhadují, že nejčasnější steroly byly pravděpodobně vyrobeny kolem 2,3 Gya, přibližně ve stejné době jako Skvělá oxidační událost, přičemž syntéza hopanoidů nastala ještě dříve.[44]

Z několika důvodů se předpokládá, že hopanoidy a skvalen-hopenové cyklasy jsou starodávnější než steroly a oxidoskvalenové cyklasy. Za prvé, diplopterol je syntetizován, když voda uhasí C-22 karbokation vytvořený během polycyklizace. To naznačuje, že hopanoidy mohou být vyrobeny bez molekulárního kyslíku a mohly sloužit jako náhrada sterolu před tím, než atmosféra nahromadila kyslík, který reaguje se skvalenem v reakci katalyzované skvalenmonooxygenáza během biosyntézy sterolů.[1] Skvalen se dále váže na skvalen-hopenové cyklasy v nízkoenergetické konformaci pro všechny křesla, zatímco oxidosqualen se cyklizuje ve více napjaté konformaci křeslo-člun-křeslo.[4][45] Skvalen-hopenové cyklasy také vykazují více substrátové promiskuity v tom, že cyklizují oxidoskvalen in vitro, což u některých vědců předpokládá hypotézu, že jsou evolučními předchůdci oxidoskvalencyklas.[45] Jiní vědci navrhli, aby se cyklasy skvalen-hopen a oxidoskvalen lišily od společného předka, domnělé bakteriální cyklázy, která by vytvořila tricyklickou malabaricanoid nebo tetracyklické dammarinoid produkt.[1][46]

Průmyslová relevance

Elegantní mechanismus protonázové aktivity skvalen-hopen cyklázy ocenili a přizpůsobili chemičtí inženýři na univerzitě ve Stuttgartu v Německu. Aktivní inženýrství místa vedlo ke ztrátě schopnosti enzymu tvořit hopanoidy, ale povoleno Bronstedova kyselina katalýza pro stereoselektivní cyklizace monoterpenoidy geraniol, epoxygeraniol a citronellal.[47]

Zemědělský význam

Aplikace hopanoidů a ustalovačů dusíku produkujících hopanoidy do půdy byla navržena a patentována jako technika biologického hnojení, která zvyšuje odolnost mikrobiálních symbiontů souvisejících s rostlinami vůči životnímu prostředí, včetně bakterií vázajících dusík, které jsou nezbytné pro transformaci atmosférického dusíku na rozpustné formy dostupné pro plodiny .[48]

Lékařská relevance

Během pozdějších studií interakcí mezi diplopterolem a lipidem A v Methylobacterium extorquens, bylo zjištěno, že transport více drog je proces závislý na hopanoidech. Mutanty skvalen-hopencyklázy odvozené od divokého typu schopného efluxu více léčiv, což je mechanismus rezistence vůči lékům zprostředkovaný integrálními transportními proteiny, ztratily schopnost provádět transport více drog i syntézu hopanoidů.[12] Vědci naznačují, že to může být způsobeno přímou regulací transportních proteinů hopanoidy nebo nepřímo změnou uspořádání membrán způsobem, který naruší transportní systém.[12]

