HLA B7-DR15-DQ6 - HLA B7-DR15-DQ6

Vícegénový haplotyp, lidský
HLA-mini.png
HLA oblast na chromozomu 6
HLA A3-B7-DR15-DQ6
LociGenAlelaSérotyp
Třída I.
centromerický		HLA-C*0702Cw7
HLA-B*0702B7
HLA-DRHLA-DRB1*1501DR15
HLA-DRB5*0101DR51
HLA-DQHLA-DQA1*0102DQ1
HLA-DQB1*0602DQ6
Uzly
PopulaceMaximaFrekvenceMax
Západní Irsko6.0%
Velikost a umístění
GenyUmístěnívelikost (kb / s)
-66p21.32500

HLA B7-DR15-DQ6 je multigen haplotyp který pokrývá většinu lidí hlavní komplex histokompatibility na chromozom 6. Multigenní haplotyp je sada zděděných alely pokrývající několik genů nebo genových alel, běžné multigenní haplotypy jsou obecně výsledkem sestupu po společném původu (sdílejte nedávného společného předka pro daný segment chromozomu). Chromozomální rekombinace fragmenty multigenních haplotypů, jak se vzdálenost k tomuto předkovi zvyšuje v počtu generací.

HLA B7-DR15-DQ6 je reprezentace (pomocí sérotyp ) společné HLA haplotyp nalezený v západní Eurasii. Haplotyp lze napsat v rozšířené formě pokrývající hlavní lokusy histokompatibility takto:

HLA Cw*0702 : B*0702 : DRB1*1501 : DQA1*0102 : DQB1*0602

Starší literatura může popsat tento haplotyp dvěma různými způsoby. Jeden B7-DR2-DQ6 pochází ze skutečnosti, že DR15 je rozštěpený antigen sérotypu širokého antigenu DR2. Další B7-DR2-DQ1 vychází ze skutečnosti, že DQ1 je sérotyp alfa řetězce, který je nyní pokryt beta řetězcem typu DQ5 a DQ6 (páry DQ1 s DQ5 a DQ6 párováním cis-haplotypu).

Existují dva hlavní subhaplotypy, kterému předchází jeden telomerní vedle HLA A*0301 a druhý HLA A*0201. Haplotyp nesoucí A * 0301 (HLA A3-B7-DR15-DQ6) je popisován jako nejdelší známý multgenový haplotyp u lidí.

HLA A2-B7-DR15-DQ6

Přídavek haplotypu B7 :: DQ6 vytváří haplotyp A2-B7 :: DQ6. Tento haplotyp se často vyskytuje v severním Španělsku, Švýcarsku a Nizozemsku.

HLA A*0201Cw*0702 : B*0702 : DRB1*1501 : DQA1*0102 : DQB1*0602

HLA A3-B7-DR15-DQ6

HLA A3-B7 frekvence haplotypu
frekvencePořadí v
ref.Populace(%)Pop.
[1]švýcarský9.11
[2]Irsko8.6
[3]Rakousko7.41
[4]Severní Irsko6.51
[5]Holandsko6.6
[3]Belgie6.01
[3]švédský5.73
[6]Němec5.7
[3]polština4.9
[3]rumunština3.8
[3]Arménie3.7
[3]portugalština3.4
[3]britský3.4
[3]čeština3.1
[7]Svans2.7
[3]Albánie2.7
[8]Toskánská Itálie2.7
[3]španělština2.6
[3]Baskičtina2.5
[3]Itálie1.6
[3]řecký1.3
[9]Bulharsko1.1
1 Cw * 0702 (Evropa)

Geno-alelová reprezentace haplotypu je:

HLA A*0301Cw*0702 : B*0702 : DRB1*1501 : DQA1*0102 : DQB1*0602

Toto je nyní považováno za nejdelší z široce distribuovaných haplotypů předků, jeho délka je 4,8 milionu nukleotidů a sahá od genu TRIM27. . . Haplotyp je uzlový v Irsku, ale je také velmi častý ve Švýcarsku, má subnode na severním Španělsku na Pasiegos. V distribuci A3 :: DQ6 ve srovnání s A1 :: DQ2 existují určité odchylky v tom, že existuje větší zkreslení vůči střední a východní Evropě. Části haplotypu se šíří do východní Asie a objevují se dokonce i v indigonních populacích nového světa. Frekvence DR15: DQ6 vrcholí ve střední Asii a je podezření, že to může být bod euroasijského šíření na západ do Evropy.

