SroB RNA - SroB RNA

sroB RNA
RF00368.jpg
Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence společnosti sroB
Identifikátory
SymbolsroB
RfamRF00368
Další údaje
RNA typGen; sRNA
DoményBakterie
TAKSO: 0000655
PDB strukturPDBe

The sroB RNA (také známý jako MicM, rybC nebo ChiX) je a nekódující RNA gen o délce 90 nukleotidů. sroB se vyskytuje v několika enterobakteriálních druzích, ale jeho funkce není známa.[1][2]SroB se nachází v intergenní oblasti na opačném řetězci než ybaK a ybaP geny.[1] SroB je vyjádřen ve stacionární fázi.[1]Pokusy ukázaly, že SroB je a HFQ vazebná sRNA.[2][3]

Další důkazy ukázaly, že SroB negativně reguluje protein vnější membrány YbfM sekvestrováním ribosomového vazebného místa ybfM mRNA antisense interakcí.[4] SroB také reguluje DpiA / DpiB dvousložkový systém.[5]Kromě toho se zdá, že samotný SroB je cílem nekódujícího přepisu z chbBC intergenní oblast.[6][7][8]

Reference

  1. ^ A b C Vogel J, Bartels V, Tang TH a kol. (2003). „RNomics in Escherichia coli detekuje nové druhy sRNA a indikuje paralelní transkripční výstup v bakteriích“. Nucleic Acids Res. 31 (22): 6435–6443. doi:10,1093 / nar / gkg867. PMC  275561. PMID  14602901.
  2. ^ A b Zhang A, Wassarman KM, Rosenow C, Tjaden BC, Storz G, Gottesman S (listopad 2003). „Globální analýza malých RNA a mRNA cílů Hfq“. Mol. Microbiol. 50 (4): 1111–1124. doi:10.1046 / j.1365-2958.2003.03734.x. PMID  14622403. Archivovány od originál dne 05.01.2013.
  3. ^ Sittka A, Lucchini S, Papenfort K a kol. (2008). Burkholder WF (ed.). „Hluboká sekvenční analýza malých nekódujících RNA a mRNA cílů globálního post-transkripčního regulátoru, Hfq“. PLoS Genet. 4 (8): e1000163. doi:10.1371 / journal.pgen.1000163. PMC  2515195. PMID  18725932.
  4. ^ Rasmussen AA, Johansen J, Nielsen JS, Overgaard M, Kallipolitis B, Valentin-Hansen P (duben 2009). „Konzervovaná malá RNA podporuje umlčení proteinu vnější membrány YbfM“. Mol. Microbiol. 72 (3): 566–577. doi:10.1111 / j.1365-2958.2009.06688.x. PMID  19400782. Archivovány od originál dne 05.01.2013.
  5. ^ Mandin, P .; Gottesman, S. (2009). „Genetický přístup k hledání malých regulátorů RNA požadovaných genů identifikuje RybC jako regulaci dvousložkového systému DpiA / DpiB“. Molekulární mikrobiologie. 72 (3): 551–565. doi:10.1111 / j.1365-2958.2009.06665.x. PMC  2714224. PMID  19426207.
  6. ^ Overgaard M, Johansen J, Møller-Jensen J, Valentin-Hansen P (2009). "Vypnutí malé regulace RNA pomocí trap-mRNA". Mol Microbiol. 73 (5): 790–800. doi:10.1111 / j.1365-2958.2009.06807.x. PMID  19682266.
  7. ^ Vogel J (červenec 2009). „Lapač RNA pomáhá bakteriím vytěžit z chitosugarů maximum“. Mol. Microbiol. 73 (5): 737–741. doi:10.1111 / j.1365-2958.2009.06806.x. PMID  19659640. Archivovány od originál dne 05.01.2013.
  8. ^ Figueroa-Bossi N, Valentini M, Malleret L, Fiorini F, Bossi L (2009). „Chycen ve své vlastní hře: regulační malá RNA inaktivovaná indukovatelným přepisem napodobujícím jeho cíl“. Genes Dev. 23 (17): 2004–2015. doi:10,1101 / gad. 541609. PMC  2751969. PMID  19638370.

Další čtení

  • Plumbridge J, Bossi L, Oberto J, Wade JT, Figueroa-Bossi N (5. března 2014). „Souhra transkripčních a malých kontrolních mechanismů závislých na RNA reguluje vychytávání chitosugaru u Escherichia coli a Salmonella“. Molekulární mikrobiologie. 92 (4): 648–658. doi:10,1111 / mmi.12573. PMID  24593230.

externí odkazy