Reference

  1. ^ A b C Welander PV (srpen 2019). „Dešifrování evoluční historie mikrobiálních cyklických triterpenoidů“. Radikální biologie a medicína zdarma. Časný život na Zemi a oxidační stres. 140: 270–278. doi:10.1016 / j.freeradbiomed.2019.05.002. PMID  31071437.
  2. ^ A b C Sohlenkamp C, Geiger O (leden 2016). "Bakteriální membránové lipidy: rozmanitost struktur a cest". Recenze mikrobiologie FEMS. 40 (1): 133–59. doi:10.1093 / femsre / fuv008. PMID  25862689.
  3. ^ Mills JS, Werner AE (01.01.1955). "Chemie dammar pryskyřice". Journal of the Chemical Society (obnoveno): 3132–3140. doi:10.1039 / JR9550003132. ISSN  0368-1769.
  4. ^ A b C d Volkman JK (01.02.2005). "Steroly a další triterpenoidy: zdrojová specificita a vývoj biosyntetických drah". Organická geochemie. 36 (2): 139–159. doi:10.1016 / j.orggeochem.2004.06.013.
  5. ^ Hunt JM, Philp RP, Kvenvolden KA (01.09.2002). "Časný vývoj v ropné geochemii". Organická geochemie. 33 (9): 1025–1052. doi:10.1016 / S0146-6380 (02) 00056-6.
  6. ^ William W. Christie. „Knihovna lipidů AOCS. Hopanoidy“. Americká společnost ropných chemiků. Archivovány od originálu dne 2016-03-05. Citováno 2015-11-17.
  7. ^ „Hopanoids - AOCS Lipid Library“. 2016-03-05. Archivovány od originál dne 2016-03-05. Citováno 2020-03-06.
  8. ^ A b Fischer WW, Summons RE, Pearson A (2005). „Cílená genomová detekce biosyntetických drah: anaerobní produkce hopanoidních biomarkerů běžným sedimentárním mikrobem“. Geobiologie. 3 (1): 33–40. doi:10.1111 / j.1472-4669.2005.00041.x.
  9. ^ A b C d Belin BJ, Busset N, Giraud E, Molinaro A, Silipo A, Newman DK (květen 2018). „Hopanoidové lipidy: od membrán k interakcím rostlin a bakterií“. Recenze přírody. Mikrobiologie. 16 (5): 304–315. doi:10.1038 / nrmicro.2017.173. PMC  6087623. PMID  29456243.
  10. ^ A b C Sáenz JP, Sezgin E, Schwille P, Simons K (srpen 2012). „Funkční konvergence hopanoidů a sterolů v pořadí membrán“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 109 (35): 14236–40. Bibcode:2012PNAS..10914236S. doi:10.1073 / pnas.1212141109. PMC  3435179. PMID  22893685.
  11. ^ Wu CH, Bialecka-Fornal M, Newman DK (leden 2015). Clardy J (ed.). „Methylace v poloze C-2 hopanoidů zvyšuje tuhost nativních bakteriálních membrán“. eLife. 4: e05663. doi:10,7554 / eLife.05663. PMC  4337730. PMID  25599566.
  12. ^ A b C Sáenz JP, Grosser D, Bradley AS, Lagny TJ, Lavrynenko O, Broda M, Simons K (září 2015). „Hopanoidy jako funkční analogy cholesterolu v bakteriálních membránách“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 112 (38): 11971–6. Bibcode:2015PNAS..11211971S. doi:10.1073 / pnas.1515607112. PMC  4586864. PMID  26351677.
  13. ^ Tippelt A, Jahnke L, Poralla K (březen 1998). „Skvalen-hopen cykláza z Methylococcus capsulatus (Bath): bakterie produkující hopanoidy a steroidy“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - lipidy a metabolismus lipidů. 1391 (2): 223–32. doi:10.1016 / S0005-2760 (97) 00212-9. PMID  9555026.
  14. ^ Poger D, Mark AE (prosinec 2013). "Relativní účinek sterolů a hopanoidů na lipidové dvojvrstvy: pokud je srovnatelný, není totožný". The Journal of Physical Chemistry B. 117 (50): 16129–40. doi:10.1021 / jp409748d. PMID  24299489.
  15. ^ Schmerk CL, Bernards MA, Valvano MA (prosinec 2011). „Produkce hopanoidů je nutná pro toleranci nízkého pH, antimikrobiální rezistenci a motilitu u Burkholderia cenocepacia“. Journal of Bacteriology. 193 (23): 6712–23. doi:10.1128 / JB.05979-11. PMC  3232912. PMID  21965564.
  16. ^ Welander PV, Hunter RC, Zhang L, Sessions AL, Summons RE, Newman DK (říjen 2009). „Hopanoidy hrají roli v integritě membrány a homeostáze pH v Rhodopseudomonas palustris TIE-1“. Journal of Bacteriology. 191 (19): 6145–56. doi:10.1128 / JB.00460-09. PMC  2747905. PMID  19592593.
  17. ^ Berry AM, Harriott OT, Moreau RA, Osman SF, Benson DR, Jones AD (červenec 1993). „Hopanoidní lipidy tvoří obálku vezikuly Frankia, předpokládanou bariéru difúze kyslíku k dusičnanům“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 90 (13): 6091–4. Bibcode:1993PNAS ... 90.6091B. doi:10.1073 / pnas.90.13.6091. PMC  46873. PMID  11607408.
