RprA RNA - RprA RNA

RprA RNA
RF00034.jpg
Identifikátory
SymbolRprA
RfamRF00034
Další údaje
RNA typGen; sRNA
DoményBakterie
TAKSO: 0000387
PDB strukturPDBe

The RprA RNA gen kóduje 106 nukleotid regulační nekódující RNA. Translační regulace sigma faktoru stacionární fáze RpoS je zprostředkována tvorbou dvouvláknové RNA kmenová smyčka struktura v upstream oblasti regionu rpoS messenger RNA, uzavírající místo zahájení translace.[1][2]

Klony nesoucí rprA (RpoS regulátor RNA A) zvýšily translaci RpoS. Stejně jako u DsrA Předpokládá se, že RprA vytvoří tři kmenové smyčky. Na pozitivní regulaci translace RpoS se tedy podílejí alespoň dvě malé RNA, DsrA a RprA. Zdá se, že RprA se váže také na vůdce RpoS.[3] RprA je nepodstatný.[4] Wasserman et al. prokázali, že tato RNA je vázána Hfq protein.[5] Vazba na Hfq mění konformaci RprA.[6] V přítomnosti Hfq je stabilita RprA ovlivněna osmolarita buňky, to je závislé na endoribonukleáza RNáza E.[7]

Ukázalo se, že RprA reguluje proteiny kódující geny, tzv csgD, tento protein kóduje stacionární fázi indukovanou biofilm regulátor a ydaM, který kóduje diguanylátcyklázu zapojenou do aktivace transkripce csgD. Tyto dva cílové geny jsou potlačen RprA, což má za následek regulaci biofilm formace.[8]

Reference

  1. ^ Updegrove T, Wilf N, Sun X, Wartell RM (2008). "Vliv Hfq na párování mRNA RprA-rpoS: vazba Hfq-RNA a vliv vedoucí oblasti 5 'rpoS mRNA". Biochemie. 47 (43): 11184–11195. doi:10.1021 / bi800479p. PMID  18826256.
  2. ^ Jones AM, Goodwill A, Elliott T (2006). „Omezená role pro regulační RNA DsrA a RprA v regulaci rpoS u Salmonella enterica“. J Bacteriol. 188 (14): 5077–5088. doi:10.1128 / JB.00206-06. PMC  1539969. PMID  16816180.
  3. ^ Majdalani, N; Hernandez D; Gottesman S (2002). "Regulace a způsob působení druhého malého RNA aktivátoru translace RpoS, RprA". Mol Microbiol. 46 (3): 813–826. doi:10.1046 / j.1365-2958.2002.03203.x. PMID  12410838.
  4. ^ Majdalani, N; Chen S; Murrow J; St John K; Gottesman S (2001). "Regulace RpoS novou malou RNA: charakterizace RprA". Mol Microbiol. 39 (5): 1382–1394. doi:10.1111 / j.1365-2958.2001.02329.x. PMID  11251852.
  5. ^ Wassarman KM, Repoila F, Rosenow C, Storz G, Gottesman S (2001). „Identifikace nových malých RNA pomocí komparativní genomiky a mikročipů“. Genes Dev. 15 (13): 1637–1651. doi:10,1101 / gad.901001. PMC  312727. PMID  11445539.
  6. ^ Henderson CA, Vincent HA, Casamento A, Stone CM, Phillips JO, Cary PD, Sobott F, Gowers DM, Taylor JE, Callaghan AJ (srpen 2013). „Vazba Hfq mění strukturu malých nekódujících RNA OxyS a RprA Escherichia coli, které se podílejí na riboregulaci rpoS“. RNA. 19 (8): 1089–1104. doi:10.1261 / rna.034595.112. PMC  3708529. PMID  23804244.
  7. ^ Madhugiri R, Basineni SR, Klug G (2010). „Obrat malé nekódující RNA RprA v E. coli je ovlivněn osmolaritou“. Mol Genet Genomics. 284 (4): 307–318. doi:10.1007 / s00438-010-0568-x. PMID  20717695.
  8. ^ Mika F, Busse S, Possling A, Berkholz J, Tschowri N, Sommerfeldt N, Pruteanu M, Hengge R (2012). „Cílení na csgD malou regulační RNA RprA spojuje stacionární fázi, tvorbu biofilmu a stres buněčného obalu v Escherichia coli“. Mol Microbiol. 84 (1): 51–65. doi:10.1111 / j.1365-2958.2012.08002.x. PMC  3465796. PMID  22356413.

externí odkazy