FAM63A - FAM63A

MINDY1
Dostupné struktury PDB Hledání ortologu: PDBe RCSB Seznam id kódů PDB 5JKN, 5JQS
Identifikátory
Aliasy	MINDY1, FAM63A, MINDY lysin 48 deubikvitináza 1, MINDY-1
Externí ID	OMIM: 618407 MGI: 1922257 HomoloGene: 32409 Genové karty: MINDY1
Umístění genu (člověk) Chr. Chromozom 1 (lidský)[1] Kapela 1q21.3 Start 150,996,086 bp[1] Konec 151,008,375 bp[1]
Umístění genu (myš) Chr. Chromozom 3 (myš)[2] Kapela 3 | 3 F2.1 Start 95,281,345 bp[2] Konec 95,296,166 bp[2]
Genová ontologie Molekulární funkce • GO: 0001948 vazba na proteiny • aktivita karboxypeptidázy cysteinového typu • thiol-závislá ubiquitin-specifická proteázová aktivita • aktivita peptidázy • aktivita peptidázy cysteinového typu • aktivita hydrolázy • Lys48 specifická deubiquitinázová aktivita • Vazba proteinu závislá na modifikaci polyubikvitinu závislá na modifikaci Buněčná složka • buněčné jádro • nukleoplazma • jaderné těleso • cytosol Biologický proces • deubikvitinace spojená s proteinem K48 • proteolýza • biologický proces Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
Druh	Člověk	Myš
Entrez	55793	75007
Ensembl	ENSG00000143409	ENSMUSG00000038712
UniProt	Q8N5J2	Q76LS9
RefSeq (mRNA)	NM_001040217 NM_001163258 NM_001163259 NM_001163260 NM_018379 NM_001319998 NM_001376664 NM_001376665 NM_001376666 NM_001376667 NM_001376668 NM_001376669 NM_001376670 NM_001376671 NM_001376672 NM_001376673 NM_001376674	NM_133858 NM_199475
RefSeq (protein)	NP_001035307 NP_001156730 NP_001156731 NP_001156732 NP_001306927 NP_060849 NP_001363593 NP_001363594 NP_001363595 NP_001363596 NP_001363597 NP_001363598 NP_001363599 NP_001363600 NP_001363601 NP_001363602 NP_001363603	NP_598619 NP_955769
Místo (UCSC)	Chr 1: 151 - 151,01 Mb	Chr 3: 95,28 - 95,3 Mb
PubMed Vyhledávání	[3]	[4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověka Zobrazit / upravit myš

Rodina se sekvenční podobností 63, člen A je protein který je u lidí kódován FAM63A gen. Nachází se na minusovém řetězci chromozomu 1 v lokusu 1q21.3.^[5]

Evolučně FAM63A ortology se nacházejí ve většině obratlovců a vzdálené homology FAM63A najdete v bezobratlých.^[6] FAM63A je všudypřítomně exprimován v lidských tkáních a je přítomen v každé fázi vývoje.^[7]

Bylo spojeno s a biomarker v Chronické onemocnění ledvin a Alzheimerova choroba.^[8]

Gen

Místo

FAM63A se nachází na záporném řetězci chromozom 1 v pásmu 1q21,3, překlenující 11 829 bp. Mezi další geny obklopující FAM63A patří ANXA9 a Prune.^[9]

Aliasy

FAM63A má dva aliasy KIAA1390 a PR11-316M1.5.^[10]

mRNA

Primární struktura

U lidí existují čtyři izoformy FAM63A a existuje 10 předpokládaných izoforem. Izoforma 1 FAM63A má molekulovou hmotnost 51,8 kilodaltonů a obsahuje 11 exony.^[11][12] Různé izoformy mají tendenci se lišit na 5 'nebo 3' konci zkrácením. Přepis produkuje 23 introny, 14 sestřižených variant a 6 nestříhaných forem.^[13]

Protein

Vícenásobné seřazení sekvencí DUF prokazující zachování napříč ortology. Tmavě modrá označuje úplnou konzervaci, růžové identické zbytky a světle modrá chemická podobnost

Toto je 3D zobrazení pravděpodobné sekundární struktury FAM63A.

Domény a motivy

FAM63A obsahuje a doména neznámé funkce (544 DUF). DUF544 obsahuje 125 aminokyseliny, běží od Met143 do Thr267.^[14] I když to není úplně konzervované, tato doména je vysoce konzervovaná napříč obratlovců, bezobratlých, a rostliny.^[15] FAM63A neobsahuje a transmembránová doména, a nachází se především v jaderný regiony buňka.^[16]

Dvě opakování po čtyřech glutaminy jsou patrné z aminokyseliny 400-403 a z aminokyseliny 426-429, což vede ke zvýšenému složení glutaminu na C-konec.