  18. ^ Silipo A, Vitiello G, Gully D, Sturiale L, Chaintreuil C, Fardoux J a kol. (Říjen 2014). „Kovalentně vázaný hopanoid-lipid A zlepšuje odolnost vnější membrány bradyrhizobiového symbiontu luštěnin“. Příroda komunikace. 5 (1): 5106. Bibcode:2014NatCo ... 5.5106S. doi:10.1038 / ncomms6106. PMID  25355435.
  19. ^ Doughty DM, Hunter RC, Summons RE, Newman DK (prosinec 2009). „2-Methylhopanoidy jsou maximálně produkovány v akinetách Nostoc punctiforme: geobiologické důsledky“. Geobiologie. 7 (5): 524–32. doi:10.1111 / j.1472-4669.2009.00217.x. PMC  2860729. PMID  19811542.
  20. ^ Poralla K, Muth G, Härtner T (srpen 2000). „Hopanoidy se tvoří během přechodu ze substrátu do vzdušných hyf v Streptomyces coelicolor A3 (2)“. Mikrobiologické dopisy FEMS. 189 (1): 93–5. doi:10.1111 / j.1574-6968.2000.tb09212.x. PMID  10913872.
  21. ^ Pérez-Gil J, Rodríguez-Concepción M (květen 2013). „Metabolická plasticita pro biosyntézu isoprenoidů v bakteriích“. The Biochemical Journal. 452 (1): 19–25. doi:10.1042 / BJ20121899. PMID  23614721.
  22. ^ A b Pan JJ, Solbiati JO, Ramamoorthy G, Hillerich BS, Seidel RD, Cronan JE a kol. (2015-05-27). „Biosyntéza skvalenu z farnesyl difosfátu v bakteriích: tři kroky katalyzované třemi enzymy“. ACS Central Science. 1 (2): 77–82. doi:10.1021 / acscentsci.5b00115. PMC  4527182. PMID  26258173.
  23. ^ van der Donk WA (květen 2015). „Bakterie to dělají jinak: alternativní cesta ke skvalenu“. ACS Central Science. 1 (2): 64–5. doi:10.1021 / acscentsci.5b00142. PMC  4827487. PMID  27162951.
  24. ^ A b Siedenburg G, Jendrossek D (červen 2011). „Skvalen-hopenové cyklasy“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 77 (12): 3905–15. doi:10.1128 / AEM.00300-11. PMC  3131620. PMID  21531832.
  25. ^ A b Hoshino T, Sato T (únor 2002). „Skvalen-hopen cykláza: katalytický mechanismus a rozpoznání substrátu“. Chemická komunikace (4): 291–301. doi:10.1039 / B108995C. PMID  12120044.
  26. ^ Syrén PO, Henche S, Eichler A, Nestl BM, Hauer B (prosinec 2016). „Skvalen-hopenové cyklasy - vývoj, dynamika a katalytický rozsah“. Aktuální názor na strukturní biologii. Sestavy s více proteiny v signalizaci • Katalýza a regulace. 41: 73–82. doi:10.1016 / j.sbi.2016.05.019. PMID  27336183.
  27. ^ Dang T, Prestwich GD (srpen 2000). „Místně zaměřená mutageneze skvalen-hopen cyklázy: změněná specificita substrátu a distribuce produktu“. Chemie a biologie. 7 (8): 643–9. doi:10.1016 / S1074-5521 (00) 00003-X. PMID  11048954.
  28. ^ Rohmer M, Anding C, Ourisson G (prosinec 1980). "Nespecifická biosyntéza hopanových triterpenů bezbuněčným systémem z Acetobacter pasteurianum". European Journal of Biochemistry. 112 (3): 541–7. doi:10.1111 / j.1432-1033.1980.tb06117.x. PMID  7460938.
  29. ^ Perzl M, Reipen IG, Schmitz S, Poralla K, Sahm H, Sprenger GA, Kannenberg EL (červenec 1998). „Klonování konzervovaných genů z Zymomonas mobilis a Bradyrhizobium japonicum, které fungují v biosyntéze hopanoidních lipidů“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - lipidy a metabolismus lipidů. 1393 (1): 108–18. doi:10.1016 / S0005-2760 (98) 00064-2. PMID  9714766.
  30. ^ Bradley AS, Pearson A, Sáenz JP, Marx CJ (2010-10-01). „Adenosylhopane: První meziprodukt v biosyntéze postranního řetězce hopanoidu“. Organická geochemie. 41 (10): 1075–1081. doi:10.1016 / j.orggeochem.2010.07.003.
  31. ^ Liu W, Sakr E, Schaeffer P, Talbot HM, Donisi J, Härtner T a kol. (Září 2014). „Ribosylhopan, nový bakteriální hopanoid, jako prekurzor bakteriohopanepolyolů C35 v Streptomyces coelicolor A3 (2)“. ChemBioChem. 15 (14): 2156–61. doi:10.1002 / cbic.201402261. PMC  4245026. PMID  25155017.
  32. ^ A b Schmerk CL, Welander PV, Hamad MA, Bain KL, Bernards MA, Summons RE, Valvano MA (březen 2015). „Elucidace dráhy biosyntézy hopanoidů Burkholderia cenocepacia odhaluje funkce konzervovaných proteinů v bakteriích produkujících hopanoidy“ (PDF). Mikrobiologie prostředí. 17 (3): 735–50. doi:10.1111/1462-2920.12509. PMID  24888970.
