FnrS RNA - FnrS RNA
| FnrS | |
|---|---|
 Zachovaná sekundární struktura FnrS RNA. Barva nukleotidů naznačuje jejich zachování v rodině. | |
| Identifikátory | |
| Symbol | FnrS |
| Rfam | RF01796 |
| Další údaje | |
| RNA typ | Gen |
| Domény | Enterobacteriaceae |
| PDB struktur | PDBe |
FnrS RNA je rodina Hfq -vázání malé RNA jehož výraz je v reakci na anaerobní podmínky. Je pojmenován FnrS, protože jeho výraz je silně závislý na fumarát a nitrátreduktáza regulátor (FNR), přímý kyslík čidlo dostupnosti.[1][2]
Konzervovaná intergenová oblast mezi geny ydaN a dbpA Předpokládalo se, že kóduje sRNA sousedící s jinou nekódující RNA (C0343 ) byl identifikován.[3] Nicméně, severní skvrna analýza tohoto 477bp sekvence nepřinesla žádné výsledky.[4] Následující pole obkladů analýza sekvenování HFq-vázající sRNA zjistila, že Watsonovo vlákno skutečně kódovalo sRNA.[1]
Regulace genů
Ukázalo se, že FnrS downreguluje 32 různých mRNA v Enterobakterie, v 15 z těchto případů tak činí párování bází s mRNA přepis.[1] Je zapotřebí většina genů downregulovaných FnrS aerobní metabolismus nebo oxidační stres Odezva.[2] Některé z genů downregulovaných FnrS jsou:[1]
- adhP - an alkohol dehydrogenáza podílí se na metabolismu
- cydD - citlivý na zinek ATP - závazná složka cytochrom související doprava[5]
- mqo - malát spojený s membránou: chinonoxidoreduktáza, která působí v cyklus kyseliny citronové[6]
- sodB / A - superoxiddismutáza, která pomáhá s odolností proti kyslíkovému stresu[7]
- ygiW - hypotetický vnější membrána protein[8]
Studie zahrnující srovnávací predikci cílů a následné experimentální ověření vybraných předpovědí naznačuje, že FnrS může být globálnějším regulátorem v Escherichia coli. Předpokládá se, že řídí několik transkripčních faktorů. Patří mezi ně ověřené cíle marA a IscR.[9] MarA aktivuje geny podílející se na rezistenci k superoxidu,[10] což nemusí být nutné za anaerobních podmínek, kdy je vyjádřena FnrS. IscR reguluje geny proteinů obsahujících železo-síru v klastrech nebo biogeneze.[11] FnrS může být zapojen do pozorovaného O2 závislá exprese regulonu IscR.[11] Další cíle FnrS jsou nagZ a sdhA.[9]
Existují také důkazy, které naznačují, že exprese FnrS je regulována signalizačním systémem RcsCDB v Salmonella enterica.[12]
Reference
- ^ A b C d Durand S, Storz G (březen 2010). "Přeprogramování anaerobního metabolismu malou FnrS RNA". Mol. Microbiol. 75 (5): 1215–1231. doi:10.1111 / j.1365-2958.2010.07044.x. PMC 2941437. PMID 20070527. Archivovány od originál dne 05.01.2013. Citováno 2010-08-04.
- ^ A b Boysen A, Møller-Jensen J, Kallipolitis B, Valentin-Hansen P, Overgaard M (duben 2010). "Translační regulace genové exprese pomocí anaerobně indukované malé nekódující RNA v Escherichia coli". J. Biol. Chem. 285 (14): 10690–10702. doi:10.1074 / jbc.M109.089755. PMC 2856277. PMID 20075074. Citováno 2010-08-05.
- ^ Tjaden B, Saxena RM, Stolyar S, Haynor DR, Kolker E, Rosenow C (září 2002). "Transkriptomová analýza Escherichia coli pomocí oligonukleotidových sond s vysokou hustotou". Nucleic Acids Res. 30 (17): 3732–3738. doi:10.1093 / nar / gkf505. PMC 137427. PMID 12202758. Citováno 2010-08-05.
- ^ Carter RJ, Dubchak I, Holbrook SR (říjen 2001). „Výpočtový přístup k identifikaci genů pro funkční RNA v genomových sekvencích“. Nucleic Acids Res. 29 (19): 3928–3938. doi:10.1093 / nar / 29.19.3928. PMC 60242. PMID 11574674. Citováno 2010-08-05.
- ^ Poole RK, Gibson F, Wu G (duben 1994). „Produkt genu cydD, součást heterodimerního transportéru ABC, je vyžadován pro sestavení periplazmatického cytochromu c a cytochromu bd v Escherichia coli.“. FEMS Microbiol. Lett. 117 (2): 217–223. doi:10.1111 / j.1574-6968.1994.tb06768.x. PMID 8181727.
- ^ van der Rest ME, Frank C, Molenaar D (prosinec 2000). "Funkce membránových a cytoplazmatických malát dehydrogenáz v cyklu kyseliny citronové Escherichia coli". J. Bacteriol. 182 (24): 6892–6899. doi:10.1128 / jb.182.24.6892-6899.2000. PMC 94812. PMID 11092847. Citováno 2010-08-06.
- ^ EntrezGene 944953
- ^ EntrezGene 8872708
- ^ A b Wright PR, Richter AS, Papenfort K, Mann M, Vogel J, Hess WR, Backofen R, Georg J (2013). „Srovnávací genomika zvyšuje predikci cíle pro malé bakteriální RNA“. Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (37): E3487 – E3496. doi:10.1073 / pnas.1303248110. PMC 3773804. PMID 23980183.
- ^ Martin RG, Rosner JL (2011). „Diskriminace promotérů u promotorů MarA Regulon třídy I zprostředkovaných kyselinou glutamovou 89 transkripčního aktivátoru MarA Escherichia coli“. J Bacteriol. 193 (2): 506–515. doi:10.1128 / JB.00360-10. PMC 3019838. PMID 21097628.
- ^ A b Giel JL, Rodionov D, Liu M, Blattner FR, Kiley PJ (2006). „IscR-dependentní genová exprese spojuje sestavu klastru železo-síra s kontrolou genů regulovaných O2 v Escherichia coli“. Mol Microbiol. 60 (4): 1058–1075. doi:10.1111 / j.1365-2958.2006.05160.x. PMID 16677314.
- ^ Paradela A, Mariscotti JF, Navajas R, Ramos-Fernández A, Albar JP, García-Del Portillo F (2011). „Inverzní regulace v metabolických genech pckA a metE odhaleno proteomickou analýzou Salmonella RcsCDB regulon ". J Proteome Res. 10 (8): 3386–3398. doi:10.1021 / pr101294v. PMID 21657791.
Další čtení
- Bohn C, Rigoulay C, Chabelskaya S, et al. (Květen 2010). „Experimentální objev malých RNA ve Staphylococcus aureus odhaluje riboregulátor centrálního metabolismu“. Nucleic Acids Res. 38 (19): 6620–6636. doi:10.1093 / nar / gkq462. PMC 2965222. PMID 20511587. Citováno 2010-08-05.
- Silveira AC, Robertson KL, Lin B a kol. (Srpen 2010). „Identifikace nekódujících RNA v environmentálních vibracích“. Mikrobiologie. 156 (Pt 8): 2452–2458. doi:10.1099 / mic.0.039149-0. PMID 20447992.