I když s haplotypem jsou spojena některá onemocnění, frekvence asociace je ve srovnání s A1 :: B8 nižší.

Sdružení nemocí

Bylo zjištěno, že HLA B7-DR15-DQ6 má souvislost s postmenopauzou osteoporóza v řecký populace.[10]

Bylo zjištěno, že DR2 (15 nebo 16) -DQ6.2 se asociuje s (idiopatickým) narkolepsie -kataplexie [11] Hypokretin nedostatek ligandu v mozku a mozkomíšní mok je také odkaz na narkolepsii-kataplexii. DR15-DQ6 také ukazuje souvislost s faktory (včetně genetického faktoru na chromozom 12p 12) podílí se na rodině roztroušená skleróza[12][13] DR15-DQ6 je silně spojen s vývojem choroidálních neovaskulárních lézí u předpokládaných očních histoplazmóza syndrom.[14]

Haplotyp DR15-DQ6 může poskytovat určitou větší ochranu proti progresi HIV.[15] Haplotyp je však rizikovým faktorem rakovina děložního hrdla.[16]

Reference

  1. ^ Grundschober C, Sanchez-Mazas A, Excoffier L, Langaney A, Jeannet M, Tiercy J (1994). „Polymorfismus DNA HLA-DPB1 ve švýcarské populaci: vazebná nerovnováha s jinými lokusy HLA a genetickými afinitami populace“. Eur J Immunogenet. 21 (3): 143–57. doi:10.1111 / j.1744-313X.1994.tb00186.x. PMID  9098428.
  2. ^ Finch T, Lawlor E, Borton M, Barnes C, McNamara S, O'Riordan J, McCann S, Darke C (1997). „Distribuce genů a haplotypů HLA-A, B a DR v irské populaci“. Exp Clin Imunogenet. 14 (4): 250–63. PMID  9523161.
  3. ^ A b C d E F G h i j k l m n Sasazuki, Takehiko; Tsuji, Kimiyoshi; Aizawa, Miki (1992). HLA 1991: sborník z jedenáctého mezinárodního workshopu a konference o histokompatibilitě, který se konal v Jokohamě v Japonsku ve dnech 6. – 13. Listopadu 1991. Oxford [Oxfordshire]: Oxford University Press. ISBN  0-19-262390-7.
  4. ^ Middleton D, Williams F, Hamill M, Meenagh A (2000). "Frekvence alel HLA-B v populaci kavkazů stanovená dvoustupňovou strategií typizace PCR-SSOP". Hum Immunol. 61 (12): 1285–97. doi:10.1016 / S0198-8859 (00) 00186-5. PMID  11163085.
  5. ^ Schipper R, Schreuder G, D'Amaro J, Oudshoorn M (1996). "Frekvence genů a haplotypů HLA u nizozemských dárců krve". Tkáňové antigeny. 48 (5): 562–74. doi:10.1111 / j.1399-0039.1996.tb02670.x. PMID  8988539.
  6. ^ <Müller C, Ehninger G, Goldmann S (2003). „Frekvence genů a haplotypů pro lokusy hLA-A, hLA-B a hLA-DR založené na více než 13 000 německých dárcích krve“. Hum Immunol. 64 (1): 137–51. doi:10.1016 / S0198-8859 (02) 00706-1. PMID  12507825.
  7. ^ Sánchez-Velasco P, Leyva-Cobián F (2001). „Frekvence alel HLA třídy I a II studované na úrovni DNA u svanetské populace (horní Kavkaz) a jejich vztah k západoevropským populacím.“ Tkáňové antigeny. 58 (4): 223–33. doi:10.1034 / j.1399-0039.2001.580402.x. PMID  11782273.
