HFQ vazebná sRNA - Hfq binding sRNA

isrA Hfq vázající RNA
RF01385.png
Předpokládaná sekundární struktura isrA Hfq vázající RNA
Identifikátory
SymbolisrA
RfamRF01385
Další údaje
RNA typgen, sRNA
DoményEnterobacteriaceae
PDB strukturPDBe
Hfq protein z S. aureus s vázanou sRNA.

An HFQ vazebná sRNA je sRNA který váže bakteriální Vazba RNA protein volala Hfq. Byla charakterizována řada malých bakteriálních RNA, které se vážou na Hfq (viz seznam). RNA sdílet podobné struktura složený ze tří kmenové smyčky.[1] Několik studií rozšířilo tento seznam a experimentálně ověřilo celkem 64 Hfq vazebné sRNA v Salmonella Typhimurium.[2][3][4] Celá transkriptomová studie o Hfq vazebná místa v Salmonella mapovalo 126 Hfq vazebných míst v sRNA.[5] Genomic SELEX byl použit k prokázání, že Hfq vazebné RNA jsou obohaceny o sekvenční motiv 5'-AAYAAYAA-3 '.[6] Celá studie genomu identifikovala 40 kandidátních sfNA závislých na Hfq v rostlinném patogenu Erwinia amylovora. 12 z nich bylo potvrzeno Northern blotem.[7]

Bakteriální HFQ vázající sRNA

Reference

  1. ^ Zhang A, Wassarman KM, Rosenow C, Tjaden BC, Storz G, Gottesman S (2003). "Globální analýza malých RNA a mRNA cílů Hfq". Mol. Microbiol. 50 (4): 1111–1124. doi:10.1046 / j.1365-2958.2003.03734.x. PMID  14622403.
  2. ^ Pfeiffer V, Sittka A, Tomer R, Tedin K, Brinkmann V, Vogel J (prosinec 2007). „Malá nekódující RNA ostrova invazních genů (SPI-1) potlačuje syntézu proteinů vnější membrány z genomu jádra Salmonella“. Molekulární mikrobiologie. 66 (5): 1174–1191. doi:10.1111 / j.1365-2958.2007.05991.x. PMID  17971080.
  3. ^ Sittka A, Lucchini S, Papenfort K a kol. (2008). Burkholder WF (ed.). „Hluboká sekvenční analýza malých nekódujících RNA a mRNA cílů globálního post-transkripčního regulátoru, Hfq“. Genetika PLOS. 4 (8): e1000163. doi:10.1371 / journal.pgen.1000163. PMC  2515195. PMID  18725932.
  4. ^ A b Padalon-Brauch G, Hershberg R, Elgrably-Weiss M a kol. (Duben 2008). „Malé RNA kódované na genetických ostrovech Salmonella typhimurium vykazují hostitelem indukovanou expresi a roli ve virulenci“. Výzkum nukleových kyselin. 36 (6): 1913–1927. doi:10.1093 / nar / gkn050. PMC  2330248. PMID  18267966.
  5. ^ Holmqvist E, Wright PR, Li L, Bischler T, Barquist L, Reinhardt R, Backofen R, Vogel J (2016). "Globální vzorce rozpoznávání RNA posttranskripčních regulátorů Hfq a CsrA odhalené UV zesítěním in vivo". EMBO J.. 35: 991–1011. doi:10.15252 / embj.201593360. PMC  5207318. PMID  27044921.
  6. ^ Lorenz C, Gesell T, Zimmermann B, Schoeberl U, Bilusic I, Rajkowitsch L, Waldsich C, von Haeseler A, Schroeder R (2010). „Genomic SELEX pro Hfq-vázající RNA identifikuje genomové aptamery převážně v antisense transkriptech“. Nucleic Acids Res. 38 (11): 3794–3808. doi:10.1093 / nar / gkq032. PMC  2887942. PMID  20348540.
  7. ^ Zeng, Quan; Sundin, George W. (01.01.2014). „Identifikace genomů v celém genomu Hfq regulovaných malých RNA v patogenu plísně ohnivé Erwinia amylovora objevila malé RNA s regulační funkcí virulence“. BMC Genomics. 15: 414. doi:10.1186/1471-2164-15-414. ISSN  1471-2164. PMC  4070566. PMID  24885615.

Další čtení

externí odkazy