OxyS RNA - OxyS RNA - Wikipedia

OxyS RNA
RF00035.jpg
Identifikátory
SymbolOxyS
RfamRF00035
Další údaje
RNA typGen; sRNA
DoményBakterie
TAKSO: 0000384
PDB strukturPDBe

OxyS RNA je malý nekódující RNA který je indukován v reakci na oxidační stres v Escherichia coli. Tato RNA působí jako globální regulátor pro aktivaci nebo potlačování exprese až 40 genů pomocí antisense mechanismus, včetně transkripčního aktivátoru kódovaného fhlA a rpoS - kódovaná podjednotka sigma (y) RNA polymerázy.[1] OxyS je vázán Hfq protein, což zvyšuje interakci OxyS RNA s cílovými zprávami.[2][3] Vazba na Hfq mění konformaci OxyS.[4] 109 nukleotid Předpokládá se, že RNA se skládá ze tří kmenové smyčky.

Cílové geny

Byla předpovězena a ověřena řada dalších cílů pomocí analýzy microarray.[5] Jsou uvedeny níže:

  • yobF - potvrzeno Northern analýzou
  • yaiZ
  • rumA
  • wrbA - potvrzeno severní analýzou
  • ybaY - potvrzeno severní analýzou

Dále mRNA kódovaná nusG gen je přímým cílem OxyS.[6]

Reference

  1. ^ Altuvia, S; Zhang A; Argaman L; Tiwari A; Storz G (1998). „Regulační RNA Escherichia coli OxyS potlačuje translaci fhlA blokováním vazby ribozomu“. EMBO J.. 17 (20): 6069–6075. doi:10.1093 / emboj / 17.20.6069. PMC  1170933. PMID  9774350.
  2. ^ Zhang, A; Wassarman KM; Ortega J; Steven AC; Storz G (2002). „Sm-like Hfq protein zvyšuje interakci OxyS RNA s cílovými mRNA“. Mol Cell. 9 (1): 11–22. doi:10.1016 / S1097-2765 (01) 00437-3. PMID  11804582.
  3. ^ Holmqvist E, Wright PR, Li L, Bischler T, Barquist L, Reinhardt R, Backofen R, Vogel J (2016). „Globální vzorce rozpoznávání RNA posttranskripčních regulátorů Hfq a CsrA odhalené UV zesítěním in vivo“. EMBO J.. 35 (9): 991–1011. doi:10.15252 / embj.201593360. PMC  5207318. PMID  27044921.
  4. ^ Henderson, CA; Vincent, HA; Casamento, A; Stone, CM; Phillips, JO; Cary, PD; Sobott, F; Gowers, DM; Taylor, JE; Callaghan, AJ (srpen 2013). „Vazba Hfq mění strukturu malých nekódujících RNA OxyS a RprA Escherichia coli, které se podílejí na riboregulaci rpoS“. RNA. 19 (8): 1089–1104. doi:10.1261 / rna.034595.112. PMC  3708529. PMID  23804244.
  5. ^ Tjaden B, Goodwin SS, Opdyke JA a kol. (2006). „Cílová předpověď pro malé nekódující RNA v bakteriích“. Nucleic Acids Res. 34 (9): 2791–2802. doi:10.1093 / nar / gkl356. PMC  1464411. PMID  16717284.
  6. ^ Barshishat S, Elgrably-Weiss M, Edelstein J, Georg J, Govindarajan S, Haviv M, Wright PR, Hess WR, Altuvia S (2018). „Malá RNA OxyS indukuje zástavu buněčného cyklu a umožňuje opravu poškození DNA“. EMBO J.. 37 (3): 413–426. doi:10.15252 / embj.201797651. PMC  5793797. PMID  29237698.

externí odkazy