  8. ^ Marroni F, Curcio M, Fornaciari S, Lapi S, Mariotti M, Scatena F, Presciuttini S (2004). „Mikrogeografická variace frekvencí haplotypů HLA-A, -B a -DR v Toskánsku v Itálii: důsledky pro nábor dárců kostní dřeně“. Tkáňové antigeny. 64 (4): 478–85. doi:10.1111 / j.1399-0039.2004.00292.x. PMID  15361126.
  9. ^ Ivanova M, Rozemuller E, Tyufekchiev N, Michailova A, Tilanus M, Naumova E (2002). „HLA polymorfismus u Bulharů definovaný metodami psaní s vysokým rozlišením ve srovnání s jinými populacemi“. Tkáňové antigeny. 60 (6): 496–504. doi:10.1034 / j.1399-0039.2002.600605.x. PMID  12542743.
  10. ^ Douroudis K, Tarassi K, Athanassiades T a kol. (Červen 2007). „Alely HLA jako predispoziční faktory pro postmenopauzální osteoporózu u řecké populace“. Tkáňové antigeny. 69 (6): 592–6. doi:10.1111 / j.1399-0039.2007.00833.x. PMID  17498269.
  11. ^ Nishino S, Kanbayashi T (srpen 2005). "Symptomatická narkolepsie, kataplexie a hypersomnie a jejich důsledky v systému hypotalamu hypocretin / orexin". Sleep Med Rev. 9 (4): 269–310. doi:10.1016 / j.smrv.2005.03.004. PMID  16006155.
  12. ^ Stickler M, Valdes AM, Gebel W a kol. (Leden 2004). „Haplotyp HLA-DR2 je spojen se zvýšenou proliferativní odpovědí na imunodominantní CD4 (+) T-buněčný epitop v lidském interferonu-beta“. Genes Immun. 5 (1): 1–7. doi:10.1038 / sj.gene.6364027. PMID  14735143.
  13. ^ Vitale E, Cook S, Sun R a kol. (Únor 2002). „Analýza propojení podmíněná stavem HLA ve velkém severoamerickém rodokmenu podporuje přítomnost lokusu náchylnosti k roztroušené skleróze na chromozomu 12p12“. Hučení. Mol. Genet. 11 (3): 295–300. doi:10,1093 / hmg / 11.3.295. PMID  11823448.
  14. ^ Dabil H, Kaplan HJ, Duffy BF, Phelan DL, Mohanakumar T, Jaramillo A (říjen 2003). „Sdružení haplotypu HLA-DR15 / HLA-DQ6 s vývojem choroidálních neovaskulárních lézí u syndromu předpokládané oční histoplazmózy“. Hučení. Immunol. 64 (10): 960–4. doi:10.1016 / S0198-8859 (03) 00175-7. PMID  14522093.
  15. ^ Vyakarnam A, Sidebottom D, Murad S a kol. (Květen 2004). „Držení alel lidského leukocytového antigenu DQ6 a rychlost poklesu T-buněk CD4 při infekci virem lidské imunodeficience-1“. Imunologie. 112 (1): 136–42. doi:10.1111 / j.1365-2567.2004.01848.x. PMC  1782463. PMID  15096192.
  16. ^ Ghaderi M, Wallin KL, Wiklund F a kol. (Srpen 2002). „Riziko invazivního karcinomu děložního hrdla spojené s polymorfními haplotypy HLA DR / DQ“. Int. J. Cancer. 100 (6): 698–701. doi:10.1002 / ijc.10551. PMID  12209609.