GcvB RNA - GcvB RNA

GcvB RNA
RF00022.jpg
Identifikátory
SymbolGcvB
RfamRF00022
Další údaje
RNA typGen
DoményBakterie
TAKSO: 0000379
PDB strukturPDBe

The gcvB RNA gen kóduje malý nekódující RNA podílí se na regulaci řady transportních systémů aminokyselin i biosyntetických genů aminokyselin. Gen GcvB se nachází v enterických bakteriích, jako jsou Escherichia coli. GcvB reguluje geny tím, že působí jako antisense vazebný partner mRNA pro každý regulovaný gen. Tato vazba je závislá na vazbě na nazývaný protein Hfq. Transkripce GcvB RNA je aktivován sousedním genem GcvA a potlačen genem GcvR.[1] Delece GcvB RNA z Y. pestis změnil tvar kolonie a omezil růst.[2] Delecí genu bylo prokázáno, že GcvB je regulátorem kyselé rezistence v E-coli. GcvB zvyšuje schopnost bakterie přežít nízké pH tím, že zvyšuje hladinu alternativního sigma faktoru RpoS.[3] Nedávno byla identifikována polymerní forma GcvB.[Citace je zapotřebí ] Interakce GcvB s malou RNA SroC spouští degradaci GcvB o RNáza E, zvedání GcvB-zprostředkované mRNA represe jeho cílových genů.[4]

Cíle GcvB

Ukázalo se, že GcvB reguluje velké množství genů v E-coli a druhy Salmonella. Ukázalo se, že GcvB se váže na Oppa a DppA, které transportují oligopeptidy a dipeptidy.[5][6] Bylo prokázáno, že také reguluje gltL, argT, STM, livK, livJ, brnQ, sstT a cycA, které se podílejí na příjmu různých aminokyselin.[7][8][9] GcvB RNA se také podílí na regulaci různých genů zapojených do biosyntézy aminokyselin, jako je ilvC, gdhA, thrL a serA.[10] GcvB RNA váže mRNA PhoPQ, která kóduje a dvousložkový systém zahrnutý do něčeho, zůčastnit se čeho hořčík homeostáza.[11]

Polymerizace

Existují důkazy o tom E-coli GcvB může tvořit polymery. Rodák elektroforéza na polyakrylamidovém gelu byl použit k prokázání pruhu vyšší molekulové hmotnosti, který odpovídá potenciálnímu polymeru.[12] Transmisní elektronová mikroskopie Poté byla použita k identifikaci vláknité struktury polymeru. Autoři však naznačují, že je nepravděpodobné, že by tato dlouhá vlákna byla fyziologicky relevantní. Ukázalo se, že konstrukt obsahující pouze prvních 61 nukleotidů včetně první kmenové smyčky byl dostatečný pro polymeraci. Podobné výsledky byly nedávno ukázány pro DsrA RNA.[13] Fyziologický význam polymerace není znám.

Distribuce druhů

GcvB RNA se nachází v řadě bakterií, včetně:[14]

