PABPC1 - PABPC1 - Wikipedia

PABPC1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1CVJ, 1G9L, 1JGN, 1JH4, 2K8G, 2RQG, 2RQH, 2X04, 3KTP, 3 KTR, 3KUI, 3KUJ, 3 KUR, 3KUS, 3KUT, 3PKN, 3PTH, 4F02, 4F25, 4F26, 5DX1, 5DXA, 5DX8, 2D9P
Identifikátory
Aliasy	PABPC1, PAB1, PABP, PABP1, PABPC2, PABPL1, poly (A) vázající protein cytoplazmatický 1
Externí ID	OMIM: 604679 MGI: 1349722 HomoloGene: 37638 Genové karty: PABPC1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 8 (lidský)
Konec	100,722,809 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 15 (myš)
Konec	36,609,668 bp
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleové kyseliny; • vazba na C-konec proteinu; • aktivita aktivátoru překladu; • poly (U) RNA vazba; • poly (A) vazba; • mRNA 3'-UTR vazba; • Vazba RNA; • mRNA vazba;
Buněčná složka	• ohnisková adheze; • katalytický krok 2 spliceosom; • Stresová granule; • cytoplazma; • cytoplazmatická ribonukleoproteinová granule; • spliceosomální komplex; • membrána; • extracelulární exosom; • buněčné jádro; • cytosol; • dendrit; • ribonukleoproteinová granule; • synapse; • messenger ribonukleoproteinový komplex; • ribonukleoprotein;
Biologický proces	• nukleárně transkribovaný katabolický proces mRNA, nesmysl zprostředkovaný rozpad; • stabilizace mRNA; • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • regulace stability mRNA; • Sestřih RNA; • mRNA polyadenylace; • Zpracování mRNA; • zkrácení ocasu nukleární transkribované mRNA poly (A); • pozitivní regulace replikace virového genomu; • překladová iniciace; • negativní regulace jaderně transkribovaného mRNA katabolického procesu, nesmysl zprostředkovaný rozpad; • pozitivní regulace překladu; • umlčování genů pomocí RNA; • pozitivní regulace zkrácení ocasu mRNA poly (A) transkripce nukleární energie; • pozitivní regulace jaderně transkribovaného katabolického procesu mRNA, rozpad závislý na deadenylaci;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	26986
	18458
	ENSG00000070756
	ENSMUSG00000022283
	P11940
	P29341
	NM_002568
	NM_008774
	NP_002559
	NP_032800
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Protein vázající polyadenylát 1 je protein že u lidí je kódován PABPC1 gen.^[5] Protein PABP1 váže mRNA a usnadňuje řadu funkcí, jako je transport z jádra, degradace, translace a stabilita. Existují dva samostatné proteiny PABP1, jeden se nachází v jádře (PABPN1) a druhý, který se nachází v cytoplazmě (PABPC1). Umístění PABP1 ovlivňuje roli tohoto proteinu a jeho funkci s RNA.^[6]

Funkce

Poly (A) vázající protein (PAB nebo PABP), u kterého je zjištěno, že je v komplexu s 3 'poly (A) ocasem eukaryotické mRNA, je nutný pro zkrácení poly (A) a zahájení translace. U lidí PABP obsahují malou jadernou izoformu a konzervovanou genovou rodinu jiných proteiny vázající poly (A). [dodává OMIM]^[7]

PABPC1 je obvykle rozptýlen v cytoplazmě a koncentruje se na místech s vysokou koncentrací mRNA, jako jsou stresové granule, zpracovatelská těla a místa s vysokou translační aktivitou. PABPC1 je také spojován s nesmyslem zprostředkovaným rozpadem mRNA (NMD). PABPC1 se váže na poly (A) ocas a interaguje s eIF4G, což stabilizuje cirkularizaci mRNA. Tato struktura je nutná pro prevenci degradace mRNA prostřednictvím NMD.^[8]