Složení

FAM63A se skládá z 469 aminokyseliny.^[17] Je zde větší přítomnost glutamin nalezen poblíž C konec čímž je FAM63A bohatý na glutamin. FAM63A obsahuje větší množství negativně nabitých (kyselých) aminokyselin než pozitivně nabitých (zásaditých) aminokyselin, což z FAM63A dělá mírně kyselý protein. Kyselé aminokyseliny jako např kyselina asparagová a kyselina glutamová jsou častější než základní aminokyseliny, jako jsou lysin a arginin. Toto celkové kyselé složení dává kyselině FAM63A izoelektrický bod 4.6.^[18]

Posttranslační úpravy

FAM63A obsahuje 25 fosforylace stránky u lidí, včetně 12 serin, 10 threonin a 3 tyrosin. Kromě toho existuje 5 N-myristoylace stránky, a tam je 1 prenylace stránky. FAM63A obsahuje č glykosylace weby, transmembránové domény nebo signální peptidy.^[19]

Toto je vyobrazení posttranslačních modifikací v FAM63A.

Sekundární struktura

The sekundární struktura pro FAM63A nebyl výslovně určen. Existují však předpovědi možné sekundární struktury. Tady je doména coiled-coil na konci proteinu a v předpokládané sekundární struktuře je alfa šroubovice mezi aminokyselinami 410 a 436. Tato šroubovice je konzervována ve vzdálenějších ortologech FAM63A. Tato data se navzájem podporují a poskytují spolehlivou předpověď sekundární struktury.^[20]

Interagující proteiny

Následující geny mít interakce s FAM63A: GSPT2, NAA38, RNMT, CSNIK1G2, ACOX1, PSMC1, SLC25A37, MMS19, DIAPH1, ME1, GAPDH, UBC. ^[21]Po provedení a kvasnicový dvouhybrid obrazovce, bylo zjištěno, že NAA38 a FAM63A interagují.^[22]

Homologie / evoluce

Ve FAM63A je jich několik aminokyseliny které jsou ve všech zachovány obratlovců pro které sekvence jsou k dispozici. Gly239 je jediný aminokyselina to je ve všech zachováno obratlovců, bezobratlých, a rostliny pro které sekvence jsou k dispozici. Protože je jen jeden aminokyselina to je absolutně konzervované, možná funkce pro konzervované Glycin nebyl odvozen. 25 aminokyselina sekvence v rozmezí od Val313 do Gly338 je nejvíce konzervovaná ze všech obratlovců, bezobratlých, a rostliny pro které sekvence jsou k dispozici. Ačkoli sekvence není absolutně konzervovaná, je velmi vysoce konzervovaná, dokonce i v těch nejvzdálenějších příbuzných organizmech houby a rostliny.

Ortology

The protein FAM63A má několik přísných ortology. Tyto přísné ortology se nacházejí v organismech od Primáti na Ryba.^[23]

FAM63A se časem vyvíjel relativně mírnou rychlostí.

To ukazuje zachování proteinu během evoluce. FAM63A se vyvinul střední rychlostí ve srovnání s cytochromem c (rychlý) a fibrinogenem (pomalý).

Paralogy

The protein FAM63A má jen jeden známý paralog: FAM63B. Předpokládá se, že FAM63B má v buňce molekulární funkci.^[24] Všechny obratlovců pro které jsou k dispozici sekvence, mají dvě kopie genu FAM63, A i B. FAM63A a FAM63B pravděpodobně rozděleno asi před 666 miliony let, jako nejbližší příbuzný Homo sapiens obsahující pouze jeden FAM63 je a tasemnice, který se rozcházel před 666 miliony let.^[25]

Výraz

Promotér

Oblast promotoru obsahuje řadu transkripční faktory.^[26] Mezi osoby s vysokým skóre patří estrogenní odezvové prvky, TATA boxy, glukokotikoidové odezvové prvky a vazebné proteiny Ccaat / enchancer. Experimentální data ukazují, že výraz FAM63A klesá, když estrogenový receptor není přítomen, což naznačuje, že prvky estrogenové odpovědi mohou sloužit jako důležitý promotorový regulační mechanismus pro tento protein.^[27]

Exprese proteinů

FAM63A je protein, který je všudypřítomně exprimován v lidských tkáních a během vývoje. Ačkoli je FAM63A exprimován všudypřítomně, existují určité tkáně, které mají vyšší hladiny exprese, včetně srdce, Štítná žláza, ganglia, a krev.^[28]

Toto je zobrazení úrovní exprese FAM63A v různých lidských tkáních.

Klinický význam

Ačkoli pro FAM63A není stanovena žádná specifická funkce, existuje několik vědců, kteří objevili možné funkce. Předpokládá se, že FAM63A může být spojen s funkce ledvin a Chronické onemocnění ledvin.^[8]

Figgins, Minster a Demirci zkoumali 17343 funkčních jednonukleotidové polymorfismy, což prokazuje silnou souvislost mezi Alzheimerova choroba trvání a FAM63A.^[29] Další gen nacházející se na 1q21, CTSS, byla také silně spojena s trváním onemocnění, autoři se domnívají, že existuje silná vazebná nerovnováha mezi těmito dvěma geny. FAM63A byl identifikován jako jeden z 39 genů exprimovaných výlučně v CML buňkách, seskupených se čtyřmi dalšími geny, o nichž se předpokládá, že fungují v ligace bílkovin.

Reference