  33. ^ A b Welander PV, Coleman ML, Sessions AL, Summons RE, Newman DK (květen 2010). „Identifikace methylázy potřebné pro produkci 2-methylhopanoidu a důsledky pro interpretaci sedimentárních hopanů“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 107 (19): 8537–42. Bibcode:2010PNAS..107,8537W. doi:10.1073 / pnas.0912949107. PMC  2889317. PMID  20421508.
  34. ^ Welander PV, Summons RE (srpen 2012). „Objev, taxonomická distribuce a fenotypová charakterizace genu potřebného pro produkci 3-methylhopanoidu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 109 (32): 12905–10. Bibcode:2012PNAS..10912905W. doi:10.1073 / pnas.1208255109. PMC  3420191. PMID  22826256.
  35. ^ Banta AB, Wei JH, Welander PV (listopad 2015). „Zvláštní cesta pro syntézu tetrahymanolu v bakteriích“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 112 (44): 13478–83. Bibcode:2015PNAS..11213478B. doi:10.1073 / pnas.1511482112. PMC  4640766. PMID  26483502.
  36. ^ Ourisson G, Albrecht P (září 1992). „Hopanoidy. 1. Geohopanoidy: nejhojnější přírodní produkty na Zemi?“. Účty chemického výzkumu. 25 (9): 398–402. doi:10.1021 / ar00021a003.
  37. ^ A b Summons RE, Lincoln SA (30.03.2012). „Biomarkery: informativní molekuly pro studium v ​​geobiologii“. Základy geobiologie. John Wiley & Sons, Ltd. str. 269–296. doi:10.1002 / 9781118280874.ch15. ISBN  978-1-118-28087-4.
  38. ^ Knoll AH (2003). Život na mladé planetě: první tři miliardy let vývoje na Zemi. Princeton, N.J .: Princeton University Press. ISBN  0-691-00978-3. OCLC  50604948.
  39. ^ Brocks JJ, Logan GA, Buick R, Summons RE (srpen 1999). „Archeanské molekulární fosilie a časný vzestup eukaryot“. Věda. 285 (5430): 1033–6. doi:10.1126 / science.285.5430.1033. PMID  10446042.
  40. ^ Rashby SE, Sessions AL, Summons RE, Newman DK (září 2007). „Biosyntéza 2-methylbacteriohopanepolyolů anoxygenním fototrofem“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 104 (38): 15099–104. Bibcode:2007PNAS..10415099R. doi:10.1073 / pnas.0704912104. PMC  1986619. PMID  17848515.
  41. ^ Talbot HM, Summons RE, Jahnke LL, Cockell CS, Rohmer M, Farrimond P (2008-02-01). "Cyanobakteriální bakteriohopanepolyol podpisy z kultur a přirozeného prostředí". Organická geochemie. 39 (2): 232–263. doi:10.1016 / j.orggeochem.2007.08.006.
  42. ^ Francouzské KL, Hallmann C, Hope JM, Schoon PL, Zumberge JA, Hoshino Y a kol. (Květen 2015). „Přehodnocení uhlovodíkových biomarkerů v archeanských horninách“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 112 (19): 5915–20. Bibcode:2015PNAS..112,5915F. doi:10.1073 / pnas.1419563112. PMC  4434754. PMID  25918387.
  43. ^ Brocks JJ, Love GD, Summons RE, Knoll AH, Logan GA, Bowden SA (říjen 2005). „Důkaz biomarkerů pro zelené a fialové sirné bakterie ve stratifikovaném paleoproterozoickém moři“. Příroda. 437 (7060): 866–70. Bibcode:2005 Natur.437..866B. doi:10.1038 / nature04068. PMID  16208367. S2CID  4427285.
  44. ^ Gold DA, Caron A, Fournier GP, Summons RE (březen 2017). „Paleoproterozoická biosyntéza sterolů a vzestup kyslíku“. Příroda. 543 (7645): 420–423. Bibcode:2017Natur.543..420G. doi:10.1038 / nature21412. PMID  28264195. S2CID  205254122.
  45. ^ A b Ourisson G, Albrecht P, Rohmer M (01.07.1982). „Prediktivní mikrobiální biochemie - od molekulárních fosilií po prokaryotické membrány“. Trendy v biochemických vědách. 7 (7): 236–239. doi:10.1016/0968-0004(82)90028-7. ISSN  0968-0004.
  46. ^ Fischer WW, Pearson A (2007). „Hypotézy o původu a časném vývoji triterpenoidních cykláz“. Geobiologie. 5 (1): 19–34. doi:10.1111 / j.1472-4669.2007.00096.x.
  47. ^ Hammer SC, Marjanovic A, Dominicus JM, Nestl BM, Hauer B (únor 2015). „Skvalen hopenové cyklasy jsou protonázy pro stereoselektivní Brøststedovu kyselou katalýzu“. Přírodní chemická biologie. 11 (2): 121–6. doi:10.1038 / nchembio.1719. PMID  25503928.
  48. ^ USA 2017107160 „Newman DK, Kulkarni G, Belin BJ,„ Hopanoidy produkující bakterie a související biofertilizéry, kompozice, metody a systémy “, vydaná 2016-10-19, přidělená Kalifornskému technologickému institutu