V jádru se PABP1 váže na poly (A) ocasy pre-mRNA, aby se usnadnila stabilita, export, transport a degradace. Vazba PABP1 je také nutná pro jadernou degradaci. PABPC1 obsahuje čtyři RNA-rozpoznávací motivy (RRM). První dva, RRM1 a RRM2, vážou jak a-importin, tak poly (A) konec zpracované mRNA. Tato funkce brání mRNA v návratu zpět do jádra.^[6]

Interakce

PABPC1 bylo prokázáno komunikovat s:

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000070756 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000022283 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Grange T, de Sa CM, Oddos J, Pictet R (červen 1987). "Lidský mRNA polyadenylát vázající protein: evoluční zachování motivu vázajícího nukleovou kyselinu". Výzkum nukleových kyselin. 15 (12): 4771–87. doi:10.1093 / nar / 15.12.4771. PMC 305917. PMID 2885805.
^ ^A ^b Gray NK, Hrabálková L, Scanlon JP, Smith RW (prosinec 2015). „Poly (A)-vázající proteiny a mRNA lokalizace: kdo vládne hřadu?“. Transakce s biochemickou společností. 43 (6): 1277–84. doi:10.1042 / BST20150171. PMID 26614673.
^ „Entrez Gene: PABPC1 poly (A) binding protein, cytoplasmic 1“.
^ Fatscher T, Boehm V, Weiche B, Gehring NH (říjen 2014). „Interakce cytoplazmatického proteinu vázajícího poly (A) s eukaryotickým iniciačním faktorem 4G potlačuje nesmyslně zprostředkovaný rozpad mRNA“. RNA. 20 (10): 1579–92. doi:10.1261 / rna.044933.114. PMC 4174440. PMID 25147240.
^ Koloteva-Levine N, Pinchasi D, Pereman I, Zur A, Brandeis M, Elroy-Stein O (květen 2004). „Apc5 podjednotka komplexu / cyklosomu podporujícího anafázu interaguje s proteinem vázajícím poly (A) a potlačuje překlad zprostředkovaný vstupním místem ribozomu na místě“. Molekulární a buněčná biologie. 24 (9): 3577–87. doi:10.1128 / mcb.24.9.3577-3587.2004. PMC 387753. PMID 15082755.
^ Funakoshi Y, Doi Y, Hosoda N, Uchida N, Osawa M, Shimada I, Tsujimoto M, Suzuki T, Katada T, Hoshino S (prosinec 2007). "Mechanismus mRNA deadenylace: důkazy molekulární souhry mezi faktorem ukončení translace eRF3 a mRNA deadenylasami". Geny a vývoj. 21 (23): 3135–48. doi:10.1101 / gad.1597707. PMC 2081979. PMID 18056425.
^ ^A ^b Imataka H, Gradi A, Sonenberg N (prosinec 1998). „Nově identifikovaná N-koncová aminokyselinová sekvence lidského eIF4G váže protein vázající poly (A) a funguje v translaci závislé na poly (A)“. Časopis EMBO. 17 (24): 7480–9. doi:10.1093 / emboj / 17.24.7480. PMC 1171091. PMID 9857202.
^ Hoshino S, Imai M, Kobayashi T, Uchida N, Katada T (červen 1999). "Faktor uvolňující eukaryotický polypeptidový řetězec (eRF3 / GSPT) nesoucí translační terminační signál na 3'-Poly (A) konec mRNA. Přímá asociace erf3 / GSPT s proteinem vázajícím polyadenylát". The Journal of Biological Chemistry. 274 (24): 16677–80. doi:10.1074 / jbc.274.24.16677. PMID 10358005.
^ Roy G, De Crescenzo G, Khaleghpour K, Kahvejian A, O'Connor-McCourt M, Sonenberg N (červen 2002). „Paip1 interaguje s poly (A) vazebným proteinem prostřednictvím dvou nezávislých vazebných motivů“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (11): 3769–82. doi:10.1128 / mcb.22.11.3769-3782.2002. PMC 133836. PMID 11997512.
^ Craig AW, Haghighat A, Yu AT, Sonenberg N (duben 1998). „Interakce proteinu vázajícího polyadenylát s homologem PAIP eIF4G zvyšuje translaci“. Příroda. 392 (6675): 520–3. doi:10.1038/33198. PMID 9548260. S2CID 10891925.
^ Khaleghpour K, Kahvejian A, De Crescenzo G, Roy G, Svitkin YV, Imataka H, O'Connor-McCourt M, Sonenberg N (srpen 2001). "Duální interakce translačního represoru Paip2 s poly (A) vazebným proteinem". Molekulární a buněčná biologie. 21 (15): 5200–13. doi:10.1128 / MCB.21.15.5200-5213.2001. PMC 87244. PMID 11438674.

Další čtení

Görlach M, Burd CG, Dreyfuss G (duben 1994). „MRNA poly (A)-binding protein: localization, abundance, and RNA-binding specificity“. Experimentální výzkum buněk. 211 (2): 400–7. doi:10.1006 / excr.1994.1104. PMID 7908267.
Campbell LH, Borg KT, Haines JK, Moon RT, Schoenberg DR, Arrigo SJ (září 1994). „Virus lidské imunodeficience typu 1 Rev je vyžadován in vivo pro vazbu proteinu vázajícího poly (A) na RNA závislé na Rev“. Journal of Virology. 68 (9): 5433–8. doi:10.1128 / jvi.68.9.5433-5438.1994. PMC 236943. PMID 8057425.
Huang Y, Carmichael GG (duben 1996). "Role polyadenylace v nukleocytoplazmatickém transportu mRNA". Molekulární a buněčná biologie. 16 (4): 1534–42. doi:10,1128 / mcb.16.4.1534. PMC 231138. PMID 8657127.
Craig AW, Haghighat A, Yu AT, Sonenberg N (duben 1998). „Interakce proteinu vázajícího polyadenylát s homologem PAIP eIF4G zvyšuje translaci“. Příroda. 392 (6675): 520–3. doi:10.1038/33198. PMID 9548260. S2CID 10891925.
Afonina E, Stauber R, Pavlakis GN (květen 1998). „Lidský poly (A) vázající protein 1 kyvadlová doprava mezi jádrem a cytoplazmou“. The Journal of Biological Chemistry. 273 (21): 13015–21. doi:10.1074 / jbc.273.21.13015. PMID 9582337.
Imataka H, Gradi A, Sonenberg N (prosinec 1998). „Nově identifikovaná N-koncová aminokyselinová sekvence lidského eIF4G váže protein vázající poly (A) a funguje v translaci závislé na poly (A)“. Časopis EMBO. 17 (24): 7480–9. doi:10.1093 / emboj / 17.24.7480. PMC 1171091. PMID 9857202.
Hornstein E, Git A, Braunstein I, Avni D, Meyuhas O (leden 1999). „Exprese genu proteinu vázajícího poly (A) je translačně regulována způsobem závislým na růstu prostřednictvím motivu 5'-terminálního oligopyrimidinu.. The Journal of Biological Chemistry. 274 (3): 1708–14. doi:10.1074 / jbc.274.3.1708. PMID 9880551.
Laroia G, Cuesta R, Brewer G, Schneider RJ (duben 1999). "Řízení rozpadu mRNA cestou tepelného šoku - ubikvitin - proteazom". Věda. 284 (5413): 499–502. doi:10.1126 / science.284.5413.499. PMID 10205060.
Hoshino S, Imai M, Kobayashi T, Uchida N, Katada T (červen 1999). "Faktor uvolňující eukaryotický polypeptidový řetězec (eRF3 / GSPT) nesoucí translační terminační signál na 3'-Poly (A) konec mRNA. Přímá asociace erf3 / GSPT s proteinem vázajícím polyadenylát". The Journal of Biological Chemistry. 274 (24): 16677–80. doi:10.1074 / jbc.274.24.16677. PMID 10358005.
Deo RC, Bonanno JB, Sonenberg N, Burley SK (září 1999). "Rozpoznání polyadenylátové RNA proteinem vázajícím poly (A)". Buňka. 98 (6): 835–45. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 81517-2. PMID 10499800. S2CID 16247357.
Féral C, Mattéi MG, Pawlak A, Guellaën G (říjen 1999). „Chromozomální lokalizace tří lidských proteinových genů vázajících poly (A) a čtyř příbuzných pseudogenů“. Genetika člověka. 105 (4): 347–53. doi:10,1007 / s004390051113. PMC 1865476. PMID 10543404.
Grosset C, Chen CY, Xu N, Sonenberg N, Jacquemin-Sablon H, Shyu AB (září 2000). „Mechanismus translačně vázaného obratu mRNA: interakce mezi poly (A) ocasem a determinantem kódujícím c-fos RNA prostřednictvím proteinového komplexu“. Buňka. 103 (1): 29–40. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 00102-1. PMID 11051545. S2CID 18135412.
Khaleghpour K, Svitkin YV, Craig AW, DeMaria CT, Deo RC, Burley SK, Sonenberg N (leden 2001). „Translační represe novým partnerem lidského proteinu vázajícího poly (A), Paip2“. Molekulární buňka. 7 (1): 205–16. doi:10.1016 / S1097-2765 (01) 00168-X. PMID 11172725.
Bushell M, Wood W, Carpenter G, Pain VM, Morley SJ, Clemens MJ (červen 2001). „Narušení interakce eukaryotického iniciačního faktoru 4B syntézy proteinů savců s proteinem vázajícím poly (A) štěpením zprostředkovaným kaspázou a virovou proteázou“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (26): 23922–8. doi:10,1074 / jbc.M100384200. PMID 11274152.
Féral C, Guellaën G, Pawlak A (květen 2001). "Lidský varle exprimuje specifický protein vázající poly (A)". Výzkum nukleových kyselin. 29 (9): 1872–83. doi:10.1093 / nar / 29.9.1872. PMC 37253. PMID 11328870.
Khaleghpour K, Kahvejian A, De Crescenzo G, Roy G, Svitkin YV, Imataka H, O'Connor-McCourt M, Sonenberg N (srpen 2001). "Duální interakce translačního represoru Paip2 s poly (A) vazebným proteinem". Molekulární a buněčná biologie. 21 (15): 5200–13. doi:10.1128 / MCB.21.15.5200-5213.2001. PMC 87244. PMID 11438674.
Woods AJ, Roberts MS, Choudhary J, Barry ST, Mazaki Y, Sabe H, Morley SJ, Critchley DR, Norman JC (únor 2002). „Paxillin se asociuje s proteinem vázajícím poly (A) na hustém endoplazmatickém retikulu a na přední hraně migrujících buněk“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (8): 6428–37. doi:10,1074 / jbc.M109446200. PMID 11704675.
Lee J, Bedford MT (březen 2002). „PABP1 identifikován jako substrát arginin methyltransferázy pomocí proteinových polí s vysokou hustotou“. Zprávy EMBO. 3 (3): 268–73. doi:10.1093 / embo-reports / kvf052. PMC 1084016. PMID 11850402.
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR, Grigorieff N, Moore MJ (duben 2002). „Čištění a charakterizace nativních spliceosomů vhodných pro trojrozměrnou strukturní analýzu“. RNA. 8 (4): 426–39. doi:10.1017 / S1355838202021088. PMC 1370266. PMID 11991638.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000070756 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000022283 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid2885805-5] Grange T, de Sa CM, Oddos J, Pictet R (červen 1987). "Lidský mRNA polyadenylát vázající protein: evoluční zachování motivu vázajícího nukleovou kyselinu". Výzkum nukleových kyselin. 15 (12): 4771–87. doi:10.1093 / nar / 15.12.4771. PMC 305917. PMID 2885805.

[Gray_2015-6] A ^b Gray NK, Hrabálková L, Scanlon JP, Smith RW (prosinec 2015). „Poly (A)-vázající proteiny a mRNA lokalizace: kdo vládne hřadu?“. Transakce s biochemickou společností. 43 (6): 1277–84. doi:10.1042 / BST20150171. PMID 26614673.

[entrez-7] „Entrez Gene: PABPC1 poly (A) binding protein, cytoplasmic 1“.

[8] Fatscher T, Boehm V, Weiche B, Gehring NH (říjen 2014). „Interakce cytoplazmatického proteinu vázajícího poly (A) s eukaryotickým iniciačním faktorem 4G potlačuje nesmyslně zprostředkovaný rozpad mRNA“. RNA. 20 (10): 1579–92. doi:10.1261 / rna.044933.114. PMC 4174440. PMID 25147240.

[pmid15082755-9] Koloteva-Levine N, Pinchasi D, Pereman I, Zur A, Brandeis M, Elroy-Stein O (květen 2004). „Apc5 podjednotka komplexu / cyklosomu podporujícího anafázu interaguje s proteinem vázajícím poly (A) a potlačuje překlad zprostředkovaný vstupním místem ribozomu na místě“. Molekulární a buněčná biologie. 24 (9): 3577–87. doi:10.1128 / mcb.24.9.3577-3587.2004. PMC 387753. PMID 15082755.

[pmid18056425-10] Funakoshi Y, Doi Y, Hosoda N, Uchida N, Osawa M, Shimada I, Tsujimoto M, Suzuki T, Katada T, Hoshino S (prosinec 2007). "Mechanismus mRNA deadenylace: důkazy molekulární souhry mezi faktorem ukončení translace eRF3 a mRNA deadenylasami". Geny a vývoj. 21 (23): 3135–48. doi:10.1101 / gad.1597707. PMC 2081979. PMID 18056425.

[pmid9857202-11] A ^b Imataka H, Gradi A, Sonenberg N (prosinec 1998). „Nově identifikovaná N-koncová aminokyselinová sekvence lidského eIF4G váže protein vázající poly (A) a funguje v translaci závislé na poly (A)“. Časopis EMBO. 17 (24): 7480–9. doi:10.1093 / emboj / 17.24.7480. PMC 1171091. PMID 9857202.

[pmid10358005-12] Hoshino S, Imai M, Kobayashi T, Uchida N, Katada T (červen 1999). "Faktor uvolňující eukaryotický polypeptidový řetězec (eRF3 / GSPT) nesoucí translační terminační signál na 3'-Poly (A) konec mRNA. Přímá asociace erf3 / GSPT s proteinem vázajícím polyadenylát". The Journal of Biological Chemistry. 274 (24): 16677–80. doi:10.1074 / jbc.274.24.16677. PMID 10358005.

[pmid11997512-13] Roy G, De Crescenzo G, Khaleghpour K, Kahvejian A, O'Connor-McCourt M, Sonenberg N (červen 2002). „Paip1 interaguje s poly (A) vazebným proteinem prostřednictvím dvou nezávislých vazebných motivů“. Molekulární a buněčná biologie. 22 (11): 3769–82. doi:10.1128 / mcb.22.11.3769-3782.2002. PMC 133836. PMID 11997512.

[pmid9548260-14] Craig AW, Haghighat A, Yu AT, Sonenberg N (duben 1998). „Interakce proteinu vázajícího polyadenylát s homologem PAIP eIF4G zvyšuje translaci“. Příroda. 392 (6675): 520–3. doi:10.1038/33198. PMID 9548260. S2CID 10891925.

[pmid11438674-15] Khaleghpour K, Kahvejian A, De Crescenzo G, Roy G, Svitkin YV, Imataka H, O'Connor-McCourt M, Sonenberg N (srpen 2001). "Duální interakce translačního represoru Paip2 s poly (A) vazebným proteinem". Molekulární a buněčná biologie. 21 (15): 5200–13. doi:10.1128 / MCB.21.15.5200-5213.2001. PMC 87244. PMID 11438674.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]