Malá RNA - Small RNA

Viz také: Bakteriální malá RNA

Malý RNA jsou <200 nt (nukleotid ) na délku a jsou obvykle nekódující RNA molekuly.[1] Umlčení RNA je často funkcí těchto molekul, přičemž nejběžnějším a dobře prostudovaným příkladem je Interference RNA (RNAi), ve kterém je endogenně exprimován mikroRNA (miRNA) nebo exogenně odvozené malá interferující RNA (siRNA) indukuje degradaci komplementární messenger RNA. Byly identifikovány další třídy malé RNA, včetně RNA reagující na piwi (piRNA) a jeho poddruh opakujte přidruženou malou interferující RNA (rasiRNA).[2] Malá RNA „není schopna sama vyvolat RNAi a pro splnění úkolu musí tvořit jádro komplexu RNA – protein, který se nazývá komplex umlčování vyvolaný RNA (RISC), konkrétně s proteinem Argonaute“.[3] Při transkripci se také používá mRNA.

Malá RNA může být vybrána pomocí Sekvenování MicroRNA, technika, která vybírá malé molekuly RNA, poté sekvence ty o velikosti 21–25 bp. První analýza malých RNA pomocí metod miRNA-seq zkoumala přibližně 1,4 milionu malých RNA z modelové rostliny Arabidopsis thaliana použitím Lynx Therapeutics 'Massively Parallel Signature Sequencing (MPSS) sekvenční platforma. Tato studie prokázala potenciál nových, vysoce výkonných sekvenčních technologií pro studium malých RNA a ukázala, že genomy generují velké množství malých RNA s rostlinami jako zvláště bohatými zdroji malých RNA.[4] Pozdější studie používaly jiné technologie sekvenování, jako je studie v C. elegans který identifikoval 18 nových genů miRNA a také novou třídu malých RNA hlístic 21U-RNA.[5] Další studie porovnávající malé profily RNA lidských nádorů děložního čípku a normální tkáně využila Illumina (společnost) Analyzátor genomu k identifikaci 64 nových lidských genů miRNA a 67 odlišně exprimovaných miRNA.[6] Applied Biosystems Sekvenční platforma SOLiD byla také použita ke zkoumání prognostické hodnoty miRNA při detekci lidského karcinomu prsu.[7] Malá RNA je užitečná pro určité druhy studia, protože její molekuly „nemusí být před přípravou knihovny fragmentovány“.[8]

Druhy malé RNA zahrnují:

Reference

  1. ^ Storz, G (17. května 2002). "Rozšiřující se vesmír nekódujících RNA". Věda. 296 (5571): 1260–3. doi:10.1126 / science.1072249. PMID  12016301.
  2. ^ Gunawardane LS, Saito K, Nishida KM, Miyoshi K, Kawamura Y, Nagami T, Siomi H, Siomi MC (březen 2007). "Mechanismus zprostředkovaný kráječem pro opakovanou 5 'koncovou tvorbu siRNA v Drosophile". Věda. 315 (5818): 1587–90. doi:10.1126 / science.1140494. PMID  17322028.
  3. ^ Robert A. Meyers, Epigenetická regulace a epigenomika (2012), s. 366.
  4. ^ Lu, C; Tej, SS; Luo, S; Haudenschild, CD; Meyers, BC; Green, PJ (2. září 2005). „Elucidace malé RNA složky transkriptomu“. Věda. 309 (5740): 1567–9. doi:10.1126 / science.1114112. PMID  16141074.
  5. ^ Ruby, J. Graham; Jan, Calvin; Hráč, Christopher; Axtell, Michael J .; Lee, William; Nusbaum, Čad; Ge, Hui; Bartel, David P. (2006). „Sekvenování ve velkém měřítku odhaluje 21U-RNA a další mikroRNA a endogenní siRNA v C. elegans“. Buňka. 127 (6): 1193–1207. doi:10.1016 / j.cell.2006.10.040. ISSN  0092-8674. PMID  17174894.
  6. ^ Witten, Daniela; Tibshirani, Robert; Gu, Sam; Fire, Andrew; Lui, Weng-Onn (2010). „Extrémně vysoký průchod založený na sekvenování malých RNA a diskrétní statistická analýza biomarkerů ve sbírce cervikálních nádorů a odpovídajících kontrol“. Biologie BMC. 8 (1): 58. doi:10.1186/1741-7007-8-58. ISSN  1741-7007. PMC  2880020. PMID  20459774.
  7. ^ Wu, Qian; Lu, Zuhong; Li, Zdraví; Lu, Jiafeng; Guo, Li; Ge, Qinyu (2011). "Sekvenování nové generace MicroRNA pro detekci rakoviny prsu". Journal of Biomedicine and Biotechnology. 2011: 1–7. doi:10.1155/2011/597145. ISSN  1110-7243. PMC  3118289. PMID  21716661.
  8. ^ Robert A. Meyers, Epigenetická regulace a epigenomika (2012), s. 162.
  9. ^ Zelená, D; Fraser, WD; Dalmay, T (20. dubna 2016). „Přenos malých RNA získaných z RNA do transkriptomu rakoviny“. Pflugers Arch. 468 (6): 1041–1047. doi:10.1007 / s00424-016-1822-9. PMC  4893054. PMID  27095039.
  10. ^ Chen, Q; Yan, M; Cao, Z; Li, X; Zhang, Y; Shi, J; Feng, GH; Peng, H; Zhang, X; Zhang, Y; Qian, J; Duan, E; Zhai, Q; Zhou, Q (22. ledna 2016). „Spermatické tRNA přispívají k mezigenerační dědičnosti získané metabolické poruchy“ (PDF). Věda. 351 (6271): 397–400. doi:10.1126 / science.aad7977. PMID  26721680.
  11. ^ Wei, H; Zhou, B; Zhang, F; Tu, Y; Hu, Y; Zhang, B; Zhai, Q (2013). „Profilování a identifikace malých RNA odvozených z rDNA a jejich potenciálních biologických funkcí“. PLOS One. 8 (2): e56842. doi:10.1371 / journal.pone.0056842. PMC  3572043. PMID  23418607.