OmrA-B RNA - OmrA-B RNA

OmrA-B RNA
Struktura OmrA-B RNA.png
Reprezentace bakteriálního OmrA-B sekundární struktura včetně barevného schématu, které označuje stupeň zachování sekvence.
Identifikátory
SymbolOmrA-B
Alt. SymbolyOmrA, OmrB, SraE, RygA, RygB
RfamRF00079
Další údaje
RNA typGen
DoményBakterie; Enterobacteriaceae
PDB strukturPDBe

The OmrA-B RNA genová rodina (také známá jako SraE RNA, RygA a RygB a OmrA a OmrB) je pár homologní OmpR -regulované malé nekódující RNA který byl objeven v E-coli během dvou velkých obrazovek.[1][2] OmrA-B je velmi hojný ve stacionární fázi, ale nízké hladiny lze detekovat také v exponenciálně rostoucích buňkách. RygB sousedí s RygA blízce příbuznou RNA. Tyto RNA se vážou na Hfq protein a regulovat genová exprese antisense vazbou. Negativně regulují expresi několika kódujících genů vnější membrána bílkoviny, včetně cirA, CSGD, fecA, fepA a ompT vazbou v blízkosti Sekvence Shine-Dalgarno, což naznačuje, že kontrola nad těmito cíli závisí Hfq protein a RNáza E. Dohromady tyto údaje naznačují, že OmrA-B se podílí na regulaci složení vnější membrány v reakci na podmínky prostředí.[3][4][5]

Spolu s chaperonem RNA Hfq, OmrA-B pozitivně reguluje bakteriální motilitu a negativně reguluje produkci kyselého exopolysacharidu amylovoranu v rostlinném patogenu Erwinia amylovora.[6]

Reference

  1. ^ Argaman, L; Hershberg R; Vogel J; Bejerano G; Wagner EG; Margalit H; Altuvia S (2001). „Nové malé geny kódující RNA v intergenních oblastech Escherichia coli“. Curr Biol. 11 (12): 941–950. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00270-6. PMID  11448770.
  2. ^ Wassarman, KM; Repoila F; Rosenow C; Storz G; Gottesman S (2001). „Identifikace nových malých RNA pomocí komparativní genomiky a mikročipů“. Genes Dev. 15 (13): 1637–1651. doi:10,1101 / gad.901001. PMC  312727. PMID  11445539.
  3. ^ Guillier M, Gottesman S (2006). "Remodelace vnější membrány Escherichia coli dvěma malými regulačními RNA". Mol Microbiol. 59 (1): 231–247. doi:10.1111 / j.1365-2958.2005.04929.x. PMID  16359331.
  4. ^ Guillier M, Gottesman S (2008). „5 'konec dvou redundantních sRNA je zapojen do regulace více cílů, včetně jejich vlastního regulátoru“. Nucleic Acids Res. 36 (21): 6781–6794. doi:10.1093 / nar / gkn742. PMC  2588501. PMID  18953042.
  5. ^ Holmqvist E, Reimegård J, Sterk M, Grantcharova N, Römling U, Wagner EG (2010). „Dvě antisense RNA cílí na transkripční regulátor CsgD, aby inhibovaly syntézu curli“. EMBO J.. 29 (11): 1840–1850. doi:10.1038 / emboj.2010.73. PMC  2885931. PMID  20407422.
  6. ^ Zeng, Quan; Sundin, George W. (01.01.2014). „Identifikace genomů v celém genomu Hfq regulovaných malých RNA v patogenu plísně ohnivé Erwinia amylovora objevila malé RNA s regulační funkcí virulence“. BMC Genomics. 15: 414. doi:10.1186/1471-2164-15-414. ISSN  1471-2164. PMC  4070566. PMID  24885615.

externí odkazy