SgrS RNA - SgrS RNA
| SgrS RNA | |
|---|---|
 Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence SgrS | |
| Identifikátory | |
| Symbol | SgrS |
| Rfam | RF00534 |
| Další údaje | |
| RNA typ | Gen; antisense |
| Domény | Bakterie |
| JÍT | GO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO: GO termín musí začínat GO: |
| TAK | SO: 0000655 |
| PDB struktur | PDBe |
SgrS (suGAr související s dopravou sRNA, dříve pojmenovaná ryaA)[1] je 227 nukleotidů malý RNA který je aktivován SgrR v Escherichia coli v době glukóza -fosfátový stres. Povaha glukózo-fosfátového stresu není zcela objasněna, ale souvisí s intracelulární akumulací glukóza-6-fosfát.[2] SgrS pomáhá buňkám zotavit se z glukózo-fosfátového stresu párováním bází s ptsG mRNA (kódující transportér glukózy) a způsobující jeho degradaci způsobem závislým na RNáze E.[3][4] Základní párování mezi SgrS a ptsG mRNA také vyžaduje Hfq, chaperon RNA často vyžadovaný malými RNA, které ovlivňují jejich cíle párováním bází.[5] Neschopnost buněk exprimovat sgrS vytvoření nových transportérů glukózy vede k menší absorpci glukózy a snížení hladin glukózy glukóza-6-fosfát. SgrS je neobvyklá malá RNA v tom, že také kóduje 43 aminokyselina funkční polypeptid, SgrT, který pomáhá buňkám zotavit se z glukózo-fosfátového stresu tím, že brání absorpci glukózy. Aktivita SgrT neovlivňuje úrovně ptsG mRNA proteinu PtsG. Bylo navrženo, že SgrT uplatňuje své účinky regulací transportéru glukózy, PtsG.[6][7]
SgrS byl původně objeven v E-coli ale homology od té doby byly identifikovány v jiných Gammaproteobakterie jako Salmonella enterica a členové rodu Citrobacter.[8] Byl vyvinut a byl použit k předpovědi cíle SgrS srovnávací genomický přístup založený na predikci cíle, který využívá tyto homology. ptsI (b2416), který byl následně experimentálně ověřen.[9]
Reference
- ^ Vanderpool CK, Gottesman S (listopad 2004). „Zapojení nového transkripčního aktivátoru a malé RNA do post-transkripční regulace systému glukózo-fosfoenolpyruvát-fosfotransferázy“. Molekulární mikrobiologie. 54 (4): 1076–89. doi:10.1111 / j.1365-2958.2004.04348.x. PMID 15522088.
- ^ Wadler CS, Vanderpool CK (prosinec 2007). „Duální funkce pro bakteriální malou RNA: SgrS provádí regulaci závislou na párování bází a kóduje funkční polypeptid“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 104 (51): 20454–9. doi:10.1073 / pnas.0708102104. PMC 2154452. PMID 18042713.
- ^ Vanderpool CK, Gottesman S (březen 2007). „Nový transkripční faktor SgrR koordinuje reakci na stres glukózo-fosfátový“. Journal of Bacteriology. 189 (6): 2238–48. doi:10.1128 / JB.01689-06. PMC 1899371. PMID 17209026.
- ^ Rice JB, Vanderpool CK (květen 2011). „Malá RNA SgrS reguluje akumulaci cukru a fosfátu regulací více genů PTS“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (9): 3806–19. doi:10.1093 / nar / gkq1219. PMC 3089445. PMID 21245045.
- ^ Kawamoto H, Koide Y, Morita T, Aiba H (srpen 2006). „Požadavek párování bází pro umlčení RNA bakteriální malou RNA a zrychlení tvorby duplexu Hfq“. Molekulární mikrobiologie. 61 (4): 1013–22. doi:10.1111 / j.1365-2958.2006.05288.x. PMID 16859494.
- ^ Maki K, Morita T, Otaka H, Aiba H (květen 2010). "Minimální oblast párování bází bakteriální malé RNA SgrS vyžadovaná pro translační represi ptsG mRNA". Molekulární mikrobiologie. 76 (3): 782–92. doi:10.1111 / j.1365-2958.2010.07141.x. PMID 20345651.
- ^ Kawamoto H, Morita T, Shimizu A, Inada T, Aiba H (únor 2005). „Implikace lokalizace membrány cílové mRNA při působení malé RNA: mechanismus posttranskripční regulace transportéru glukózy v Escherichia coli“. Geny a vývoj. 19 (3): 328–38. doi:10.1101 / gad.1270605. PMC 546511. PMID 15650111.
- ^ Horler RS, Vanderpool CK (září 2009). „Homology malé RNA SgrS jsou široce distribuovány v enterálních bakteriích, ale lišily se velikostí a sekvencí“. Výzkum nukleových kyselin. 37 (16): 5465–76. doi:10.1093 / nar / gkp501. PMC 2760817. PMID 19531735.
- ^ Wright PR, Richter AS, Papenfort K, Mann M, Vogel J, Hess WR, Backofen R, Georg J (září 2013). „Srovnávací genomika zvyšuje predikci cíle pro malé bakteriální RNA“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 110 (37): E3487-96. doi:10.1073 / pnas.1303248110. PMC 3773804. PMID 23980183.
Další čtení
- Vanderpool CK (duben 2007). "Fyziologické důsledky malé RNA zprostředkované regulace glukózo-fosfátového stresu". Současný názor v mikrobiologii. 10 (2): 146–51. doi:10.1016 / j.mib.2007.03.011. PMID 17383224.
- Aiba H (duben 2007). "Mechanismus umlčování RNA pomocí Hfq-vázajících malých RNA". Současný názor v mikrobiologii. 10 (2): 134–9. doi:10.1016 / j.mib.2007.03.010. PMID 17383928.
- Sun Y, Vanderpool CK (listopad 2013). „Fyziologické důsledky regulace více cílů malou RNA SgrS v Escherichia coli“. Journal of Bacteriology. 195 (21): 4804–15. doi:10.1128 / JB.00722-13. PMC 3807494. PMID 23873911.
- Bobrovskyy M, Vanderpool CK (2014). „Malá RNA SgrS: role v metabolismu a patogenezi enterálních bakterií“. Hranice v buněčné a infekční mikrobiologii. 4: 61. doi:10.3389 / fcimb.2014.00061. PMC 4021124. PMID 24847473.
- Papenfort K, Sun Y, Miyakoshi M, Vanderpool CK, Vogel J (duben 2013). „Malá RNA zprostředkovaná aktivace mRNA cukrové fosfatázy reguluje homeostázu glukózy“. Buňka. 153 (2): 426–37. doi:10.1016 / j.cell.2013.03.003. PMC 4151517. PMID 23582330.
externí odkazy
 | Tento molekulární nebo buněčná biologie článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |