FAM76A - FAM76A
| FAM76A | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | FAM76A, rodina se sekvenční podobností 76 členů A | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | MGI: 2385211 HomoloGene: 27071 Genové karty: FAM76A | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 1: 27,73 - 27,76 Mb | Chr 4: 132,9 - 132,92 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
FAM76A je protein, který v Homo sapiens je kódován FAM76A gen.[5] Pozoruhodné strukturní charakteristiky FAM76A zahrnují 83 aminokyselin svinutá cívka doménu, stejně jako čtyř aminokyselinové poly-serinové kompoziční předpětí.[6] FAM76A je ve většině zachována strunatci ale v jiných se nenachází deuterostrom phlya jako např ostnokožci, hemichordata nebo xenacoelomorpha —Návrh, že FAM76A vznikl někdy po strunách v evoluční linii. FAM76A se navíc nenachází v houby, rostliny, archaea nebo bakterie.[7] Předpokládá se, že FAM76A se lokalizuje do jádro a může hrát roli v regulaci transkripce.[8]
Gen
Umístění
FAM76A se nachází na (+) vláknu krátkého ramene chromozom 1 (1p35.3), s genomovou sekvencí začínající na 27725979 a končící na 27762915. Kódující oblast je tvořena 3462 páry bází a je přeložena na 341 aminokyselin.[5][10]
Genové sousedství
Geny, které lemují FAM76A na telomerické straně, zahrnují IFI6, CHMP1AP1 a RPEP3, zatímco geny, které lemují FAM76A na centromerické straně, zahrnují STX12, PPP1R8 a L0C105376894.[5]
Běžné aliasy
v Caenorhabditis elegans, FAM76A se označuje jako K04F10.7.[11] Kromě toho nemá FAM76A žádné významné alternativní názvy.
mRNA
v Homo sapiens, FAM76A Gen produkuje 9 různých mRNA, z nichž 7 je alternativně sestřiženo a 2 z nich jsou nestříhané. Z alternativně sestřižených mRNA je izoforma 1 nejdelší variantou genu a je předmětem tohoto článku.[5]
Protein
Obecné vlastnosti
Molekulová hmotnost FAM76A je 38,4 kDa, což umožňuje tomuto proteinu difundovat jaderné póry.[12] Izoelektrický bod je 9,28. FAM76A nemá žádné významné kladné, záporné nebo smíšené klastry nábojů. Kromě toho FAM76A nemá žádné předpokládané hydrofobní nebo transmembránové segmenty, což naznačuje, že tento protein se nenachází v buněčné membráně.[13]
Složení
Aminokyselinové složení proteinu FAM76A ukázalo frekvence aminokyselin v rozmezí 1,5% od normálních lidských proteinů pro všechny kromě cysteinu, valinu a lysinu. Cystein a lysin mají vyšší frekvenci ve srovnání s normálními Homo sapiens bílkovina, zatímco valin má nižší frekvenci ve srovnání s normální Homo sapiens protein. Stejné rozdíly ve frekvenci aminokyselin lze pozorovat v ortologech FAM76A, jako jsou Gallus gallus (H. sapiens sekvenční identita 84%), Serinus canaria (H. sapiens sekvenční identita 77%) a Crassostrea gigas (H. sapiens sekvenční identita 57%).
Domény a motivy
Hledání konzervovaných domén NCBI identifikovalo necharakterizovaný konzervovaný protein (YqiK), který obsahuje doménu Band7 / PHB / SPFH, jejíž funkce není známa a je konzervována u různých druhů od lidí po bakterie.[10] v Homo sapiens, doména Band7 / PHB / SPFH sahá od aminokyselin 252-326. Molekulová hmotnost této domény je 8,9 kDa a má izoelektrický bod 9,23. Doména Band7 / PHB / SPFH nemá žádné frekvenční složení aminokyselin, které se liší od normálu Homo sapiens protein.[13] Tuto doménu ještě nelze přiřadit žádné nadrodině domén.
Sekundární struktura
Předpokládá se, že FAM76A bude mít pouze alfa helixy. Celkem je předpovídáno 17 alfa šroubovic, z nichž nejdelší obsahuje doménu Band7 / PHB / SPFH.[14] Z toho je v konzervovaných oblastech FAM76A umístěno pouze 8 alfa šroubovic (viz koncepční překlad).
Terciární / kvartérní struktura
FAM76A obsahuje doménu coiled-coil, která je umístěna v doméně Band7 / PHB / SPFH. Z I-TASSER nebyly předpovězeny žádné významné vazebné místa pro ligand ani aktivní místa.[15] Neexistují žádné důkazy, které by naznačovaly, že FAM76A interaguje s jinými proteiny za vzniku a kvartérní struktura.
Subcelulární lokalizace
Nástroj pro predikci subcelulární lokalizace proteinů, PSORT II, předpovídá, že FAM76A bude umístěn v jádře. Tato předpověď je pozorována v ortologech, jako je Gallus gallus a Callorhinchus milii.[16] Další důkazy o lokalizaci FAM76A do jádra jsou poskytnuty přítomností signálu lokalizace jádra.[8]
Výraz
Podle NCBI Geo Profile je FAM76A vyjádřen v Homo sapiens příštítná tělíska, lymfatická uzlina, jícen, a kostní dřeň tkáň. Vývojová stadia, kde je detekována exprese FAM76A, zahrnují embryoidní tělo, plod a dospělého.[17]
Atlas mozku
Atlas lidského mozku Allen předpovědi pro expresi FAM76A jsou uvedeny níže. Zdá se, že FAM76A má v rámci vyšší expresi mozková kůra a nižší výraz v částech souboru plazivý mozek tak jako pontine tegmentum (další podrobnosti viz tabulka výrazů).[18]
- Různé mozkové pohledy na expresi FAM76A v Homo sapiens - zelená představuje vysokou expresi, zatímco červená představuje nízkou expresi
Čelní pohled
Kaudální pohled
Sagitální pohled
| Mozková oblast | Funkce | Úroveň výrazu FAM76A |
|---|---|---|
| Čelní lalok | Plánování, organizování, řešení problémů, selektivní pozornost, osobnost a vyšší kognitivní funkce | Vysoký |
| Týlní lalok | Vizuální zpracování | Vysoký |
| Temporální lalok | Sluchové zpracování | Vysoký |
| Temenní lalok | Senzace, vnímání a integrace smyslového vstupu | Vysoký |
| Mozeček | Koordinace dobrovolných pohybů | Vysoký |
| Tvorba hipokampu | Paměť / prostorové kódování | Nízký |
| Pontine tegmentum | Senzorická a motorická funkce, ovládání spánkové fáze a vzrušení | Nízký |
| Myelencephalon jádro jádra | Přijímejte jemné dotyky a proprioceptivní informace z horní části těla | Nízký |
Experimentální data
Níže jsou uvedena vybraná data ze tří experimentů zahrnujících FAM76A. V jednom experimentu nadměrná exprese CLDN1 v buňkách plicního adenokarcinomu snížila expresi FAM76A.[19] V dalším experimentu bylo prokázáno, že buňky rakoviny prostaty necitlivé na androgen mají sníženou expresi FAM76A ve srovnání s buňkami citlivými na androgen.[20] Další experiment prokázal, že se ukázalo, že buňky oocytů metafáze II mají větší expresi FAM76A ve srovnání s kontrolními buňkami.[21]
- Vybraná geografická data NCBI
Úrovně FAM76A v H. sapiens buněčné linie plicního adenokarcinomu byly porovnány mezi kulturami, které měly claudin-1 (CLDN1) nadměrná exprese a kontrolní buňky
Vyjádření FAM76A v Homo sapiens androgenní senzitivní a necitlivé buněčné linie rakoviny prostaty
FAM76A výraz mezi H. sapiens oocyty metafáze II a kontrolní (skládající se ze směsi kosterního svalu, ledvin, plic, tlustého střeva, jater, sleziny, prsu, mozku, srdce a žaludku) buněčných linií
Regulace projevu
Posttranslační úpravy
Předpokládá se, že FAM76A podstoupí řadu posttranslačních modifikací. Posttranslační modifikace nalezené v konzervovaných oblastech zahrnují 7 fosforylačních míst, 2 sumoylační místa a 1 jaderný lokalizační signál.[22] Tyto modifikace naznačují, že FAM76A je lokalizován do jádra. Vizuální překlad výše uvedených úprav viz koncepční překlad.
- Koncepční překlad pro FAM76A
Konceptuální překladový klíč
Promotér
Program ElDorado společnosti Genomatrix předpovídá promotor pro FAM76A s názvem GXP_71042 a má 679 párů bází. Nachází se na chromozomu 1, začíná na 27725479 a končí na 27726157. GXP_71042 se překrývá se začátkem kódující sekvence FAM76A.[23] Na tento promotor se váže několik transkripčních faktorů. Mnoho transkripčních faktorů, které se vážou na promotorovou oblast FAM76A, má zacházení s funkcí krvinky, imunitní systém, a leukocyty —Může naznačovat, že FAM76A se podílí na imunitní funkci. Ukázalo by se také, že nejběžnější rodiny matic zahrnují zinkové prsty C2H2 a myeloidní zinkové prsty, což naznačuje, že tyto rodiny matic mohou být silně zapojeny do transkripce FAM76A.
Proteiny vázající RNA
Běžné proteiny vázající RNA v 3 ’UTR FAM76A zahrnují PABPC1, ELAVL1, a PUM2 —Každý s předpokládanou vazebnou frekvencí 32, 18 a 16krát.[24]
Interagující proteiny
Bylo zjištěno, že FAM76A má fyzickou interakci s ELAVL1. Interakce byla detekována imunoprecipitací podle Abdelmohsen et al., 2009.[25] ELAVL1 se podílí na regulaci genové exprese.
Homologie / evoluce
Paralogy
FAM76B je paralog FAM76A. Odhaduje se, že FAM76A a FAM76B se od sebe lišily kolem 17,5 MYA.[5] Strukturální podobnosti, které jsou zachovány mezi FAM76A / B, zahrnují doménu stočené cívky a polyserinové kompoziční zkreslení.[10] FAM76A a FAM76B vykazují vysokou expresi v tkáních, jako jsou lymfatické uzliny, plná krev, varlata, vaječníky, mozek, ledviny, játra a plíce.[26] FAM76B má přibližně 62% sekvenční identitu s FAM76A.[10]
Ortology
| Rod a druh | Běžné jméno | Datum odchylky (MYA) | Identita sekvence aminokyselin (%) |
| Homo sapiens | lidé | 0 | 100 |
| Macaca fascicularis | krab-jíst makak | 29.1 | 95 |
| Tarsius syrichta | Nártoun filipínský | 67.6 | 85 |
| Dipodomys ordii | Ordova klokaní krysa | 90.9 | 85 |
| Nannospalax galili | slepá krtka krysa | 90.9 | 88 |
| Gallus gallus | červená džungle | 320.5 | 84 |
| Nipponia nippon | chocholatý ibis | 320.5 | 83 |
| Egretta garzetta | volavka stříbřitá | 320.5 | 75 |
| Anolis carolinensis | Carolina Anole | 320.5 | 73 |
| Oryzias latipes | Japonská rýžová ryba | 429.6 | 59 |
| Callorhinchus milii | Australský ghostshark | 482.9 | 64 |
| Crassostrea gigas | tichomořská ústřice | 847 | 57 |
| Cryptosporidium parvum Iowa II | N / A | 1724.7 | 27 |
| Cryptosporidium hominis | N / A | 1724.7 | 26 |
Zde je zobrazena tabulka vybraného počtu ortologů pro Homo sapiens FAM76A. Tabulka obsahuje úzce, středně a vzdáleně související ortology. Ukazuje se, že savci mají větší podobnost, zatímco vodní obratlovci jako např actinopterygii /chondrichthyes mít menší podobnost. Ortology z Homo sapiens protein FAM76A jsou uvedeny výše v sestupném pořadí podle data divergence a poté podle sekvenční identity.
Vývoj
Zdá se, že FAM76A má ve srovnání s mírnou rychlost mutace fibrinogen (rychlá mutace) a cytochrom c (pomalá mutace).[7][27] To naznačuje, že FAM76A byl v průběhu evoluce alespoň do určité míry odolný vůči mutacím.
Klinický význam
Sdružení nemocí
FAM76A výraz je nejvyšší v nádory nadledvin, nádory jícnu a nádory měkké tkáně / svalové tkáně.[5][28] Ukázalo se, že zisk / ztráta počtu kopií FAM76A - spolu se sousedními geny - vytváří škodlivé fenotypy. V jedné kazuistice bylo prokázáno, že pacient s nárůstem počtu kopií od 1p36.11-34.2 měl vývojové zpoždění.[29] U dalšího pacienta, u kterého došlo k nárůstu počtu kopií z 1p36.1-35, došlo k podobnému zpoždění.[30] V jiné kazuistice se vyvinul pacient se ztrátou počtu kopií 1p35,3, přesnou lokalizací FAM76A makrocefalie.[30]
Zarovnání více sekvencí (MSA)
MSA, zobrazený níže a generovaný pomocí Biology Workbench CLUSTALW, uspořádá ortology podle prvního písmene rodu a poté prvních dvou písmen druhů.[13] Existují 3 domény, které jsou v ortologech vysoce konzervované. Dvě z těchto domén mají neznámou funkci, zatímco třetí doména je doména coiled-coil. Zachování těchto regionů lze vysledovat až k Cryptosporidium parvum Iowa II, který se lišil od Homo sapiens 1724,7 MYA. Konzervovaná oblast 1 obsahuje převážně polární aminokyseliny; konzervovaná oblast 2 obsahuje polární i nepolární aminokyseliny; a doména coiled-coil obsahuje většinou polární aminokyseliny.
- Vzdálené ortologové vícenásobné seřazení sekvence FAM76A
Fialová = Podobná chemie aminokyselin
Modrá = stejná aminokyselina
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000009780 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání Ensembl 89: ENSMUSG00000028878 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b C d E F "Rodina FAM76A se sekvenční podobností 76 členů A [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2016-02-08.
- ^ „Vstup Uniprot FAM76A“.
- ^ A b "NCBI BLAST".
- ^ A b „Mapovač NLS“.
- ^ „Vstup genů NCBI FAM76A“.
- ^ A b C d "protein FAM76A izoforma 1 [Homo sapiens] - protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2016-02-08.
- ^ „Profil Wormbase K04F10.7“.
- ^ Mahajan R, Delphin C, Guan T, Gerace L, Melchior F (leden 1997). „Malý polypeptid související s ubikvitinem zapojený do cílení RanGAP1 na protein komplexu jaderných pórů RanBP2“. Buňka. 88 (1): 97–107. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 81862-0. PMID 9019411.
- ^ A b C „SDSC Biology Workbench“. workbench.sdsc.edu. Citováno 2016-02-28.
- ^ „Phyre2“.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ „I-TASSER Protein Structure & Function Predictions“.
- ^ „Predikce PSORT II“.
- ^ „Geografický profil NCBI“.
- ^ "Atlas mozku Allen FAM76A".
- ^ Chao YC, Pan SH, Yang SC, Yu SL, Che TF, Lin CW, Tsai MS, Chang GC, Wu CH, Wu YY, Lee YC, Hong TM, Yang PC (leden 2009). „Claudin-1 je látka potlačující metastázy a koreluje s klinickým výsledkem u plicního adenokarcinomu.“ American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. 179 (2): 123–33. doi:10,1164 / rccm. 200803-456OC. PMID 18787218.
- ^ Zhao H, Kim Y, Wang P, Lapointe J, Tibshirani R, Pollack JR, Brooks JD (květen 2005). „Charakterizace variací genové exprese a změny počtu kopií DNA v buněčných liniích rakoviny prostaty v celém genomu“. Prostata. 63 (2): 187–97. doi:10. 1002 / pros. 20158. PMID 15486987.
- ^ Kocabas AM, Crosby J, Ross PJ, Otu HH, Beyhan Z, Can H, Tam WL, Rosa GJ, Halgren RG, Lim B, Fernandez E, Cibelli JB (září 2006). „Transkriptom lidských oocytů“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 103 (38): 14027–32. doi:10.1073 / pnas.0603227103. PMC 1599906. PMID 16968779.
- ^ „Posttranslační úpravy ExPasy“.
- ^ „Genomatrix ElDorado“.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ „RBPDP: Databáze specificit proteinů vázajících RNA“.
- ^ Abdelmohsen K, Srikantan S, Yang X, Lal A, Kim HH, Kuwano Y, Galban S, Becker KG, Kamara D, de Cabo R, Gorospe M (květen 2009). „Ubiquitinem zprostředkovaná proteolýza HuR tepelným šokem“. Časopis EMBO. 28 (9): 1271–82. doi:10.1038 / emboj.2009.67. PMC 2683047. PMID 19322201.
- ^ "NCBI AceView".
- ^ "Time Tree".
- ^ „Genové karty FAM76A“.
- ^ Miller DT, Adam MP, Aradhya S, Biesecker LG, Brothman AR, Carter NP, Church DM, Crolla JA, Eichler EE, Epstein CJ, Faucett WA, Feuk L, Friedman JM, Hamosh A, Jackson L, Kaminsky EB, Kok K , Krantz ID, Kuhn RM, Lee C, Ostell JM, Rosenberg C, Scherer SW, Spinner NB, Stavropoulos DJ, Tepperberg JH, Thorland EC, Vermeesch JR, Wagoner DJ, Watson MS, Martin CL, Ledbetter DH (květen 2010). „Prohlášení o shodě: chromozomální microarray je klinický diagnostický test první úrovně pro jednotlivce s vývojovými vadami nebo vrozenými anomáliemi.“. American Journal of Human Genetics. 86 (5): 749–64. doi:10.1016 / j.ajhg.2010.04.006. PMC 2869000. PMID 20466091.
- ^ A b Kaminsky EB, Kaul V, Paschall J, Church DM, Bunke B, Kunig D, Moreno-De-Luca D, Moreno-De-Luca A, Mulle JG, Warren ST, Richard G, Compton JG, Fuller AE, Gliem TJ, Huang S, Collinson MN, Beal SJ, Ackley T, Pickering DL, Golden DM, Aston E, Whitby H, Shetty S, Rossi MR, Rudd MK, South ST, Brothman AR, Sanger WG, Iyer RK, Crolla JA, Thorland EC , Aradhya S, Ledbetter DH, Martin CL (září 2011). „Přístup založený na důkazech ke stanovení funkčního a klinického významu variant počtu kopií u mentálních a vývojových postižení“. Genetika v medicíně. 13 (9): 777–84. doi:10.1097 / GIM.0b013e31822c79f9. PMC 3661946. PMID 21844811.
Další čtení
- Abdelmohsen K, Srikantan S, Yang X, Lal A, Kim HH, Kuwano Y, Galban S, Becker KG, Kamara D, de Cabo R, Gorospe M (květen 2009). "Ubiquitinem zprostředkovaná proteolýza HuR tepelným šokem". Časopis EMBO. 28 (9): 1271–82. doi:10.1038 / emboj.2009.67. PMC 2683047. PMID 19322201.
- Kocabas AM, Crosby J, Ross PJ, Otu HH, Beyhan Z, Can H, Tam WL, Rosa GJ, Halgren RG, Lim B, Fernandez E, Cibelli JB (září 2006). „Transkriptom lidských oocytů“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 103 (38): 14027–32. doi:10.1073 / pnas.0603227103. PMC 1599906. PMID 16968779.