RybB RNA - RybB RNA

RybB RNA
RF00110.jpg
Identifikátory
SymbolRybB
RfamRF00110
Další údaje
RNA typGen; sRNA
DoményBakterie
TAKSO: 0000655
PDB strukturPDBe

RybB je malý nekódující RNA byl identifikován na obrazovce ve velkém měřítku Escherichia coli.[1] Funkce této krátké RNA byla studována pomocí transkriptomického přístupu a kinetických analýz rozpadu cílové mRNA in vivo. RybB byl identifikován jako faktor, který selektivně urychluje rozpad několika hlavních omp mRNA po indukci stresové odezvy obálky.[2] Ukázalo se, že tato RNA se váže na Hfq protein.

v Salmonella, experimentálně byly ověřeny přímé interakce pro RybB s následujícími cíli: STM2391 (fadL), STM1070 (ompA), STM2267 (ompC), STM1572 (ompD), STM0999 (ompF), STM1473 (ompN), STM1995 (ompS), STM1732 (ompW), STM0413 (tsx), STM0687 (ybfM, čip) a STM1530.[3][4][5][6]

v Escherichia coli, experimentálně byly ověřeny přímé interakce pro RybB s následujícími cíli: b0805 (fiu), b0721 (sdhC), b2215 (ompC), b1256 (ompW), b2594 (rluD) a b0081 (mraZ).[7][8][9][10]

Viz také

Reference

  1. ^ Wassarman, KM; Repoila F; Rosenow C; Storz G; Gottesman S (2001). „Identifikace nových malých RNA pomocí komparativní genomiky a mikročipů“. Genes Dev. 15 (13): 1637–1651. doi:10,1101 / gad.901001. PMC  312727. PMID  11445539.
  2. ^ Papenfort, K; Pfeiffer V; Mika F; Lucchini S; Hinton JC; Vogel J (2006). „SigmaE-dependentní malé RNA salmonely reagují na stres membrány urychlením globálního rozkladu mRNA omp“. Mol. Microbiol. 62 (6): 1674–1688. doi:10.1111 / j.1365-2958.2006.05524.x. PMC  1804206. PMID  17427289.
  3. ^ Papenfort K, Bouvier M, Mika F, Sharma CM, Vogel J (2010). „Důkazy o autonomní doméně rozpoznávání 5 ′ cílů v malé RNA spojené s Hfq“. Proc Natl Acad Sci U S A. 107 (47): 20435–20440. doi:10.1073 / pnas.1009784107. PMC  2996696. PMID  21059903.
  4. ^ Bouvier M, Sharma CM, Mika F, Nierhaus KH, Vogel J (2008). „Malá RNA vázající se na 5 'mRNA kódující oblast inhibuje iniciaci translace“. Mol Cell. 32 (6): 827–837. doi:10.1016 / j.molcel.2008.10.027. PMID  19111662.
  5. ^ Balbontín R, Fiorini F, Figueroa-Bossi N, Casadesús J, Bossi L (2010). "Rozpoznávání sekvence heptamerních semen je základem vícecílové regulace pomocí RybB malé RNA v Salmonella enterica". Mol Microbiol. 78 (2): 380–394. doi:10.1111 / j.1365-2958.2010.07342.x. PMID  20979336.
  6. ^ Wright, PR (2012). hIntaRNA - Srovnávací predikce cílů sRNA u prokaryot (Diplom). Albert-Ludwigs-Universität Freiburg.
  7. ^ Gogol EB, Rhodius VA, Papenfort K, Vogel J, Gross CA (2011). „Malé RNA poskytují transkripčnímu aktivátoru základní funkce represoru pro jednostupňové řízení globálního regulonu stresu“. Proc Natl Acad Sci U S A. 108 (31): 12875–12880. doi:10.1073 / pnas.1109379108. PMC  3150882. PMID  21768388.
  8. ^ Desnoyers G, Massé E (2012). "Nekanonická represe iniciace translace prostřednictvím malého náboru RNA chaperonu RNA Hfq". Genes Dev. 26 (7): 726–739. doi:10.1101 / gad.182493.111. PMC  3323883. PMID  22474262.
  9. ^ Johansen J, Rasmussen AA, Overgaard M, Valentin-Hansen P (2006). „Zachovalé malé nekódující RNA, které patří do regulonu sigmaE: role při down-regulaci proteinů vnější membrány“. J Mol Biol. 364 (1): 1–8. doi:10.1016 / j.jmb.2006.09.004. PMID  17007876.
  10. ^ Wright PR, Richter AS, Papenfort K, Mann M, Vogel J, Hess WR, Backofen R, Georg J (2013). „Srovnávací genomika zvyšuje predikci cíle pro malé bakteriální RNA“. Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (37): E3487 – E3496. doi:10.1073 / pnas.1303248110. PMC  3773804. PMID  23980183.

externí odkazy