Reference

  1. ^ Urbanowski, ML; Stauffer LT; Stauffer GV (2000). „Gen gcvB kóduje malou nepřeloženou RNA zapojenou do exprese dipeptidových a oligopeptidových transportních systémů v Escherichia coli.“ Mol Microbiol. 37 (4): 856–868. doi:10.1046 / j.1365-2958.2000.02051.x. PMID  10972807.
  2. ^ A b McArthur SD, Pulvermacher SC, Stauffer GV (2006). "Gen Yersinia pestis gcvB kóduje dvě malé regulační molekuly RNA". BMC Microbiol. 6: 52. doi:10.1186/1471-2180-6-52. PMC  1557403. PMID  16768793.
  3. ^ Jin Y, Watt RM, Danchin A, Huang JD (2009). „Malá nekódující RNA GcvB je nový regulátor kyselé rezistence u Escherichia coli“. BMC Genomics. 10: 165. doi:10.1186/1471-2164-10-165. PMC  2676305. PMID  19379489.
  4. ^ Miyakoshi, Masatoshi; Chao, Yanjie; Vogel, Jörg (03.06.2015). „Rozhovor mezi mRNA transportéru ABC prostřednictvím cílové houby odvozené od mRNA malé RNA GcvB“. Časopis EMBO. 34 (11): 1478–1492. doi:10.15252 / embj.201490546. ISSN  1460-2075. PMC  4474525. PMID  25630703.
  5. ^ Urbanowski ML, Stauffer LT, Stauffer GV (srpen 2000). „Gen gcvB kóduje malou nepřeloženou RNA zapojenou do exprese dipeptidových a oligopeptidových transportních systémů v Escherichia coli.“ Mol. Microbiol. 37 (4): 856–868. doi:10.1046 / j.1365-2958.2000.02051.x. PMID  10972807.
  6. ^ Pulvermacher SC, Stauffer LT, Stauffer GV (leden 2009). "Role Escherichia coli Hfq proteinu v GcvB regulaci oppA a dppA mRNA". Mikrobiologie. 155 (Pt 1): 115–123. doi:10.1099 / mic.0.023432-0. PMID  19118352.
  7. ^ Sharma CM, Darfeuille F, Plantinga TH, Vogel J (listopad 2007). „Malá RNA reguluje více mRNA transportérů ABC zaměřením prvků bohatých na C / A uvnitř a před vazebnými místy pro ribozomy“. Genes Dev. 21 (21): 2804–2817. doi:10,1101 / gad.447207. PMC  2045133. PMID  17974919.
  8. ^ Pulvermacher SC, Stauffer LT, Stauffer GV (leden 2009). „Malá RNA GcvB reguluje expresi sstT mRNA v Escherichia coli“. J. Bacteriol. 191 (1): 238–248. doi:10.1128 / JB.00915-08. PMC  2612445. PMID  18952787.
  9. ^ Pulvermacher SC, Stauffer LT, Stauffer GV (leden 2009). "Role sRNA GcvB v regulaci cycA v Escherichia coli". Mikrobiologie. 155 (Pt 1): 106–114. doi:10.1099 / mic.0.023598-0. PMID  19118351.
  10. ^ Vogel J (leden 2009). „Hrubý průvodce světem nekódujících RNA Salmonella“. Mol. Microbiol. 71 (1): 1–11. doi:10.1111 / j.1365-2958.2008.06505.x. PMID  19007416.
  11. ^ Coornaert, A; Chiaruttini, C; Springer, M; Guillier, M (leden 2013). „Posttranskripční kontrola dvousložkového systému PhoQ-PhoP Escherichia coli pomocí více sRNA zahrnuje novou oblast párování GcvB“. Genetika PLOS. 9 (1): e1003156. doi:10.1371 / journal.pgen.1003156. PMC  3536696. PMID  23300478.
  12. ^ Busi F, Cayrol B, Lavelle C, LeDerout J, Piétrement O, Le Cam E, Geinguenaud F, Lacoste J, Régnier P, Arluison V (2009). „Automatické sestavení jako nový regulační mechanismus nekódující RNA“. Buněčný cyklus. 8 (6): 952–954. doi:10,4161 / cc.8.6.7905. PMID  19221499.
  13. ^ Cayrol B, Geinguenaud F, Lacoste J a kol. (2009). „Automatické sestavení malé nekódující RNA E. coli DsrA: Molekulární charakteristiky a funkční důsledky“. RNA Biol. 6 (4): 434–445. doi:10,4161 / rna.6.4.8949. PMID  19535898.
  14. ^ Pulvermacher SC, Stauffer LT, Stauffer GV (duben 2008). „Role malé regulační RNA GcvB v GcvB / mRNA posttranskripční regulaci oppA a dppA v Escherichia coli“. FEMS Microbiol. Lett. 281 (1): 42–50. doi:10.1111 / j.1574-6968.2008.01068.x. PMID  18312576.
  15. ^ Gulliver, Emily L .; Wright, Amy; Lucas, Deanna Deveson; Mégroz, Marianne; Kleifeld, Oded; Schittenhelm, Ralf B .; Powell, David R .; Seemann, Torsten; Bulitta, Jürgen B. (květen 2018). „Stanovení malého RNA GcvB regulonu v gramnegativním bakteriálním patogenu Pasteurella multocida a identifikace oblasti vazby semen GcvB“. RNA. 24 (5): 704–720. doi:10.1261 / rna.063248.117. ISSN  1469-9001. PMC  5900567. PMID  29440476.

Další čtení

externí odkazy